genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.180.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61610106--61610131	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
61617688--61617713	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
61623502--61623571	29	2.4	30	83	7	90	44	14	25	15	1.84
61623616--61623687	29	2.4	30	80	17	96	48	11	22	18	1.79
61623563--61623745	30	6.1	30	76	8	131	42	11	21	25	1.86
61623476--61623745	119	2.3	119	82	1	344	41	12	22	23	1.88
61625600--61625844	48	5.1	48	74	9	196	27	19	24	28	1.99
61629124--61629162	14	2.9	13	81	7	51	17	10	10	61	1.55
61633039--61633065	13	2.1	13	100	0	54	14	22	40	22	1.90
61637401--61637439	14	2.9	13	81	7	51	17	10	10	61	1.55
61636754--61638291	769	2.0	769	100	0	3076	29	18	20	30	1.97
61638170--61638208	14	2.9	13	81	7	51	17	10	10	61	1.55
61641491--61641564	34	2.2	34	100	0	148	33	18	13	33	1.90
61644165--61644224	28	2.1	28	81	6	68	48	16	16	18	1.82
61645420--61645478	15	3.9	15	77	2	64	55	13	16	13	1.68
61645460--61645519	26	2.3	26	77	8	61	51	18	10	20	1.74
61659033--61659193	85	1.9	85	82	5	200	33	26	17	22	1.96
61659038--61659195	43	3.7	42	76	11	151	32	26	18	22	1.97
61664079--61664116	18	2.2	18	85	4	51	34	0	21	44	1.52
61667592--61667636	20	2.2	20	84	7	56	37	13	0	48	1.42
61669690--61669813	27	4.6	27	79	8	119	38	23	9	28	1.86
61669690--61669840	27	5.6	25	71	12	86	39	23	9	27	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61669684--61669911	54	4.2	54	74	6	176	37	22	7	32	1.83
61669836--61670137	27	11.2	27	84	0	352	31	21	6	40	1.79
61669809--61670137	81	4.1	81	86	0	388	32	21	6	38	1.80
61670866--61670909	21	2.0	22	82	4	54	20	22	20	36	1.95
61670884--61670995	21	4.3	26	63	22	72	22	22	19	35	1.96
61670910--61671048	27	5.3	26	67	18	81	21	23	20	35	1.96
61670839--61671049	79	2.7	79	95	2	372	21	23	19	35	1.96
61672550--61672662	27	4.2	26	75	13	88	40	22	8	28	1.83
61672571--61672704	27	5.0	27	78	3	126	38	22	9	29	1.86
61672572--61672719	54	2.7	53	82	2	161	39	20	9	29	1.84
61672575--61673016	27	16.4	26	80	6	94	33	21	7	37	1.82
61672669--61673024	81	4.4	81	83	4	369	31	21	7	39	1.82
61672696--61673014	27	11.8	27	87	2	426	30	21	7	40	1.80
61673718--61673769	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
61673810--61673869	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
61683674--61683726	27	2.0	27	100	0	106	30	18	16	33	1.94
61691415--61691475	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
61697712--61697756	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
61698356--61698384	5	5.8	5	100	0	58	79	0	0	20	0.74
61698384--61698414	6	5.2	6	100	0	62	19	0	0	80	0.71
61703113--61703244	39	3.4	39	89	0	192	28	18	27	25	1.98
61710882--61711011	39	3.3	39	90	0	188	26	18	29	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61711855--61711965	49	2.3	49	88	0	168	30	18	18	31	1.96
61724017--61724063	21	2.2	21	100	0	94	55	4	10	29	1.53
61725731--61726024	145	2.0	145	97	0	561	31	11	24	31	1.91
61728800--61728848	11	4.5	11	81	0	62	10	2	46	40	1.49
61728800--61728848	22	2.2	22	88	0	71	10	2	46	40	1.49
61734173--61734422	40	6.3	40	92	1	324	26	28	21	24	1.99
61734173--61734475	80	3.8	79	84	3	349	26	28	21	24	1.99
61734171--61734475	120	2.5	119	82	4	337	26	28	20	24	1.99
61734407--61734484	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
61737194--61737233	3	13.0	3	85	15	55	65	0	2	32	1.06
61737447--61737500	24	2.3	22	81	9	54	64	1	1	31	1.14
61737627--61737661	15	2.3	15	95	0	61	62	0	5	31	1.18
61737604--61737659	26	2.3	23	77	17	60	60	0	7	32	1.24
61737596--61737682	40	2.3	37	80	13	97	62	1	8	28	1.31
61738703--61738743	21	2.0	21	85	4	57	46	9	7	36	1.65
61743178--61743320	27	5.3	27	84	3	189	32	23	8	36	1.85
61743178--61743349	54	3.2	54	86	0	209	33	22	8	35	1.85
61743190--61743348	81	2.0	81	84	2	212	32	23	8	35	1.85
61743245--61743627	54	6.9	54	72	11	159	36	21	9	32	1.85
61743307--61743527	27	7.8	28	77	12	166	39	19	9	31	1.84
61743440--61743546	55	2.0	53	81	9	126	39	17	11	31	1.85
61743541--61743670	27	4.8	27	83	0	161	32	22	6	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61743702--61743847	27	5.4	27	77	4	134	42	20	7	29	1.79
61743669--61743824	81	1.9	81	83	5	199	41	20	9	28	1.83
61743660--61743834	81	2.2	81	78	9	196	38	21	10	29	1.86
61761333--61761387	11	5.4	11	70	16	55	34	16	20	29	1.94
61761333--61761387	20	2.8	20	91	5	85	34	16	20	29	1.94
61761437--61761568	25	5.4	24	91	3	194	30	18	21	28	1.97
61768962--61769009	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
61769057--61769111	11	5.4	11	75	16	64	36	14	20	29	1.92
61769057--61769111	20	2.8	20	94	0	92	36	14	20	29	1.92
61769161--61769281	24	5.0	24	86	7	156	29	18	21	30	1.97
61769161--61769281	49	2.5	47	85	6	154	29	18	21	30	1.97
61769475--61769537	31	2.0	31	93	0	108	36	15	23	23	1.94
61775291--61776317	512	2.0	513	99	0	2020	34	7	17	39	1.79
61776475--61776508	17	2.0	17	100	0	68	29	23	29	17	1.97
61783964--61784072	56	1.9	57	83	7	143	24	14	28	32	1.95
61785969--61786010	16	2.6	17	81	11	52	35	0	7	57	1.26
61790903--61790971	35	2.0	35	97	0	129	39	20	10	30	1.85
61795516--61795649	54	2.5	53	77	3	146	22	17	23	35	1.95
61797463--61797659	43	4.6	42	79	7	236	27	21	18	32	1.97
61797463--61797659	85	2.3	85	100	0	394	27	21	18	32	1.97
61807940--61808103	88	1.9	88	85	2	231	21	18	19	39	1.92
61808302--61808508	109	1.9	109	87	4	301	29	19	11	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61809281--61809456	55	3.2	54	94	1	289	31	28	13	26	1.94
61809281--61809456	82	2.1	82	93	0	298	31	28	13	26	1.94
61809281--61809456	27	6.4	27	93	2	280	31	28	13	26	1.94
61816457--61816509	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
61817852--61817880	11	2.6	11	100	0	58	65	10	17	6	1.44
61821551--61821601	19	2.7	20	82	11	54	54	7	0	37	1.29
61821582--61821636	18	3.1	18	70	0	56	50	3	0	45	1.19
61821838--61821883	22	2.1	22	83	0	56	28	6	8	56	1.54
61827326--61827393	34	2.0	34	100	0	136	38	11	20	29	1.88
61829496--61829597	43	2.4	43	83	8	136	32	28	17	21	1.96
61849604--61849722	58	2.1	58	96	0	220	40	0	32	26	1.57
61850177--61850203	5	5.4	5	100	0	54	40	0	0	59	0.98
61850339--61850368	5	6.0	5	100	0	60	40	0	0	60	0.97
61850367--61850391	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
61850438--61850480	13	3.2	13	78	12	50	76	0	20	2	0.89
61851213--61851245	13	2.5	14	90	9	52	48	0	21	30	1.50
61851605--61851642	18	2.1	18	95	0	67	42	47	2	7	1.46
61851619--61851643	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
61851668--61851708	6	6.5	6	83	10	55	78	2	2	17	0.98
61851671--61851710	20	2.0	20	90	0	62	75	5	2	17	1.10
61851728--61851804	9	8.6	9	85	0	91	24	11	23	40	1.88
61851728--61851805	27	2.9	27	82	0	102	24	11	23	41	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61852217--61852269	16	3.3	15	74	10	52	33	7	24	33	1.84
61853848--61854009	67	2.4	68	81	5	186	36	17	16	29	1.92
61853848--61854039	68	2.9	67	78	9	187	36	16	17	29	1.92
61863031--61863080	25	2.0	25	96	0	91	42	14	20	24	1.88
61863909--61863957	24	2.0	24	100	0	98	32	14	4	48	1.62
61872135--61872195	30	2.0	30	84	6	79	29	22	8	39	1.83
61875042--61875258	46	4.6	47	80	8	185	23	28	18	29	1.97
61893736--61893959	40	5.6	40	91	1	308	24	20	28	26	1.99
61893697--61893959	80	3.3	80	85	3	318	23	20	28	26	1.99
61893697--61893959	120	2.2	120	82	4	318	23	20	28	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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