genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.177.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60702485--60702543	31	1.9	31	82	6	75	47	3	22	27	1.67
60704790--60704873	42	2.0	42	100	0	168	23	19	19	38	1.93
60707154--60707237	43	2.0	42	86	6	116	29	23	16	29	1.96
60709577--60709621	20	2.2	20	88	0	63	37	11	2	48	1.51
60709595--60710839	410	3.0	410	99	0	2481	33	16	8	41	1.80
60714301--60714344	20	2.2	20	87	0	61	31	9	9	50	1.65
60717809--60717879	30	2.4	30	83	4	81	26	1	2	69	1.11
60717929--60717975	24	2.0	23	87	4	67	31	0	0	68	0.90
60718390--60718415	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
60718693--60718733	21	2.0	21	85	9	57	51	7	4	36	1.51
60720845--60720891	17	2.7	17	81	12	51	17	8	19	55	1.67
60729893--60730246	47	7.3	47	83	9	433	31	9	30	29	1.88
60729893--60730246	100	3.6	100	93	2	576	31	9	30	29	1.88
60730365--60730443	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
60734854--60734912	26	2.3	25	79	5	64	37	20	1	40	1.63
60736955--60736986	15	2.2	14	94	5	55	43	0	0	56	0.99
60754561--60754602	13	3.2	13	80	6	50	40	11	2	45	1.54
60754627--60754738	36	3.4	36	70	25	127	42	8	7	41	1.61
60754574--60754756	63	3.0	63	95	3	320	42	8	7	42	1.62
60754774--60754863	37	2.4	37	94	3	155	45	12	0	42	1.41
60754848--60755317	9	52.0	9	73	15	341	44	19	1	34	1.60
60754954--60754978	12	2.1	12	100	0	50	52	24	0	24	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60754865--60755078	64	3.3	64	84	9	235	45	20	1	32	1.62
60755019--60755057	16	2.3	18	91	8	64	43	23	0	33	1.54
60755062--60755128	28	2.4	28	94	0	116	46	16	2	34	1.62
60757983--60758051	21	3.3	21	85	0	93	34	20	42	2	1.67
60758456--60758726	42	6.4	42	83	8	291	26	22	21	29	1.99
60758456--60758726	86	3.2	84	84	7	291	26	22	21	29	1.99
60762590--60762892	40	7.6	40	89	2	396	27	28	20	24	1.99
60771721--60771983	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
60771721--60771983	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
60771915--60771992	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
60781199--60781274	23	3.3	23	88	0	116	23	19	25	31	1.98
60788033--60788077	23	2.0	23	95	0	81	24	22	22	31	1.99
60788875--60788899	11	2.3	11	100	0	50	36	8	8	48	1.62
60794488--60794596	45	2.4	45	84	0	146	22	23	14	38	1.92
60794521--60794618	45	2.2	45	84	0	124	24	20	13	41	1.88
60798457--60798526	24	2.9	24	71	2	77	28	20	18	32	1.96
60803583--60803632	20	2.5	20	81	9	57	34	0	16	50	1.45
60804200--60804362	43	3.8	43	77	7	163	28	15	26	29	1.96
60807295--60807328	17	2.0	17	100	0	68	29	0	23	47	1.52
60810954--60811109	78	2.0	78	98	0	303	23	23	19	33	1.97
60812324--60812363	21	1.9	21	94	0	71	20	32	22	25	1.98
60820284--60820461	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60820285--60820440	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
60820281--60820461	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
60828347--60828524	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
60828348--60828503	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
60828344--60828524	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
60833897--60834130	57	4.1	57	94	1	389	35	21	3	39	1.71
60846497--60846674	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
60846497--60846674	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
60851198--60851284	45	1.9	45	90	4	140	34	24	16	25	1.95
60851286--60851481	51	3.9	50	78	6	198	32	29	16	22	1.96
60852072--60852682	306	2.0	306	100	0	1222	32	19	12	35	1.89
60853668--60853714	25	1.9	25	86	4	69	29	21	29	19	1.97
60853668--60853723	25	2.3	24	84	3	67	30	21	28	19	1.98
60853683--60853811	25	5.2	25	71	13	70	31	21	24	21	1.98
60864483--60864598	40	2.9	40	94	0	205	13	32	18	35	1.90
60864483--60864587	20	5.2	20	77	8	124	13	34	19	33	1.90
60864483--60864614	40	3.3	40	86	4	185	16	33	17	32	1.93
60864483--60864636	80	1.9	80	84	5	204	16	33	16	33	1.92
60866325--60866350	12	2.2	12	100	0	52	23	38	30	7	1.83
60867616--60867659	18	2.5	17	82	13	54	38	6	2	52	1.41
60867619--60867666	24	2.0	24	88	4	71	43	6	4	45	1.48
60871764--60871942	85	2.1	85	100	0	358	37	8	27	26	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60876671--60876785	57	2.0	57	86	6	162	39	20	3	37	1.69
60878871--60878905	4	9.0	4	87	6	54	74	0	0	25	0.82
60881204--60881389	78	2.4	75	85	2	237	26	16	20	36	1.94
60881204--60881391	25	7.4	25	82	3	205	26	16	21	36	1.94
60891205--60891303	48	2.1	48	100	0	198	34	30	9	26	1.87
60891304--60891382	38	2.1	38	95	0	140	24	12	18	44	1.85
60893499--60893524	13	2.0	13	100	0	52	23	7	15	53	1.67
60893756--60893831	3	25.3	3	89	0	80	59	0	6	34	1.24
60894442--60894502	31	2.0	31	100	0	122	29	18	0	52	1.45
60897077--60897133	28	2.0	28	83	6	71	22	47	0	29	1.52
60898015--60898056	21	2.0	22	90	4	68	50	0	0	50	1.00
60905431--60905458	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94
60905941--60905975	6	5.7	6	93	6	61	28	0	0	71	0.86
60911351--60911409	31	1.9	31	89	3	93	35	3	3	57	1.32
60914858--60914913	9	6.8	8	80	9	60	37	1	0	60	1.07
60914860--60914917	8	6.9	8	75	9	53	37	1	0	60	1.07
60914860--60914915	17	3.3	16	83	11	76	35	1	0	62	1.06
60915312--60915366	28	1.9	27	82	17	67	50	5	0	43	1.25
60920375--60920424	21	2.4	21	82	0	64	22	28	32	18	1.97
60935060--60935094	8	4.5	8	89	3	54	51	2	22	22	1.61
60937127--60937156	12	2.5	12	94	0	51	23	40	30	6	1.80
60937151--60937204	13	4.2	13	82	0	63	18	25	38	16	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60938356--60938695	30	11.3	30	77	8	169	37	12	26	22	1.91
60938559--60938637	29	2.7	30	90	4	124	43	10	26	20	1.83
60938360--60938680	149	2.1	151	87	2	459	37	13	25	23	1.91
60938355--60938710	119	3.0	120	77	7	289	37	13	26	22	1.91
60947803--60947844	10	4.6	9	80	14	50	85	2	11	0	0.68
60958305--60958343	16	2.4	16	91	4	60	28	0	2	69	1.02
60964130--60964158	14	2.1	14	100	0	58	44	13	13	27	1.82
60968614--60968691	15	5.2	15	67	11	61	44	7	21	25	1.79
60968610--60968691	30	2.7	30	94	0	137	46	7	21	24	1.77
60974851--60974933	24	3.5	24	78	3	87	45	8	25	20	1.79
60977637--60977665	15	1.9	15	100	0	58	58	6	0	34	1.25
60983831--60983893	26	2.4	27	81	7	85	41	14	11	33	1.81
60991762--60991817	24	2.3	24	93	0	94	51	8	23	16	1.72
60992120--60992160	18	2.3	18	100	0	82	14	4	24	56	1.58
60995655--60996123	27	17.4	27	83	3	527	17	20	19	42	1.90
60995671--60996123	81	5.6	81	85	0	584	17	20	19	42	1.90
60998550--60998603	19	2.8	18	83	8	63	70	1	5	22	1.18
61000345--61000370	6	4.3	6	100	0	52	50	0	34	15	1.45
61003481--61003658	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
61003502--61003657	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
61021356--61021394	16	2.4	16	86	0	51	48	2	10	38	1.51
61021328--61021382	22	2.5	22	81	0	65	52	1	3	41	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61021365--61021397	16	2.1	16	94	0	57	45	0	9	45	1.35
61021408--61021547	59	2.4	59	97	0	262	38	4	9	47	1.55
61040299--61040523	40	5.7	40	85	5	269	24	21	27	26	1.99
61040355--61040546	80	2.4	79	86	6	230	26	19	28	26	1.99
61040551--61040628	40	2.0	40	89	5	122	24	21	26	26	1.99
61040446--61040658	105	2.0	105	99	0	417	26	19	25	27	1.99
61040551--61040647	40	2.4	40	83	6	99	25	21	27	24	1.99
61040670--61040769	50	2.0	50	98	0	191	37	12	18	33	1.87
61040720--61041090	195	1.9	195	98	0	724	30	15	19	34	1.93
61041187--61041339	78	2.0	78	96	0	279	22	20	11	45	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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