genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28362850--28362952	43	2.4	42	82	6	109	30	24	18	27	1.98
28362883--28362992	44	2.6	42	80	7	105	31	24	19	24	1.98
28364493--28364536	23	1.9	22	81	9	52	15	2	13	68	1.31
28366366--28366593	95	2.4	98	82	8	279	27	18	30	24	1.98
28366365--28366593	50	4.8	47	74	13	198	27	18	30	24	1.98
28373433--28373457	13	1.9	13	100	0	50	44	24	8	24	1.80
28373323--28373548	101	2.2	101	84	5	296	34	24	13	26	1.93
28376412--28376440	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
28386667--28386787	44	2.7	44	86	6	156	19	16	29	33	1.94
28389380--28389564	40	4.7	40	81	5	178	27	28	20	24	1.99
28389347--28389564	40	5.5	39	77	7	165	25	27	20	25	1.99
28393919--28395579	830	2.0	830	98	0	3178	28	26	19	25	1.99
28398078--28398340	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
28398078--28398340	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
28398272--28398349	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
28413306--28413560	48	5.3	48	85	4	327	25	17	29	27	1.98
28417436--28417507	24	2.9	25	87	4	76	26	20	19	33	1.97
28417450--28417507	24	2.4	25	94	2	100	25	20	18	34	1.96
28417565--28417621	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
28417561--28417623	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
28417660--28417707	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
28424573--28424679	44	2.5	43	85	10	139	31	28	14	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28434581--28434716	67	2.0	67	94	0	236	29	11	28	30	1.92
28437838--28438025	94	2.0	94	97	0	358	29	8	20	42	1.81
28444719--28444939	48	4.6	48	81	2	230	28	15	28	27	1.96
28446209--28446245	19	2.0	18	89	5	56	21	21	45	10	1.82
28448893--28448948	28	2.0	28	92	0	94	17	21	30	30	1.96
28449728--28449775	24	2.0	24	100	0	96	37	29	12	20	1.90
28451550--28451671	55	2.2	55	79	5	131	17	25	28	28	1.97
28456187--28456312	48	2.7	46	82	13	168	20	30	20	27	1.98
28456142--28456312	94	1.8	92	88	5	263	20	29	20	29	1.98
28459916--28459987	32	2.2	32	92	0	117	36	25	11	27	1.90
28476765--28476831	29	2.3	29	94	2	116	40	5	37	16	1.73
28485246--28485392	43	3.4	44	80	3	147	27	15	23	32	1.95
28487879--28488038	46	3.4	46	79	8	146	29	18	27	25	1.98
28487966--28488188	49	4.7	49	73	8	158	27	17	28	26	1.98
28505420--28505589	43	4.0	42	79	6	189	26	17	22	34	1.96
28509844--28510028	40	4.7	40	82	7	209	24	22	27	25	2.00
28509844--28510028	79	2.3	80	83	7	225	24	22	27	25	2.00
28509897--28510061	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
28515237--28515459	40	5.6	39	81	8	218	26	21	27	24	2.00
28515317--28515494	79	2.2	80	82	3	200	25	22	28	23	1.99
28523200--28523409	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
28523147--28523409	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28523148--28523444	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
28527416--28527587	43	4.0	43	74	11	163	23	16	27	31	1.96
28532619--28532707	45	2.0	44	93	2	151	38	25	10	25	1.87
28532636--28532710	20	3.5	20	69	15	60	38	26	10	24	1.88
28539158--28539262	42	2.5	43	79	4	115	26	17	26	29	1.97
28541758--28541835	39	2.0	39	100	0	156	25	17	20	35	1.95
28552082--28552124	16	2.7	16	79	13	52	72	4	6	16	1.24
28553261--28553337	30	2.6	30	87	8	104	16	27	29	25	1.97
28557584--28557908	50	6.7	47	78	10	273	22	27	20	29	1.98
28557584--28557908	100	3.3	99	82	4	385	22	27	20	29	1.98
28561407--28561518	57	2.0	57	96	0	206	36	25	8	29	1.85
28564321--28564595	48	5.7	48	73	11	213	24	27	19	28	1.98
28564321--28564554	98	2.4	98	84	5	303	24	27	19	28	1.99
28564339--28564604	146	1.8	146	80	8	326	25	27	18	28	1.98
28569133--28570252	563	2.0	563	92	0	1875	25	13	22	38	1.91
28574239--28574269	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
28574236--28574275	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
28575336--28575378	2	21.5	2	100	0	86	0	0	48	51	1.00
28575845--28576106	39	6.7	39	92	1	393	19	21	29	29	1.98
28580072--28580243	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
28580074--28580296	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
28580072--28580296	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28580228--28580305	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
28584814--28584873	31	1.9	32	86	3	86	48	25	11	15	1.78
28585532--28585765	56	4.2	56	92	0	396	33	25	13	27	1.93
28588151--28588272	43	2.9	42	80	11	133	29	26	13	30	1.94
28588715--28588741	13	2.1	13	100	0	54	37	37	7	18	1.79
28591468--28591558	44	2.2	43	88	7	134	23	12	27	37	1.90
28595486--28595532	23	2.0	24	83	4	60	27	6	14	51	1.67
28618876--28619053	27	6.6	27	82	3	187	29	28	15	26	1.96
28618897--28619052	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.96
28625098--28625141	22	2.0	22	90	0	70	40	0	4	54	1.21
28632001--28632085	43	2.0	43	97	0	161	20	29	23	27	1.99
28639389--28639430	22	2.1	19	86	13	57	45	2	0	52	1.13
28642832--28642896	28	2.4	27	78	9	71	47	3	1	47	1.27
28650206--28650472	47	5.7	45	71	13	166	26	18	29	24	1.98
28660090--28660307	46	4.7	46	74	9	165	27	19	29	22	1.98
28660087--28660356	47	5.8	45	73	13	149	27	19	31	22	1.98
28678766--28679069	94	3.2	94	79	12	338	25	18	31	24	1.98
28678766--28679069	141	2.1	141	84	8	386	25	18	31	24	1.98
28678766--28679069	47	6.4	46	79	12	273	25	18	31	24	1.98
28685617--28685815	50	4.0	50	80	7	181	29	26	19	25	1.98
28685640--28685824	101	1.8	99	87	2	271	28	27	18	25	1.98
28686425--28686485	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28690907--28690944	18	2.1	18	95	0	67	39	10	23	26	1.87
28691285--28691501	27	8.0	27	80	3	213	41	20	14	24	1.89
28691315--28691502	81	2.3	81	88	3	272	41	19	13	25	1.88
28691494--28691635	27	5.3	27	88	3	178	21	16	19	42	1.89
28691464--28691634	81	2.1	82	79	3	184	24	15	19	39	1.91
28692024--28692058	16	2.2	16	94	0	61	8	28	14	48	1.73
28695305--28695381	38	2.0	38	82	0	91	28	24	15	31	1.96
28695350--28695483	48	2.8	48	85	1	162	32	22	14	30	1.94
28699328--28699387	27	2.2	27	87	0	84	43	15	11	30	1.82
28700658--28700863	54	3.8	54	75	5	202	20	23	18	37	1.94
28706623--28706849	113	2.0	113	99	0	445	22	28	21	27	1.99
28707479--28707511	16	2.1	16	100	0	66	39	18	12	30	1.87
28719707--28719782	34	2.3	35	84	9	104	22	26	23	27	1.99
28724182--28724229	25	1.9	25	95	0	87	31	20	29	18	1.97
28724182--28724238	25	2.4	24	88	5	80	29	21	31	17	1.96
28724265--28724395	26	5.2	26	74	15	82	33	16	26	22	1.96
28726054--28726080	7	3.9	7	100	0	54	74	0	11	14	1.08
28731857--28732032	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
28731854--28732025	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
28733215--28733399	92	2.0	92	98	0	361	40	16	14	28	1.88
28734620--28734742	43	2.9	42	76	8	131	28	25	15	30	1.96
28745019--28745073	27	2.0	27	92	0	92	50	5	0	43	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28745348--28745389	22	1.9	22	85	9	59	9	9	4	76	1.15
28754051--28754111	30	2.0	30	83	0	77	32	21	8	37	1.83
28760556--28760591	16	2.2	16	90	0	54	22	16	16	44	1.86
28760562--28760592	16	1.9	16	100	0	62	25	12	12	48	1.77
28763515--28763570	28	2.0	28	96	0	103	41	14	10	33	1.80
28763684--28763725	22	2.0	21	86	13	59	59	4	4	30	1.39
28764755--28764851	51	1.9	51	87	4	142	25	27	13	32	1.93
28764875--28765003	52	2.5	52	93	2	224	23	24	15	36	1.94
28764875--28765003	24	4.9	27	83	14	171	23	24	15	36	1.94
28767600--28767696	51	1.9	51	89	4	151	25	26	13	34	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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