genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.233.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80543365--80543614	27	9.2	27	73	10	143	32	9	18	40	1.82
80543458--80543614	54	2.9	54	78	5	183	29	10	20	40	1.85
80543613--80543715	27	3.8	27	88	0	152	39	5	24	30	1.79
80543613--80543813	54	3.9	54	70	15	172	39	7	22	30	1.83
80543613--80543727	27	4.3	27	88	0	149	40	7	23	28	1.82
80543761--80543825	27	2.4	27	92	0	103	40	10	23	26	1.87
80543659--80543857	98	2.0	98	97	0	371	39	10	19	31	1.85
80544967--80545033	25	2.7	25	100	0	134	37	25	14	22	1.93
80546387--80546537	75	2.0	75	97	0	284	23	10	17	49	1.77
80547852--80547938	40	2.2	40	89	0	138	31	24	21	22	1.99
80547912--80548002	39	2.5	37	85	7	114	26	23	29	20	1.99
80547869--80547992	35	3.3	38	78	10	128	28	23	26	21	1.99
80555751--80555882	40	3.3	40	88	2	176	28	22	23	25	1.99
80555768--80555895	39	3.3	39	87	1	166	27	22	25	25	2.00
80565200--80565422	40	5.6	40	85	3	245	25	20	27	27	1.99
80565275--80565457	79	2.3	80	81	1	217	26	20	27	25	1.99
80570120--80570161	22	2.1	19	86	13	57	45	2	0	52	1.13
80571830--80571856	13	2.1	13	100	0	54	40	0	37	22	1.54
80583581--80583683	52	2.0	52	96	0	188	31	12	24	32	1.92
80585764--80585975	40	5.3	40	80	5	241	24	20	28	26	1.99
80585774--80585975	80	2.5	80	91	0	316	24	20	28	26	1.99
80595486--80595673	40	4.7	39	84	6	227	24	21	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80595486--80595673	79	2.4	82	84	7	244	24	21	27	26	1.99
80599634--80599757	47	2.6	47	85	2	169	33	8	29	27	1.87
80599753--80599841	46	1.9	46	83	0	115	33	11	32	22	1.89
80602397--80602633	42	5.6	42	98	0	456	24	18	26	30	1.98
80608294--80609206	47	19.4	47	98	0	1709	25	31	10	32	1.89
80612350--80612390	8	5.2	8	91	2	66	51	24	21	2	1.60
80612350--80612406	16	3.6	16	82	0	69	50	21	21	7	1.71
80612513--80612550	19	2.1	19	90	5	60	28	18	36	15	1.92
80612617--80612693	29	2.7	29	89	2	111	24	14	32	28	1.94
80615361--80615691	96	3.4	96	87	0	446	28	19	26	25	1.98
80615361--80615694	48	7.0	48	75	1	292	28	18	26	26	1.98
80617599--80617637	19	2.1	19	90	0	60	35	28	12	23	1.91
80620042--80620140	24	4.3	24	71	15	75	21	22	19	37	1.94
80628104--80628258	43	3.6	43	72	11	120	29	16	21	32	1.95
80639856--80640344	47	10.4	47	97	0	906	31	8	30	29	1.87
80640463--80640541	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
80646165--80646352	90	2.1	90	100	0	376	23	25	31	18	1.97
80647088--80647145	30	1.9	30	92	0	98	53	13	3	29	1.56
80649377--80649416	19	2.1	19	90	0	62	30	22	7	40	1.81
80656892--80656940	21	2.3	21	92	0	80	12	22	42	22	1.86
80667814--80667920	27	4.0	27	72	11	94	35	10	24	29	1.88
80678599--80678694	47	2.0	47	97	0	183	34	12	31	21	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80686390--80686540	40	3.8	40	80	5	146	23	29	24	23	1.99
80699080--80699229	28	5.4	28	91	2	214	26	11	28	34	1.91
80700962--80701009	22	2.2	22	85	10	64	33	6	22	37	1.80
80701576--80701780	40	5.1	40	81	7	211	25	21	27	24	1.99
80701576--80701761	80	2.3	82	87	3	272	24	22	27	25	1.99
80712874--80712923	20	2.5	20	80	0	64	48	44	2	6	1.39
80714542--80714788	75	3.4	72	78	11	259	42	6	9	40	1.64
80718967--80719133	50	3.5	48	83	9	168	24	32	16	25	1.96
80718866--80719273	47	8.6	48	73	14	205	24	30	17	27	1.98
80719058--80719281	46	4.8	46	77	10	185	24	29	18	27	1.98
80719614--80719659	24	1.9	24	90	0	74	32	23	10	32	1.90
80726693--80726923	46	4.9	48	78	11	196	25	30	17	27	1.97
80726794--80726963	46	3.7	46	79	10	152	24	30	17	28	1.97
80740124--80740233	40	2.8	40	91	2	177	20	24	30	24	1.98
80743650--80743911	47	5.6	47	91	0	416	28	29	8	33	1.86
80754346--80754599	43	5.9	43	81	4	280	27	27	18	26	1.98
80754346--80754609	86	3.1	86	82	2	309	28	28	17	25	1.98
80754346--80754656	86	3.7	84	79	6	306	29	27	16	26	1.97
80759690--80759728	19	2.1	19	90	4	62	48	2	2	46	1.29
80760310--80760358	24	2.0	24	96	0	89	42	4	2	51	1.32
80760977--80761105	40	3.2	42	81	6	158	22	20	20	35	1.96
80766542--80766835	41	7.2	40	75	17	255	27	27	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80766550--80766815	83	3.2	82	78	12	267	27	27	21	23	1.99
80766542--80766836	124	2.4	124	96	0	536	27	27	21	23	1.99
80775019--80775188	41	4.2	40	74	18	161	27	27	22	22	1.99
80780763--80780807	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
80783028--80783074	22	2.1	22	88	4	67	34	6	27	31	1.82
80787449--80787485	7	5.1	7	90	3	56	18	0	40	40	1.51
80787449--80787484	14	2.5	15	95	4	65	19	0	38	41	1.52
80787450--80787498	21	2.3	21	82	10	55	20	4	32	42	1.71
80787953--80788277	165	2.0	164	91	1	526	36	8	17	38	1.79
80789293--80789414	46	2.7	46	98	0	235	24	29	27	18	1.98
80791747--80791967	46	4.8	46	77	13	204	25	19	30	23	1.98
80797089--80797123	17	2.1	17	94	0	61	22	17	22	37	1.94
80798933--80799152	46	4.7	46	77	13	202	25	19	30	24	1.98
80801972--80802321	175	2.0	175	99	0	691	26	22	20	30	1.98
80804447--80804481	17	2.1	17	94	0	61	22	17	22	37	1.94
80806295--80806514	46	4.7	47	77	14	188	26	18	29	25	1.98
80809226--80809285	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
80815800--80815880	44	1.9	41	87	7	117	28	12	28	30	1.93
80817279--80817522	40	6.1	40	94	0	409	25	28	23	22	1.99
80824468--80824711	40	6.1	40	89	0	312	26	26	22	24	2.00
80873186--80873236	13	4.2	13	80	19	74	54	13	0	31	1.39
80873199--80873245	9	5.9	9	72	27	52	55	12	0	31	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80873184--80873245	22	2.8	22	95	4	108	54	12	0	32	1.38
80873201--80873245	13	2.9	17	75	25	62	55	13	0	31	1.38
80881536--80881564	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
80889167--80889273	39	2.7	39	100	0	214	26	20	30	22	1.98
80890656--80890840	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
80890637--80890840	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
80896663--80896734	35	2.1	35	100	0	144	27	12	22	37	1.90
80902047--80902179	45	3.0	44	79	9	139	21	16	27	33	1.95
80904694--80904967	137	2.0	137	100	0	548	32	24	9	34	1.87
80906825--80907009	40	4.7	40	82	7	209	23	23	27	25	2.00
80906878--80907042	79	2.1	79	83	6	201	25	21	27	25	2.00
80911515--80911686	27	6.4	27	81	2	184	33	25	10	30	1.89
80911527--80911685	81	2.0	80	87	1	228	35	25	10	28	1.89
80919332--80919358	6	4.5	6	100	0	54	48	14	18	18	1.82
80920435--80920464	4	7.2	4	92	7	51	0	26	0	73	0.84
80920474--80920514	22	1.9	21	85	5	55	2	19	9	68	1.29
80920885--80920933	19	2.6	19	100	0	98	36	14	6	42	1.70
80922931--80923094	27	6.1	26	74	8	123	35	21	9	32	1.86
80922910--80923077	54	3.1	53	74	7	142	38	19	10	31	1.85
80922904--80923076	81	2.2	80	80	5	188	38	19	9	32	1.85
80923056--80923250	54	3.6	54	96	0	345	30	23	6	40	1.80
80923056--80923250	27	7.2	27	91	0	309	30	23	6	40	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80923016--80923250	81	2.9	81	82	2	195	32	22	7	37	1.82
80931238--80931285	18	2.7	17	75	9	51	29	12	12	45	1.78
80931472--80931501	6	5.0	6	100	0	60	50	16	16	16	1.79
80939073--80939097	12	2.1	12	100	0	50	32	40	20	8	1.81
80941308--80941362	28	2.0	28	92	0	92	29	32	16	21	1.95
80941364--80941410	21	2.2	21	84	0	58	34	34	6	25	1.81
80941375--80941425	21	2.4	21	86	0	75	33	27	11	27	1.92
80941378--80941425	14	3.4	14	76	0	51	31	29	12	27	1.93
80942226--80942271	24	1.9	24	100	0	92	43	4	8	43	1.55
80945654--80945704	25	2.0	25	96	0	93	37	3	21	37	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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