genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.286.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98818657--98819104	151	3.0	151	91	2	677	30	26	18	24	1.98
98819021--98819105	26	3.3	26	64	18	68	35	25	11	27	1.91
98831592--98831624	15	2.2	15	89	10	50	30	9	21	39	1.84
98832707--98832760	27	2.0	27	85	7	74	29	22	24	24	1.99
98838323--98838956	47	13.4	47	95	0	1034	30	28	7	33	1.85
98842131--98842522	40	9.8	40	89	1	561	26	27	21	24	1.99
98842282--98842354	23	3.4	23	62	21	59	21	27	26	24	2.00
98842661--98842736	36	2.1	36	100	0	152	35	26	2	35	1.71
98843927--98844341	47	8.7	47	94	1	677	29	30	7	32	1.85
98847997--98848062	34	1.9	34	84	0	87	33	10	18	37	1.85
98849859--98849933	31	2.4	31	95	0	132	28	25	17	29	1.97
98849956--98850047	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
98850192--98850289	26	3.8	26	86	4	137	30	23	20	25	1.98
98851090--98851167	27	2.9	27	79	11	88	20	20	21	37	1.95
98851212--98851341	27	4.7	27	74	11	102	30	6	18	43	1.76
98851298--98851436	27	5.2	26	80	6	143	30	11	20	37	1.88
98851295--98851436	54	2.6	54	79	5	162	30	11	21	36	1.89
98851426--98851624	27	7.4	27	85	3	249	37	8	25	29	1.84
98851414--98851624	80	2.6	80	85	5	221	37	9	24	29	1.86
98851426--98851624	54	3.7	54	87	2	276	37	8	25	29	1.84
98855149--98855211	30	2.1	30	87	0	90	60	12	3	23	1.47
98856622--98856653	15	2.1	15	100	0	64	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98871174--98871252	38	2.1	37	86	6	106	26	30	17	25	1.97
98871426--98872543	49	23.0	49	97	1	1894	31	28	8	32	1.86
98878480--98878722	45	5.4	45	85	2	299	43	16	22	18	1.88
98892659--98892865	101	2.0	101	83	7	260	39	14	23	23	1.91
98892707--98892929	101	2.2	101	81	6	256	39	13	23	22	1.90
98893586--98893729	71	2.0	71	93	0	243	34	20	19	25	1.96
98896199--98896314	57	2.0	58	83	11	150	29	18	6	45	1.73
98899148--98899283	48	2.8	48	82	2	148	29	24	17	28	1.97
98909101--98909294	99	2.0	99	98	0	379	27	25	22	24	2.00
98909528--98909739	106	2.0	106	98	0	406	33	20	16	28	1.95
98909827--98910014	94	2.0	94	98	0	367	30	23	19	26	1.98
98913603--98913709	53	2.0	53	100	0	214	28	18	26	27	1.98
98915574--98915641	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
98915743--98915821	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
98915464--98915815	173	2.0	173	90	1	544	31	24	13	30	1.94
98918690--98918732	18	2.3	18	88	11	61	37	13	25	23	1.92
98921633--98921894	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
98925210--98925255	18	2.5	18	80	16	58	28	10	0	60	1.30
98929820--98929845	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
98930303--98930347	23	2.0	23	86	0	63	60	2	2	35	1.22
98932963--98933014	15	3.1	18	71	21	58	48	3	7	40	1.50
98934757--98934808	24	2.2	24	92	0	86	51	7	3	36	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98947067--98947096	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
98947554--98947598	23	2.0	23	86	0	63	60	2	2	35	1.22
98949967--98949992	13	2.0	13	100	0	52	53	7	0	38	1.30
98954796--98954842	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
98962372--98962434	30	2.1	30	84	0	81	36	12	15	34	1.86
98963761--98963800	20	2.0	20	85	4	55	50	0	0	50	1.00
98963769--98963807	10	3.9	10	82	0	51	51	0	0	48	1.00
98966833--98966866	17	2.0	17	88	0	50	47	0	0	52	1.00
98970762--98970885	64	1.9	64	86	0	176	29	16	16	37	1.91
98970949--98971199	44	5.8	44	70	10	201	37	21	20	20	1.95
98970961--98971258	88	3.4	88	92	2	474	36	21	22	19	1.95
98971361--98971731	186	2.0	186	99	0	733	34	21	21	22	1.97
98972527--98972574	12	3.8	12	76	10	51	29	4	4	62	1.32
98972727--98972768	22	1.9	22	90	0	66	23	7	2	66	1.28
98979009--98979059	10	5.1	10	79	9	50	37	0	11	50	1.39
98980461--98980502	20	2.1	20	95	0	75	42	21	11	23	1.86
98984252--98984324	36	2.0	36	100	0	146	39	8	27	24	1.84
98985201--98985268	25	2.7	26	82	8	79	27	17	23	30	1.97
98989004--98989046	22	2.0	22	95	0	77	53	9	4	32	1.53
98989547--98989653	40	2.7	40	83	1	142	51	2	16	28	1.59
98990211--98990277	33	2.0	33	100	0	134	20	23	2	52	1.61
98994058--98994140	43	1.9	43	97	0	157	50	15	4	28	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98994518--98994557	20	1.9	21	85	10	55	57	0	7	35	1.27
98995900--98995943	24	2.0	23	86	13	65	20	38	11	29	1.87
98996933--98996973	21	2.0	20	85	4	55	7	0	9	82	0.83
98996921--98996973	17	3.3	15	79	12	52	7	0	11	81	0.88
98998798--98998847	23	2.1	23	85	7	64	40	2	10	48	1.48
99003143--99003178	18	2.0	18	94	0	63	69	0	30	0	0.89
99005538--99005602	18	3.6	18	68	15	53	35	13	4	46	1.64
99015677--99015957	64	4.4	64	96	0	476	40	4	7	46	1.53
99015930--99015959	14	2.1	14	93	0	51	56	6	0	36	1.26
99016323--99016553	33	7.0	33	77	4	171	24	16	38	19	1.92
99016322--99016548	66	3.4	67	77	6	221	24	15	40	19	1.91
99017351--99017377	14	1.9	14	100	0	54	37	7	18	37	1.79
99018569--99018785	104	2.0	109	85	9	295	54	6	4	34	1.46
99019700--99019732	5	6.4	5	96	3	57	18	3	0	78	0.87
99022562--99022614	22	2.6	20	80	11	63	5	13	9	71	1.29
99022616--99022671	3	18.7	3	100	0	112	67	0	0	32	0.91
99022687--99022716	12	2.5	12	100	0	60	6	16	0	76	0.99
99023430--99023471	4	10.5	4	89	0	66	23	4	0	71	1.05
99023567--99023607	17	2.3	18	80	12	50	26	4	0	68	1.10
99023599--99023624	4	6.5	4	100	0	52	26	0	0	73	0.84
99023869--99023895	12	2.2	12	100	0	54	7	14	29	48	1.71
99023931--99024171	41	5.9	41	88	3	308	32	22	24	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99024393--99024456	7	9.0	7	77	3	56	23	3	26	46	1.67
99024409--99024459	15	3.5	15	81	2	59	21	1	29	47	1.62
99025055--99025136	8	10.8	8	84	10	100	67	2	0	30	1.04
99025055--99025136	30	2.7	32	79	14	100	67	2	0	30	1.04
99027865--99027912	20	2.4	21	82	10	64	22	2	6	68	1.23
99027976--99028029	28	2.0	28	85	3	74	27	3	3	64	1.27
99027990--99028049	17	3.3	19	70	11	54	26	6	3	63	1.35
99029141--99029174	10	3.2	10	84	15	50	67	0	0	32	0.91
99032977--99033015	5	7.8	5	100	0	78	41	0	0	58	0.98
99033611--99033645	18	1.9	18	94	0	61	74	2	0	22	0.95
99037316--99037362	16	2.7	17	80	9	51	63	4	0	31	1.13
99037319--99037367	17	2.7	19	78	15	59	61	8	0	30	1.25
99037581--99037663	3	28.3	3	73	20	54	66	1	3	28	1.16
99037586--99037663	18	4.2	18	76	13	70	66	1	3	28	1.17
99038080--99038162	38	2.2	38	93	0	139	21	12	48	18	1.80
99038571--99038841	68	4.0	68	90	1	409	29	23	22	24	1.99
99047363--99047504	72	2.0	72	97	0	266	19	13	21	45	1.84
99047516--99047562	19	2.5	19	86	6	60	42	8	19	29	1.80
99050261--99050303	18	2.4	18	84	7	52	62	9	0	27	1.25
99051268--99051362	26	3.8	26	83	5	115	31	23	17	27	1.97
99051323--99051409	23	3.7	23	82	3	102	33	24	14	27	1.95
99057975--99058101	60	2.1	59	85	4	166	35	7	16	40	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99058582--99058653	37	2.0	35	91	5	117	37	13	8	40	1.75
99059152--99059201	26	1.9	27	84	8	68	44	12	2	42	1.53
99063319--99063426	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
99067289--99067341	26	2.0	26	82	7	63	26	11	20	41	1.86
99068827--99068910	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
99073543--99073611	34	2.0	34	94	5	122	26	14	14	44	1.83
99075117--99075169	27	2.0	27	82	14	65	20	1	3	73	1.08
99076502--99076661	45	3.6	45	77	1	124	27	20	11	41	1.86
99077570--99077621	26	2.0	26	88	0	77	30	21	1	46	1.62
99077770--99077804	18	2.0	18	88	5	54	54	0	22	22	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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