genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.276.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95350703--95350767	26	2.5	26	76	2	67	18	21	24	35	1.96
95351443--95351563	42	2.8	42	86	6	154	26	16	23	33	1.95
95351467--95351585	43	2.8	43	79	12	138	24	17	24	33	1.96
95353307--95353334	14	2.0	14	100	0	56	21	14	35	28	1.92
95357785--95358259	54	8.8	53	83	4	510	39	18	9	32	1.84
95357785--95358284	27	18.6	27	82	4	458	39	18	10	32	1.84
95357785--95358259	81	5.9	81	82	3	532	39	18	9	32	1.84
95361517--95361720	38	5.4	38	86	0	264	31	25	20	22	1.98
95361517--95361720	76	2.7	76	90	1	302	31	25	20	22	1.98
95361517--95361733	114	1.9	114	84	3	294	30	25	21	22	1.98
95365896--95366338	221	2.0	222	98	0	861	23	26	17	32	1.96
95366837--95366909	38	1.9	38	100	0	146	45	26	8	20	1.79
95366621--95367085	241	1.9	241	97	0	878	37	26	12	24	1.90
95367952--95368084	38	3.5	38	91	0	212	33	27	20	19	1.97
95375725--95375780	15	3.7	15	77	17	71	62	12	14	10	1.55
95378697--95378824	50	2.6	49	88	3	177	32	27	17	23	1.96
95382311--95382445	43	3.1	44	79	11	129	25	14	23	35	1.94
95392745--95392962	47	4.6	47	97	0	400	28	29	9	32	1.88
95396659--95396890	40	5.8	40	92	0	365	25	29	21	22	1.99
95398278--95398322	8	5.6	8	83	0	54	2	20	17	60	1.47
95401525--95401582	29	2.0	29	100	0	116	37	17	6	37	1.76
95406542--95406627	30	2.9	30	70	6	75	58	12	15	13	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95415616--95415655	20	2.0	21	90	5	64	65	5	7	22	1.38
95417665--95417719	15	3.8	14	80	7	65	74	1	21	1	1.01
95422026--95422080	15	3.8	14	80	7	65	74	1	21	1	1.01
95441741--95441772	16	2.1	15	94	5	55	31	18	18	31	1.95
95444799--95445106	27	11.6	27	81	7	326	40	22	11	25	1.86
95444961--95445006	22	2.1	22	92	8	76	47	21	0	30	1.51
95445400--95445494	47	2.0	47	89	0	145	24	28	22	25	1.99
95450574--95450780	85	2.5	84	88	4	292	21	18	33	27	1.96
95458200--95458424	49	4.5	50	80	6	269	25	17	27	29	1.97
95460514--95460666	46	3.3	46	75	8	148	30	19	28	22	1.98
95462359--95462529	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
95462351--95462526	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
95464679--95464719	22	1.9	22	90	5	66	12	43	26	17	1.84
95465302--95465419	43	2.8	43	90	3	195	33	25	16	25	1.96
95481373--95481674	47	6.4	47	88	3	435	28	30	8	33	1.86
95484721--95484869	41	3.7	41	76	3	167	21	20	26	30	1.98
95487510--95487620	27	4.1	26	88	4	141	19	22	21	36	1.96
95496058--95496117	29	2.1	29	100	0	120	35	11	10	43	1.75
95497167--95497217	21	2.4	21	83	0	57	31	25	7	35	1.85
95499985--95500133	81	1.8	81	91	0	244	41	17	18	22	1.90
95499982--95500160	27	6.6	27	81	2	189	40	16	17	24	1.90
95499982--95500160	81	2.2	81	83	2	243	40	16	17	24	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95500490--95500566	18	4.3	18	72	6	75	24	18	16	40	1.91
95503761--95503958	27	7.3	27	84	6	249	44	20	14	20	1.86
95504352--95504446	34	2.8	34	90	0	136	27	22	25	25	2.00
95508527--95508743	46	4.7	46	98	0	407	19	24	29	25	1.99
95510490--95510845	40	8.9	40	96	0	633	24	20	30	24	1.99
95517447--95517499	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
95526454--95526645	41	4.7	40	82	3	206	35	15	25	23	1.94
95526456--95526645	82	2.3	82	84	1	249	35	14	25	23	1.93
95526546--95526612	21	3.2	21	67	12	57	29	13	32	23	1.93
95545788--95545899	45	2.5	45	91	0	170	24	16	26	32	1.96
95574690--95574729	18	2.2	18	100	0	80	45	0	27	27	1.54
95575631--95575669	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
95576108--95576222	55	2.1	56	83	8	146	34	21	24	19	1.96
95576133--95576222	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
95576328--95576392	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
95583504--95583542	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
95583981--95584095	55	2.1	56	83	8	146	34	21	24	19	1.96
95584006--95584095	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
95584201--95584265	28	2.3	28	86	5	87	29	7	29	33	1.85
95584512--95584543	8	4.0	8	91	0	55	3	25	25	46	1.67
95585332--95585364	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
95591372--95591410	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95591874--95591963	28	3.2	26	76	7	81	32	23	23	21	1.98
95592069--95592133	28	2.3	28	91	0	103	32	7	26	33	1.85
95593937--95594244	90	3.4	90	100	0	616	22	8	13	55	1.65
95602950--95603105	76	2.0	77	96	1	287	45	15	12	26	1.81
95605106--95605183	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
95605136--95605497	174	2.1	174	97	0	688	29	14	25	30	1.95
95605335--95605608	145	1.9	145	95	0	494	29	15	23	31	1.95
95611140--95611352	85	2.5	86	83	2	268	26	16	25	30	1.97
95611140--95611358	43	5.1	43	77	9	232	26	16	26	31	1.97
95614590--95614737	43	3.5	42	81	9	165	31	27	14	26	1.95
95616770--95616853	31	2.7	31	92	1	143	28	27	16	27	1.97
95616877--95616968	42	2.2	42	94	0	157	34	19	14	31	1.91
95617116--95617185	25	2.8	25	85	8	90	25	22	25	25	2.00
95617218--95617248	16	1.9	16	93	0	53	35	12	19	32	1.90
95617983--95618051	27	2.6	28	82	13	83	26	23	20	30	1.98
95617995--95618059	27	2.4	27	84	5	87	23	24	16	35	1.95
95619440--95619527	46	1.9	46	88	0	122	27	30	22	19	1.98
95620860--95620997	27	5.1	27	91	1	197	29	7	21	40	1.82
95620860--95621039	81	2.2	81	78	6	186	29	11	21	37	1.88
95620860--95621030	54	3.2	54	83	5	177	29	11	20	38	1.87
95621029--95621224	27	7.3	27	80	3	216	39	7	24	28	1.82
95621027--95621203	80	2.2	80	82	3	212	40	7	24	27	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95623266--95623404	27	5.1	27	84	1	172	30	14	17	38	1.89
95623266--95623423	54	2.9	53	78	2	174	27	14	17	40	1.88
95623266--95623427	81	2.0	80	85	3	218	27	14	17	40	1.88
95623292--95623462	80	2.1	80	79	5	175	28	15	18	38	1.90
95623832--95623893	18	3.4	18	86	0	70	24	20	11	43	1.85
95626586--95628569	939	2.1	939	97	0	3718	30	22	11	35	1.90
95634592--95634719	40	3.2	40	84	1	159	25	29	21	23	1.99
95634592--95634694	39	2.6	39	87	1	134	25	30	21	23	1.99
95634704--95634781	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
95635033--95635134	51	2.0	50	98	1	195	35	21	13	29	1.92
95636246--95636504	46	5.5	47	79	12	216	22	31	18	27	1.97
95636194--95636507	94	3.3	92	76	10	248	22	31	19	26	1.98
95636246--95636504	140	1.8	141	84	5	355	22	31	18	27	1.97
95637213--95637237	13	1.9	13	100	0	50	64	16	4	16	1.44
95643838--95644005	46	3.6	46	77	4	167	22	29	18	30	1.97
95643838--95644008	94	1.8	92	85	5	236	22	29	18	29	1.97
95643592--95643966	46	7.9	47	71	13	200	24	31	18	26	1.97
95644711--95644735	13	1.9	13	100	0	50	64	16	4	16	1.44
95645399--95645458	22	2.7	23	69	19	56	10	35	3	51	1.52
95646871--95647046	56	3.1	56	98	0	334	45	10	21	22	1.82
95646871--95647086	112	1.9	112	80	7	251	50	9	20	20	1.75
95653574--95653917	56	6.1	56	100	0	688	44	9	23	22	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95663917--95663972	19	3.3	19	62	27	52	39	0	39	21	1.54
95663907--95663977	32	2.2	32	100	0	142	43	0	32	23	1.54
95664026--95664091	18	4.0	18	66	28	56	34	0	39	25	1.56
95664054--95664094	18	2.3	18	91	0	73	39	0	36	24	1.56
95664055--95664102	18	2.6	18	90	3	60	45	0	31	22	1.53
95667250--95667282	16	2.0	17	88	5	50	36	9	9	45	1.68
95673350--95673466	43	2.7	43	82	5	146	32	17	22	28	1.96
95673300--95673612	146	2.2	144	81	4	380	30	17	23	29	1.97
95678385--95678438	18	3.0	18	100	0	108	33	11	22	33	1.89
95686100--95686172	31	2.4	30	82	8	78	38	4	17	39	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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