genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15659394--15659466	29	2.5	30	84	10	89	68	0	0	31	0.90
15659392--15659454	20	3.0	21	81	9	74	71	0	0	28	0.86
15659404--15659518	19	6.2	19	65	9	67	67	2	1	27	1.13
15659832--15659886	28	2.0	27	85	3	74	40	3	0	56	1.17
15660256--15660320	30	2.2	29	84	10	80	12	12	10	64	1.50
15664541--15664578	19	2.0	19	90	10	60	65	0	5	28	1.14
15664754--15664802	24	2.0	24	100	0	98	38	4	12	44	1.61
15668953--15669136	73	2.5	73	82	7	199	53	6	7	33	1.54
15668955--15669136	38	4.8	37	73	9	120	53	6	7	32	1.54
15669028--15669145	39	3.0	40	75	10	120	54	6	7	31	1.55
15670040--15670329	140	2.1	140	92	0	490	26	27	21	24	1.99
15671705--15671753	11	4.5	11	80	15	57	75	2	0	22	0.90
15671705--15671753	16	3.1	16	80	16	57	75	2	0	22	0.90
15673009--15673041	13	2.6	13	85	4	50	75	0	15	9	1.03
15673486--15673518	12	2.5	13	85	14	50	9	0	15	75	1.03
15673490--15673518	12	2.3	13	94	5	51	6	0	17	75	1.01
15674884--15674948	20	3.2	20	93	0	103	38	12	0	49	1.41
15674898--15674936	12	3.6	12	74	25	50	38	10	0	51	1.36
15681115--15681200	41	2.1	41	93	0	145	37	23	15	24	1.93
15684849--15685120	52	5.1	52	71	10	145	33	20	14	31	1.92
15684952--15685098	52	2.6	56	76	15	153	36	21	14	26	1.93
15685665--15685693	7	4.1	7	100	0	58	27	0	27	44	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15689988--15690039	22	2.5	20	72	12	50	71	0	23	5	1.07
15692519--15692572	22	2.4	22	84	9	65	61	0	3	35	1.14
15696634--15696672	19	2.1	19	85	9	53	82	7	10	0	0.86
15704906--15705112	40	5.2	40	89	4	296	25	26	22	25	2.00
15706256--15706350	41	2.3	42	98	1	183	21	21	12	45	1.84
15708775--15709029	127	2.0	127	96	0	465	47	17	11	23	1.79
15709882--15710003	46	2.6	46	85	2	145	24	30	18	27	1.98
15713809--15714427	47	13.1	47	96	1	1055	31	10	30	27	1.90
15718193--15718248	26	2.2	26	96	0	103	30	7	25	37	1.82
15724126--15724468	40	8.6	40	95	0	580	24	29	23	23	1.99
15739726--15739833	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
15743794--15743867	17	4.4	17	73	0	67	47	17	6	28	1.73
15743758--15743866	51	2.1	51	86	0	146	44	17	9	28	1.79
15743925--15743972	23	2.1	23	84	3	62	35	18	14	31	1.91
15744493--15744536	18	2.3	20	76	15	56	43	22	6	27	1.78
15747082--15747150	34	2.0	34	91	0	111	31	15	14	37	1.88
15751513--15751578	20	3.5	20	71	12	75	33	25	16	24	1.96
15751515--15751589	37	2.0	37	100	0	150	29	25	18	26	1.98
15756052--15756099	25	1.9	25	86	0	69	31	22	16	29	1.96
15756230--15756324	25	3.8	25	88	0	136	27	24	22	26	2.00
15756230--15756349	50	2.4	48	80	5	132	28	23	22	25	1.99
15756229--15756337	25	4.4	24	83	8	112	29	22	22	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15756546--15756660	31	3.7	31	89	1	169	33	17	26	23	1.96
15759881--15759959	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
15760080--15760198	47	2.5	47	84	0	157	29	31	7	31	1.85
15760721--15761240	260	2.0	260	98	0	1004	32	17	12	37	1.87
15763067--15763103	16	2.4	16	86	8	51	51	0	8	40	1.32
15765165--15765212	25	1.9	25	86	0	69	31	22	16	29	1.96
15765343--15765434	25	3.7	25	91	0	139	30	25	19	25	1.98
15765659--15765773	31	3.7	31	88	1	169	31	16	27	24	1.96
15782508--15782609	51	2.0	51	98	0	195	36	29	7	26	1.85
15786553--15786857	80	3.8	80	98	0	574	22	27	20	30	1.98
15786553--15786857	40	7.6	40	90	0	475	22	27	20	30	1.98
15789287--15789343	25	2.3	25	96	0	105	36	15	1	45	1.57
15792399--15792455	25	2.3	25	96	0	105	36	15	1	45	1.57
15796458--15796535	21	4.2	18	76	13	77	62	3	0	33	1.13
15796458--15796506	18	2.7	18	87	9	73	63	2	0	34	1.06
15801226--15801324	47	2.1	48	94	3	175	55	11	7	26	1.60
15802764--15802896	67	2.0	67	98	0	257	32	9	21	37	1.84
15803310--15803487	27	6.6	27	82	7	173	27	14	28	29	1.95
15803311--15803461	82	1.9	81	87	4	223	27	15	28	28	1.96
15803307--15803487	82	2.2	81	82	2	220	27	14	28	29	1.96
15813644--15813884	120	2.0	120	83	1	304	34	20	6	38	1.79
15815832--15815885	28	1.9	28	88	0	81	18	14	33	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15817171--15817230	29	2.1	29	93	0	102	50	6	28	15	1.69
15819555--15819612	29	2.0	29	93	0	98	46	15	8	29	1.75
15826130--15826166	17	2.1	19	90	10	60	37	27	5	29	1.79
15831677--15831721	23	1.9	24	86	4	65	13	6	11	68	1.37
15835669--15835712	20	2.3	19	80	7	54	38	0	6	54	1.27
15836204--15836263	22	2.8	22	85	5	70	51	0	0	48	1.00
15836336--15836360	6	4.2	6	100	0	50	80	0	0	20	0.72
15841147--15841199	21	2.5	21	87	0	79	28	7	33	30	1.85
15844252--15844375	45	2.8	45	88	2	178	28	27	22	21	1.99
15844368--15844527	38	4.2	37	86	3	203	31	25	21	21	1.98
15844797--15844931	43	3.1	44	83	6	184	28	29	17	24	1.97
15857311--15857481	43	4.0	43	72	11	154	32	23	14	29	1.94
15870592--15870967	189	2.0	189	98	0	734	23	23	16	36	1.94
15871928--15872112	93	2.0	93	98	0	361	26	18	19	35	1.95
15872122--15872344	40	5.6	40	82	5	220	25	27	21	25	1.99
15872276--15872353	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
15878048--15878302	68	3.9	64	76	10	183	24	27	16	31	1.96
15881328--15881373	19	2.3	20	96	3	85	4	30	43	21	1.72
15893069--15893149	40	2.0	40	90	0	126	24	13	29	32	1.94
15895991--15896261	3	91.0	3	71	11	114	29	5	3	60	1.38
15896070--15896095	13	2.0	13	100	0	52	23	0	0	76	0.78
15896437--15896479	16	2.8	15	79	6	50	23	13	0	62	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15899022--15899067	19	2.4	19	85	7	58	19	17	13	50	1.78
15902848--15902950	53	2.0	53	86	1	145	23	13	9	53	1.69
15903785--15905721	87	22.3	87	90	0	2549	35	20	22	21	1.96
15907302--15907611	3	104.0	3	74	9	154	30	7	2	60	1.38
15907417--15907442	13	2.0	13	100	0	52	23	0	0	76	0.78
15907434--15907469	16	2.2	17	90	5	56	27	5	0	66	1.13
15907787--15907829	16	2.8	15	79	6	50	23	13	0	62	1.31
15909761--15909860	5	19.0	5	69	20	55	73	1	5	21	1.09
15909770--15909847	12	6.9	11	81	10	70	74	1	6	17	1.10
15909765--15909860	38	2.5	36	75	11	93	72	1	5	20	1.09
15909780--15909847	6	11.0	6	78	6	64	76	1	5	16	1.05
15909770--15909860	32	2.8	31	83	8	92	72	1	5	20	1.11
15915213--15915245	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
15921154--15921238	29	3.0	29	89	1	127	29	31	14	24	1.94
15925897--15925931	17	2.1	17	100	0	70	31	17	11	40	1.85
15926909--15926949	20	2.1	19	86	4	55	29	7	12	51	1.66
15929771--15929876	43	2.5	43	92	1	187	36	4	10	48	1.59
15929873--15930151	55	4.9	59	81	7	331	45	3	7	44	1.47
15929873--15930151	114	2.4	117	80	9	349	45	3	7	44	1.47
15930267--15930330	20	3.2	20	80	6	67	70	3	0	26	1.02
15931477--15931642	78	2.1	78	83	6	201	45	3	33	18	1.67
15931477--15931654	79	2.2	76	81	9	196	44	3	32	19	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15934375--15934621	40	6.2	41	78	13	241	23	22	28	26	1.99
15934416--15934598	79	2.3	80	91	0	287	22	22	28	26	1.99
15934416--15934621	79	2.6	79	86	3	281	23	22	28	26	1.99
15937324--15937598	63	4.4	63	78	5	234	23	26	21	29	1.99
15938186--15938216	4	7.8	4	92	0	53	77	0	22	0	0.77
15947364--15947616	127	2.0	127	99	0	499	40	7	16	34	1.78
15947813--15947877	18	3.6	18	78	21	73	26	0	3	70	1.01
15947844--15947901	25	2.2	26	85	11	75	32	0	0	67	0.91
15947824--15947886	14	4.9	14	76	21	66	26	0	1	71	0.95
15947844--15947897	24	2.2	24	84	15	67	31	0	0	68	0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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