genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5351914--5352086	46	3.8	46	90	3	249	31	27	21	20	1.98
5357266--5357384	43	2.8	43	82	6	154	31	23	17	26	1.97
5357266--5357436	43	4.0	44	74	11	149	33	24	15	26	1.95
5358499--5358523	13	1.9	13	100	0	50	48	20	0	32	1.50
5358760--5358798	20	2.0	20	100	0	78	46	15	10	28	1.78
5365655--5365685	16	1.9	16	93	0	53	48	19	16	16	1.81
5365903--5366033	28	4.7	28	88	3	192	23	14	34	27	1.94
5367296--5367329	18	1.9	18	88	5	52	41	11	17	29	1.85
5373612--5373765	75	2.0	76	97	1	292	35	13	15	35	1.87
5374477--5374509	16	2.0	17	88	5	50	69	15	6	9	1.34
5376784--5376841	25	2.3	25	82	11	66	68	1	10	18	1.26
5376784--5376848	26	2.3	28	82	15	73	69	1	10	18	1.26
5390910--5390934	12	2.1	12	100	0	50	8	20	48	24	1.76
5394331--5394520	104	1.8	104	98	0	371	36	7	36	18	1.79
5399333--5399367	10	3.4	10	92	7	61	34	17	17	31	1.93
5399328--5399367	21	1.9	21	94	0	71	37	17	15	30	1.90
5399327--5399379	21	2.5	20	84	3	70	37	16	13	32	1.88
5399413--5399482	25	2.8	25	93	0	122	25	25	24	24	2.00
5411587--5411612	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
5412601--5412738	40	3.5	40	95	1	242	24	23	25	26	2.00
5417256--5417473	40	5.5	40	91	3	334	25	28	22	23	1.99
5420113--5420262	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5420085--5420262	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
5420086--5420241	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
5423189--5423356	43	3.9	43	74	9	146	27	16	23	32	1.96
5437695--5437961	48	5.5	48	78	7	238	29	17	27	25	1.97
5437695--5437961	96	2.8	96	81	6	265	29	17	27	25	1.97
5437706--5437975	144	1.9	146	84	4	368	29	18	27	25	1.98
5442807--5442853	24	2.0	24	100	0	94	34	10	21	34	1.88
5445031--5445094	24	2.7	24	73	9	58	37	3	31	28	1.73
5449975--5450149	48	3.6	47	75	9	156	29	18	27	24	1.98
5450021--5450196	96	1.8	96	90	0	280	27	19	27	25	1.99
5450022--5450252	48	4.8	48	79	1	201	28	19	26	25	1.99
5450922--5450964	21	2.0	21	82	8	52	11	2	32	53	1.50
5451464--5451503	21	2.0	21	90	5	64	17	40	22	20	1.92
5452412--5452511	48	2.1	48	88	0	146	30	25	19	26	1.98
5455798--5455837	21	2.0	21	85	5	55	45	0	20	35	1.51
5469111--5469185	37	2.0	37	97	0	141	32	12	21	34	1.90
5472686--5472729	20	2.2	20	84	8	54	61	6	13	18	1.54
5474772--5474855	38	2.2	38	80	0	96	32	19	13	35	1.90
5474953--5475110	85	1.9	85	84	0	217	32	17	13	36	1.89
5483946--5484016	37	1.9	37	97	0	133	40	5	26	26	1.78
5487471--5487537	24	2.8	24	88	2	100	26	19	2	50	1.62
5491784--5491834	24	2.1	24	85	0	66	27	25	0	47	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5491838--5491903	32	2.1	32	82	5	80	36	22	10	30	1.88
5491833--5492065	101	2.3	100	83	0	286	30	23	13	31	1.93
5493815--5493845	16	1.9	16	93	0	53	45	9	6	38	1.63
5495555--5495591	19	1.9	20	88	5	58	40	0	0	59	0.97
5495607--5495656	26	1.9	26	84	8	66	54	4	2	40	1.31
5503102--5503400	154	2.0	152	91	1	490	46	6	8	39	1.58
5503245--5503561	138	2.3	138	90	2	485	45	5	9	39	1.60
5503537--5503683	75	2.0	75	93	0	249	30	13	8	46	1.74
5516201--5516278	37	2.1	37	85	4	104	25	29	17	26	1.98
5516397--5516563	47	3.6	47	87	0	226	27	30	8	32	1.87
5516397--5516965	94	6.2	94	89	5	887	29	28	8	33	1.87
5516530--5516596	33	2.0	33	97	0	125	32	25	5	35	1.80
5516484--5516643	80	2.0	80	98	0	311	31	26	7	34	1.84
5516530--5516582	17	3.2	17	70	24	58	32	24	7	35	1.84
5516542--5516596	16	3.4	16	75	22	60	34	27	3	34	1.74
5516563--5516965	47	8.6	47	97	0	770	29	27	8	34	1.86
5534663--5534775	57	2.0	57	98	0	217	23	26	14	36	1.93
5536524--5536660	69	2.0	69	98	0	265	18	13	36	31	1.90
5546963--5547139	20	8.9	20	64	9	74	40	17	24	18	1.91
5546949--5547164	40	5.4	41	83	3	217	37	17	25	19	1.94
5546950--5547159	80	2.6	80	83	1	260	37	17	25	20	1.93
5554925--5555122	43	4.6	43	92	0	342	31	32	25	10	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5555115--5555222	38	2.8	38	81	0	126	28	25	22	23	1.99
5558396--5558543	40	3.7	39	81	6	170	35	15	30	18	1.92
5558462--5558524	20	3.2	20	71	8	65	41	15	26	15	1.88
5560585--5560690	43	2.5	42	79	11	110	29	27	19	23	1.98
5576081--5576106	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
5576301--5576409	50	2.2	50	98	0	209	46	8	9	35	1.66
5577102--5577935	6	139.0	6	100	0	1668	33	0	16	50	1.46
5578055--5578240	48	3.9	48	83	0	228	30	20	24	25	1.99
5578055--5578268	48	4.5	48	81	3	207	29	20	23	25	1.99
5578055--5578336	96	3.0	95	80	5	263	27	20	25	26	1.99
5579998--5580115	46	2.6	46	82	5	141	25	22	13	38	1.90
5585005--5585147	51	2.8	51	84	6	157	27	16	27	28	1.97
5601183--5601297	57	2.0	57	91	0	185	22	24	15	37	1.93
5601974--5602156	79	2.3	80	83	7	221	24	27	22	24	2.00
5601972--5602156	40	4.7	40	82	7	225	24	28	22	24	2.00
5606808--5606881	29	2.6	29	86	4	96	25	14	32	27	1.95
5614114--5614182	33	2.1	33	89	5	104	24	50	1	23	1.57
5614683--5615005	116	2.8	116	88	1	477	44	21	9	24	1.82
5615194--5615238	16	2.8	16	86	3	63	33	4	22	40	1.74
5615263--5615307	17	2.8	16	83	6	54	22	6	31	40	1.80
5625883--5625925	19	2.3	18	84	4	50	51	2	6	39	1.42
5627173--5627265	43	2.2	44	92	3	154	51	13	6	27	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5628747--5628833	44	2.0	43	97	0	156	24	32	8	34	1.84
5630817--5630846	15	2.0	15	100	0	60	20	13	13	53	1.72
5631971--5632063	43	2.2	44	92	3	154	51	13	6	27	1.66
5632121--5632157	19	2.0	19	85	15	51	51	8	0	40	1.32
5633854--5633969	7	16.6	7	99	0	223	0	43	0	56	0.99
5635856--5636062	53	3.8	53	74	3	189	20	24	18	37	1.94
5642892--5643069	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
5642913--5643068	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
5645036--5645074	7	5.6	7	96	0	69	0	46	0	53	1.00
5646961--5647167	53	3.8	53	74	3	189	20	24	18	37	1.94
5650345--5650509	83	2.0	83	95	0	294	35	26	10	27	1.90
5652798--5652827	11	2.7	11	100	0	60	66	6	0	26	1.16
5654231--5654411	40	4.6	39	84	4	220	24	27	23	24	2.00
5654224--5654418	79	2.5	80	83	2	241	24	26	23	26	2.00
5658527--5658831	76	4.0	76	99	0	601	33	10	28	27	1.90
5662258--5662300	20	2.1	21	86	4	61	20	20	9	48	1.77
5666909--5667181	108	2.5	108	87	0	384	39	15	16	28	1.89
5667140--5667213	33	2.2	33	97	2	139	41	9	13	35	1.77
5668168--5668204	11	3.5	11	92	3	58	18	10	37	32	1.86
5671088--5671322	48	4.9	48	76	8	219	23	28	19	27	1.98
5673338--5673362	13	1.9	13	100	0	50	32	0	20	48	1.50
5676124--5676405	48	5.9	48	71	8	173	26	30	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5676124--5676407	96	3.0	96	84	6	324	26	30	17	25	1.98
5679908--5680051	43	3.4	42	80	4	137	26	19	21	32	1.97
5679952--5680051	42	2.3	43	82	1	121	26	18	22	34	1.96
5680769--5680811	23	1.9	22	85	4	59	11	6	27	53	1.63
5688058--5688116	29	2.0	29	100	0	118	35	6	20	37	1.79
5691438--5691476	14	2.6	16	88	8	55	33	23	2	41	1.68
5694909--5694976	33	2.1	33	97	0	127	27	20	8	42	1.82
5697211--5697682	103	4.6	103	96	0	818	20	20	29	29	1.98
5709015--5709185	57	3.0	57	100	0	342	36	14	14	35	1.86
5714919--5715141	40	5.6	40	89	2	315	26	22	25	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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