genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  21  of  290  ( 34714 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6800252--6800311	21	2.9	21	90	7	88	43	0	1	55	1.10
6800217--6800329	53	2.1	52	81	14	124	45	0	0	53	1.12
6800399--6800442	21	2.0	22	91	4	72	36	0	0	63	0.95
6806213--6806265	21	2.5	21	87	0	79	39	0	0	60	0.97
6806285--6806330	19	2.4	19	92	0	83	41	8	0	50	1.33
6806420--6806478	14	4.1	13	77	18	55	61	1	1	35	1.16
6806440--6806524	22	3.7	22	71	16	57	57	3	1	37	1.23
6806563--6806661	21	4.6	21	78	14	96	56	0	0	43	0.99
6806580--6806661	22	3.8	22	78	18	91	59	0	0	40	0.97
6806564--6806661	43	2.2	43	83	7	117	56	0	0	43	0.99
6811555--6811614	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
6816324--6816853	105	5.0	105	99	0	1042	36	14	14	35	1.86
6819265--6819295	12	2.6	12	94	0	53	25	3	6	64	1.33
6819795--6819842	11	4.2	12	86	2	64	35	6	0	58	1.23
6820726--6820764	20	2.0	20	94	0	69	25	10	25	38	1.87
6833805--6833841	11	3.4	11	92	0	65	37	43	8	10	1.69
6842836--6842869	17	2.1	17	88	5	52	41	32	5	20	1.76
6843416--6843640	67	3.3	65	64	20	154	42	6	6	44	1.55
6843356--6843563	71	3.0	71	62	23	159	39	8	5	46	1.59
6843356--6843640	138	2.1	139	95	0	518	40	7	6	45	1.58
6843685--6843732	22	2.1	24	88	7	73	47	4	0	47	1.21
6845141--6845174	13	2.8	12	82	8	50	50	8	11	29	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6845223--6845280	29	2.0	29	96	0	107	37	10	15	36	1.82
6849390--6849417	14	2.0	14	100	0	56	21	14	14	50	1.78
6859344--6859384	18	2.4	17	84	11	57	78	7	0	14	0.96
6868191--6868224	17	1.9	18	88	5	52	14	20	47	17	1.83
6871112--6871136	13	1.9	13	100	0	50	8	12	48	32	1.69
6874471--6874526	5	11.4	5	92	3	96	41	1	0	57	1.09
6875793--6875849	15	3.9	15	83	2	80	36	0	10	52	1.36
6876220--6876295	21	3.5	21	78	7	80	17	22	23	36	1.94
6879069--6879144	40	1.9	40	86	0	107	17	11	32	38	1.86
6881085--6881503	134	3.1	139	85	6	584	41	7	5	45	1.56
6881831--6881855	13	1.9	13	100	0	50	56	24	12	8	1.62
6883313--6883339	7	3.9	7	100	0	54	29	11	29	29	1.91
6883756--6883782	13	2.1	13	100	0	54	22	14	14	48	1.81
6884148--6884238	43	2.1	43	87	2	130	34	10	10	43	1.75
6884966--6885074	42	2.6	43	80	10	127	28	12	23	34	1.92
6885167--6885237	35	2.0	35	97	0	133	23	9	30	35	1.88
6891287--6891443	43	3.7	43	71	13	135	25	19	24	30	1.98
6898977--6899120	43	3.3	43	72	10	125	24	17	25	32	1.97
6903237--6903274	20	1.9	20	89	10	60	42	0	2	55	1.14
6903878--6903928	15	3.5	15	81	10	70	58	0	9	31	1.30
6905422--6905513	33	2.8	33	79	8	98	33	22	10	32	1.89
6905424--6905537	33	3.5	33	78	7	97	33	22	11	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6937706--6937883	40	4.5	40	88	3	245	25	22	26	25	2.00
6941177--6941587	138	3.1	134	80	10	498	41	8	5	45	1.56
6944224--6944318	40	2.4	39	87	3	129	27	21	23	28	1.99
6944224--6944336	39	2.9	40	85	2	149	30	20	19	30	1.97
6947055--6947117	20	3.2	20	74	0	72	19	20	19	41	1.91
6958086--6958129	6	7.2	6	92	2	70	63	0	20	15	1.31
6960429--6960654	50	4.5	50	80	8	235	25	18	26	29	1.98
6964700--6964757	29	2.0	29	96	0	107	29	6	25	37	1.82
6964704--6964767	29	2.2	29	85	0	83	34	7	23	34	1.84
6965052--6965093	18	2.4	17	84	11	57	47	4	14	33	1.65
6965061--6965096	18	2.0	18	100	0	72	50	5	11	33	1.61
6967961--6968088	50	2.6	50	78	5	143	26	16	28	28	1.97
6970043--6970214	45	3.9	45	90	3	262	23	22	28	26	1.99
6970742--6970774	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
6971188--6971239	27	2.0	26	81	11	61	38	1	23	36	1.66
6979613--6979677	29	2.2	29	86	2	85	36	7	13	41	1.74
6992789--6992842	20	2.7	20	88	0	81	29	11	14	44	1.80
7000846--7000893	20	2.3	21	92	7	89	68	4	6	20	1.28
7006045--7006200	47	3.3	47	90	0	240	28	30	8	32	1.88
7009264--7009379	40	2.9	40	88	0	169	25	30	22	22	1.99
7009280--7009497	40	5.5	40	75	9	155	24	28	22	23	1.99
7009263--7009417	80	1.9	79	83	8	199	23	30	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7009354--7009497	39	3.6	40	77	11	143	23	27	23	25	2.00
7009803--7009881	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
7009863--7010008	43	3.4	43	97	0	274	26	34	15	23	1.94
7011628--7011805	89	2.0	89	100	0	356	30	22	12	34	1.91
7011842--7011920	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
7012039--7012779	49	15.1	49	93	4	1255	29	29	8	32	1.88
7014710--7014880	57	3.0	57	100	0	342	26	31	12	29	1.92
7016332--7016593	40	6.6	41	81	6	220	25	28	21	24	1.99
7016899--7016977	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
7016959--7017104	43	3.4	43	98	0	283	27	35	14	22	1.93
7055690--7055799	55	2.0	55	100	0	220	23	25	18	32	1.97
7057715--7057795	42	1.9	42	97	0	153	18	33	17	30	1.94
7058566--7058694	66	2.0	66	80	0	150	36	18	18	26	1.94
7065363--7065414	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
7066047--7066157	27	4.1	27	84	4	134	27	22	18	32	1.97
7067084--7067221	69	2.0	67	90	2	213	52	4	2	41	1.33
7068722--7068758	18	2.1	18	100	0	74	37	21	10	29	1.88
7077222--7077254	15	2.1	17	88	11	52	39	0	3	57	1.14
7086205--7086309	39	2.6	39	86	5	122	24	22	27	24	2.00
7086165--7086328	40	4.1	40	80	12	169	25	23	27	24	2.00
7086165--7086315	79	1.9	80	82	6	191	25	23	27	23	2.00
7088152--7088254	43	2.4	43	96	0	197	23	15	34	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7088236--7088309	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
7088623--7088818	40	4.9	40	81	5	184	26	22	26	23	2.00
7109240--7109289	25	2.0	25	100	0	100	24	12	16	48	1.79
7111628--7111775	51	2.9	51	89	2	226	28	25	14	31	1.94
7117589--7117733	40	3.6	40	88	0	227	26	22	27	22	1.99
7121512--7122244	50	14.5	50	76	4	529	31	25	16	26	1.96
7121663--7121944	151	1.9	151	85	0	393	32	26	14	26	1.94
7121556--7122146	201	2.9	201	97	0	1101	32	26	15	26	1.95
7121864--7122244	151	2.5	151	85	1	494	31	26	15	26	1.96
7127834--7128067	51	4.6	51	90	1	353	28	25	14	31	1.95
7140009--7140085	32	2.5	31	83	8	86	54	5	1	38	1.31
7140212--7140263	18	2.8	19	82	8	72	48	0	28	23	1.51
7141823--7141938	58	2.0	58	94	0	205	37	19	24	18	1.93
7141963--7142002	10	3.9	10	84	15	55	85	0	0	15	0.61
7146774--7146855	41	2.0	40	92	2	137	25	7	8	58	1.53
7147418--7147465	21	2.2	21	81	3	60	18	10	12	58	1.62
7154584--7154617	16	2.1	16	88	0	50	38	2	2	55	1.30
7154627--7154657	16	1.9	16	93	0	53	38	0	0	61	0.96
7159570--7159731	24	6.7	24	79	8	159	30	19	22	27	1.98
7167475--7167586	3	37.7	3	98	1	217	33	0	0	66	0.92
7168462--7168534	9	7.8	9	79	8	83	61	2	1	34	1.19
7168462--7168544	19	4.4	18	80	10	67	61	2	2	33	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7168462--7168543	9	8.6	10	77	11	75	60	2	2	34	1.23
7168454--7168543	38	2.3	39	83	11	114	57	3	3	35	1.31
7171447--7171476	15	2.0	15	100	0	60	26	13	33	26	1.93
7190485--7190517	10	3.0	11	91	8	50	36	0	27	36	1.57
7198986--7199122	60	2.3	59	82	8	152	25	23	20	30	1.98
7202406--7202482	23	3.2	23	81	5	82	28	25	22	23	1.99
7221451--7221722	49	5.8	48	74	10	222	26	18	29	26	1.98
7225528--7225559	16	2.0	16	100	0	64	25	6	31	37	1.81
7228097--7228209	48	2.4	48	88	5	160	30	20	25	23	1.98
7232220--7232395	46	3.8	46	76	12	189	21	20	29	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290