genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.20.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6528263--6528384	61	2.0	61	95	0	217	34	12	21	31	1.90
6529978--6530038	30	2.1	29	93	3	104	36	22	14	26	1.93
6537790--6537892	37	2.8	37	96	0	188	24	32	20	23	1.98
6538033--6538193	48	3.4	48	92	1	279	30	29	4	34	1.79
6541741--6542098	40	8.9	40	88	0	527	26	29	20	22	1.99
6541741--6542098	120	3.0	120	93	0	592	26	29	20	22	1.99
6546043--6546092	6	8.2	6	80	10	57	78	2	20	0	0.86
6546044--6546100	24	2.4	24	82	5	71	77	1	19	1	0.95
6546045--6546111	14	4.5	15	75	15	59	74	1	22	1	0.98
6546061--6546103	17	2.4	18	82	17	63	76	0	20	2	0.89
6546044--6546100	14	3.5	17	79	18	68	77	1	19	1	0.95
6549179--6549253	20	3.4	20	67	22	60	29	6	9	54	1.58
6549180--6549288	47	2.3	47	93	0	182	30	9	9	51	1.65
6553058--6553190	51	2.6	53	81	11	161	27	30	16	24	1.97
6557569--6557667	42	2.4	42	91	1	155	31	15	23	30	1.95
6567664--6567708	20	2.2	20	96	0	81	31	13	17	37	1.89
6568965--6569032	21	3.2	21	72	4	73	44	7	25	23	1.79
6568957--6569019	21	2.9	22	73	4	74	47	3	25	23	1.66
6571596--6571850	55	4.8	54	80	7	247	22	24	16	36	1.94
6571641--6571843	108	1.9	110	84	4	277	24	24	16	34	1.95
6585686--6585731	19	2.4	19	96	0	83	39	15	19	26	1.91
6600653--6600685	17	1.9	17	93	0	57	39	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6601567--6601598	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
6601707--6601735	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
6602105--6602147	14	3.0	14	86	3	50	39	16	0	44	1.48
6604938--6604992	21	2.6	21	77	8	58	38	0	10	50	1.37
6604740--6605063	147	2.2	146	88	5	478	41	3	10	44	1.55
6605465--6605559	46	2.0	47	91	4	156	24	15	4	55	1.58
6608941--6609088	51	2.9	51	92	2	244	28	26	14	31	1.95
6609112--6609256	28	5.5	28	78	12	162	26	22	13	36	1.92
6609112--6609251	52	2.7	53	81	8	164	25	22	14	37	1.92
6610672--6610929	48	5.5	48	74	13	189	27	18	28	24	1.98
6610671--6610989	142	2.2	139	83	8	367	28	18	28	24	1.98
6618425--6618656	48	4.9	47	80	8	240	27	20	29	23	1.99
6618426--6618652	98	2.4	96	84	10	279	27	20	29	23	1.99
6620070--6620110	22	1.9	21	85	5	55	14	26	46	12	1.80
6621184--6621407	46	4.8	45	77	10	195	23	29	19	27	1.98
6621282--6621407	47	2.7	46	80	9	157	23	30	17	28	1.97
6623977--6624016	13	2.6	16	85	14	50	75	0	17	7	1.03
6632378--6632574	105	1.9	101	83	6	252	31	17	24	26	1.97
6635819--6635848	16	1.9	15	93	6	51	40	33	0	26	1.57
6636366--6636390	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
6637375--6637586	27	7.9	27	78	12	213	33	21	24	19	1.97
6637392--6637589	54	3.7	54	95	1	335	33	23	24	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6639209--6639264	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
6641275--6641336	20	3.1	20	78	0	79	41	22	27	8	1.82
6642208--6642253	11	4.4	10	81	10	56	36	8	0	54	1.32
6646652--6646719	28	2.5	28	85	2	84	20	19	5	54	1.64
6646837--6646873	14	2.4	16	78	17	51	43	0	2	54	1.14
6649561--6649627	25	2.6	25	81	6	73	20	16	25	37	1.93
6657030--6657063	13	2.5	13	90	9	50	35	2	14	47	1.60
6658288--6658373	40	2.2	40	91	2	138	23	22	27	26	1.99
6676968--6676997	5	6.0	5	100	0	60	80	0	0	20	0.72
6677605--6677654	21	2.4	21	83	6	66	66	0	6	28	1.15
6677846--6677888	19	2.3	19	84	4	61	23	2	2	72	1.08
6677870--6677991	61	2.0	63	81	12	146	29	7	1	61	1.33
6677843--6678022	10	18.0	10	65	22	51	28	5	2	63	1.29
6678710--6678826	34	3.5	32	82	10	137	39	0	14	46	1.45
6678953--6679164	98	2.2	97	88	2	316	38	18	16	26	1.91
6679050--6679396	126	2.7	126	88	4	536	38	17	16	27	1.91
6682876--6682919	18	2.4	18	88	0	61	45	9	25	20	1.80
6684448--6684499	25	2.1	24	82	10	61	69	1	1	26	1.10
6684461--6684518	29	2.0	29	83	6	73	65	3	3	27	1.25
6689295--6689360	29	2.3	28	79	10	71	28	12	16	42	1.84
6697677--6697804	42	3.0	41	83	8	134	14	21	16	47	1.82
6697739--6697807	21	3.3	21	70	8	59	17	20	15	46	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6697709--6697822	42	2.7	41	80	2	111	15	22	16	44	1.86
6697751--6697825	21	3.6	20	74	13	62	17	20	16	46	1.84
6704460--6704513	18	2.9	18	78	5	54	16	3	3	75	1.08
6705231--6705521	145	2.0	145	95	0	528	31	24	10	33	1.89
6706167--6706219	13	4.1	12	83	13	61	35	1	15	47	1.56
6707597--6707622	11	2.4	11	100	0	52	0	7	0	92	0.39
6712063--6712105	21	2.0	21	90	0	68	25	11	0	62	1.29
6714063--6714137	38	2.0	38	91	0	123	48	13	18	20	1.81
6714232--6714280	18	2.7	19	79	17	59	32	4	16	46	1.65
6717698--6717745	24	2.0	24	100	0	96	25	4	12	58	1.52
6718960--6719004	20	2.2	20	88	7	65	42	13	13	31	1.82
6719057--6719121	33	2.0	33	96	0	121	33	12	15	38	1.85
6724259--6724328	25	2.9	24	79	12	72	60	5	4	30	1.39
6724259--6724334	22	3.3	22	75	10	71	60	5	5	28	1.40
6724347--6724407	25	2.4	25	83	5	79	57	1	4	36	1.30
6724441--6724504	25	2.4	26	87	7	85	65	1	1	31	1.11
6724462--6724499	13	3.0	13	80	7	51	68	0	0	31	0.90
6724976--6725073	30	3.3	30	92	0	151	18	6	50	25	1.70
6725010--6725064	18	3.4	18	69	27	59	20	5	49	25	1.70
6732818--6732869	26	2.0	26	84	0	68	25	13	11	50	1.75
6734873--6734912	15	2.9	15	82	10	50	60	0	40	0	0.97
6734747--6735228	246	2.0	245	90	3	772	48	8	19	23	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6736350--6736394	10	4.3	10	82	5	54	13	0	62	24	1.31
6736350--6736401	15	3.2	16	81	13	54	13	0	61	25	1.32
6736703--6736727	8	3.1	8	100	0	50	12	0	0	88	0.53
6738747--6738771	5	5.0	5	100	0	50	80	0	20	0	0.72
6740959--6741000	19	2.2	20	83	12	52	54	7	0	38	1.28
6740970--6741007	18	2.1	18	85	14	51	55	5	0	39	1.23
6745760--6745931	54	3.2	52	83	10	231	24	26	14	34	1.94
6754182--6754229	15	3.3	15	85	2	71	37	4	12	45	1.61
6754863--6754903	19	2.2	19	87	12	59	46	0	21	31	1.52
6756782--6756929	53	2.8	51	81	8	163	25	25	15	33	1.95
6761513--6761577	34	1.9	34	93	0	112	36	15	24	23	1.93
6763037--6763090	27	2.0	26	89	3	81	20	24	20	35	1.96
6763049--6763121	27	2.7	26	83	6	83	24	24	15	35	1.94
6769172--6769239	35	2.0	35	91	8	113	41	5	17	35	1.74
6770741--6770827	27	3.3	26	85	4	102	19	22	20	36	1.95
6774267--6774295	10	2.7	11	89	10	51	24	0	0	75	0.80
6774418--6774456	18	2.2	18	86	9	53	20	0	12	66	1.24
6774411--6774457	19	2.5	18	77	19	51	23	0	10	65	1.23
6774458--6774491	12	2.8	12	90	0	50	67	0	0	32	0.91
6776845--6776877	4	8.0	4	93	6	57	0	24	0	75	0.80
6776838--6776878	21	2.0	21	85	0	55	0	29	0	70	0.87
6786917--6786960	19	2.3	20	80	7	56	40	0	2	56	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6788461--6788640	50	3.5	50	88	3	234	27	21	16	34	1.95
6790696--6790782	21	4.0	23	75	11	83	16	21	24	37	1.93
6792334--6792595	47	5.6	47	77	15	301	27	29	19	22	1.98
6792290--6792644	93	3.8	93	97	0	649	27	29	20	23	1.98
6792280--6792641	46	7.8	46	75	16	336	28	28	19	23	1.98
6794855--6795010	40	3.9	40	83	6	208	25	28	21	25	1.99
6800101--6800168	36	2.0	34	82	8	84	16	2	5	75	1.13
6800184--6800260	22	3.5	22	75	16	63	40	0	3	55	1.18
6800189--6800260	21	3.3	21	76	14	74	41	0	4	54	1.20
6800216--6800293	33	2.4	33	91	4	122	41	0	0	58	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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