genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.153.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52037047--52037079	11	3.0	11	91	8	50	63	3	0	33	1.10
52037215--52037322	52	2.1	52	98	0	207	67	7	10	14	1.40
52038888--52038933	21	2.2	21	92	0	74	17	34	23	23	1.96
52041293--52041327	16	2.2	16	90	10	54	28	17	2	51	1.59
52044506--52044558	24	2.2	25	96	3	99	37	0	18	43	1.51
52045168--52045204	9	4.1	9	89	0	56	45	10	10	32	1.74
52045564--52045625	17	3.5	17	75	18	54	22	30	0	46	1.52
52046031--52046061	5	6.2	5	92	0	53	22	16	19	41	1.89
52058049--52058100	25	2.1	25	96	0	95	40	25	1	32	1.67
52059655--52059927	48	5.7	48	74	10	195	24	28	18	27	1.98
52067433--52067553	46	2.6	45	85	7	156	24	27	18	29	1.98
52073237--52073263	7	3.9	7	100	0	54	44	0	40	14	1.46
52082006--52082030	13	1.9	13	100	0	50	8	40	36	16	1.77
52089027--52089080	19	2.9	18	82	15	65	16	7	0	75	1.01
52095637--52095674	15	2.5	15	84	12	51	0	47	0	52	1.00
52097638--52097713	6	12.5	6	85	2	107	17	1	2	78	0.93
52097640--52097711	25	3.0	24	87	4	99	18	1	2	77	0.96
52106110--52106139	16	1.9	16	93	6	53	13	26	6	53	1.64
52110724--52110796	39	1.9	36	81	8	83	61	2	2	32	1.24
52118422--52118465	19	2.3	19	100	0	88	36	9	18	36	1.82
52118436--52118493	29	1.9	31	93	6	102	37	6	17	37	1.76
52126198--52126648	44	10.2	44	72	10	280	29	17	25	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52126198--52126641	132	3.4	132	93	0	737	30	17	25	26	1.98
52126202--52126654	88	5.2	86	73	13	323	29	18	25	27	1.98
52126585--52126677	44	2.1	44	95	0	168	31	16	27	24	1.96
52126931--52127045	44	2.6	44	100	0	230	27	15	25	31	1.96
52127019--52127463	205	2.2	203	94	1	775	29	19	22	28	1.98
52128003--52128046	19	2.3	19	96	0	79	36	6	18	38	1.77
52128017--52128074	29	1.9	30	89	6	91	37	5	18	37	1.74
52130253--52130299	4	12.2	4	77	8	53	44	0	0	55	0.99
52130253--52130279	14	1.9	14	100	0	54	44	0	0	55	0.99
52130961--52131009	22	2.3	21	82	10	55	30	10	4	55	1.52
52131616--52131711	49	1.9	50	81	10	117	62	4	3	30	1.29
52132506--52132552	24	2.0	22	84	8	58	36	0	2	61	1.08
52132508--52132555	22	2.2	22	81	7	53	37	0	2	60	1.09
52139182--52139237	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
52150000--52150024	9	2.8	9	100	0	50	48	8	24	20	1.76
52161733--52161832	39	2.6	38	78	7	112	38	5	8	49	1.54
52168471--52168533	30	2.1	30	97	2	119	38	3	0	58	1.14
52168901--52168927	13	2.1	13	100	0	54	51	0	11	37	1.37
52168979--52169055	9	8.6	9	75	11	68	48	15	1	35	1.54
52191115--52191284	26	6.5	26	99	0	331	34	24	7	34	1.82
52198401--52198541	27	5.2	27	80	11	173	17	24	23	34	1.96
52198398--52198541	54	2.7	54	93	2	236	17	25	23	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52198401--52198559	81	2.0	80	82	8	198	18	25	22	33	1.96
52206383--52206521	27	5.2	27	80	11	171	18	25	22	33	1.97
52206379--52206521	52	2.7	53	91	5	227	18	25	22	33	1.96
52208779--52209065	137	2.1	137	93	0	484	31	25	18	24	1.98
52209313--52209365	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
52210484--52210699	26	8.3	26	97	0	387	35	24	6	33	1.81
52214003--52214533	266	2.0	266	97	0	999	35	15	14	35	1.88
52216931--52216955	9	2.8	9	100	0	50	20	20	36	24	1.95
52217975--52218013	18	2.2	18	95	0	69	23	5	17	53	1.63
52221542--52221857	45	6.8	45	70	14	171	28	22	17	31	1.97
52221688--52221875	45	4.2	44	79	6	182	28	26	16	28	1.97
52221856--52221889	14	2.4	14	90	5	50	26	35	8	29	1.87
52232811--52232849	19	2.1	19	100	0	78	30	10	5	53	1.56
52235074--52235115	14	2.9	14	92	3	66	85	2	2	9	0.77
52235826--52236046	23	9.3	24	75	16	160	31	3	5	59	1.37
52235873--52236052	24	7.5	23	73	16	129	31	3	4	60	1.35
52235887--52236083	48	4.1	48	78	13	124	31	4	5	58	1.39
52236076--52236126	21	2.5	20	87	6	75	33	1	7	56	1.39
52236174--52236230	24	2.4	23	80	13	62	36	1	5	56	1.32
52236265--52236386	25	4.9	25	70	15	90	33	5	4	56	1.42
52236370--52236413	21	2.1	21	87	4	63	34	9	6	50	1.61
52251349--52252191	155	5.4	155	99	0	1641	31	17	18	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52252178--52252213	15	2.5	14	86	8	54	19	5	5	69	1.29
52264478--52264768	79	3.7	79	86	7	398	30	16	19	32	1.95
52264766--52264801	15	2.5	14	86	8	54	19	5	5	69	1.29
52264712--52265024	88	3.6	88	83	5	375	28	15	20	36	1.92
52264856--52264891	14	2.6	14	95	4	65	33	13	5	47	1.67
52265716--52265996	141	2.0	141	96	0	517	32	27	12	28	1.92
52266029--52266145	61	1.9	61	100	0	234	49	19	8	22	1.75
52266256--52266297	14	2.9	14	92	3	66	85	2	2	9	0.77
52273162--52273200	17	2.3	16	83	12	51	69	0	25	5	1.09
52274293--52274325	16	2.1	15	94	5	57	78	6	0	15	0.93
52281998--52282076	29	2.7	29	84	5	97	30	31	13	24	1.94
52288983--52289049	33	2.0	33	97	0	125	38	13	8	38	1.76
52294536--52294650	29	4.0	29	83	6	137	28	29	15	26	1.96
52294527--52294637	58	1.9	58	87	1	161	27	29	16	26	1.97
52296126--52296155	15	2.0	15	100	0	60	6	6	40	46	1.56
52300519--52301015	47	10.6	47	97	0	904	32	8	29	29	1.87
52304730--52304816	41	2.1	41	95	0	156	29	1	26	42	1.63
52310539--52310754	39	5.5	39	89	2	301	30	28	22	18	1.98
52312821--52312850	15	1.9	16	93	6	53	40	16	6	36	1.75
52315627--52315734	29	3.8	29	73	6	94	26	31	15	25	1.96
52315624--52315734	58	1.9	58	83	1	143	27	32	15	25	1.95
52320561--52320595	18	1.9	18	88	0	52	51	28	0	20	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52320659--52320704	17	2.5	19	82	13	60	58	6	0	34	1.24
52323218--52323282	28	2.3	28	89	0	94	30	27	9	32	1.88
52323904--52323942	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
52337433--52337586	76	2.0	76	94	0	272	35	10	18	36	1.85
52342053--52342167	29	4.0	28	78	4	113	29	27	15	26	1.96
52346577--52346676	29	3.5	29	84	1	121	26	28	18	28	1.98
52346568--52346676	58	1.9	58	86	1	157	26	27	16	29	1.97
52347645--52347807	40	4.1	40	91	0	245	36	28	18	17	1.93
52347645--52347807	80	2.0	80	93	0	281	36	28	18	17	1.93
52350111--52350161	24	2.1	24	88	0	75	13	23	15	47	1.82
52350119--52350154	16	2.2	16	90	0	54	16	25	13	44	1.85
52355180--52355270	42	2.1	43	82	8	105	38	24	14	23	1.91
52355145--52355310	43	3.9	42	75	8	138	35	25	15	23	1.94
52363335--52363380	20	2.3	20	96	0	83	15	32	30	21	1.94
52363344--52363385	20	2.2	19	91	8	68	14	23	33	28	1.94
52385047--52385089	21	2.0	21	95	0	77	18	30	23	27	1.98
52389046--52389072	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
52389519--52389613	28	3.4	28	89	2	129	27	12	27	32	1.93
52389547--52389629	27	3.0	27	85	5	78	31	12	24	32	1.91
52393630--52393724	46	2.0	47	95	4	174	29	14	9	46	1.76
52396463--52396514	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
52396444--52396581	67	2.1	67	86	2	188	18	26	22	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52403688--52403751	33	2.0	32	84	3	83	23	23	17	35	1.95
52404593--52404638	22	2.2	20	84	7	56	47	0	8	43	1.34
52409743--52409794	27	1.9	27	84	0	68	65	1	25	7	1.30
52412204--52412299	31	3.1	31	90	0	156	27	21	26	25	2.00
52412324--52412449	47	2.7	48	84	9	170	28	15	26	29	1.96
52412418--52412532	42	2.7	42	82	6	144	31	13	27	27	1.93
52416860--52416985	50	2.5	50	88	6	175	35	15	23	25	1.94
52416961--52417140	31	5.8	31	87	2	238	28	18	26	27	1.98
52417164--52417287	47	2.7	47	85	1	151	29	15	25	29	1.96
52418641--52418742	40	2.6	40	89	7	147	24	27	23	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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