genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11851068--11851287	94	2.4	89	78	10	212	25	29	19	25	1.98
11856440--11856481	21	2.0	21	90	0	66	19	40	19	21	1.92
11875974--11876081	44	2.4	44	85	3	135	28	23	13	34	1.93
11879208--11879298	45	2.0	45	100	0	182	35	10	17	36	1.85
11879504--11879546	22	2.0	22	90	0	68	39	6	11	41	1.68
11882248--11882290	21	2.0	22	86	4	61	53	9	11	25	1.67
11885070--11885099	7	4.4	7	95	4	53	86	0	0	13	0.57
11885478--11885525	18	2.6	19	83	3	62	64	2	4	29	1.23
11885480--11885545	18	3.5	19	79	10	55	60	1	6	31	1.30
11885573--11885606	13	2.7	13	86	4	52	55	0	5	38	1.24
11886161--11886227	26	2.6	25	79	9	64	22	5	10	61	1.50
11888190--11888320	69	1.9	69	87	3	192	16	35	17	30	1.93
11890144--11890191	18	2.6	19	80	6	53	52	4	0	43	1.20
11891762--11891797	16	2.2	16	90	0	54	38	27	2	30	1.71
11892865--11892910	22	2.1	22	95	0	83	39	10	10	39	1.76
11893431--11893736	152	2.0	152	100	0	612	39	11	12	35	1.80
11895757--11895910	51	3.0	51	87	0	218	33	25	11	30	1.90
11897149--11897184	16	2.2	16	90	0	54	30	2	27	38	1.71
11900988--11901104	55	2.1	55	81	6	130	24	28	28	18	1.98
11906999--11907261	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
11914951--11915213	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
11917888--11918080	43	4.5	43	80	7	166	23	31	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11917929--11918099	43	4.0	43	87	1	245	23	32	19	24	1.98
11925044--11925084	18	2.3	18	100	0	82	39	19	4	36	1.73
11945014--11945073	21	2.8	22	76	5	59	41	26	11	20	1.86
11947010--11947352	40	8.6	40	90	2	451	27	28	20	24	1.99
11960943--11961044	40	2.6	40	87	7	147	26	21	26	25	2.00
11964427--11964467	21	1.9	22	85	14	59	51	0	17	31	1.46
11970112--11970282	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
11970104--11970279	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
11972671--11972759	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
11972671--11972750	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
11972682--11972759	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
11977529--11977635	47	2.3	47	83	0	142	21	14	23	41	1.89
11984636--11986299	831	2.0	831	100	0	3328	27	27	14	30	1.95
12004140--12004177	17	2.2	18	95	4	69	13	5	5	76	1.13
12004466--12004494	13	2.3	13	94	5	51	37	0	13	48	1.43
12010150--12010251	34	3.0	33	80	7	107	27	25	20	26	1.99
12021544--12021576	15	2.2	15	89	10	50	21	3	12	63	1.41
12021712--12021744	8	4.1	8	100	0	66	24	36	0	39	1.56
12023739--12023835	41	2.4	40	77	8	108	37	25	22	14	1.92
12023774--12023884	56	2.0	57	87	8	165	34	24	24	17	1.96
12035042--12035106	34	1.9	34	96	3	123	26	23	24	26	2.00
12038368--12038410	6	7.2	6	81	0	50	46	0	32	20	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12038351--12038435	30	2.8	30	79	10	86	47	2	31	18	1.62
12043694--12043775	28	2.8	28	92	5	128	54	3	7	34	1.46
12045181--12045208	14	2.0	14	100	0	56	28	7	35	28	1.84
12050180--12050226	19	2.4	19	89	3	67	12	6	23	57	1.58
12053875--12054164	151	1.9	151	90	0	463	25	16	21	36	1.94
12066975--12067015	21	2.0	21	90	0	64	24	7	41	26	1.81
12070168--12070247	40	2.0	40	82	4	99	36	15	17	31	1.91
12071519--12071558	20	2.0	20	90	0	62	45	2	15	37	1.59
12071903--12071939	18	2.0	20	84	10	51	8	37	0	54	1.30
12075914--12075952	20	2.0	20	94	0	69	38	0	12	48	1.42
12075919--12075961	20	2.2	20	83	8	52	39	2	11	46	1.53
12077271--12077303	13	2.4	14	90	5	50	15	42	3	39	1.62
12088654--12088699	20	2.3	20	88	0	65	34	0	8	56	1.30
12097928--12098087	43	3.7	43	98	0	302	33	17	19	29	1.95
12100076--12100136	25	2.4	26	81	13	74	55	1	0	42	1.09
12104975--12105237	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
12112928--12113190	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
12134198--12134237	15	2.7	15	96	0	71	50	27	7	15	1.70
12141930--12141977	22	2.2	21	78	10	51	25	4	8	62	1.41
12143742--12143811	17	3.9	18	75	14	74	22	35	1	40	1.63
12144184--12144278	45	2.1	45	90	3	147	50	3	14	31	1.59
12144538--12144601	31	2.1	31	90	0	101	39	7	23	29	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12148595--12149173	91	6.4	90	89	3	800	34	18	15	32	1.92
12148595--12149671	182	6.3	172	82	10	1020	34	18	15	31	1.92
12148595--12149727	273	4.5	250	82	12	1151	33	18	15	31	1.93
12149098--12149328	74	3.1	74	88	3	347	32	19	16	32	1.94
12149336--12149488	73	2.1	73	87	6	229	32	18	17	30	1.95
12149172--12149725	158	3.5	157	82	11	582	33	18	16	31	1.93
12149415--12149725	84	3.8	84	83	7	360	33	18	16	31	1.93
12149172--12149725	168	3.5	157	82	10	596	33	18	16	31	1.93
12149588--12149727	74	1.9	74	95	0	253	30	18	15	35	1.92
12172562--12172642	42	1.9	43	94	2	146	24	8	14	51	1.70
12179522--12179592	8	8.2	8	75	18	63	61	4	0	33	1.15
12179525--12179594	26	2.6	28	80	15	85	61	4	0	34	1.16
12179558--12179653	50	1.9	51	85	10	135	59	4	0	36	1.17
12179609--12179661	19	2.9	17	81	15	61	60	1	0	37	1.08
12179672--12179744	31	2.4	31	81	4	78	63	4	1	31	1.22
12179504--12179744	10	24.8	10	67	17	55	60	4	0	34	1.20
12180280--12180325	20	2.4	19	85	3	56	26	4	4	65	1.30
12180491--12180527	19	1.9	20	88	5	58	18	13	0	67	1.23
12184591--12184634	11	4.1	11	82	5	54	18	6	0	75	1.02
12184591--12184631	21	2.0	21	90	0	64	19	7	0	73	1.07
12189981--12190331	47	7.5	46	71	13	243	28	19	29	22	1.98
12190009--12190183	94	1.9	94	89	2	271	29	20	29	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12189981--12190340	141	2.6	141	78	9	380	27	20	30	21	1.98
12194123--12194166	22	2.0	21	83	12	54	59	4	0	36	1.18
12194167--12194202	17	2.2	16	90	9	56	63	5	2	27	1.30
12194180--12194701	95	5.2	103	75	12	453	55	14	0	29	1.43
12194180--12194572	106	3.8	101	80	9	397	54	14	0	29	1.46
12194189--12194701	198	2.6	199	77	12	536	55	14	0	29	1.43
12194669--12194701	17	2.1	17	88	11	52	69	6	0	24	1.10
12195223--12195286	31	2.1	31	94	2	112	25	3	12	59	1.48
12195369--12195408	18	2.1	18	86	9	53	25	0	10	65	1.24
12208972--12209032	29	2.1	30	81	3	70	37	9	9	42	1.71
12214824--12214926	33	3.1	33	81	0	116	19	46	8	25	1.78
12215133--12215293	74	2.1	76	90	2	254	27	7	11	54	1.62
12217173--12217247	38	2.0	38	94	0	132	26	14	29	29	1.95
12221493--12221716	40	5.6	40	83	2	263	24	27	23	25	2.00
12221457--12221716	79	3.3	80	81	4	285	24	26	23	25	2.00
12233869--12233914	24	1.9	24	100	0	92	30	8	10	50	1.68
12242319--12242427	42	2.6	43	80	10	127	25	19	25	29	1.98
12258084--12258116	16	2.1	16	94	0	57	45	33	9	12	1.73
12259304--12259346	16	2.7	16	89	7	61	48	16	23	11	1.78
12259569--12259636	29	2.3	29	90	5	102	25	17	29	27	1.97
12263561--12263605	21	2.1	21	95	0	81	42	8	24	24	1.83
12265086--12265159	34	2.2	34	87	0	103	22	8	29	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12268094--12268130	17	2.2	18	85	9	51	29	0	18	51	1.47
12271494--12271533	21	1.9	21	84	0	53	57	7	17	17	1.62
12272442--12272627	69	2.7	68	84	3	246	32	16	17	33	1.92
12272539--12272784	106	2.3	107	84	2	316	35	14	15	34	1.88
12276431--12276602	93	1.8	93	92	0	290	26	29	22	22	1.99
12276424--12276599	46	3.8	46	77	12	189	27	28	21	21	1.99
12276470--12276618	46	3.2	44	75	16	144	28	28	19	22	1.98
12281554--12281616	31	2.0	31	93	0	108	23	23	23	28	2.00
12296559--12296638	41	2.0	41	90	5	126	33	20	20	26	1.96
12296625--12296743	41	2.9	41	88	0	157	29	20	26	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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