genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.216.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74695017--74695050	17	2.0	17	94	0	59	58	20	0	20	1.39
74695478--74695507	9	3.3	9	95	0	51	46	3	10	40	1.54
74695592--74695624	9	3.7	9	91	0	57	24	12	24	39	1.89
74695590--74695624	18	1.9	18	100	0	70	28	11	22	37	1.89
74696589--74696614	5	5.2	5	100	0	52	23	19	19	38	1.93
74697044--74697108	18	3.5	18	75	17	53	58	4	3	33	1.34
74697211--74697237	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
74697609--74697679	20	3.6	19	88	7	99	57	8	0	33	1.29
74697693--74697745	9	5.8	9	85	14	65	66	0	1	32	1.03
74697930--74697970	15	2.8	15	85	3	57	36	21	7	34	1.82
74707454--74707985	267	2.0	264	97	1	992	29	20	15	34	1.93
74714488--74714521	9	4.0	8	85	14	50	35	0	0	64	0.94
74718136--74718215	26	3.2	23	71	19	70	36	11	5	47	1.61
74718541--74718590	22	2.3	22	83	13	68	10	8	12	70	1.35
74719842--74719985	42	3.4	41	83	3	164	40	21	14	22	1.90
74719907--74719999	42	2.2	42	88	0	132	47	20	9	22	1.79
74723648--74723756	50	2.1	52	86	6	152	31	14	13	40	1.85
74723903--74723976	9	8.7	9	69	25	54	25	0	17	56	1.41
74723896--74723950	27	1.9	29	89	10	87	27	0	16	56	1.40
74736772--74737455	342	2.0	342	100	0	1368	30	21	16	31	1.95
74752184--74752411	48	4.9	48	73	7	189	27	21	23	27	1.99
74771406--74771672	6	43.3	6	69	18	149	47	13	19	20	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74771427--74771613	25	6.8	25	72	18	124	46	13	20	19	1.83
74771427--74771672	31	8.4	31	74	16	218	46	13	19	20	1.83
74771415--74771650	37	6.5	37	75	16	183	47	13	19	19	1.82
74771605--74771672	25	2.7	25	86	0	100	47	13	19	20	1.82
74772036--74772099	22	2.9	22	75	13	60	31	18	25	25	1.98
74772490--74773259	27	28.2	27	85	4	841	25	20	18	35	1.95
74772488--74773252	54	14.0	54	87	3	1010	25	20	18	35	1.95
74772488--74773252	81	9.3	81	86	4	996	25	20	18	35	1.95
74772898--74772970	37	2.0	37	94	0	128	20	26	16	36	1.93
74773244--74773530	27	10.7	26	86	5	171	27	7	22	41	1.81
74773243--74773530	54	5.3	54	83	7	300	28	7	22	41	1.81
74773255--74773530	81	3.4	80	81	7	315	27	7	22	42	1.81
74780170--74780204	18	1.9	18	88	0	52	25	22	22	28	1.99
74780121--74780246	67	1.9	67	98	0	243	22	18	27	31	1.97
74780344--74780395	26	2.0	26	81	11	61	36	1	25	36	1.67
74782318--74782411	23	3.9	23	86	8	109	26	23	21	28	1.99
74782318--74782411	47	2.0	49	87	8	140	26	23	21	28	1.99
74784414--74784462	24	2.0	24	92	0	80	46	0	12	40	1.41
74786180--74786332	62	2.5	62	91	0	261	37	3	3	54	1.38
74786227--74786362	33	4.1	34	69	18	90	41	2	3	51	1.34
74794619--74794731	49	2.3	49	96	0	208	24	23	32	19	1.97
74808539--74808590	27	1.9	27	92	0	86	36	17	15	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74811473--74811517	23	2.0	23	87	12	67	62	11	8	17	1.53
74813006--74813039	13	2.6	13	90	0	50	14	2	41	41	1.61
74815802--74815903	48	2.1	48	90	0	159	27	20	25	26	1.99
74816577--74816639	31	2.0	31	93	0	108	26	1	30	41	1.65
74820886--74820914	15	1.9	15	100	0	58	13	13	17	55	1.70
74821954--74822028	11	7.5	10	80	14	84	36	10	18	34	1.86
74821954--74822021	9	7.0	9	79	12	64	35	10	19	35	1.85
74821960--74822028	20	3.4	20	89	2	102	36	11	18	33	1.87
74822076--74822160	25	3.4	25	93	0	143	28	23	21	27	1.99
74831362--74831436	11	7.5	10	77	14	75	36	9	18	36	1.83
74831391--74831427	9	3.9	9	86	13	56	35	2	21	40	1.68
74831380--74831436	20	2.8	20	94	0	105	36	8	19	35	1.83
74831484--74831568	25	3.4	25	91	0	134	29	23	20	27	1.99
74831774--74831848	31	2.4	31	86	4	98	26	18	26	28	1.98
74834138--74834239	27	3.8	27	88	0	141	35	19	19	25	1.95
74834365--74834456	27	3.5	26	72	15	71	19	21	21	36	1.95
74834587--74834637	27	1.9	26	88	4	75	25	21	23	29	1.99
74834618--74834712	33	2.9	33	85	3	129	29	21	25	24	1.99
74841215--74841477	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
74841215--74841477	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
74841409--74841486	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
74849161--74849343	40	4.6	39	82	4	188	27	26	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74849275--74849352	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
74851010--74851141	48	2.8	48	90	0	210	25	28	20	25	1.99
74853511--74853548	16	2.3	17	86	4	51	26	0	5	68	1.11
74855211--74855600	50	7.8	50	79	4	408	25	17	26	30	1.97
74855210--74855599	101	3.9	98	79	5	397	25	17	26	30	1.97
74855211--74855597	151	2.6	151	89	0	594	25	17	26	30	1.97
74855800--74855831	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
74859058--74859096	15	2.6	15	84	8	53	15	15	17	51	1.77
74861208--74861254	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
74861604--74861793	102	1.9	100	80	6	222	25	18	24	31	1.98
74861704--74861997	101	2.9	101	75	5	281	27	15	24	31	1.96
74861609--74861997	50	7.7	50	74	7	331	27	16	24	30	1.97
74861602--74861994	152	2.6	152	90	2	596	26	17	24	30	1.97
74866727--74866784	30	1.9	31	86	10	84	46	8	0	44	1.34
74866742--74866784	15	2.8	16	78	7	52	46	11	0	41	1.40
74885920--74885982	24	2.7	24	74	13	69	61	3	0	34	1.12
74885965--74886024	33	1.9	31	86	10	86	61	3	1	33	1.22
74886242--74886286	21	2.2	21	84	7	58	35	0	4	60	1.17
74889344--74889581	48	5.0	48	75	5	214	28	21	24	24	1.99
74889351--74889581	95	2.4	95	76	3	216	29	21	24	25	1.99
74891799--74891881	44	1.9	42	83	9	105	25	13	21	39	1.90
74899644--74899838	38	5.1	38	86	5	252	30	24	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74918261--74918603	27	12.7	27	77	9	225	41	19	8	30	1.82
74918261--74918549	81	3.6	80	77	11	268	41	20	8	29	1.81
74918421--74918600	82	2.2	81	80	10	197	42	18	8	30	1.79
74918868--74918947	41	2.0	41	89	0	124	20	22	28	28	1.98
74919323--74919367	22	2.0	22	86	0	63	11	17	24	46	1.81
74919333--74919375	22	2.0	22	85	0	59	11	18	25	44	1.84
74928648--74928732	45	1.9	45	87	2	127	31	29	12	25	1.93
74928599--74928839	101	2.4	101	86	5	328	34	25	12	26	1.92
74931411--74931478	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
74931300--74931627	174	1.9	174	97	0	620	30	24	14	29	1.95
74931580--74931658	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
74933986--74934158	27	6.4	27	87	0	247	34	18	19	27	1.95
74933988--74934178	54	3.5	54	86	0	220	33	17	20	28	1.96
74933986--74934158	81	2.1	81	91	0	274	34	18	19	27	1.95
74934786--74934920	27	5.0	26	83	4	117	20	22	20	36	1.95
74934813--74934916	54	1.9	53	82	5	129	23	23	19	34	1.96
74935038--74935166	6	20.8	6	67	17	68	20	20	12	46	1.83
74935038--74935151	25	4.6	25	91	0	174	20	21	13	45	1.84
74935072--74935118	13	3.7	13	72	16	53	21	25	10	42	1.85
74937242--74937673	27	16.0	27	88	0	567	34	20	20	25	1.96
74938283--74938418	27	5.1	26	79	7	130	21	22	18	37	1.94
74938292--74938418	54	2.4	53	81	6	148	22	23	17	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74938533--74938651	6	19.3	6	70	17	75	21	19	10	48	1.79
74938533--74938600	25	2.7	25	81	0	73	22	19	10	48	1.78
74938556--74938630	31	2.4	31	90	0	114	20	21	12	46	1.82
74940450--74940638	27	7.0	27	88	0	261	33	19	20	26	1.96
74941238--74941312	6	12.3	6	74	13	55	20	17	12	50	1.77
74941217--74941303	37	2.4	37	88	0	120	19	19	11	49	1.78
74941217--74941283	19	3.6	19	72	11	75	20	20	11	46	1.82
74948541--74948581	15	2.7	15	82	14	57	60	9	17	12	1.57
74951530--74951701	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
74951522--74951697	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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