genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20983743--20983851	43	2.6	42	85	2	155	31	17	24	26	1.97
20990568--20990678	46	2.4	46	92	0	177	30	18	24	27	1.97
20994511--20995520	46	22.0	46	97	0	1869	37	15	23	23	1.93
20997950--20997997	10	4.8	10	86	0	60	22	8	4	64	1.38
20998271--20998341	35	2.0	35	94	0	124	19	16	16	46	1.84
21003701--21003783	5	17.0	5	83	14	111	20	0	0	79	0.73
21003711--21003783	30	2.4	29	95	4	128	20	0	0	79	0.73
21003865--21004024	75	2.1	75	87	2	223	28	32	11	27	1.91
21006586--21006611	4	6.5	4	100	0	52	53	0	0	46	1.00
21007236--21007285	10	5.0	10	81	13	59	22	10	0	68	1.19
21013468--21013794	47	6.9	48	72	17	201	27	30	16	24	1.97
21015006--21015053	20	2.4	19	83	10	60	10	33	20	35	1.87
21016882--21017006	48	2.7	47	81	7	139	24	28	17	29	1.97
21018496--21018531	13	2.8	13	91	0	54	30	50	16	2	1.60
21019829--21019890	26	2.3	26	89	8	90	46	22	14	16	1.83
21020797--21020838	21	2.0	21	100	0	84	28	23	0	47	1.52
21022697--21022723	7	3.9	7	100	0	54	55	0	0	44	0.99
21034814--21034850	18	2.1	18	89	0	56	37	18	24	18	1.94
21036452--21036502	12	4.2	12	82	7	52	13	3	1	80	0.94
21038373--21038426	25	2.2	24	77	9	56	16	7	5	70	1.30
21043951--21044078	64	2.0	64	95	3	231	39	19	2	39	1.65
21051875--21051935	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21054458--21054482	13	1.9	13	100	0	50	88	4	8	0	0.64
21055561--21055744	40	4.6	41	81	12	208	25	22	27	25	2.00
21055561--21055744	79	2.3	81	82	11	222	25	22	27	25	2.00
21055562--21055777	79	2.7	79	78	11	196	26	22	27	24	2.00
21057808--21057942	66	2.0	66	94	0	234	22	24	38	14	1.92
21062492--21062709	40	5.5	40	81	4	212	23	21	27	27	1.99
21070536--21070792	40	6.5	40	92	2	387	22	23	29	24	1.99
21081031--21081070	20	2.0	20	100	0	80	30	10	10	50	1.69
21081543--21081640	23	4.1	23	79	15	92	45	4	2	47	1.33
21081568--21081633	28	2.3	29	75	15	75	46	3	1	48	1.26
21083187--21083218	15	2.1	15	100	0	64	68	6	6	18	1.32
21088876--21088924	6	8.2	6	88	0	62	28	12	20	38	1.89
21096678--21096711	16	2.1	16	100	0	68	29	5	29	35	1.81
21096856--21096932	37	2.1	37	81	13	88	55	2	1	40	1.22
21097242--21097278	19	1.9	19	88	0	56	35	24	8	32	1.85
21107048--21107105	30	1.9	30	85	0	80	44	1	24	29	1.63
21107872--21108059	67	2.8	67	95	0	324	31	18	30	20	1.96
21111546--21111623	27	2.9	27	84	3	104	34	16	19	29	1.94
21112117--21112145	15	1.9	15	100	0	58	20	13	24	41	1.89
21117596--21117633	20	2.0	20	85	10	53	2	26	18	52	1.58
21128331--21128387	29	2.0	29	82	6	71	61	0	8	29	1.26
21128575--21128616	20	2.1	20	82	8	50	71	7	0	21	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21128745--21128808	17	3.8	16	72	10	56	57	1	6	34	1.33
21128836--21128887	21	2.3	23	84	15	74	71	0	0	28	0.87
21130604--21131382	206	3.8	206	88	1	1091	30	21	17	30	1.96
21130604--21131382	411	1.9	411	88	1	1166	30	21	17	30	1.96
21143041--21143099	29	2.0	29	83	6	75	61	0	8	30	1.26
21143429--21143469	19	2.2	19	86	8	57	56	0	4	39	1.21
21143429--21143495	15	4.5	15	76	16	59	56	0	4	38	1.19
21143454--21143523	17	4.2	17	73	10	56	58	0	7	34	1.25
21143548--21143599	21	2.3	23	84	15	74	71	0	0	28	0.87
21148236--21148293	30	1.9	30	85	0	80	20	37	25	15	1.92
21156373--21156592	40	5.6	40	82	4	250	25	26	22	24	2.00
21160127--21160171	21	2.1	21	83	0	54	33	24	0	42	1.55
21167051--21167268	40	5.5	40	89	2	298	24	27	23	23	2.00
21175067--21175218	27	5.6	27	92	3	232	26	13	28	30	1.94
21175067--21175218	55	2.8	55	92	0	250	26	13	28	30	1.94
21177877--21178814	40	23.5	40	98	0	1756	26	27	22	22	1.99
21180073--21180110	6	6.5	6	81	6	51	0	15	0	84	0.63
21180073--21180112	9	4.2	10	82	17	50	0	15	0	85	0.61
21186760--21187102	40	8.6	40	96	0	521	25	28	24	20	1.99
21188361--21188398	6	6.5	6	81	6	51	0	15	0	84	0.63
21188361--21188400	9	4.2	10	82	17	50	0	15	0	85	0.61
21196335--21196396	31	2.0	32	87	3	90	37	19	22	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21196342--21196482	67	2.0	67	86	5	192	31	21	27	19	1.97
21204159--21204203	16	2.8	16	86	6	56	42	6	0	51	1.28
21204584--21204643	30	2.0	30	83	6	77	38	6	26	28	1.81
21205065--21205241	47	3.8	47	79	12	202	22	19	28	29	1.98
21216260--21216437	27	6.6	27	83	5	180	29	28	15	26	1.96
21216281--21216436	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
21224378--21224554	27	6.6	27	83	5	180	29	27	15	27	1.96
21224399--21224553	81	1.9	80	86	3	222	29	27	16	27	1.97
21232444--21232621	27	6.6	27	85	3	214	30	28	14	26	1.95
21232465--21232620	82	1.9	81	89	3	242	30	28	14	26	1.95
21239984--21240086	6	16.8	6	71	15	68	47	16	17	18	1.83
21239993--21240086	37	2.5	37	85	0	116	47	15	18	18	1.82
21240029--21240101	31	2.4	31	90	0	110	52	15	16	16	1.76
21240246--21240347	27	3.8	26	89	3	132	37	21	23	17	1.94
21240506--21240570	22	3.0	22	77	8	69	33	23	21	21	1.97
21241014--21241211	27	7.3	27	87	0	261	24	21	20	33	1.97
21241021--21241214	81	2.4	81	89	1	291	25	21	19	32	1.97
21241214--21241380	27	6.2	26	86	5	199	29	9	19	40	1.84
21241199--21241380	81	2.3	81	84	8	230	29	9	20	40	1.85
21241230--21241397	27	6.2	26	82	6	138	29	8	20	41	1.83
21241199--21241407	81	2.6	81	82	8	223	30	9	20	40	1.84
21241401--21241607	27	7.7	27	87	0	281	39	7	23	29	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21241400--21241607	81	2.6	81	91	0	328	39	7	23	29	1.81
21243142--21243248	25	4.3	25	70	14	80	25	22	17	34	1.96
21243142--21243248	50	2.2	49	83	8	137	25	22	17	34	1.96
21246934--21246967	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
21248134--21248239	28	3.8	29	82	5	119	31	31	10	27	1.90
21252250--21252450	100	2.0	100	99	0	393	40	13	19	26	1.89
21255028--21255113	43	2.0	44	90	2	138	24	19	31	24	1.98
21255408--21255625	38	5.7	38	88	2	312	21	22	23	33	1.98
21255635--21255751	45	2.7	43	80	7	114	24	23	29	22	1.99
21257937--21258156	46	4.7	46	78	15	243	30	29	18	20	1.97
21258029--21258181	46	3.3	46	69	15	116	30	28	18	21	1.97
21261616--21261697	43	1.9	43	92	0	137	23	19	31	25	1.98
21261999--21262131	38	3.5	38	92	0	212	20	21	24	33	1.97
21262128--21262258	45	3.0	44	82	8	153	24	22	29	23	1.99
21263487--21263589	28	3.7	28	83	3	118	28	33	11	27	1.91
21263801--21263846	24	2.0	23	82	4	56	6	15	26	52	1.67
21266687--21266725	18	2.3	16	82	8	51	53	0	5	41	1.23
21267239--21267392	43	3.6	42	77	10	159	25	17	26	30	1.97
21284619--21284776	43	3.7	43	75	10	144	23	13	29	33	1.93
21284954--21284994	21	2.0	21	90	0	64	56	2	17	24	1.53
21288665--21288800	67	2.0	67	97	0	254	39	14	19	26	1.90
21289066--21289290	80	2.8	80	82	6	278	25	28	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21289068--21289290	119	1.9	120	82	6	283	25	27	21	25	2.00
21289066--21289290	40	5.6	41	84	6	250	25	28	21	24	1.99
21293574--21293632	22	2.7	23	84	5	70	16	18	27	37	1.93
21296985--21297058	22	3.4	22	79	3	78	14	27	22	35	1.94
21302720--21302756	18	2.1	18	89	0	56	18	0	24	56	1.41
21304084--21304150	29	2.3	29	94	2	116	19	25	29	25	1.98
21305934--21306250	39	8.1	39	96	0	562	24	30	24	20	1.99
21306195--21306309	61	1.9	61	94	0	203	24	29	23	22	1.99
21311281--21311448	46	3.6	46	74	12	164	20	18	30	30	1.97
21311234--21311394	47	3.5	47	72	14	172	21	18	30	30	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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