Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  249  of  290  ( 34714 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
85816491--85816540
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0
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0
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0
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0
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2.0
40
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1
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20
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0
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41
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20
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42
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10
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40
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5
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79
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14
5
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20
12.7
20
70
5
100
41
14
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1.69
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3.0
20
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0
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10
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1.68
85825526--85825596
20
3.5
20
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7
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43
12
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2.1
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17
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1.97
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21
2.0
21
90
0
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19
29
21
29
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
85854238--85854508
49
5.6
48
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7
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22
26
20
30
1.98
85854210--85854463
98
2.6
97
82
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284
22
26
21
29
1.99
85855173--85855211
20
2.0
20
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20
2.0
20
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10
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1.40
85864776--85864872
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2.4
40
84
0
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18
22
28
1.97
85864788--85864960
88
2.0
88
83
2
222
32
20
17
29
1.95
85864884--85864982
40
2.5
38
91
4
153
27
23
15
34
1.94
85866406--85866459
26
2.0
27
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24
16
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1.64
85882288--85882330
22
2.0
22
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0
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11
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0
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1.54
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5
300
23
28
20
27
1.99
85908275--85908595
48
6.7
48
72
10
199
25
28
16
28
1.97
85908347--85908593
96
2.6
96
84
3
302
25
29
15
29
1.96
85913536--85913580
24
1.9
24
86
4
65
57
8
4
28
1.48
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1.9
37
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0
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2.1
33
97
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17
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0
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0
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21
2.1
21
100
0
88
54
22
9
13
1.67
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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1
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1.20
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28
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1
4
60
1.27
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19
3.3
19
78
12
60
34
1
3
60
1.22
85946871--85946926
18
3.1
17
78
12
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37
0
3
58
1.15
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2.2
25
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0
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1
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40
14
23
21
1.91
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2.0
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19
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1.62
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1.23
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28
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1
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0
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25
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25
23
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1.79
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212
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25
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2.2
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0
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7
51
1.67
85986716--85986781
14
4.5
14
72
23
55
42
0
1
56
1.08
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
85986716--85986785
20
3.2
20
70
18
59
41
0
1
57
1.08
85986697--85986784
45
2.0
45
88
0
131
44
0
3
52
1.18
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28
4
3
62
1.34
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24
3.9
25
75
21
89
29
5
2
62
1.28
85989009--85989221
48
4.5
46
70
16
134
30
4
3
61
1.31
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17
2.2
17
90
0
56
29
5
0
64
1.15
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19
2.1
19
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0
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17
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41
1.79
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269
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19
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1.96
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1.9
138
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19
19
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1.96
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19
20
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1.96
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24
8.7
24
71
15
128
27
4
3
64
1.28
86003250--86003490
48
5.1
47
74
13
176
29
3
3
63
1.28
86003320--86003375
15
4.0
15
73
17
66
25
0
3
71
1.02
86003320--86003410
44
2.1
41
84
9
112
26
3
3
67
1.22
86003299--86003432
69
2.0
67
81
14
159
27
2
3
65
1.24
86005388--86005498
54
2.2
50
82
10
136
33
27
19
19
1.96
86005403--86005511
54
2.0
54
98
0
209
30
26
22
21
1.98
86009244--86009282
17
2.3
17
86
0
51
82
2
2
12
0.89
86025163--86025353
48
4.0
48
98
0
373
35
6
27
30
1.83
86025529--86025628
37
2.7
37
93
0
164
25
20
32
23
1.98
86028056--86028136
26
3.1
26
85
0
117
35
33
11
19
1.87
86030141--86030228
25
3.6
25
75
9
72
26
18
21
34
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
86040442--86040571
47
2.8
47
86
5
174
26
20
31
21
1.98
86043853--86043895
17
2.5
18
85
11
63
79
0
2
18
0.85
86058841--86058879
13
3.0
13
100
0
78
69
0
15
15
1.20
86068070--86068096
5
5.4
5
100
0
54
81
0
0
18
0.69
86104562--86104657
48
2.0
47
91
2
156
30
14
10
44
1.79
86107858--86107895
18
2.1
18
100
0
76
26
10
26
36
1.89
86141263--86141312
24
2.1
24
100
0
100
36
16
12
36
1.85
86143328--86143361
16
2.1
16
94
0
59
41
5
8
44
1.60
86144226--86144348
59
2.1
57
86
3
165
45
8
19
26
1.79
86144759--86144868
26
4.2
26
91
0
184
32
6
25
35
1.81
86146089--86146233
54
2.7
54
91
3
229
17
24
22
35
1.95
86146092--86146251
27
5.9
27
82
12
177
18
24
21
35
1.96
86149784--86149818
11
3.3
11
84
8
54
48
0
0
51
1.00
86178325--86178355
16
1.9
16
93
0
53
41
0
22
35
1.54
86182866--86182980
56
2.1
56
86
3
160
26
18
8
46
1.77
86187158--86187210
18
2.9
18
82
0
70
24
1
54
18
1.54
86189058--86189228
85
2.0
85
86
4
238
36
16
18
28
1.93
86194658--86194703
21
2.3
21
81
7
60
47
15
6
30
1.70
86197856--86197922
33
2.0
33
97
0
125
28
17
22
31
1.97
86198987--86199022
17
2.1
18
89
5
56
38
5
8
47
1.57
86206521--86206562
21
2.0
20
82
13
50
45
14
7
33
1.72
86212126--86212171
21
2.3
20
78
14
51
45
15
8
30
1.76
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
86213558--86213600
17
2.4
18
76
7
52
53
0
4
41
1.21
86220835--86220876
17
2.4
17
84
4
57
57
0
4
38
1.20
86223055--86223081
9
3.0
9
100
0
54
66
11
11
11
1.45
86223979--86224099
64
1.9
64
84
0
161
23
20
20
34
1.96
86238688--86238735
20
2.4
20
96
0
87
45
22
10
20
1.81
86242536--86242706
93
1.8
93
94
0
306
28
29
21
20
1.98
86242528--86242703
46
3.8
46
80
12
216
28
29
21
20
1.98
86245724--86245765
3
14.0
3
84
0
57
61
0
4
33
1.17
86246044--86246101
26
2.2
26
93
0
98
29
0
44
25
1.54
86255217--86255264
24
2.0
24
100
0
96
37
25
0
37
1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290