Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  251  of  290  ( 34714 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
86473490--86473572
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2
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1.84
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2.2
98
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1
271
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189
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28
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1.97
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0
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1
6
55
1.34
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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0
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16
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36
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18
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13
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2.0
21
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2
42
1.37
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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0
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58
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18
2.1
18
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1
30
1.40
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2.4
19
88
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63
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9
0
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1.32
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0
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1.19
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42
2.1
42
89
4
137
18
23
28
28
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
86619412--86619457
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3.1
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12
53
13
28
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58
1.35
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1.9
17
88
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50
11
29
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17
1.85
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1.24
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0
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0
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69
0
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0
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0
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2.5
54
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147
63
0
4
31
1.19
86635229--86635438
10
22.1
9
66
17
79
62
1
4
30
1.26
86635236--86635374
55
2.5
57
80
6
169
63
0
4
31
1.19
86635368--86635433
19
3.4
19
73
10
62
62
4
6
27
1.39
86635362--86635436
21
3.7
21
73
10
66
61
4
5
29
1.36
86635605--86635667
9
6.6
9
78
12
54
36
4
3
55
1.37
86636258--86636292
17
2.1
17
88
0
52
31
8
17
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1.79
86639780--86639844
34
2.0
34
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30
26
16
26
1.97
86642172--86642228
22
2.6
22
86
2
80
22
28
40
8
1.84
86643519--86643703
98
1.9
98
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4
239
24
28
20
27
1.99
86649981--86650066
28
3.2
28
69
21
94
10
19
3
66
1.37
86649980--86650082
51
2.0
51
100
0
206
9
21
3
65
1.39
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
86652977--86653033
15
3.9
15
88
2
89
35
0
12
52
1.39
86653405--86653491
21
4.0
23
80
10
92
14
21
25
37
1.92
86656219--86656261
18
2.4
17
85
14
59
39
0
39
20
1.53
86656657--86656699
18
2.4
17
85
14
59
39
0
39
20
1.53
86656001--86656875
438
2.0
438
100
0
1750
32
15
25
26
1.95
86657115--86657990
437
2.0
437
100
0
1752
38
14
9
37
1.79
86660020--86660063
22
2.0
22
86
8
63
36
0
9
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1.32
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35
2.1
35
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0
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38
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15
18
1.90
86683797--86684022
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5.7
40
90
4
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26
27
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24
1.99
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2.0
24
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0
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53
12
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27
1.63
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2.0
20
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4
57
35
7
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45
1.69
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40
6.7
40
85
5
286
26
27
21
24
1.99
86706886--86707183
80
3.7
80
79
9
263
25
27
21
25
1.99
86707115--86707192
40
1.9
41
82
10
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26
28
20
24
1.99
86711843--86712053
41
5.0
42
80
5
185
33
24
18
24
1.97
86712544--86712607
31
2.2
29
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13
69
26
20
4
48
1.69
86712843--86712905
32
2.0
32
93
6
110
23
26
11
38
1.89
86718843--86718871
13
2.1
14
93
6
51
51
0
3
44
1.18
86720233--86720280
15
3.3
15
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2
62
37
2
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47
1.53
86720830--86720882
21
2.5
21
75
0
61
16
28
26
28
1.97
86728190--86728344
43
3.7
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29
27
18
24
1.98
86739231--86739402
43
4.0
43
98
0
335
37
6
11
44
1.67
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
86741121--86741292
46
3.7
45
77
9
159
20
28
22
28
1.99
86742644--86742727
28
3.0
28
92
0
132
36
20
25
17
1.94
86743959--86744015
18
3.2
18
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62
64
0
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3
1.10
86745033--86745067
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11.7
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0
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2
0
25
1.00
86751157--86751226
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28
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0
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18
1.91
86752177--86752442
47
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50
74
13
199
23
28
18
28
1.98
86752172--86752442
94
2.9
93
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278
23
28
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23
12
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1.49
86763419--86763459
21
2.0
21
90
0
64
29
21
29
19
1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290