genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.209.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72112903--72112994	42	2.2	42	96	0	166	27	11	21	39	1.89
72122801--72122837	14	2.8	13	88	11	58	62	10	5	21	1.48
72139486--72139565	29	2.8	29	86	5	110	37	12	18	31	1.88
72145383--72145416	17	2.0	17	94	0	59	29	8	14	47	1.75
72161303--72161597	48	6.1	48	78	4	299	27	25	16	30	1.96
72161328--72161609	96	2.9	94	84	5	350	27	25	17	29	1.97
72161283--72161557	144	1.9	144	83	1	354	27	25	16	30	1.97
72169074--72169522	48	9.5	48	74	5	358	28	26	16	28	1.97
72169056--72169522	96	4.9	95	87	4	599	27	26	16	28	1.97
72169116--72169482	185	2.0	185	89	2	558	28	26	16	28	1.97
72183048--72183279	27	8.6	27	75	3	198	20	21	12	45	1.84
72183048--72183279	54	4.3	54	76	4	218	20	21	12	45	1.84
72183045--72183280	81	2.9	81	85	3	314	19	22	12	45	1.84
72183414--72183488	27	2.7	27	80	12	89	25	28	17	29	1.97
72183581--72183681	50	2.0	50	88	0	148	24	24	16	33	1.96
72187022--72188120	47	23.4	47	97	0	2038	30	8	31	29	1.87
72188239--72188317	37	2.1	37	86	4	106	25	17	30	26	1.97
72192529--72192621	39	2.4	39	96	0	168	22	23	30	23	1.99
72192609--72192634	13	2.0	13	100	0	52	23	23	30	23	1.99
72192570--72192669	52	1.9	52	95	0	182	22	23	29	26	1.99
72192622--72192696	39	1.9	39	91	0	123	21	24	28	26	1.99
72192531--72192696	91	1.8	91	93	0	287	21	24	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72200874--72201138	93	2.8	93	88	0	377	30	26	19	23	1.98
72200866--72201130	46	5.7	46	69	17	154	31	26	18	23	1.97
72203145--72203376	49	4.7	49	87	2	293	24	18	28	29	1.98
72203145--72203384	99	2.4	100	83	2	304	24	18	27	29	1.98
72205430--72205508	39	2.0	39	97	0	149	22	39	7	30	1.82
72205623--72205752	27	4.8	27	80	3	136	25	28	10	35	1.89
72205904--72205989	45	1.9	45	90	0	136	23	23	11	41	1.87
72208947--72208973	9	3.0	9	100	0	54	33	11	11	44	1.75
72211881--72212053	46	3.7	46	75	11	165	22	20	27	29	1.99
72211878--72212048	93	1.8	93	87	2	254	22	21	28	28	1.99
72214477--72214542	33	2.0	33	93	0	114	28	21	27	22	1.99
72219150--72219322	46	3.7	46	73	10	172	23	19	26	30	1.98
72219147--72219317	93	1.8	93	88	0	261	22	19	27	29	1.98
72219685--72219773	44	2.0	46	93	4	155	26	22	29	21	1.99
72224261--72224361	48	2.1	48	85	3	141	30	25	7	35	1.85
72225638--72225690	27	2.0	27	85	3	72	39	20	11	28	1.87
72227333--72227414	29	2.8	30	73	12	89	32	28	15	23	1.95
72227304--72227414	57	1.9	58	88	1	170	29	27	18	24	1.98
72227696--72227812	40	3.0	40	85	1	137	28	29	20	21	1.98
72228814--72228961	48	3.1	48	86	0	206	30	22	7	39	1.82
72241489--72241522	15	2.4	14	90	9	59	91	0	0	8	0.43
72241489--72241521	9	3.8	9	88	4	50	90	0	0	9	0.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72242370--72243304	119	7.9	119	96	0	1559	34	17	18	29	1.94
72243240--72243425	83	2.2	83	89	0	282	33	18	18	29	1.95
72246338--72246390	27	2.0	27	85	3	72	39	20	11	28	1.87
72247560--72247693	67	2.0	67	100	0	268	29	20	23	25	1.99
72274374--72274421	20	2.3	20	78	3	60	50	0	10	39	1.37
72276804--72276956	42	3.6	42	81	5	191	30	16	24	28	1.96
72276803--72276956	85	1.8	83	82	8	186	29	16	24	29	1.96
72281275--72281299	12	2.1	12	100	0	50	44	0	0	56	0.99
72281619--72281782	42	3.9	42	80	1	202	32	15	23	28	1.95
72286957--72287056	52	1.9	52	93	4	175	28	19	13	40	1.88
72287519--72287628	56	1.9	57	87	5	161	43	7	19	30	1.77
72287617--72287645	7	4.3	7	95	4	51	72	0	13	13	1.13
72288499--72288537	8	4.9	8	93	0	69	33	0	0	66	0.92
72289623--72289665	17	2.5	17	80	0	50	55	18	4	20	1.60
72293332--72293372	20	2.0	20	100	0	82	29	4	0	65	1.13
72295028--72295155	49	2.6	49	76	2	132	30	12	31	25	1.93
72294975--72295155	98	1.8	98	87	0	272	28	12	30	28	1.93
72307208--72307273	33	2.0	33	85	5	89	51	4	7	36	1.51
72313347--72313495	81	1.9	80	89	1	235	24	17	24	32	1.97
72313348--72313513	40	4.1	40	87	1	224	24	16	25	33	1.96
72317536--72317717	48	3.8	48	88	0	258	26	30	17	25	1.97
72317916--72318019	48	2.2	48	85	0	145	23	28	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72322183--72322225	21	2.0	21	95	0	77	41	18	20	18	1.90
72327149--72327208	30	2.0	30	83	6	77	40	5	25	30	1.77
72334672--72334731	30	2.0	30	83	0	75	40	10	23	26	1.86
72341385--72341726	38	8.9	37	88	5	468	21	21	25	31	1.98
72341385--72341723	76	4.4	76	94	3	547	21	22	25	31	1.98
72342832--72343201	48	7.7	48	73	7	327	27	18	27	26	1.98
72342823--72343143	96	3.3	96	96	0	561	27	18	27	26	1.98
72351324--72351375	21	2.5	21	87	0	68	38	21	17	23	1.93
72358373--72358409	17	2.1	18	85	14	51	37	0	5	56	1.22
72361877--72362903	49	21.1	49	96	1	1890	30	29	8	32	1.86
72366742--72366779	20	2.0	20	89	5	60	42	10	7	39	1.69
72367398--72367683	94	3.0	94	99	0	563	46	18	11	23	1.81
72368985--72369016	16	1.9	17	93	6	57	43	12	0	43	1.42
72374545--72374646	23	4.3	23	84	12	111	28	22	18	30	1.97
72385180--72385212	7	4.7	7	88	11	50	84	0	15	0	0.61
72386951--72387032	27	3.1	27	60	19	64	42	10	10	35	1.75
72389409--72389479	35	2.0	35	97	0	133	26	19	21	32	1.97
72390666--72390704	19	2.1	19	85	0	51	74	2	5	17	1.12
72394247--72394802	206	2.7	206	92	1	916	30	17	22	28	1.97
72401393--72401564	6	27.8	6	70	16	111	49	13	18	18	1.80
72401395--72401473	37	2.1	37	88	0	113	53	13	15	17	1.74
72401393--72401564	37	4.5	37	74	17	102	49	13	18	18	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72401407--72401564	62	2.5	62	90	0	253	48	14	17	18	1.81
72401435--72401501	25	2.7	25	88	0	107	50	13	16	19	1.77
72401485--72401564	25	3.2	25	85	5	110	47	16	18	17	1.83
72401405--72401536	19	6.7	19	75	19	110	49	14	18	18	1.80
72401684--72401734	27	1.9	26	84	4	66	35	17	25	21	1.95
72401979--72402229	27	9.3	27	84	5	260	25	19	17	36	1.94
72401979--72402227	81	3.1	81	83	2	313	25	20	18	36	1.95
72402211--72402612	27	14.9	27	75	10	119	32	9	20	37	1.84
72402263--72402633	27	13.7	27	82	3	397	31	9	20	38	1.84
72402320--72402633	27	11.6	27	86	1	405	31	8	20	39	1.83
72402319--72402633	54	5.8	54	89	2	481	31	8	20	39	1.83
72410567--72410605	19	2.1	19	100	0	78	33	0	15	51	1.44
72411159--72411288	43	3.0	42	71	9	120	30	16	23	29	1.97
72413719--72413766	25	1.9	25	91	0	78	39	18	20	20	1.92
72421366--72421404	19	2.1	19	100	0	78	33	0	15	51	1.44
72421958--72422087	43	3.0	42	71	9	120	30	16	23	29	1.97
72424330--72425211	63	14.0	63	99	0	1755	33	22	22	22	1.97
72425337--72425384	25	1.9	25	91	0	78	39	18	20	20	1.92
72430866--72430957	46	2.0	46	89	0	139	39	9	20	30	1.85
72436178--72436231	27	2.0	27	85	0	72	35	11	11	42	1.76
72461547--72461644	48	2.0	48	94	0	169	26	33	16	23	1.95
72464219--72464291	15	4.8	15	72	11	51	56	17	12	13	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72464710--72464861	73	2.1	73	97	0	286	28	26	6	38	1.81
72466692--72467215	40	13.1	40	79	6	562	23	20	28	28	1.99
72466685--72467215	80	6.7	80	97	0	958	23	20	28	28	1.99
72475059--72475183	40	3.2	40	80	5	146	23	21	27	28	1.99
72480851--72480970	43	2.8	43	85	7	163	24	20	27	28	1.99
72494150--72494574	39	11.0	39	89	1	649	24	29	25	21	1.99
72494150--72494567	77	5.4	77	96	0	701	23	29	25	21	1.99
72499972--72500160	50	3.8	49	82	5	218	29	25	19	25	1.98
72499985--72500168	101	1.8	99	84	4	253	28	26	19	25	1.98
72518017--72518067	26	2.0	26	92	0	84	15	19	27	37	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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