genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2865894--2866056	44	3.8	42	78	12	154	21	17	27	33	1.96
2865885--2866056	43	4.0	43	76	13	165	21	17	27	33	1.96
2872136--2872425	50	5.8	50	80	4	305	27	18	24	28	1.98
2872190--2872374	101	1.8	101	87	2	273	26	18	25	28	1.98
2873647--2873758	58	1.9	58	100	0	224	31	15	12	41	1.84
2879973--2880367	50	7.8	50	77	5	366	26	18	24	30	1.98
2879973--2880367	101	3.9	101	82	2	434	26	18	24	30	1.98
2880020--2880381	151	2.4	151	81	4	435	26	19	25	29	1.98
2882387--2882427	12	3.7	11	87	9	57	36	0	0	63	0.95
2883274--2883310	20	1.9	18	89	10	56	37	0	8	54	1.30
2885295--2885328	16	2.2	15	89	5	50	44	0	0	55	0.99
2887109--2887231	51	2.4	51	81	5	133	28	31	13	26	1.93
2887112--2887249	51	2.7	51	79	4	118	28	30	13	26	1.94
2887216--2887330	50	2.3	49	80	4	124	29	23	19	27	1.98
2887254--2887383	51	2.6	49	82	6	145	34	24	13	26	1.93
2889156--2889213	25	2.3	26	80	11	68	36	3	3	56	1.33
2898289--2898435	47	3.1	47	92	0	249	34	11	27	26	1.91
2898405--2898539	48	2.8	48	93	0	225	33	7	28	30	1.85
2898686--2898835	37	4.1	37	93	3	257	22	20	31	26	1.98
2901979--2902123	40	3.6	40	79	4	157	26	24	24	24	2.00
2909908--2910100	80	2.4	80	82	5	212	27	29	20	23	1.99
2909878--2910047	40	4.3	40	90	0	225	26	28	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2910032--2910109	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
2918053--2918222	40	4.3	40	88	0	225	26	28	21	24	1.99
2920421--2920476	24	2.4	23	72	3	58	21	3	33	41	1.70
2927514--2927738	40	5.7	40	86	4	249	27	27	20	24	1.99
2927670--2927747	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
2928369--2928514	74	2.0	74	97	0	274	41	21	12	25	1.88
2929703--2929732	14	2.1	14	93	0	51	53	16	0	30	1.44
2929958--2930116	44	3.7	42	71	19	123	33	26	18	22	1.96
2933677--2933708	16	2.0	16	93	0	55	53	31	6	9	1.58
2934922--2934948	8	3.4	8	100	0	54	33	29	25	11	1.91
2934919--2934960	16	2.6	16	84	0	57	47	21	21	9	1.79
2935174--2935286	28	4.0	27	78	6	100	26	14	30	29	1.95
2941357--2941415	27	2.2	26	84	3	73	22	23	18	35	1.96
2950013--2950066	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
2950067--2950239	27	6.4	27	81	2	204	26	21	17	34	1.96
2950086--2950238	81	1.9	81	89	2	236	26	20	18	35	1.95
2950067--2950239	54	3.2	54	84	0	229	26	21	17	34	1.96
2954854--2954952	28	3.5	28	84	4	119	31	27	14	27	1.95
2956202--2956237	13	2.8	13	95	0	63	27	13	50	8	1.71
2960716--2961233	285	1.8	285	98	0	1009	31	22	15	30	1.95
2961188--2961278	45	2.0	45	97	0	173	26	25	24	24	2.00
2961313--2961411	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2969246--2969297	16	3.3	15	78	7	52	53	17	19	9	1.70
2969511--2969613	28	3.7	28	78	2	91	28	16	26	29	1.97
2972998--2973205	104	2.0	104	99	0	407	34	10	21	33	1.88
2979747--2979845	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
2983802--2983852	26	2.0	26	84	7	68	35	5	15	43	1.71
2986901--2986996	29	3.3	29	83	1	122	30	29	14	26	1.95
2991639--2991809	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	22	1.99
2991631--2991806	46	3.8	46	77	12	207	28	27	21	22	1.99
2992229--2992288	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
2993688--2993812	29	4.3	29	81	1	144	32	29	12	26	1.92
2993695--2993807	58	2.0	58	87	1	165	30	30	12	26	1.93
2993870--2993904	18	2.0	18	88	5	54	20	42	22	14	1.88
2997392--2997463	7	9.7	7	95	4	108	44	41	0	13	1.44
2997392--2997463	15	4.9	15	94	5	121	44	41	0	13	1.44
2998583--2998808	50	4.5	49	77	10	215	24	18	26	30	1.98
2998908--2998959	27	2.0	26	81	11	61	38	1	23	36	1.66
3011751--3012593	448	1.9	448	98	0	1650	35	20	14	29	1.92
3013035--3013374	50	6.9	49	76	6	308	28	26	18	26	1.98
3013043--3013381	148	2.3	149	91	3	547	27	27	19	25	1.99
3019418--3019612	95	2.0	96	98	1	374	23	26	22	28	1.99
3024515--3024600	43	2.0	43	97	0	163	41	24	11	22	1.86
3037952--3038022	37	1.9	37	91	0	115	29	30	15	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3038149--3038598	47	9.6	47	99	0	873	30	29	8	32	1.86
3044596--3044704	55	2.0	55	90	0	173	18	25	29	26	1.98
3045007--3045057	26	2.0	25	88	0	66	33	21	5	37	1.78
3049380--3049423	19	2.3	19	84	11	54	29	0	22	47	1.51
3053867--3053894	13	2.2	13	100	0	56	28	42	0	28	1.56
3057364--3057405	21	2.0	21	100	0	84	23	28	0	47	1.52
3060078--3060125	23	2.1	23	100	0	96	25	16	8	50	1.73
3074507--3074569	28	2.2	29	91	2	101	30	9	25	34	1.88
3074654--3074696	20	2.2	20	95	0	77	60	6	13	18	1.55
3074861--3074887	5	5.4	5	100	0	54	0	18	0	81	0.69
3077450--3078756	48	27.1	48	98	0	2184	31	7	30	29	1.86
3078878--3078956	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
3091764--3091913	75	2.0	74	88	1	219	22	26	13	36	1.91
3098019--3098091	36	2.0	36	94	0	128	53	10	15	20	1.71
3106230--3106299	35	2.0	35	97	0	131	27	28	7	37	1.83
3109645--3109822	27	6.6	27	83	3	205	27	14	27	30	1.95
3109646--3109801	82	1.9	81	88	3	233	27	14	27	30	1.95
3109642--3109822	82	2.2	81	83	2	229	27	14	27	30	1.95
3112491--3112534	21	2.1	21	86	0	61	29	9	6	54	1.58
3117112--3117239	64	2.0	64	93	0	220	31	17	14	37	1.89
3117306--3117477	45	3.8	45	74	11	147	30	17	23	28	1.97
3117561--3117893	177	1.9	177	85	0	459	32	18	21	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3121691--3121723	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
3124679--3124752	28	2.6	29	72	6	80	33	1	4	60	1.24
3134263--3134374	56	2.0	56	96	0	206	42	10	21	25	1.85
3143033--3143127	50	1.9	50	100	0	190	22	21	12	44	1.85
3143082--3143409	165	2.0	163	96	2	613	29	14	14	41	1.85
3143590--3143700	56	2.0	56	98	0	213	40	15	13	30	1.86
3146958--3147007	14	3.5	15	80	20	54	24	22	10	44	1.83
3155007--3155775	210	3.7	210	88	2	1034	30	18	21	28	1.97
3155924--3157012	567	1.9	566	95	0	1944	33	26	17	23	1.96
3157246--3157524	140	2.0	140	96	0	513	24	25	30	20	1.98
3159031--3159065	18	1.9	18	88	0	52	60	20	0	20	1.37
3159883--3159943	29	2.1	29	87	0	86	26	29	24	19	1.99
3175204--3175406	44	4.7	44	79	11	222	33	27	16	23	1.96
3175204--3175406	86	2.3	86	84	9	254	33	27	16	23	1.96
3178499--3178683	40	4.6	39	82	5	194	24	22	27	25	2.00
3178552--3178716	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
3180626--3180699	23	3.2	23	81	9	89	33	18	21	25	1.96
3180630--3180699	24	3.0	24	87	2	97	35	18	20	25	1.95
3182923--3182964	21	2.0	21	95	0	75	38	7	23	30	1.82
3186238--3186308	37	2.0	35	83	10	90	39	2	2	54	1.29
3194589--3194718	49	2.6	50	80	6	158	26	26	20	25	1.99
3196389--3196658	48	5.6	47	80	2	270	28	18	28	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3196392--3196659	96	2.8	96	83	2	333	29	18	28	23	1.98
3196376--3196658	144	2.0	144	84	4	374	28	18	28	25	1.98
3201574--3201929	40	8.9	40	89	0	541	25	29	21	23	1.99
3205200--3205331	66	2.0	66	100	0	264	39	24	7	28	1.82
3205576--3205710	69	2.0	69	100	0	270	34	28	11	25	1.91
3208470--3208519	21	2.4	21	93	0	82	20	20	14	46	1.84
3212388--3212538	28	5.4	28	91	1	214	33	28	12	25	1.92
3214812--3214865	26	2.1	26	100	0	108	35	3	22	38	1.72
3216603--3216656	27	2.1	25	83	10	65	24	3	0	72	1.01
3220616--3220651	6	6.0	6	96	0	63	16	33	13	36	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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