genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.259.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89257922--89258462	44	12.5	44	70	13	180	28	19	23	28	1.98
89257961--89258330	172	2.2	172	91	2	582	27	19	23	29	1.98
89258135--89258543	216	1.9	216	94	0	728	27	19	23	29	1.98
89257961--89258431	172	2.7	172	83	8	573	28	19	23	28	1.98
89259895--89259936	19	2.2	20	82	4	50	28	7	14	50	1.69
89263967--89264004	19	2.0	19	94	0	67	42	18	15	23	1.89
89266071--89266136	13	5.1	13	81	7	89	37	25	6	30	1.80
89266569--89266602	17	1.9	18	88	5	52	73	2	2	20	1.09
89267005--89267043	20	2.0	20	90	5	62	61	5	5	28	1.39
89268598--89268622	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
89271801--89272190	194	2.0	194	100	0	780	41	7	12	38	1.70
89298788--89299161	75	5.0	75	98	0	712	30	27	13	28	1.95
89299915--89299971	22	2.6	22	74	0	60	57	14	14	14	1.65
89306808--89306852	6	8.0	6	83	11	51	73	8	0	17	1.08
89306808--89306870	16	3.8	16	81	8	72	77	6	1	14	1.03
89306810--89306868	11	5.4	11	78	13	50	79	5	1	13	0.97
89306810--89306875	6	11.5	6	81	13	50	80	4	1	13	0.94
89306808--89306875	28	2.4	27	79	13	66	77	5	1	14	1.02
89306850--89306915	28	2.3	28	78	2	69	75	7	9	7	1.18
89307290--89307330	13	3.2	12	83	10	55	78	0	12	9	0.98
89307404--89307952	87	6.3	87	85	2	737	29	20	23	26	1.98
89307429--89307952	174	3.0	174	92	0	818	29	19	23	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89307957--89308168	43	4.9	43	83	2	264	32	19	24	24	1.98
89314130--89314163	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
89320798--89320869	28	2.6	28	90	0	108	30	26	12	30	1.93
89326156--89326223	5	13.4	5	77	14	68	22	2	0	75	0.94
89326156--89326237	31	2.6	30	81	14	103	23	3	0	73	0.99
89327464--89327826	101	3.6	101	94	0	618	25	14	27	33	1.94
89327877--89327911	12	2.8	13	86	8	54	85	2	5	5	0.81
89328467--89328501	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
89330130--89330164	14	2.5	14	95	0	61	57	8	5	28	1.52
89338876--89338918	21	2.0	21	86	0	59	44	2	6	46	1.43
89340704--89340737	17	1.9	18	88	5	52	73	2	2	20	1.09
89341895--89341928	15	2.3	15	90	5	52	44	47	8	0	1.34
89343041--89343101	3	20.0	3	83	3	68	34	4	1	59	1.29
89343172--89343477	109	2.8	109	96	1	551	28	16	18	36	1.93
89348733--89348909	88	2.0	88	96	0	327	37	21	18	22	1.94
89353574--89353750	88	2.0	88	87	2	257	41	20	19	18	1.91
89355559--89356920	96	14.0	96	90	3	1642	33	24	19	21	1.97
89357322--89357357	14	2.5	15	90	4	56	44	44	11	0	1.39
89357505--89357715	106	2.0	106	97	0	395	35	14	16	34	1.89
89358577--89358637	3	20.0	3	83	3	68	34	4	1	59	1.29
89372944--89373042	28	3.5	28	88	1	135	29	13	25	32	1.93
89375812--89375855	23	2.0	22	81	4	52	52	25	4	18	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89376551--89376715	43	3.9	42	75	9	127	32	24	17	25	1.97
89377849--89377898	26	1.9	26	100	0	100	24	20	16	40	1.91
89386648--89386705	22	2.6	22	97	0	107	29	27	18	24	1.98
89386802--89386884	32	2.6	31	76	3	85	28	20	18	32	1.96
89387093--89387155	32	2.0	32	87	6	92	12	17	26	42	1.85
89392949--89393013	30	2.2	30	97	2	123	21	36	23	18	1.95
89395544--89395684	40	3.5	40	84	6	169	28	26	20	24	1.99
89395534--89395700	40	4.2	40	85	1	149	27	26	20	25	1.99
89397415--89397490	40	1.9	40	86	5	109	31	23	17	27	1.97
89399684--89399861	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
89399705--89399860	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
89428812--89428875	33	1.9	33	84	6	85	37	26	18	17	1.93
89436877--89436901	13	1.9	13	100	0	50	28	32	24	16	1.96
89445323--89445363	20	2.0	20	100	0	82	14	14	36	34	1.87
89448254--89448278	13	1.9	13	100	0	50	24	0	0	76	0.80
89451797--89451838	8	5.0	8	94	5	66	14	0	0	85	0.59
89451956--89451991	18	1.9	19	88	5	56	19	11	8	61	1.54
89453611--89453685	27	2.7	27	93	2	123	32	8	17	42	1.78
89453807--89453861	23	2.5	22	82	14	60	67	10	0	21	1.21
89454221--89454272	26	2.0	26	92	7	88	28	9	23	38	1.86
89465071--89466791	47	36.6	47	99	0	3343	31	8	29	29	1.87
89466910--89466988	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89468854--89468956	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
89468938--89469011	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
89469324--89469599	40	6.9	40	84	3	290	24	22	27	24	2.00
89469324--89469600	120	2.3	121	83	4	328	24	23	27	24	2.00
89473096--89473895	47	17.0	47	98	0	1528	31	8	30	29	1.87
89474014--89474092	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
89483500--89483525	13	2.0	13	100	0	52	23	7	46	23	1.78
89492673--89492725	28	1.9	27	84	3	70	33	24	16	24	1.96
89492876--89492921	22	2.1	22	91	0	74	36	30	19	13	1.90
89495409--89495474	28	2.4	28	89	2	98	33	24	22	19	1.97
89495615--89495665	22	2.3	22	93	0	84	41	29	19	9	1.84
89495705--89495765	27	2.5	25	79	12	65	42	21	19	16	1.89
89511105--89511140	19	1.9	19	88	5	56	50	13	0	36	1.43
89522598--89522773	46	3.8	46	76	11	180	22	20	28	28	1.98
89522595--89522766	93	1.8	93	90	2	274	22	20	28	27	1.99
89525698--89525777	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64
89525689--89525776	30	3.0	30	80	11	92	10	18	15	55	1.68
89528163--89528338	46	3.8	46	81	4	228	21	21	29	27	1.98
89528159--89528330	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	26	1.98
89530005--89530086	34	2.4	34	84	8	105	41	13	10	34	1.79
89533991--89534023	14	2.3	15	89	5	50	30	0	0	69	0.88
89535030--89535082	26	2.0	26	88	0	79	24	7	5	62	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89538849--89538998	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
89538873--89539056	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
89556821--89556865	23	2.0	23	100	0	90	31	28	13	26	1.94
89581066--89581218	42	3.6	42	83	3	182	29	24	15	30	1.96
89588683--89588837	42	3.7	42	86	3	204	27	26	16	29	1.97
89590262--89590306	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
89597855--89597899	20	2.2	20	92	0	72	35	11	2	51	1.50
89599590--89599657	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
89599479--89599806	174	1.9	174	96	0	611	31	24	14	29	1.95
89599759--89599837	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
89602242--89602464	40	5.6	39	85	3	241	26	27	21	24	1.99
89602242--89602464	120	1.9	119	81	6	272	26	27	21	24	1.99
89610151--89610322	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
89620150--89620309	45	3.7	43	82	10	202	25	18	28	28	1.98
89630838--89630960	39	3.2	39	83	4	167	25	15	27	31	1.96
89630855--89630985	39	3.4	39	81	6	158	22	18	29	29	1.97
89630838--89630985	78	1.9	78	84	2	199	23	18	28	29	1.98
89639597--89639694	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
89639625--89639707	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
89639597--89639708	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
89645294--89645441	39	3.8	39	84	1	190	23	20	27	28	1.99
89661664--89661689	11	2.4	11	100	0	52	26	15	11	46	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89666846--89666968	27	4.6	27	79	4	122	41	21	8	29	1.81
89666840--89666968	54	2.4	54	84	2	161	40	21	7	30	1.81
89666978--89667041	27	2.4	27	91	0	101	34	20	6	39	1.78
89666993--89667107	27	4.3	27	82	0	122	36	22	6	33	1.81
89667090--89667474	27	14.3	27	83	2	414	36	18	19	25	1.94
89667098--89667475	108	3.5	107	87	1	461	36	17	20	25	1.94
89667895--89667961	31	2.2	31	91	0	107	20	19	13	46	1.83
89669925--89670266	27	12.7	27	77	8	216	38	20	9	31	1.84
89669925--89670268	54	6.4	53	73	6	244	38	20	9	31	1.84
89669925--89670266	81	4.2	81	73	10	241	38	20	9	31	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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