genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.37.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12576440--12576618	43	4.2	43	77	7	150	27	15	24	32	1.95
12579676--12579718	22	2.0	21	90	4	68	25	2	18	53	1.56
12581573--12581665	48	1.9	48	97	0	177	40	13	24	20	1.89
12584409--12584525	55	2.1	55	82	1	137	29	28	23	18	1.98
12598520--12598771	55	4.8	53	80	9	248	34	18	25	21	1.96
12598524--12598724	108	1.8	110	89	4	318	33	18	25	22	1.97
12598963--12598993	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
12605901--12605966	19	3.2	19	77	18	62	53	1	1	43	1.19
12611031--12611088	26	2.3	26	87	3	82	36	8	6	48	1.61
12612080--12612126	18	2.6	18	86	6	60	63	2	2	31	1.18
12612874--12612923	13	3.9	13	76	5	57	2	28	4	66	1.21
12612867--12612924	25	2.4	25	79	2	73	1	25	3	68	1.14
12628295--12628329	17	2.0	18	88	5	54	8	8	0	82	0.83
12631569--12631599	5	6.0	5	92	7	53	61	0	0	38	0.96
12644939--12644972	15	2.3	15	94	0	59	26	26	11	35	1.91
12645242--12645281	17	2.4	17	86	0	53	65	2	12	20	1.38
12645409--12645447	10	3.9	10	80	12	53	69	2	7	20	1.26
12646090--12646131	3	14.0	3	100	0	84	0	0	33	66	0.92
12649367--12649446	42	1.9	42	89	0	124	25	28	23	22	1.99
12650348--12650518	94	1.8	94	83	5	231	24	29	18	27	1.98
12650344--12650520	46	3.8	44	78	13	137	23	29	18	27	1.98
12650857--12650914	30	1.9	30	96	0	107	36	24	5	34	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12651878--12651939	5	11.4	5	81	13	70	75	1	0	22	0.88
12651860--12651938	12	5.9	14	72	17	62	73	1	2	22	1.03
12651878--12651939	33	1.9	33	87	9	92	75	1	0	22	0.88
12658352--12658389	10	3.8	10	83	13	51	65	2	7	23	1.32
12660559--12660889	163	2.0	163	99	0	653	37	9	10	42	1.72
12661013--12661040	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
12671751--12671901	75	2.0	75	85	2	205	33	13	9	43	1.77
12673850--12674266	188	2.2	186	84	3	527	31	9	15	43	1.79
12673899--12674279	185	2.0	185	85	6	520	32	9	14	43	1.77
12674245--12674801	184	3.0	183	89	3	825	26	10	17	45	1.80
12674262--12674803	182	3.0	180	89	3	816	27	9	17	45	1.80
12676938--12676970	8	4.2	8	92	3	50	9	18	27	45	1.79
12680344--12680501	26	6.1	26	98	0	298	35	25	7	31	1.84
12682120--12682248	48	2.7	48	85	2	170	41	23	13	20	1.88
12682230--12682280	21	2.4	22	87	9	70	43	25	11	19	1.85
12682551--12682595	6	7.3	6	84	2	54	48	24	2	24	1.62
12685951--12686008	21	2.8	21	78	0	71	37	32	13	15	1.87
12689278--12689328	19	2.8	18	88	5	68	49	1	5	43	1.38
12689293--12689329	19	1.9	19	100	0	74	51	5	5	37	1.48
12693437--12693531	48	1.9	48	81	8	111	25	17	25	31	1.97
12697563--12697787	29	7.8	29	76	5	197	21	25	14	38	1.91
12697574--12697787	86	2.5	86	85	2	286	21	26	13	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12697635--12697785	57	2.6	56	76	12	162	19	27	13	40	1.88
12699726--12699783	26	2.2	25	85	8	80	29	22	17	31	1.96
12700256--12700280	13	1.9	13	100	0	50	56	8	8	28	1.57
12704375--12704426	27	2.0	26	84	3	68	46	11	21	21	1.82
12709615--12709656	18	2.4	18	84	4	50	30	19	14	35	1.91
12712014--12712052	14	2.6	15	88	8	53	38	12	15	33	1.85
12724957--12725103	48	3.1	48	79	0	168	25	26	21	26	1.99
12724999--12725194	102	1.9	102	90	0	311	27	26	19	26	1.99
12724999--12725157	54	3.1	54	72	9	159	27	26	20	25	1.99
12727754--12727797	21	2.1	21	95	0	79	31	9	20	38	1.84
12740356--12740439	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
12741222--12741326	30	3.5	29	75	15	81	23	12	6	57	1.59
12741353--12741459	4	26.8	4	69	14	60	22	7	1	68	1.25
12741430--12741472	19	2.3	19	84	8	52	25	4	2	67	1.22
12741444--12741501	23	2.5	22	72	5	53	17	12	3	67	1.36
12741569--12741623	11	5.0	11	75	12	51	23	9	0	67	1.19
12741683--12741708	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
12761872--12762290	51	8.7	50	68	13	216	34	15	19	29	1.93
12761938--12762294	45	7.5	45	71	11	205	35	15	20	29	1.93
12761869--12762187	96	3.3	96	86	1	433	35	15	18	29	1.92
12762019--12762294	141	2.0	141	85	2	376	33	15	21	29	1.94
12761872--12762280	192	2.1	190	79	8	434	34	16	18	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12762495--12762528	14	2.5	14	85	4	52	70	11	0	17	1.16
12763193--12763292	4	24.8	4	70	11	53	22	8	1	69	1.21
12763191--12763260	37	1.9	36	85	2	95	18	10	1	70	1.23
12763263--12763305	19	2.3	19	84	8	52	25	6	0	67	1.15
12763234--12763328	23	4.3	22	75	14	70	22	10	2	65	1.34
12763486--12763521	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
12766245--12766466	46	4.8	46	78	8	236	21	19	28	30	1.97
12766244--12766412	93	1.8	93	89	0	266	22	19	27	30	1.98
12769323--12769379	28	2.0	28	93	3	96	59	1	0	38	1.08
12773210--12773237	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
12775355--12775697	177	1.9	177	98	0	668	41	12	15	30	1.84
12775674--12775709	12	3.0	12	91	0	54	38	16	13	30	1.88
12782692--12782732	18	2.2	18	87	12	57	26	2	9	60	1.40
12788442--12788481	19	2.1	19	95	0	71	42	12	10	35	1.76
12795709--12795892	40	4.6	40	84	7	237	27	26	22	23	2.00
12795709--12795892	83	2.3	80	87	3	262	27	26	22	23	2.00
12807595--12807778	40	4.6	40	87	7	264	25	27	23	23	2.00
12807595--12807778	83	2.3	80	90	3	289	25	27	23	23	2.00
12816966--12817079	35	3.3	35	83	4	158	44	21	7	26	1.79
12824197--12824308	35	3.2	35	81	5	145	41	24	9	25	1.85
12829509--12829549	21	2.0	21	90	0	64	14	21	2	60	1.45
12836643--12836773	50	2.6	49	83	3	129	29	28	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12836690--12836827	50	2.7	51	86	2	170	32	28	15	23	1.95
12836701--12836829	52	2.5	50	87	2	168	31	28	15	24	1.95
12841487--12841617	50	2.6	49	83	3	129	29	28	18	24	1.98
12841534--12841671	50	2.7	51	86	2	170	32	28	15	23	1.95
12841545--12841673	52	2.5	50	87	2	168	31	28	15	24	1.95
12844539--12844728	40	4.8	40	86	2	265	23	22	28	25	1.99
12848112--12848326	47	4.6	47	89	1	324	33	8	29	28	1.87
12848445--12848520	37	2.1	37	89	0	116	23	18	31	26	1.97
12853084--12853153	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
12853084--12853181	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
12855458--12855497	21	2.0	21	90	5	64	32	0	22	45	1.53
12867618--12867710	39	2.4	40	82	7	102	34	17	13	34	1.89
12874107--12874266	43	3.7	43	79	6	164	31	26	17	24	1.97
12874107--12874266	86	1.9	85	83	8	209	31	26	17	24	1.97
12877169--12877544	48	7.9	47	78	8	321	24	27	19	29	1.98
12877166--12877546	96	4.0	95	80	7	369	24	27	19	29	1.98
12881352--12881611	45	5.8	44	85	4	315	24	20	16	38	1.92
12881352--12881611	90	2.9	89	87	2	358	24	20	16	38	1.92
12881308--12881611	135	2.3	135	84	3	380	24	20	16	39	1.92
12881508--12881707	104	1.9	105	88	1	303	26	21	15	37	1.92
12881553--12881670	59	2.0	60	84	1	157	23	23	14	38	1.92
12881620--12881705	45	1.9	45	88	6	131	30	19	11	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12897314--12897379	9	7.3	9	75	0	60	28	7	28	34	1.85
12897310--12897389	18	4.4	18	93	0	115	28	8	26	36	1.86
12902365--12902478	43	2.7	43	81	1	140	21	15	29	32	1.95
12902462--12902566	43	2.4	43	84	9	142	21	17	27	33	1.96
12902536--12902635	51	2.0	51	85	0	137	25	16	27	32	1.96
12906275--12906331	29	2.0	29	85	0	78	8	10	17	63	1.51
12915562--12915599	18	2.1	18	85	9	51	42	15	26	15	1.87
12918449--12918530	41	2.0	41	97	0	155	20	17	28	34	1.95
12921076--12921107	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
12929947--12929973	14	1.9	14	100	0	54	22	7	11	59	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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