genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21311232--21311441	93	2.3	91	93	3	350	21	18	30	29	1.97
21320372--21320764	40	9.8	40	91	0	615	24	28	22	24	1.99
21322033--21322138	37	2.9	37	91	2	160	27	33	16	22	1.96
21322354--21322492	47	3.0	47	85	0	188	26	28	12	32	1.92
21344152--21344229	40	2.0	40	94	0	138	51	15	8	24	1.72
21346753--21346937	40	4.6	39	83	5	203	23	22	27	25	2.00
21346753--21346935	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	25	2.00
21346806--21346970	79	2.1	79	83	6	201	25	21	27	26	1.99
21348116--21348550	216	2.0	216	97	0	816	29	16	23	30	1.96
21365755--21365939	40	4.6	39	83	5	194	24	22	27	25	2.00
21365755--21365937	79	2.3	81	82	7	214	24	22	27	25	2.00
21365808--21365972	79	2.1	79	82	6	192	26	20	27	26	1.99
21378007--21378047	22	1.9	22	85	5	57	43	4	9	41	1.59
21393331--21393473	48	2.9	48	85	2	196	24	31	18	25	1.98
21397055--21397162	23	4.7	23	84	0	144	25	18	19	36	1.95
21397055--21397188	46	3.0	46	83	4	157	26	19	17	35	1.94
21397058--21397194	69	2.0	69	81	5	161	27	18	18	35	1.94
21397060--21397208	46	3.2	46	81	7	142	28	19	17	34	1.94
21397145--21397221	24	3.3	23	85	8	93	31	23	14	31	1.94
21409805--21409884	36	2.2	36	84	4	108	10	25	37	27	1.88
21423100--21423159	19	3.1	19	83	11	61	0	31	0	68	0.90
21423102--21423147	15	3.1	15	81	9	58	0	30	0	69	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21426055--21426087	12	2.5	13	90	9	50	18	0	0	81	0.68
21426336--21426364	13	2.2	13	100	0	58	24	6	6	62	1.45
21438041--21438117	28	2.8	28	82	4	84	28	28	11	31	1.92
21443077--21443519	47	9.3	47	91	2	595	27	29	9	33	1.88
21443077--21443498	49	8.8	49	91	4	612	27	28	9	33	1.88
21443077--21443498	96	4.4	96	92	3	627	27	28	9	33	1.88
21447043--21447350	40	7.7	40	88	0	438	26	27	21	24	1.99
21447274--21447340	23	3.2	23	60	24	56	23	28	23	23	2.00
21458832--21458876	19	2.3	20	85	7	58	42	13	15	28	1.85
21464156--21464193	19	2.0	19	85	10	51	18	10	0	71	1.14
21465361--21465406	19	2.5	19	86	6	60	47	0	8	43	1.34
21466176--21466204	5	5.8	5	100	0	58	0	20	0	79	0.74
21468192--21468218	14	1.9	14	100	0	54	37	7	0	55	1.28
21471740--21471916	87	2.0	87	96	0	327	31	24	9	34	1.87
21476420--21476590	46	3.7	46	79	6	184	30	19	26	23	1.98
21476712--21476772	31	2.0	31	100	0	122	22	22	26	27	1.99
21480052--21480105	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
21480352--21480533	49	3.7	49	85	2	265	27	18	25	28	1.98
21480354--21480546	100	1.9	100	95	0	350	27	19	24	28	1.98
21485937--21485967	16	2.0	15	93	6	53	45	32	6	16	1.72
21485907--21486349	219	2.0	219	99	0	868	41	20	11	26	1.86
21490437--21490473	18	2.1	18	89	0	56	13	8	2	75	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21498124--21498170	20	2.3	20	92	7	78	36	10	19	34	1.86
21498220--21498317	25	3.8	26	93	2	146	26	21	23	28	1.99
21506032--21506117	6	14.5	6	88	1	129	16	4	0	79	0.90
21507255--21508260	6	167.8	6	98	0	1852	16	31	16	34	1.92
21512679--21512713	15	2.3	15	85	0	52	20	11	14	54	1.70
21512926--21513141	6	36.0	6	85	1	236	18	20	14	45	1.85
21515205--21515246	10	4.1	10	80	14	50	54	28	0	16	1.42
21517570--21517646	31	2.5	31	93	0	127	38	20	14	25	1.91
21518598--21518637	19	2.2	18	86	4	53	75	0	2	22	0.93
21520404--21520521	44	2.7	44	87	0	146	33	20	15	30	1.93
21520536--21520700	44	3.6	44	68	13	118	32	20	16	30	1.95
21520335--21520592	139	1.9	139	85	3	367	31	21	13	33	1.92
21520537--21520709	93	1.9	93	87	2	258	32	21	16	29	1.95
21528076--21528121	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
21528083--21528127	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
21530350--21530492	71	2.0	71	89	2	216	22	26	12	38	1.90
21539100--21539297	27	7.3	27	83	2	218	28	23	8	40	1.83
21539100--21539297	81	2.4	81	87	0	270	28	23	8	40	1.83
21539296--21539449	53	2.9	52	79	10	134	38	20	11	29	1.87
21539296--21539466	27	6.4	26	76	8	139	39	20	10	29	1.86
21539329--21539478	54	2.8	54	79	7	157	40	22	8	29	1.83
21539443--21539536	27	3.4	27	81	11	118	41	17	8	32	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21540467--21540536	25	2.8	24	89	4	95	24	25	24	25	2.00
21540467--21540563	25	4.0	23	84	8	86	26	23	23	25	2.00
21540684--21540775	42	2.2	42	94	0	157	32	14	19	33	1.92
21540799--21540913	31	3.7	31	91	1	178	29	15	25	29	1.96
21546025--21546080	25	2.2	26	84	9	71	76	3	16	3	1.06
21556742--21557020	139	2.0	139	88	2	418	34	15	21	27	1.94
21557423--21557486	28	2.3	28	89	2	94	26	14	23	35	1.93
21557433--21557486	28	1.9	28	96	0	99	27	14	20	37	1.92
21561068--21561177	15	7.4	15	76	12	75	45	2	0	50	1.22
21561119--21561173	5	11.0	5	100	0	110	40	0	0	60	0.97
21563555--21563583	12	2.4	12	100	0	58	44	0	0	55	0.99
21581191--21581240	25	2.0	25	84	0	64	20	32	24	24	1.98
21586472--21586534	29	2.2	29	91	5	101	20	30	33	15	1.94
21589223--21590168	47	20.1	47	98	0	1793	31	8	30	29	1.87
21590287--21590365	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
21592900--21592929	15	2.0	15	100	0	60	33	33	6	26	1.83
21593792--21593861	35	2.0	35	97	0	131	45	21	17	15	1.85
21600771--21600920	72	2.1	72	98	1	291	40	12	16	30	1.86
21600916--21601071	47	3.3	47	82	4	192	33	9	28	27	1.88
21601142--21601226	40	2.2	39	80	2	98	18	22	30	28	1.97
21616450--21616500	25	2.0	25	96	0	93	25	25	9	39	1.86
21625662--21625694	17	1.9	17	88	11	50	42	6	0	51	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21626819--21626880	31	2.1	28	82	11	72	12	6	4	75	1.15
21631414--21631442	2	14.5	2	100	0	58	0	51	0	48	1.00
21633707--21633884	50	3.7	48	76	12	159	28	21	25	24	1.99
21641063--21641132	28	2.5	28	88	9	99	27	14	27	31	1.95
21653129--21653306	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
21653150--21653305	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
21663327--21663582	40	6.4	40	88	2	331	25	28	23	23	1.99
21665870--21666047	27	6.6	27	82	3	169	30	29	14	25	1.95
21665891--21666046	82	1.9	81	88	3	233	29	29	14	26	1.95
21692191--21692338	40	3.7	40	89	1	217	22	21	29	26	1.99
21692194--21692361	79	2.1	79	83	2	203	22	22	29	26	1.99
21696198--21696390	50	3.9	50	86	6	275	38	6	24	30	1.81
21696198--21696393	98	2.0	100	91	4	326	38	6	24	30	1.81
21696201--21696393	48	3.9	49	83	8	230	37	6	24	31	1.81
21696540--21696647	37	2.9	37	94	0	180	24	19	30	25	1.98
21698649--21698685	13	2.8	13	83	0	56	16	13	8	62	1.54
21699656--21699898	121	2.0	121	100	0	486	35	22	18	23	1.96
21706748--21706865	59	2.0	59	96	0	218	26	24	22	26	2.00
21720228--21720435	55	3.8	53	73	7	150	38	17	22	21	1.93
21721910--21722006	26	3.8	26	89	4	153	28	23	20	26	1.99
21721910--21722006	51	1.9	51	93	4	169	28	23	20	26	1.99
21722056--21722122	20	3.3	20	87	4	91	31	22	10	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21727796--21727836	20	2.0	20	95	0	73	24	7	14	53	1.66
21737757--21737801	14	3.1	14	93	6	72	26	0	31	42	1.56
21740138--21740195	29	2.0	30	83	10	75	37	25	0	36	1.57
21753581--21753737	43	3.7	43	82	10	196	22	18	27	31	1.97
21755820--21756122	40	7.6	40	89	3	389	27	28	20	23	1.99
21792150--21792263	39	2.9	39	93	0	192	21	20	31	27	1.98
21792150--21792300	39	3.9	39	86	1	124	20	21	31	26	1.98
21792150--21792307	78	2.0	78	80	4	176	21	20	30	27	1.98
21798194--21798248	29	1.9	28	88	3	83	36	23	20	20	1.95
21800784--21800937	77	2.0	77	96	0	281	33	10	20	35	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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