genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  76  of  290  ( 34714 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25190379--25190596	40	5.5	40	79	8	223	25	27	21	25	1.99
25198606--25198788	40	4.6	39	76	9	174	25	28	20	25	1.99
25201653--25202080	214	2.0	214	100	0	856	20	24	22	31	1.98
25214042--25214122	6	15.6	5	79	14	69	76	0	2	20	0.90
25214062--25214124	6	10.8	6	89	5	78	77	0	1	20	0.85
25231765--25231916	67	2.2	68	80	10	177	32	15	28	23	1.95
25236493--25236755	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
25236493--25236755	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
25236687--25236764	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
25244053--25244147	40	2.4	39	84	6	120	23	27	22	27	1.99
25245283--25245406	52	2.4	52	91	1	194	15	21	10	52	1.72
25254265--25254301	16	2.2	17	86	13	51	8	0	48	43	1.32
25267160--25267220	5	12.4	5	73	16	56	40	1	1	55	1.19
25267160--25267224	8	7.3	9	75	19	57	41	1	1	55	1.18
25267750--25267781	12	2.5	13	95	5	57	37	0	3	59	1.13
25268195--25268293	22	4.5	22	88	1	137	20	28	43	8	1.80
25271564--25271661	49	2.0	49	95	0	178	23	29	17	29	1.97
25277064--25277225	46	3.5	46	80	9	134	23	30	18	27	1.98
25279842--25279958	27	4.3	27	81	8	112	29	23	8	39	1.84
25279842--25279958	54	2.2	54	84	3	146	29	23	8	39	1.84
25279990--25280140	27	5.6	27	81	4	162	42	22	7	27	1.80
25280118--25280203	27	3.1	27	75	20	88	40	15	9	34	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25281131--25281200	25	2.8	24	89	4	95	25	27	22	24	2.00
25281131--25281213	25	3.4	24	85	8	87	28	24	22	24	1.99
25281420--25281501	31	2.7	31	96	3	150	29	17	25	28	1.97
25286562--25286595	17	2.0	17	88	0	50	52	0	8	38	1.33
25287913--25288046	24	5.6	24	85	3	162	22	13	32	32	1.92
25290088--25290117	14	2.1	14	93	0	51	56	20	3	20	1.56
25305047--25305264	40	5.5	40	91	1	341	24	23	27	25	2.00
25306711--25306750	5	7.8	5	83	5	53	5	17	0	77	0.94
25306713--25306754	10	4.2	10	88	8	59	7	16	0	76	1.00
25306716--25306751	11	3.4	11	92	3	56	5	16	0	77	0.94
25307474--25307533	19	2.9	20	74	20	61	51	6	0	41	1.28
25314474--25314539	33	2.0	33	96	0	123	31	25	21	21	1.98
25320402--25320660	46	5.5	47	78	10	228	28	18	29	22	1.98
25320399--25320716	46	6.7	50	77	12	203	26	19	30	23	1.98
25324696--25324979	40	7.1	40	85	6	328	25	21	27	26	1.99
25324696--25324979	80	3.6	80	87	4	389	25	21	27	26	1.99
25324697--25324960	119	2.2	120	87	6	392	24	21	27	26	1.99
25332660--25332840	40	4.6	39	82	9	197	24	22	27	25	2.00
25332709--25332873	79	2.1	79	82	6	192	26	20	27	25	1.99
25338505--25338543	20	2.1	18	85	9	51	61	0	0	38	0.96
25338541--25338591	17	2.8	19	75	24	56	74	0	11	13	1.07
25342448--25342505	25	2.2	25	80	14	64	60	1	3	34	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25346621--25346654	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
25346900--25346956	30	1.9	30	85	0	78	45	10	8	35	1.70
25349840--25349939	49	2.0	49	98	0	191	41	12	11	36	1.78
25355417--25355508	42	2.2	43	82	5	107	29	17	23	29	1.97
25365357--25365460	42	2.5	42	93	0	172	29	16	25	28	1.97
25365357--25365482	42	3.0	42	88	5	159	30	15	24	29	1.96
25366369--25366425	24	2.5	21	76	17	60	24	3	26	45	1.69
25372678--25372755	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
25372708--25373035	174	1.9	174	96	0	602	29	14	24	31	1.94
25376315--25376381	33	2.0	33	97	0	125	41	22	2	32	1.69
25376376--25376435	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
25381095--25381201	55	2.0	53	83	3	133	30	28	22	18	1.97
25398685--25398870	50	3.8	49	83	7	207	25	18	27	27	1.98
25398685--25398871	101	1.9	100	83	5	236	25	18	27	28	1.98
25403151--25403260	55	2.0	55	98	0	211	29	9	28	33	1.88
25404542--25404668	39	3.2	40	80	11	156	24	22	27	25	2.00
25412495--25412640	40	3.7	40	82	7	172	23	21	27	26	1.99
25412495--25412673	80	2.2	80	80	6	186	25	21	26	26	1.99
25417273--25417446	86	2.0	86	97	0	330	25	14	18	40	1.89
25417835--25418230	66	6.0	66	100	0	792	36	12	19	31	1.89
25418366--25418756	198	2.0	198	98	0	764	31	13	20	35	1.91
25419074--25419277	40	5.1	40	81	2	223	22	25	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25419070--25419277	80	2.6	79	88	3	283	23	24	27	24	2.00
25427132--25427313	40	4.6	40	84	4	215	23	24	28	23	1.99
25427128--25427335	80	2.6	80	89	3	294	24	24	28	23	2.00
25434704--25435031	39	8.6	39	80	12	332	25	21	27	25	1.99
25434800--25434928	66	2.0	66	93	0	222	24	19	28	27	1.98
25434761--25434964	105	1.9	105	93	0	354	25	20	28	25	1.99
25440389--25440548	80	2.0	80	91	0	257	25	16	26	31	1.96
25442884--25443067	40	4.6	41	81	12	208	25	22	27	25	2.00
25442884--25443067	79	2.3	81	82	11	222	25	22	27	25	2.00
25442936--25443100	79	2.1	79	82	8	194	26	21	27	24	1.99
25449569--25449593	13	1.9	13	100	0	50	88	4	8	0	0.64
25450672--25450933	39	6.6	39	87	5	311	25	21	27	25	1.99
25458410--25458584	90	1.9	90	98	0	341	19	13	28	38	1.90
25458719--25458804	43	2.0	43	95	0	154	45	12	19	22	1.84
25459908--25460054	70	2.1	70	98	0	285	41	14	13	29	1.85
25465624--25466058	218	2.0	218	98	0	843	30	22	21	26	1.99
25466087--25466230	73	2.0	73	95	2	263	21	17	27	33	1.96
25471090--25471273	67	2.8	63	76	8	174	29	17	29	22	1.97
25482952--25483682	366	2.0	366	97	0	1372	28	16	25	29	1.97
25484028--25484057	9	3.3	9	90	0	51	10	70	0	20	1.16
25494320--25494365	21	2.2	20	84	3	56	23	26	30	19	1.98
25495004--25495029	13	2.0	13	100	0	52	15	0	0	84	0.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25500759--25500855	28	3.5	28	90	2	133	31	27	13	26	1.94
25501302--25501328	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
25510757--25510795	20	2.0	20	85	10	53	23	2	10	64	1.37
25512818--25512899	43	1.9	43	90	5	130	26	13	24	35	1.92
25512820--25512931	43	2.6	43	81	5	120	25	14	25	34	1.94
25519226--25519334	37	2.9	37	93	0	173	28	30	19	22	1.98
25519475--25519805	48	6.7	48	86	6	455	29	29	6	34	1.84
25519771--25520417	34	19.0	34	95	1	1183	26	26	8	38	1.85
25520383--25520719	48	7.1	48	95	1	615	31	27	5	35	1.81
25520383--25520719	143	2.4	143	94	1	613	31	27	5	35	1.81
25520383--25520719	95	3.5	95	98	0	638	31	27	5	35	1.81
25523669--25523744	27	2.8	27	72	7	73	34	21	17	27	1.95
25523705--25523758	27	2.0	27	85	7	74	40	18	12	27	1.87
25525070--25525100	15	2.0	16	93	6	55	58	22	0	19	1.40
25527582--25527700	57	2.1	57	96	0	220	42	17	9	31	1.81
25528579--25528754	46	3.8	46	77	14	182	21	19	28	30	1.98
25528576--25528747	93	1.8	93	91	2	283	21	20	29	29	1.98
25531122--25531203	37	2.2	37	93	2	148	28	21	23	26	1.99
25535246--25535362	59	2.0	59	96	0	216	39	17	10	32	1.84
25535843--25535949	53	2.0	53	96	0	196	41	4	17	36	1.71
25536303--25536474	46	3.7	46	76	14	183	22	19	28	29	1.98
25536296--25536466	93	1.8	93	89	2	272	23	20	27	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25547674--25547764	46	2.0	46	95	0	164	29	20	17	31	1.96
25550909--25551065	79	2.0	79	94	0	278	28	33	17	20	1.95
25553228--25553308	40	2.0	40	97	0	153	30	18	12	38	1.88
25553239--25553325	40	2.2	40	85	6	115	29	20	9	40	1.84
25556155--25556212	30	1.9	30	83	13	75	25	27	24	22	2.00
25565780--25565981	31	6.5	31	91	0	323	30	25	16	27	1.96
25566188--25566295	50	2.2	48	82	8	128	26	22	21	29	1.99
25566188--25566269	25	3.4	24	86	5	112	28	23	20	28	1.99
25566201--25566294	25	3.8	25	87	1	118	26	22	23	27	1.99
25567103--25567199	27	3.6	27	72	10	81	23	22	17	36	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290