genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.230.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79515006--79515066	30	2.0	30	83	0	77	29	22	6	40	1.79
79519733--79519776	20	2.3	20	88	7	65	9	34	36	20	1.84
79524409--79524495	43	2.0	43	93	0	147	25	17	18	39	1.92
79528893--79528957	20	3.2	20	65	8	58	43	27	9	20	1.82
79537758--79537784	11	2.5	11	100	0	54	29	0	0	70	0.88
79537725--79537793	33	2.1	34	81	13	81	33	0	4	62	1.15
79544943--79545318	188	2.0	188	92	0	626	29	23	20	26	1.98
79548885--79549069	79	2.3	81	83	9	229	25	27	22	24	2.00
79548885--79549069	40	4.7	40	80	12	211	25	27	22	24	2.00
79549990--79550064	37	2.0	37	97	0	141	44	18	17	20	1.88
79552243--79552290	19	2.5	19	93	0	78	35	22	33	8	1.84
79552257--79552296	8	4.6	8	82	17	53	27	25	37	10	1.88
79555221--79555440	109	2.0	110	94	0	388	28	14	29	27	1.95
79559512--79559557	19	2.4	19	88	0	74	30	21	36	10	1.88
79559887--79559950	33	2.0	32	87	3	92	21	23	18	35	1.95
79573464--79573648	40	4.7	40	80	7	200	24	22	27	25	2.00
79573464--79573648	79	2.3	81	81	7	218	24	22	27	25	2.00
79573517--79573681	79	2.1	79	82	6	192	26	20	27	25	1.99
79576071--79576269	6	32.3	6	67	16	104	48	14	17	20	1.81
79576097--79576269	31	5.6	31	90	0	265	47	15	17	19	1.82
79576171--79576228	19	3.4	19	65	30	58	46	17	17	18	1.84
79576415--79576556	71	2.1	67	82	5	167	32	22	25	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79576775--79576834	27	2.2	27	90	0	93	45	5	21	28	1.73
79578144--79578317	93	1.9	93	91	2	287	27	28	21	22	1.99
79578136--79578305	46	3.7	46	78	6	191	28	28	20	21	1.98
79578187--79578330	46	3.1	46	71	15	125	28	27	20	22	1.99
79579604--79580073	27	17.4	27	90	0	652	40	5	21	31	1.77
79580249--79580294	18	2.6	18	82	3	58	15	36	26	21	1.93
79584215--79584310	48	2.0	48	100	0	192	35	10	18	35	1.85
79590249--79590358	39	2.8	39	95	0	193	22	21	30	25	1.99
79590249--79590406	78	2.0	77	79	6	167	24	23	27	24	2.00
79591397--79591600	50	4.1	50	77	6	223	25	17	25	31	1.97
79594636--79594806	43	4.0	43	86	1	236	22	30	21	25	1.99
79597992--79598126	68	2.0	68	95	0	243	42	21	8	27	1.81
79600455--79600498	20	2.3	18	84	7	52	25	29	34	11	1.91
79602975--79603102	47	2.7	47	85	2	150	33	28	14	23	1.93
79607046--79607174	64	2.0	64	96	0	240	36	4	10	48	1.59
79609040--79609089	24	2.0	25	85	11	68	56	0	36	8	1.29
79612010--79612092	31	2.7	30	90	3	123	22	22	16	37	1.94
79612313--79612407	25	3.8	25	95	0	172	25	23	26	25	2.00
79612454--79612492	10	3.8	10	93	6	69	30	17	17	33	1.94
79612454--79612493	21	1.9	21	100	0	80	30	17	17	35	1.93
79612532--79612582	25	2.0	25	88	0	75	25	17	23	33	1.96
79622401--79622623	40	5.6	40	86	3	236	24	21	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79622476--79622658	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
79628737--79628917	50	3.6	49	76	11	188	25	19	25	28	1.99
79628737--79628920	101	1.8	101	86	2	271	25	20	26	28	1.99
79629017--79629068	26	2.0	26	81	11	61	36	3	23	36	1.73
79640335--79641170	52	16.1	52	99	0	1654	34	7	23	34	1.83
79642791--79642930	27	5.2	27	84	8	180	16	23	24	35	1.95
79642791--79642930	54	2.6	53	89	3	210	16	23	24	35	1.95
79643028--79643113	26	3.2	27	84	12	106	17	23	23	36	1.95
79643028--79643131	27	3.9	26	85	9	122	19	24	21	35	1.96
79643702--79643733	16	2.0	16	93	0	55	59	12	3	25	1.48
79646490--79646557	18	3.2	22	64	29	56	33	17	29	19	1.95
79646477--79646561	42	2.0	42	95	0	152	31	15	31	21	1.94
79648030--79648865	52	16.1	52	99	0	1654	34	7	23	34	1.83
79650485--79650598	27	4.2	27	76	6	115	17	22	23	35	1.95
79650485--79650598	54	2.1	54	88	3	167	17	22	23	35	1.95
79653000--79653054	28	1.9	28	88	3	83	69	3	18	9	1.30
79653961--79653985	12	2.1	12	100	0	50	56	0	0	44	0.99
79655866--79656014	56	2.7	54	83	8	158	20	18	33	28	1.96
79667532--79667610	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
79667729--79668069	47	7.2	47	94	1	583	28	31	8	31	1.87
79680909--79681086	47	3.8	47	76	6	157	32	26	19	21	1.97
79680915--79681086	94	1.8	93	83	3	229	31	26	19	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79682539--79682630	9	9.9	9	73	13	53	54	4	8	32	1.51
79682542--79682581	18	2.3	17	91	4	62	47	2	15	35	1.58
79682967--79683019	9	5.7	9	81	4	52	50	1	11	35	1.49
79682970--79683009	18	2.3	17	91	4	62	47	2	15	35	1.58
79682201--79683048	428	2.0	428	100	0	1696	42	15	10	31	1.81
79685172--79685203	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
79686009--79686111	54	1.9	53	84	5	136	43	12	8	34	1.74
79689523--79689742	47	4.7	47	77	14	220	24	28	18	28	1.98
79690973--79691060	44	2.0	44	100	0	176	27	15	13	43	1.85
79695811--79695836	11	2.4	11	100	0	52	50	23	7	19	1.73
79696803--79696829	14	1.9	14	100	0	54	51	14	3	29	1.60
79700781--79701096	48	6.6	48	83	4	284	30	18	28	22	1.98
79700919--79701094	95	1.9	95	87	2	264	27	21	31	19	1.97
79702053--79702260	40	5.2	40	82	7	253	25	27	21	25	1.99
79702049--79702257	79	2.6	79	82	8	255	25	27	21	24	1.99
79708090--79708168	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
79708286--79709119	47	17.7	47	99	0	1596	28	29	10	31	1.90
79715052--79715260	79	2.6	78	81	8	235	26	27	20	24	1.99
79715075--79715260	40	4.6	41	82	7	213	26	27	21	24	1.99
79721481--79721535	27	2.0	27	96	0	101	34	18	30	16	1.93
79723456--79723548	45	2.1	45	100	0	186	26	19	21	32	1.97
79723566--79723932	48	7.6	48	85	1	432	29	17	28	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79729543--79729727	40	4.6	40	83	3	228	22	27	25	24	2.00
79734592--79734702	49	2.2	51	93	4	190	27	13	30	27	1.94
79734655--79734749	47	2.0	47	82	8	113	30	12	28	28	1.93
79738767--79738830	27	2.4	27	87	7	96	40	21	20	17	1.91
79740311--79740363	24	2.2	24	89	0	79	20	43	3	32	1.70
79749574--79750450	93	9.4	93	99	0	1745	29	29	19	21	1.98
79763150--79763216	28	2.4	28	87	0	98	20	11	38	28	1.88
79763645--79763742	44	2.2	44	87	1	133	33	7	34	24	1.83
79768490--79768626	47	3.0	46	82	1	157	40	13	25	20	1.89
79768486--79768626	46	3.0	47	82	2	169	39	13	25	21	1.90
79774241--79774315	28	2.7	28	85	8	107	24	14	34	26	1.94
79774743--79774833	44	2.1	44	91	4	148	31	2	37	28	1.69
79779178--79779305	47	2.7	47	86	0	166	24	13	28	33	1.93
79783351--79783532	49	3.8	48	80	9	176	27	17	29	25	1.97
79789246--79789313	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
79789135--79789462	174	1.9	174	97	0	620	30	24	14	29	1.95
79789415--79789493	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
79796086--79796183	41	2.4	40	84	1	124	24	16	26	32	1.96
79796087--79796206	41	3.0	39	76	11	109	25	15	25	34	1.94
79796446--79796487	17	2.5	17	96	0	75	38	19	9	33	1.84
79803653--79803760	40	2.7	40	89	0	162	25	17	24	32	1.97
79808236--79808304	30	2.3	30	94	0	120	21	40	20	17	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79813160--79814162	51	19.8	51	96	0	1766	25	20	24	29	1.99
79816866--79816898	15	2.2	15	94	0	57	18	12	12	57	1.64
79818945--79819003	30	2.0	29	87	9	84	37	8	27	27	1.85
79819499--79820332	50	16.7	50	100	0	1668	24	16	29	29	1.96
79824987--79825022	16	2.2	16	90	0	54	44	13	27	13	1.82
79825236--79825337	28	3.6	28	89	0	150	23	16	35	24	1.95
79829976--79830009	18	1.9	18	88	5	52	41	11	17	29	1.85
79839977--79840038	26	2.3	27	83	10	83	32	16	25	25	1.96
79840119--79840230	27	4.2	27	91	1	154	21	22	20	35	1.96
79840381--79840481	33	3.2	32	77	16	86	27	24	22	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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