genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.245.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84592623--84592672	23	2.2	23	100	0	100	30	22	8	40	1.82
84593347--84593435	23	4.0	22	71	14	65	26	22	15	34	1.94
84593371--84593441	22	3.2	22	73	15	65	26	22	16	33	1.96
84593348--84593441	45	2.1	45	84	7	120	26	22	15	35	1.94
84603438--84603476	20	2.0	20	100	0	78	23	10	15	51	1.73
84606256--84606525	47	5.8	48	77	11	217	23	29	18	28	1.98
84606355--84606525	93	1.8	92	85	8	240	22	28	19	29	1.98
84610646--84610780	49	2.7	50	82	5	175	25	20	25	28	1.99
84618227--84618275	21	2.3	21	96	0	89	28	26	22	22	1.99
84628968--84629020	22	2.5	22	78	6	56	28	13	16	41	1.86
84638676--84638726	11	4.5	11	78	11	50	64	0	0	35	0.94
84638669--84638728	23	2.7	23	76	16	65	65	0	0	35	0.93
84638663--84638738	31	2.4	31	80	6	82	61	2	0	35	1.10
84639584--84639612	14	2.1	14	100	0	58	20	13	31	34	1.92
84644517--84645143	27	23.2	27	82	3	706	40	19	8	31	1.81
84644517--84645121	81	7.5	81	87	2	804	40	19	8	32	1.81
84645188--84645330	27	5.3	27	81	0	160	33	18	20	27	1.96
84645717--84645781	22	3.0	22	77	8	69	20	27	23	29	1.98
84645940--84646040	27	3.7	27	81	5	105	20	23	19	35	1.96
84645942--84646047	54	2.0	53	84	1	140	19	24	19	35	1.95
84646165--84646274	6	17.8	6	69	15	64	18	20	13	48	1.81
84646190--84646275	37	2.3	37	81	0	100	18	19	12	48	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84648380--84648613	27	8.7	27	87	1	272	38	20	10	31	1.86
84648380--84648640	81	3.2	79	81	5	292	38	20	9	31	1.86
84648380--84648684	27	11.3	27	81	6	246	37	20	9	31	1.85
84648679--84648819	27	5.2	27	80	2	149	34	15	22	26	1.94
84648793--84648889	49	2.0	49	97	0	185	24	20	23	30	1.98
84649502--84649554	27	2.0	27	85	7	72	22	22	22	32	1.98
84649514--84649580	27	2.5	26	85	4	89	22	22	19	35	1.96
84649698--84649801	6	16.8	6	71	16	79	19	20	13	47	1.82
84649701--84649758	25	2.3	25	87	0	80	18	20	13	46	1.83
84649726--84649795	19	3.8	18	75	11	70	18	21	12	47	1.82
84649729--84649805	37	2.1	37	85	0	100	19	20	11	48	1.80
84651734--84652156	27	15.7	27	86	0	558	40	20	8	30	1.82
84651734--84652212	27	17.8	26	77	7	364	40	21	8	30	1.83
84652251--84652392	27	5.3	26	79	9	117	35	19	19	26	1.95
84652248--84652391	54	2.7	54	76	10	168	36	18	18	25	1.94
84653002--84653109	27	4.0	27	82	5	112	19	23	21	36	1.95
84653004--84653109	54	2.0	53	84	1	140	19	23	20	35	1.96
84653227--84653351	6	20.3	6	69	19	62	18	16	14	51	1.77
84653227--84653291	25	2.6	25	83	9	87	20	16	13	49	1.80
84653250--84653342	37	2.5	37	91	0	141	18	15	13	52	1.74
84656533--84656665	54	2.5	54	88	3	205	30	22	21	26	1.99
84659556--84659690	54	2.5	54	93	0	225	28	23	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84661288--84661343	22	2.3	25	76	23	73	60	10	7	21	1.53
84661298--84661345	22	2.2	22	100	0	96	64	8	8	18	1.46
84666723--84666782	27	2.3	26	88	2	84	36	20	21	21	1.95
84666750--84666891	67	2.1	68	85	5	187	31	22	27	18	1.97
84667471--84667524	27	2.0	27	86	10	76	33	18	24	24	1.97
84667471--84667524	26	2.0	26	86	10	74	33	18	24	24	1.97
84667525--84667616	27	3.4	27	86	3	123	25	23	17	33	1.96
84671878--84671904	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
84676316--84676358	22	2.0	23	86	9	63	39	6	27	25	1.81
84693592--84693717	27	4.4	27	78	15	128	25	28	19	26	1.99
84694105--84694191	44	2.0	44	97	0	165	29	17	16	36	1.91
84698381--84698450	33	2.1	33	89	0	104	24	27	21	27	1.99
84699967--84700031	29	2.3	29	94	2	114	6	44	0	49	1.27
84702338--84702416	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
84717815--84717968	43	3.6	42	72	16	120	33	25	17	23	1.96
84723087--84723304	40	5.5	40	86	4	266	23	21	29	25	1.99
84730225--84730295	36	2.0	36	97	0	133	25	12	23	38	1.90
84730960--84731631	341	2.0	341	99	0	1317	31	13	22	32	1.92
84731599--84731776	40	4.5	40	90	4	256	23	23	28	25	2.00
84731879--84731967	45	2.0	45	97	0	169	28	24	16	30	1.97
84739141--84739183	11	4.1	10	80	11	50	16	2	27	53	1.55
84740897--84740995	28	3.5	29	84	6	107	31	27	13	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84747874--84748065	40	4.8	40	81	7	196	25	22	27	25	2.00
84747874--84748056	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	25	2.00
84747927--84748091	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	25	1.99
84752263--84752415	43	3.6	43	79	7	150	24	18	26	30	1.98
84752302--84752419	43	2.8	42	82	6	157	24	19	25	30	1.98
84752564--84752598	18	1.9	18	88	11	54	40	0	20	40	1.52
84753129--84753204	38	2.0	38	100	0	152	31	13	23	31	1.93
84754392--84754536	40	3.6	40	85	4	193	24	24	26	24	2.00
84755139--84755239	50	2.0	50	98	0	193	24	11	37	25	1.90
84757680--84757762	41	2.0	41	97	0	157	30	16	27	25	1.97
84761282--84761623	38	9.0	38	98	0	657	31	12	24	30	1.93
84762770--84762895	40	3.1	39	82	10	137	26	23	25	24	2.00
84763211--84763352	40	3.5	40	83	5	171	26	26	23	23	2.00
84762451--84763339	460	1.9	460	97	0	1679	30	15	23	29	1.96
84763516--84763920	202	2.0	202	97	0	765	25	14	19	41	1.89
84767006--84767082	39	2.0	39	94	0	136	44	12	11	31	1.79
84772540--84772573	15	2.3	15	100	0	68	50	5	11	32	1.63
84777926--84777987	19	3.3	18	72	14	63	62	4	4	27	1.36
84777934--84777994	19	3.2	19	71	15	63	63	3	4	27	1.30
84777926--84778007	38	2.2	38	97	2	157	62	4	3	29	1.33
84777943--84778011	19	3.6	19	72	14	70	62	4	2	30	1.29
84778169--84778218	21	2.4	21	83	6	57	36	2	30	32	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84779183--84779303	61	2.0	60	96	0	215	22	20	38	17	1.92
84780075--84780117	22	2.0	21	86	4	59	20	13	6	58	1.59
84782986--84783043	24	2.3	25	88	8	91	37	1	22	37	1.65
84782998--84783047	24	2.1	24	100	0	100	36	0	24	40	1.55
84783003--84783054	24	2.2	24	89	0	77	40	3	25	30	1.73
84787516--84787634	29	4.2	29	80	6	127	27	12	29	30	1.93
84799002--84799026	13	1.9	13	100	0	50	24	24	20	32	1.98
84804378--84804436	30	2.0	30	86	0	82	32	11	25	30	1.92
84804759--84804931	46	3.7	46	78	6	179	29	21	27	21	1.99
84814562--84814825	47	5.6	48	77	9	217	21	29	20	28	1.98
84814562--84814825	140	1.9	141	84	3	354	21	29	20	28	1.98
84819527--84819642	28	4.2	28	85	2	146	19	24	19	36	1.95
84823195--84823220	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
84824595--84824705	40	2.8	40	91	2	179	21	20	27	29	1.98
84831251--84831276	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
84832647--84832917	40	6.8	40	94	0	472	22	21	26	29	1.99
84833119--84833208	45	2.0	45	97	0	171	32	11	27	28	1.91
84834103--84834419	166	1.9	166	98	0	607	38	12	19	28	1.89
84839142--84839216	28	2.7	28	89	8	125	22	13	36	28	1.92
84840018--84840211	97	2.0	97	97	0	370	17	20	28	34	1.95
84843939--84844008	34	2.1	33	86	2	95	27	10	30	32	1.89
84845117--84845172	29	1.9	29	92	0	94	19	14	28	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84847226--84847362	48	2.9	46	73	3	112	29	24	16	29	1.96
84856136--84856233	31	3.2	31	92	0	151	46	13	19	20	1.83
84856136--84856223	6	14.3	6	73	13	72	46	13	19	20	1.83
84857436--84857462	8	3.4	8	100	0	54	22	0	22	55	1.44
84857451--84857602	27	5.7	27	81	4	157	29	11	19	39	1.86
84857601--84857797	27	7.3	27	85	1	243	38	8	24	28	1.84
84857601--84857797	81	2.4	81	87	0	270	38	8	24	28	1.84
84864257--84864491	44	5.3	43	81	5	229	32	22	19	25	1.97
84864257--84864491	89	2.6	88	80	5	267	32	22	19	25	1.97
84864785--84864825	21	2.0	21	90	0	64	4	51	21	21	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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