genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22434565--22434624	18	3.4	18	64	13	52	40	10	6	43	1.64
22439116--22439214	40	2.5	40	85	6	130	29	21	18	31	1.97
22439241--22439411	40	4.3	40	81	4	177	24	21	23	30	1.98
22439101--22439347	133	1.9	133	82	5	311	25	22	21	31	1.98
22439241--22439389	80	1.9	80	84	2	201	25	22	23	28	2.00
22439688--22439779	41	2.2	41	88	3	132	28	23	20	27	1.99
22440397--22440438	21	2.0	21	95	0	75	45	14	11	28	1.80
22447342--22447431	41	2.2	41	83	0	108	31	25	17	25	1.97
22448041--22448082	21	2.0	21	100	0	84	47	14	9	28	1.75
22456597--22456639	22	2.0	22	90	0	68	46	16	2	34	1.60
22459400--22459458	31	1.9	32	86	6	86	42	1	3	52	1.28
22470771--22470831	26	2.3	26	82	0	77	40	9	14	34	1.79
22471553--22471577	13	1.9	13	100	0	50	0	8	28	64	1.22
22473113--22473173	25	2.4	27	76	18	67	4	36	3	55	1.38
22473312--22473343	12	2.7	12	95	0	55	56	6	18	18	1.62
22473666--22473691	13	2.0	13	100	0	52	15	7	7	69	1.35
22477077--22477127	21	2.4	21	90	0	75	33	37	5	23	1.79
22479572--22479616	22	2.0	22	100	0	90	35	22	4	37	1.74
22482138--22482328	51	3.8	51	78	8	210	32	26	16	24	1.96
22482138--22482218	12	6.3	13	68	30	50	35	29	12	22	1.91
22482135--22482358	101	2.2	102	79	4	238	31	26	16	25	1.96
22494616--22494674	24	2.5	24	88	0	91	32	16	20	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22494490--22494753	130	2.0	129	84	2	350	29	15	18	36	1.92
22497385--22497434	17	3.0	17	77	13	50	2	16	6	76	1.08
22501882--22501932	24	2.1	24	88	0	75	29	11	21	37	1.89
22501961--22502010	24	2.1	24	88	3	75	30	18	18	34	1.94
22502015--22502078	16	4.0	16	81	0	74	28	17	21	32	1.96
22504192--22504285	45	2.1	45	100	0	188	31	30	2	35	1.70
22505187--22505239	20	2.7	20	81	0	61	60	0	1	37	1.08
22506162--22506243	31	2.7	29	84	5	92	56	6	0	37	1.24
22508482--22508524	18	2.4	18	88	0	59	18	27	9	44	1.80
22508943--22509112	49	3.5	49	95	0	304	43	2	7	45	1.47
22511387--22511415	14	2.1	14	100	0	58	13	13	51	20	1.75
22512311--22512722	125	3.3	125	90	2	623	30	20	17	31	1.96
22516611--22516682	31	2.3	32	86	9	96	51	11	11	26	1.71
22519861--22519928	35	2.0	34	82	2	82	29	22	23	25	1.99
22520981--22521114	66	2.0	66	98	0	259	39	26	11	22	1.88
22521619--22521677	29	2.0	29	100	0	118	44	10	6	38	1.65
22528438--22528497	30	2.0	30	93	0	102	46	25	18	10	1.79
22530896--22530952	28	2.0	28	100	0	114	24	24	17	33	1.96
22533968--22534029	23	2.7	23	79	0	70	20	29	16	33	1.94
22550096--22550189	43	2.2	43	90	0	143	31	30	15	21	1.95
22550380--22550439	18	3.4	18	64	13	52	40	10	6	43	1.64
22554939--22555038	40	2.5	39	80	12	107	28	20	19	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22555073--22555234	40	4.1	39	83	3	173	25	20	22	30	1.98
22555077--22555237	80	2.0	80	83	7	202	26	20	22	30	1.98
22555512--22555603	41	2.2	41	88	3	132	28	23	20	27	1.99
22556213--22556254	21	2.0	21	100	0	84	47	14	9	28	1.75
22563155--22563246	41	2.2	41	86	0	121	29	25	20	25	1.99
22563856--22563897	21	2.0	21	100	0	84	47	14	9	28	1.75
22572416--22572458	22	2.0	22	90	0	68	46	16	2	34	1.60
22574698--22575102	200	2.0	200	100	0	810	37	12	22	27	1.91
22576336--22576378	22	2.0	22	90	0	68	46	16	2	34	1.60
22578135--22578198	32	2.0	32	96	0	119	18	14	40	26	1.89
22580768--22580840	35	2.1	35	92	0	119	23	19	17	39	1.92
22588195--22588255	26	2.3	26	82	0	77	40	9	14	34	1.79
22588977--22589001	13	1.9	13	100	0	50	0	8	28	64	1.22
22590536--22590596	25	2.4	27	76	18	67	4	36	3	55	1.38
22590735--22590766	12	2.7	12	95	0	55	56	6	18	18	1.62
22591089--22591114	13	2.0	13	100	0	52	15	7	7	69	1.35
22594500--22594550	21	2.4	21	90	0	75	33	37	5	23	1.79
22597347--22597385	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
22597390--22597537	75	2.0	75	100	0	296	37	8	21	33	1.83
22597686--22597761	23	3.3	23	96	0	143	21	21	26	31	1.98
22599644--22599688	22	2.0	22	100	0	90	35	22	4	37	1.74
22602210--22602400	51	3.8	51	78	8	210	32	26	16	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22602210--22602290	12	6.3	13	68	30	50	35	29	12	22	1.91
22602207--22602430	101	2.2	102	79	4	238	31	26	16	25	1.96
22614751--22614809	24	2.5	24	88	0	91	32	16	20	30	1.95
22614625--22614888	130	2.0	129	85	2	359	30	15	18	36	1.91
22617520--22617554	17	2.0	18	88	5	54	0	22	2	74	0.95
22622015--22622065	24	2.1	24	88	0	75	29	11	21	37	1.89
22622148--22622211	16	4.0	16	81	0	74	28	17	21	32	1.96
22622368--22622398	13	2.3	14	94	5	55	51	9	3	35	1.51
22624326--22624419	45	2.1	45	100	0	188	31	30	2	35	1.70
22625321--22625373	20	2.7	20	81	0	61	60	0	1	37	1.08
22626295--22626376	31	2.7	29	84	5	92	56	6	0	37	1.24
22628615--22628657	18	2.4	18	88	0	59	18	27	9	44	1.80
22629076--22629245	49	3.5	49	95	0	304	43	2	7	45	1.47
22630758--22630786	14	2.1	14	100	0	58	13	13	51	20	1.75
22631682--22632093	125	3.3	125	90	2	632	29	20	17	31	1.96
22636024--22636104	31	2.6	32	82	9	96	51	11	12	24	1.71
22643063--22643127	29	2.3	29	83	2	78	44	1	24	29	1.63
22643609--22643775	43	3.9	42	75	10	153	28	16	24	30	1.97
22644616--22644646	12	2.7	12	95	5	55	35	9	25	29	1.88
22646494--22647207	47	15.2	47	97	0	1293	34	9	29	26	1.89
22651106--22651177	31	2.4	31	88	2	101	11	36	31	20	1.88
22654910--22654967	21	2.8	21	94	2	100	22	31	36	10	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22656010--22656136	47	2.6	49	77	8	134	24	28	18	29	1.98
22656019--22656324	46	6.5	47	71	14	195	25	27	17	28	1.98
22658807--22658930	47	2.7	46	84	9	171	27	29	15	28	1.96
22676499--22676547	24	2.0	24	96	0	89	36	6	16	40	1.73
22680196--22680339	57	2.5	57	77	6	157	29	16	21	31	1.95
22689813--22689935	42	2.9	42	76	7	131	29	22	14	33	1.94
22695501--22695613	55	2.1	55	84	3	147	24	28	25	21	1.99
22696370--22696497	49	2.6	49	82	6	136	23	28	18	28	1.98
22696373--22696723	47	7.4	47	71	12	166	24	30	19	25	1.98
22696373--22696723	94	3.7	95	75	6	311	24	30	19	25	1.98
22697845--22697932	44	2.0	44	100	0	176	56	9	0	34	1.31
22701093--22701147	27	2.0	27	100	0	110	38	3	10	47	1.56
22701517--22701631	46	2.5	44	86	6	151	28	19	28	23	1.98
22704606--22704732	42	3.0	43	84	4	157	25	18	26	29	1.98
22710679--22710723	22	2.1	21	84	8	56	22	4	2	71	1.15
22712772--22712878	55	1.9	55	94	0	187	27	18	23	30	1.98
22720083--22720290	45	4.5	44	73	15	165	29	20	27	22	1.98
22729190--22729312	45	2.7	45	89	2	185	28	27	22	21	1.99
22729305--22729540	38	6.2	38	85	1	294	31	24	22	21	1.98
22729810--22729943	43	3.1	44	81	8	166	28	29	17	25	1.97
22743000--22743058	31	1.9	30	93	3	100	32	16	22	28	1.96
22745312--22745355	3	15.0	3	80	4	54	61	0	4	34	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22746823--22747066	89	2.8	88	86	3	341	22	23	21	32	1.98
22747354--22747592	79	3.1	78	81	4	304	34	17	15	32	1.91
22747303--22747569	75	3.5	76	80	6	288	32	17	16	34	1.92
22748510--22748581	37	1.9	37	94	0	126	26	38	12	22	1.89
22760819--22760899	27	3.0	27	82	8	94	37	22	22	18	1.95
22760921--22761159	98	2.4	98	89	0	379	33	26	19	20	1.97
22761209--22761291	27	3.1	28	77	11	84	40	18	20	20	1.91
22761517--22761980	27	17.2	27	88	1	617	25	19	18	36	1.94
22761965--22762176	27	7.9	27	79	4	140	32	9	19	38	1.84
22762025--22762251	27	8.4	27	83	0	238	29	9	21	39	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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