genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.277.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95699496--95699600	55	1.9	55	94	0	183	28	20	11	40	1.87
95703269--95703311	18	2.4	17	81	11	50	27	2	18	51	1.59
95716680--95716781	19	5.3	19	84	9	118	50	5	0	42	1.33
95718114--95718241	10	13.3	10	75	8	86	45	6	5	42	1.52
95718109--95718241	4	33.5	4	79	1	115	45	6	6	42	1.53
95722588--95722811	40	5.6	40	91	1	308	24	20	28	26	1.99
95722549--95722811	80	3.3	80	85	3	318	23	20	28	26	1.99
95722549--95722811	120	2.2	120	82	4	318	23	20	28	26	1.99
95725371--95725491	61	2.0	61	100	0	242	24	24	21	28	1.99
95726263--95726406	71	2.0	71	97	0	270	27	21	26	25	1.99
95726475--95726603	60	2.2	60	95	0	231	40	13	27	18	1.89
95727114--95727264	75	2.0	75	93	0	257	30	16	26	26	1.97
95731093--95731276	40	4.6	40	83	6	205	23	20	26	28	1.99
95731093--95731273	80	2.3	81	84	9	230	23	20	27	28	1.99
95731094--95731313	40	5.6	38	77	10	156	24	20	26	28	1.99
95734675--95734894	69	3.2	68	85	3	228	37	20	20	20	1.94
95734673--95735004	69	4.8	67	77	5	218	39	21	20	19	1.93
95744326--95744367	22	1.9	22	95	0	75	30	28	30	9	1.89
95750966--95751025	29	2.1	29	83	0	75	53	8	5	33	1.53
95755088--95755269	49	3.7	49	80	5	186	29	26	18	25	1.98
95768756--95768799	20	2.1	21	83	4	54	50	2	9	38	1.47
95773687--95773727	20	2.0	20	100	0	82	39	14	19	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95774439--95774608	46	3.7	46	75	16	161	22	21	27	28	1.99
95774436--95774606	93	1.8	93	89	0	270	22	21	28	28	1.99
95781039--95781131	46	2.0	46	91	4	152	43	20	12	23	1.86
95782169--95782248	28	2.9	28	75	14	83	23	28	17	30	1.97
95784246--95784306	30	2.0	30	93	0	104	24	26	6	42	1.79
95786297--95786403	43	2.5	44	80	4	128	31	26	14	28	1.94
95789514--95789722	38	5.0	38	71	19	157	29	15	24	30	1.95
95789544--95789682	48	2.9	48	88	1	199	31	15	22	30	1.94
95792531--95792608	40	2.0	39	87	2	111	29	25	16	28	1.97
95805606--95805751	37	3.9	37	93	0	229	26	30	17	24	1.97
95805958--95806151	47	4.1	47	87	0	271	26	28	10	34	1.90
95809619--95809741	58	2.1	58	89	3	185	32	14	26	26	1.95
95813135--95813310	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
95813132--95813303	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
95816474--95816503	13	2.3	13	94	0	51	36	26	26	10	1.88
95831311--95831374	27	2.4	28	84	10	80	42	17	20	20	1.90
95831976--95832017	22	1.9	22	85	0	57	19	4	35	40	1.72
95835453--95835606	42	3.6	42	83	3	202	29	22	16	32	1.95
95843722--95843856	50	2.7	50	76	1	144	28	29	18	23	1.98
95848508--95848555	20	2.4	20	79	6	53	31	10	20	37	1.87
95858250--95858290	19	2.2	19	95	0	73	34	19	7	39	1.80
95860996--95861064	31	2.2	31	87	5	95	17	36	27	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95861005--95861071	31	2.2	31	89	5	100	16	31	31	20	1.95
95862584--95862685	35	2.9	36	81	8	115	47	0	0	52	1.00
95862628--95862685	21	2.8	21	75	15	57	50	0	0	50	1.00
95862623--95862679	11	5.3	11	79	8	55	40	0	0	59	0.97
95864227--95864279	26	2.1	26	92	3	90	54	9	0	35	1.33
95864227--95864282	25	2.2	24	90	6	85	55	8	0	35	1.31
95864315--95864375	31	2.0	31	86	0	86	47	9	4	37	1.58
95864683--95864746	28	2.3	28	81	13	78	26	4	4	64	1.33
95866507--95866552	21	2.1	21	84	4	56	36	8	15	39	1.78
95866501--95866555	22	2.4	23	79	11	60	38	9	16	36	1.80
95866961--95866999	20	2.0	20	85	10	53	41	17	2	38	1.64
95869865--95870096	49	4.7	50	82	2	288	28	28	18	25	1.98
95869865--95870095	100	2.3	99	85	2	311	28	27	19	25	1.98
95870343--95870396	27	2.0	27	81	0	63	38	16	7	37	1.77
95871550--95871669	43	2.8	42	72	2	114	33	26	16	23	1.96
95879064--95879178	43	2.7	42	72	2	113	30	25	18	26	1.98
95879382--95879444	31	2.0	31	96	0	117	31	17	20	30	1.96
95880329--95880389	29	2.1	28	85	8	79	32	14	24	27	1.95
95880336--95880452	29	4.0	29	86	0	135	28	14	29	27	1.95
95880382--95880475	29	3.3	29	85	8	106	27	13	34	24	1.93
95882112--95882629	259	2.0	259	99	0	1027	30	32	15	20	1.94
95890272--95890377	53	2.0	53	94	0	185	33	19	19	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95894539--95894568	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
95895019--95895116	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
95895047--95895129	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
95910508--95910666	29	5.6	29	75	3	169	16	17	36	28	1.92
95910484--95910721	57	4.1	57	91	2	352	18	16	34	30	1.93
95910484--95910690	28	7.3	28	70	3	153	17	17	34	29	1.93
95914307--95914368	28	2.2	28	88	0	97	37	9	20	32	1.86
95919131--95919158	14	2.0	14	100	0	56	42	7	14	35	1.73
95923153--95923231	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
95923695--95923752	24	2.5	23	81	16	66	32	5	0	62	1.18
95925157--95925233	40	1.9	40	89	0	118	23	24	23	28	1.99
95925174--95925312	40	3.5	40	76	7	115	23	25	23	27	2.00
95925618--95925696	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
95944994--95945057	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
95945001--95945057	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
95950534--95950646	29	3.9	29	89	1	165	24	13	30	30	1.93
95953149--95953274	40	3.2	40	90	1	191	27	27	21	23	1.99
95957093--95957199	56	1.9	53	85	7	142	27	32	18	21	1.97
95958704--95959018	46	6.7	49	69	17	160	29	17	28	24	1.97
95961923--95961965	8	5.5	8	88	2	52	58	18	18	4	1.56
95961923--95961966	16	2.8	16	82	0	61	59	18	18	4	1.55
95968281--95968438	43	3.7	43	75	7	151	23	17	27	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95972056--95972183	39	3.3	39	86	0	184	32	20	25	21	1.97
95972055--95972201	78	1.9	77	83	4	188	31	21	25	21	1.98
95975534--95976165	316	2.0	316	99	0	1237	29	15	24	30	1.96
95979901--95980028	39	3.3	39	89	0	202	31	21	26	21	1.98
95979900--95980054	78	2.0	76	85	5	204	30	21	27	20	1.98
95983412--95983488	31	2.5	31	84	0	100	20	38	27	12	1.89
95983894--95983927	17	2.0	17	88	11	52	29	11	5	52	1.61
95994720--95994904	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
95994701--95994904	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
96002164--96002305	42	3.4	42	73	5	142	28	26	16	28	1.97
96028383--96028459	21	3.7	21	96	0	136	27	28	33	10	1.90
96028586--96028647	30	2.1	31	85	8	85	16	40	22	20	1.91
96031151--96031182	14	2.3	14	94	0	55	28	9	6	56	1.55
96036520--96036666	60	2.4	61	84	6	176	29	17	25	27	1.97
96045585--96045639	27	2.0	27	96	0	101	61	14	5	18	1.51
96047955--96048131	39	4.5	39	91	2	266	18	23	29	28	1.98
96047922--96048131	78	2.7	77	84	7	264	19	23	30	27	1.98
96052848--96053258	47	8.7	47	97	0	750	32	8	30	29	1.86
96053377--96053455	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
96068627--96068728	35	2.9	36	81	8	115	47	0	0	52	1.00
96068671--96068728	21	2.8	21	75	15	57	50	0	0	50	1.00
96068666--96068722	11	5.3	11	79	8	55	40	0	0	59	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96070269--96070327	26	2.3	25	91	2	91	55	6	0	37	1.26
96088797--96088867	28	2.5	28	90	0	115	29	32	14	23	1.94
96095645--96095750	55	1.9	55	96	0	194	33	13	14	39	1.84
96103839--96103988	41	3.7	41	85	1	221	20	23	28	28	1.99
96104847--96104956	55	2.0	55	100	0	220	32	14	14	38	1.87
96108642--96108725	28	3.0	28	85	0	114	29	33	13	23	1.93
96108730--96108817	40	2.2	40	87	4	124	38	22	14	23	1.92
96111719--96111828	57	1.9	57	88	0	166	44	7	18	30	1.76
96112549--96112643	44	2.2	44	82	0	109	33	5	17	43	1.72
96118105--96118141	13	2.7	14	83	8	58	70	2	0	27	1.01

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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