genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.217.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74952379--74952453	39	1.9	39	86	5	107	49	22	9	18	1.76
74955453--74955506	27	2.0	27	85	7	74	29	18	20	31	1.96
74960107--74960558	47	9.7	45	71	11	288	28	18	30	22	1.98
74960105--74960506	94	4.3	91	76	12	354	28	18	29	23	1.98
74960105--74960558	187	2.4	186	92	1	750	28	18	29	22	1.98
74963233--74963265	5	6.6	5	92	0	57	78	0	3	18	0.87
74967930--74967967	18	2.2	18	86	9	53	23	10	2	63	1.39
74973057--74973147	45	2.0	45	91	4	148	31	26	17	24	1.97
74981933--74982138	53	3.9	55	77	7	178	35	17	24	22	1.95
74982146--74982189	23	1.9	23	95	0	79	22	18	15	43	1.88
74984497--74984676	93	1.9	93	94	0	315	45	11	25	17	1.83
74987159--74987296	45	3.2	43	78	9	129	32	27	16	23	1.96
74987122--74987281	84	1.9	84	83	5	205	30	28	16	24	1.97
74987122--74987280	45	3.7	44	78	9	175	30	28	16	24	1.97
75001760--75001844	15	5.7	15	75	5	64	52	15	18	12	1.74
75010521--75010705	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
75010502--75010705	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
75013541--75013776	40	5.9	40	79	5	212	25	27	22	24	2.00
75013541--75013776	120	2.0	120	80	11	270	25	27	22	24	2.00
75014082--75014160	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
75014142--75014244	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
75016110--75016188	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75016309--75016437	49	2.7	49	78	7	124	26	31	10	32	1.89
75019465--75019624	27	5.9	27	78	2	169	41	20	12	25	1.87
75019473--75019612	54	2.6	54	87	3	210	43	20	11	25	1.84
75022742--75022842	40	2.5	40	85	7	127	25	24	25	23	2.00
75029552--75029729	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
75029553--75029708	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
75029549--75029729	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
75042867--75042910	21	2.1	21	87	8	63	63	13	20	2	1.40
75043442--75043468	14	1.9	14	100	0	54	22	7	11	59	1.56
75048105--75048156	26	2.0	26	92	0	86	40	21	17	21	1.91
75048991--75049144	43	3.6	44	84	8	158	25	29	20	24	1.99
75068469--75068513	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
75093189--75093310	44	2.8	44	78	8	124	31	24	18	24	1.98
75104567--75104636	20	3.7	19	83	5	88	30	8	22	38	1.84
75104558--75104640	39	2.2	39	84	2	105	32	8	19	39	1.81
75104559--75104636	19	4.1	19	80	4	86	32	8	20	38	1.84
75121764--75121848	43	2.0	43	81	9	102	27	27	18	27	1.98
75123021--75123050	14	2.1	15	93	6	53	50	20	0	30	1.49
75124001--75124139	43	3.3	42	81	4	163	28	25	17	28	1.98
75131706--75131828	41	2.9	43	83	6	153	32	26	14	26	1.95
75146318--75146389	31	2.3	32	90	4	119	31	23	20	23	1.98
75146367--75146441	27	2.8	27	75	0	69	38	20	20	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75146914--75146992	27	2.9	27	83	3	88	25	5	24	45	1.73
75147202--75147237	17	2.1	18	89	5	56	22	36	25	16	1.94
75149983--75150070	46	1.9	46	90	0	131	27	29	22	20	1.99
75152438--75152526	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
75152438--75152517	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
75152449--75152526	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
75159172--75159200	15	1.9	15	100	0	58	55	13	17	13	1.70
75168282--75168331	25	2.0	25	96	0	91	30	16	10	44	1.80
75173804--75174010	53	3.8	54	76	1	191	21	25	17	35	1.95
75187027--75187085	31	1.9	31	89	0	91	30	23	16	28	1.97
75187090--75187165	31	2.5	31	89	2	109	27	23	21	27	1.99
75187044--75187134	45	2.0	46	87	6	132	27	21	23	27	1.99
75187020--75187193	76	2.3	77	90	2	296	28	24	19	27	1.99
75187173--75187362	50	3.8	50	93	0	290	25	24	14	35	1.94
75187687--75187713	6	4.5	6	100	0	54	37	0	14	48	1.45
75194082--75194203	61	2.0	61	96	0	226	13	24	31	30	1.94
75195806--75195845	20	2.0	20	95	0	71	42	20	12	25	1.86
75199966--75200112	43	3.4	43	76	12	176	29	27	18	25	1.98
75199937--75200117	85	2.1	85	94	0	326	30	27	18	23	1.98
75202357--75202613	40	6.4	40	90	2	367	22	22	28	26	1.99
75210562--75210819	40	6.5	40	90	2	369	22	23	28	25	2.00
75215761--75215911	43	3.5	41	85	4	160	28	28	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75215746--75215903	86	1.8	86	82	5	203	29	29	15	24	1.96
75217554--75217592	19	2.1	19	85	9	53	30	25	0	43	1.55
75218720--75218771	26	2.0	26	96	0	95	9	21	38	30	1.85
75221231--75221263	9	3.7	9	91	0	57	24	12	24	39	1.89
75221229--75221263	18	1.9	18	100	0	70	28	11	22	37	1.89
75221315--75221351	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
75222244--75222297	26	2.1	26	82	6	65	27	25	12	33	1.93
75224202--75224285	41	2.1	41	91	6	136	44	16	8	30	1.77
75226102--75226886	393	2.0	393	99	0	1543	31	20	16	31	1.95
75228829--75228859	15	2.1	15	100	0	62	41	6	12	38	1.69
75234596--75234711	42	2.8	40	75	11	99	28	18	22	31	1.97
75239270--75239495	40	5.7	40	90	2	321	25	27	22	24	1.99
75241922--75241991	25	2.8	25	82	4	70	32	15	27	24	1.95
75241978--75242137	26	6.4	26	68	15	81	35	19	25	19	1.95
75242201--75242266	25	2.7	23	70	9	60	34	16	30	18	1.93
75256431--75256582	27	5.6	27	93	3	232	30	28	13	26	1.94
75256431--75256607	55	3.2	55	90	0	264	31	29	13	25	1.94
75260341--75260455	29	4.0	28	80	8	124	27	28	16	26	1.97
75263702--75263945	48	5.1	48	93	0	389	36	6	26	29	1.82
75264089--75264193	37	2.8	38	91	2	160	24	19	32	23	1.97
75267890--75267997	27	4.0	27	86	4	146	35	22	16	25	1.95
75270107--75270438	42	7.6	42	82	6	342	30	24	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75270107--75270485	84	4.3	85	82	6	350	30	24	16	28	1.96
75270365--75270538	48	3.6	48	82	4	111	27	26	18	27	1.98
75270413--75270544	48	2.8	48	87	2	176	25	27	18	29	1.98
75285564--75285662	29	3.4	29	83	1	128	27	17	28	27	1.97
75286695--75286734	17	2.3	19	83	12	50	20	0	20	60	1.37
75289457--75289517	29	2.3	26	81	13	70	24	4	32	37	1.77
75289467--75289533	29	2.3	29	97	0	125	25	7	34	32	1.84
75289935--75290029	29	3.3	29	86	1	129	27	14	28	29	1.95
75289943--75290053	58	1.9	57	85	1	150	27	15	28	28	1.96
75291002--75291047	21	2.2	21	84	0	56	45	2	2	50	1.26
75291915--75292050	47	3.0	43	77	14	132	29	27	19	22	1.98
75292462--75292521	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
75304014--75304133	39	3.1	39	86	0	168	28	30	18	23	1.98
75319632--75319711	26	3.0	27	81	3	99	36	15	15	33	1.88
75323897--75323939	17	2.6	17	81	3	52	32	4	20	41	1.73
75327390--75327438	25	2.0	25	91	0	80	28	12	26	32	1.92
75333499--75333591	45	2.0	48	87	6	138	35	25	12	25	1.92
75335407--75335551	61	2.3	60	82	8	159	27	26	19	26	1.99
75338827--75339088	40	6.6	40	91	1	393	24	25	22	26	2.00
75346418--75346685	40	6.7	40	90	2	423	26	27	22	24	2.00
75351087--75351132	24	1.9	24	95	0	83	28	2	26	43	1.66
75351091--75351143	24	2.3	24	87	6	74	30	3	22	43	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75352677--75352747	35	2.0	35	97	0	133	28	21	11	39	1.87
75354204--75354284	40	2.0	40	97	0	153	28	9	17	44	1.80
75356273--75356305	14	2.3	15	89	5	50	12	3	0	84	0.72
75367622--75367655	9	3.9	9	84	7	52	8	0	26	64	1.22
75367623--75367663	17	2.4	17	100	0	82	4	0	29	65	1.13
75375015--75375098	25	3.4	24	76	12	80	25	22	22	29	1.99
75375003--75375118	50	2.3	50	80	5	144	28	21	19	30	1.98
75375457--75375534	26	3.2	24	89	7	79	38	5	23	33	1.77
75375466--75375544	26	3.1	26	96	1	142	32	6	25	35	1.81
75377110--75377323	81	2.6	81	91	1	331	16	23	23	36	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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