genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  66  of  290  ( 34714 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21801046--21801211	46	3.8	44	77	11	169	21	20	28	28	1.98
21803936--21804022	34	2.5	35	77	7	97	52	1	2	43	1.21
21804199--21804307	40	2.8	39	77	14	111	35	0	2	60	1.17
21808140--21808189	22	2.3	22	89	0	73	60	8	12	20	1.57
21818487--21818610	61	2.0	61	98	0	239	62	4	6	26	1.37
21819104--21819149	4	11.5	4	100	0	92	26	0	23	50	1.50
21819147--21819181	4	8.8	4	93	0	61	25	2	45	25	1.67
21820345--21820398	25	2.2	24	80	3	63	42	12	11	33	1.79
21820920--21821014	27	3.5	28	72	4	77	16	13	38	30	1.88
21833500--21833687	49	3.8	49	79	8	227	26	19	26	28	1.99
21833495--21833682	100	1.9	100	93	0	322	25	20	26	28	1.99
21835371--21835416	24	1.9	24	100	0	92	26	8	6	58	1.52
21842814--21842916	37	2.8	37	93	0	170	23	20	33	22	1.97
21844013--21844116	54	1.9	53	88	1	154	32	8	26	30	1.87
21844246--21844480	40	5.9	40	90	1	339	22	22	28	25	1.99
21844488--21844620	29	4.7	29	78	6	128	21	15	30	31	1.95
21846677--21846873	98	2.0	98	98	0	385	29	2	23	44	1.67
21847080--21847277	99	2.0	97	97	1	369	29	9	27	34	1.87
21847818--21847983	83	2.0	83	100	0	332	33	15	20	30	1.94
21848656--21848758	37	2.8	37	95	0	179	24	20	31	24	1.98
21858397--21858425	12	2.3	13	94	5	51	62	10	0	27	1.28
21861181--21861475	40	7.6	39	72	14	172	27	21	26	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21861264--21861484	111	2.0	111	100	0	442	29	20	26	23	1.99
21863073--21863129	28	2.0	28	83	12	73	33	28	5	33	1.79
21866118--21866170	18	2.9	18	75	13	56	9	15	7	67	1.39
21866125--21866171	18	2.6	17	83	6	58	6	17	6	70	1.30
21866851--21867642	220	3.6	219	90	1	1140	27	21	18	32	1.97
21875341--21875372	14	2.1	16	88	11	50	43	12	21	21	1.86
21883284--21883545	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
21885407--21885503	27	3.6	26	80	8	97	19	21	23	35	1.96
21887867--21887932	27	2.4	27	82	0	87	24	24	16	34	1.95
21887867--21887941	27	2.8	26	81	4	78	22	25	17	34	1.96
21888030--21888084	28	2.0	28	85	7	76	18	23	25	32	1.97
21895164--21895205	21	2.0	21	100	0	84	52	4	14	28	1.62
21895612--21895708	27	3.6	26	80	8	97	19	21	23	35	1.96
21898105--21898170	27	2.4	27	82	0	87	24	24	16	34	1.95
21898105--21898179	27	2.8	26	81	4	78	22	25	17	34	1.96
21898268--21898322	28	2.0	28	85	7	76	18	23	25	32	1.97
21905829--21905925	27	3.6	26	80	8	97	19	21	23	35	1.96
21919546--21919715	91	1.8	93	92	2	290	24	30	17	27	1.97
21919546--21919736	93	2.0	94	88	5	280	25	30	17	26	1.97
21922255--21922333	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
21924571--21924620	18	2.8	18	90	0	73	50	12	20	18	1.78
21924930--21925172	27	9.0	27	83	1	299	41	18	14	25	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21925162--21925219	27	2.1	27	93	0	98	17	17	24	41	1.90
21924940--21925203	81	3.3	81	77	9	270	39	17	14	28	1.89
21926565--21926718	77	2.0	77	97	0	290	33	7	18	40	1.79
21927088--21927260	46	3.7	46	74	14	185	22	20	27	30	1.98
21927085--21927255	93	1.8	93	92	2	290	22	20	28	29	1.98
21934647--21934818	46	3.7	46	77	13	199	22	20	27	29	1.98
21937018--21937157	58	2.5	56	81	4	156	28	24	17	29	1.97
21951962--21952145	79	2.3	81	82	10	220	25	27	22	25	2.00
21951962--21952145	40	4.7	40	82	9	202	25	27	22	25	2.00
21960135--21960359	40	5.7	40	84	8	266	25	27	22	24	2.00
21960135--21960359	119	1.9	120	83	8	298	25	27	22	24	2.00
21963141--21963390	136	1.8	135	82	8	303	40	4	6	48	1.50
21967569--21967597	13	2.2	13	100	0	58	27	0	27	44	1.54
21972989--21973118	27	4.8	27	90	0	197	33	20	23	23	1.97
21973261--21973313	27	2.0	27	88	0	79	22	22	20	33	1.97
21974333--21974447	27	4.3	27	85	1	151	34	16	22	26	1.95
21974590--21974676	27	3.2	27	83	0	93	21	21	19	36	1.95
21975685--21975788	53	1.9	53	88	1	154	32	21	22	24	1.98
21975685--21975789	27	3.9	27	86	2	149	33	20	21	23	1.97
21975941--21976013	27	2.7	27	77	6	69	27	20	17	34	1.95
21976205--21976303	33	3.0	33	79	2	101	31	21	21	26	1.98
21979663--21979761	27	3.7	27	77	0	90	34	21	17	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21990139--21990191	24	2.2	24	83	6	63	32	3	3	60	1.32
21992585--21993056	235	2.0	235	95	0	854	37	11	16	35	1.84
21998868--21998944	27	2.9	25	83	9	82	40	18	10	31	1.84
21998899--21998972	27	2.8	28	81	6	73	43	21	5	29	1.75
21998924--21999030	27	4.0	26	76	10	92	39	21	9	29	1.85
21999197--21999327	27	4.9	27	76	10	108	38	17	12	32	1.87
21999195--21999327	54	2.5	53	80	4	142	38	17	12	31	1.87
21999256--21999339	27	3.1	27	82	1	80	42	15	13	28	1.84
21999723--21999769	22	2.1	23	92	4	78	19	12	17	51	1.77
21999834--21999896	32	2.0	32	87	0	90	20	17	25	36	1.94
22003653--22003890	27	8.9	26	80	5	233	41	19	7	31	1.79
22003655--22003919	27	9.9	27	81	6	218	40	18	8	32	1.81
22003651--22003892	81	3.0	81	84	1	317	41	19	7	32	1.79
22003657--22003919	54	4.9	53	79	7	244	40	19	7	32	1.80
22007979--22008302	81	4.0	81	98	0	621	21	10	16	50	1.75
22013119--22013170	26	2.0	26	96	0	95	38	17	11	32	1.85
22033588--22033663	38	2.0	38	97	0	143	40	30	15	13	1.86
22037887--22038107	40	5.6	40	79	7	211	25	20	27	26	1.99
22046592--22046663	29	2.5	28	80	11	83	29	13	27	29	1.95
22046622--22046949	174	1.9	174	97	0	620	30	14	24	31	1.94
22054092--22054169	29	2.7	28	80	11	95	25	14	30	29	1.94
22054122--22054449	174	1.9	174	97	0	620	30	13	24	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22064705--22064749	17	2.7	17	96	3	83	24	31	35	8	1.86
22064670--22064792	60	2.0	60	95	0	219	28	34	26	10	1.90
22064721--22064841	43	2.8	43	89	1	170	29	33	25	10	1.90
22064834--22064941	38	2.8	38	85	0	126	28	25	23	22	1.99
22067719--22067782	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
22067975--22068118	24	6.0	24	87	8	204	29	21	19	29	1.98
22068172--22068234	20	3.2	20	88	8	101	31	19	14	34	1.91
22071009--22071046	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
22079350--22079397	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
22079436--22079492	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
22079434--22079496	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
22079550--22079669	24	5.0	24	81	10	138	30	18	20	30	1.96
22079551--22079648	47	2.1	47	90	5	153	30	17	19	32	1.95
22079862--22079925	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
22087520--22087579	9	6.2	9	74	14	57	35	13	20	31	1.91
22087519--22087581	20	3.2	20	93	0	108	36	14	19	30	1.91
22087635--22087687	25	2.1	25	92	3	88	37	18	16	26	1.93
22092186--22092258	36	2.0	36	97	0	137	36	13	30	19	1.90
22094807--22095021	46	4.6	46	75	10	163	24	29	19	26	1.98
22102177--22102348	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
22110628--22110755	46	2.7	48	79	7	154	27	20	28	24	1.99
22115008--22115121	42	2.7	41	76	2	111	26	16	25	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22118160--22118188	5	5.8	5	100	0	58	41	0	0	58	0.98
22120076--22120115	16	2.5	16	95	0	71	22	22	22	32	1.98
22124955--22125029	37	2.0	38	97	2	143	37	10	9	42	1.72
22124971--22125046	37	2.1	37	80	7	84	39	13	6	40	1.70
22129324--22129531	27	7.7	27	78	8	122	40	21	10	27	1.86
22129439--22129735	107	2.8	107	81	3	294	35	19	19	24	1.95
22129467--22129734	27	10.0	27	88	0	358	34	19	20	25	1.96
22129468--22129734	134	2.0	134	88	0	399	34	19	20	25	1.96
22130934--22131190	55	4.8	55	75	14	220	35	17	24	21	1.95
22132611--22132781	93	1.8	93	92	0	288	29	28	19	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290