genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.188.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64541470--64541542	38	1.9	38	97	0	137	39	27	8	24	1.84
64544403--64544442	11	3.6	11	93	0	62	60	0	0	40	0.97
64545337--64545376	20	2.1	18	90	9	62	37	5	7	50	1.53
64547127--64547208	9	8.6	10	75	20	61	57	0	2	40	1.12
64547140--64547208	19	3.6	19	72	18	54	59	0	2	37	1.12
64547120--64547208	28	3.1	28	72	6	90	59	0	2	38	1.10
64547127--64547208	10	8.7	9	74	22	62	57	0	2	40	1.12
64547103--64547272	9	18.0	9	68	16	60	60	1	3	34	1.25
64547202--64547266	19	3.4	19	70	18	53	58	3	4	33	1.34
64552282--64552358	34	2.3	34	82	8	86	32	12	14	40	1.84
64552294--64552371	34	2.3	34	80	10	97	28	12	15	43	1.83
64553180--64553208	5	5.8	5	100	0	58	37	0	0	62	0.96
64553403--64553452	23	2.3	20	80	16	55	46	4	0	50	1.20
64555646--64555771	28	4.6	27	72	18	100	22	15	6	55	1.63
64559270--64559294	11	2.3	11	100	0	50	36	24	8	32	1.84
64559475--64559921	223	2.0	223	100	0	894	21	26	9	43	1.82
64562190--64562223	15	2.3	15	94	0	59	64	5	2	26	1.30
64562583--64562629	24	2.0	24	86	0	67	70	2	6	21	1.20
64562938--64562970	17	1.9	17	88	11	50	42	0	0	57	0.98
64567208--64567300	44	2.1	46	82	8	111	34	23	6	35	1.81
64570762--64570929	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
64570785--64570929	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64576230--64576328	49	2.0	49	96	0	180	19	3	47	30	1.64
64580662--64580763	51	2.0	51	98	0	195	33	9	28	28	1.89
64585101--64585186	39	2.2	39	89	0	127	29	9	15	46	1.76
64585276--64585329	26	2.1	26	100	0	108	35	7	14	42	1.74
64591353--64591402	25	2.0	25	88	7	75	34	10	14	42	1.78
64595486--64595539	27	2.0	27	96	0	99	31	7	24	37	1.83
64603207--64603234	8	3.5	8	100	0	56	57	0	0	42	0.99
64609763--64610024	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
64617777--64618038	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
64620484--64621101	48	12.9	48	79	6	576	28	18	28	24	1.98
64626339--64626446	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
64633437--64633544	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
64637848--64637876	14	2.0	15	93	6	51	24	0	20	55	1.44
64640097--64640175	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
64640294--64640857	47	11.5	47	74	16	410	28	29	8	32	1.87
64640481--64640526	23	2.0	23	100	0	92	30	26	4	39	1.75
64640436--64640573	70	2.0	70	95	0	249	30	26	7	36	1.83
64640389--64640620	117	2.0	117	95	0	419	30	27	7	34	1.85
64640483--64640539	23	2.4	23	91	5	87	33	26	1	38	1.67
64640506--64640857	190	1.9	188	98	1	677	29	29	8	32	1.86
64646059--64646198	33	4.2	33	85	3	138	38	33	8	19	1.82
64646099--64646209	33	3.4	33	89	0	168	39	33	9	18	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64647249--64647319	37	1.9	37	91	0	115	38	16	16	28	1.91
64648588--64648628	21	2.0	20	85	4	55	26	14	0	58	1.37
64648840--64648864	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
64649152--64649200	24	2.0	25	84	11	66	12	10	8	69	1.37
64652774--64652826	27	2.0	27	88	0	79	33	15	16	33	1.90
64655548--64655772	40	5.7	40	86	5	296	24	22	28	25	2.00
64655548--64655805	119	2.2	119	81	6	292	25	21	27	25	1.99
64658058--64658120	27	2.3	27	97	0	117	38	17	3	41	1.65
64660728--64660778	27	1.9	26	88	4	75	37	17	25	19	1.94
64667835--64667975	67	2.0	67	85	5	183	31	22	27	18	1.97
64667905--64667956	27	2.0	26	84	3	68	32	21	26	19	1.97
64670437--64670550	43	2.7	43	83	2	140	31	23	16	28	1.96
64674111--64674150	16	2.6	16	84	4	55	57	2	10	30	1.45
64674356--64674393	20	2.0	20	89	5	60	47	0	18	34	1.49
64674193--64674658	232	2.0	232	100	0	932	36	9	20	33	1.84
64674588--64674625	20	2.0	20	89	5	60	47	0	18	34	1.49
64680050--64680184	71	1.9	71	95	0	243	23	8	29	37	1.85
64681102--64681719	324	1.9	324	99	0	1218	32	10	22	33	1.89
64681680--64681797	40	2.9	41	93	2	195	22	22	27	27	1.99
64682063--64682167	40	2.6	40	92	3	167	21	22	28	26	1.99
64681416--64682167	383	2.0	383	100	0	1504	30	13	24	31	1.94
64682063--64682200	40	3.5	40	87	4	156	23	21	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64690021--64690268	40	6.2	40	89	3	335	22	22	27	27	2.00
64692419--64692478	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
64692720--64692767	20	2.3	22	78	7	55	27	4	25	43	1.72
64703614--64703707	40	2.3	40	83	3	118	22	25	26	25	2.00
64703530--64703880	179	2.0	178	92	1	587	27	16	24	31	1.96
64711556--64711813	40	6.5	40	88	2	351	23	24	27	24	2.00
64714154--64714213	27	2.3	26	85	2	84	23	18	16	41	1.90
64718165--64718342	27	6.6	27	83	5	180	29	27	15	27	1.96
64718186--64718341	82	1.9	81	86	3	224	28	27	16	27	1.97
64718608--64718879	136	2.0	136	99	0	535	29	22	13	33	1.93
64727128--64727207	31	2.5	31	85	2	106	52	12	13	21	1.73
64727344--64727445	27	3.8	26	84	5	114	37	20	23	18	1.94
64727604--64727668	22	3.0	22	77	8	69	32	23	23	21	1.98
64728095--64728289	27	7.3	27	83	2	250	25	21	18	33	1.96
64728095--64728290	54	3.6	54	87	3	279	25	21	18	34	1.96
64728271--64728485	27	8.0	26	79	6	99	32	7	21	38	1.81
64728311--64728479	54	3.1	54	77	1	178	31	8	19	40	1.81
64728321--64728479	81	2.0	81	83	2	203	32	8	19	38	1.83
64728311--64728479	27	6.3	27	83	0	158	31	8	19	40	1.81
64736138--64736642	47	10.7	47	96	0	886	28	30	8	32	1.87
64741939--64742122	40	4.6	40	76	10	171	25	28	21	25	1.99
64741939--64742123	79	2.3	82	80	9	204	25	28	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64748391--64748575	40	4.6	39	80	6	185	24	22	27	25	2.00
64748391--64748575	79	2.3	81	81	7	209	24	22	27	25	2.00
64748392--64748608	79	2.7	78	78	11	192	26	21	27	24	1.99
64748863--64749101	118	2.0	119	95	0	435	20	21	17	39	1.92
64750187--64750789	131	4.6	132	94	0	985	28	19	24	28	1.98
64752724--64752763	21	1.9	21	84	0	53	55	7	10	27	1.60
64753702--64753844	51	2.9	51	80	11	136	12	23	2	61	1.42
64754810--64754850	11	3.8	11	90	3	66	17	7	4	70	1.28
64754812--64754856	12	4.0	11	83	11	56	17	8	4	68	1.32
64754812--64754851	10	3.6	12	87	12	59	12	7	5	75	1.18
64756522--64757327	132	6.2	132	88	3	1177	29	18	23	28	1.98
64757653--64757763	19	5.8	19	89	0	177	39	9	13	37	1.76
64757660--64757763	38	2.7	38	98	0	199	40	8	12	38	1.74
64757653--64757789	19	6.9	21	85	4	114	38	8	14	38	1.76
64761292--64762488	245	4.9	245	98	0	2286	35	17	18	28	1.94
64770741--64770793	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
64779768--64779917	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
64779740--64779917	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
64779741--64779896	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
64784355--64784460	56	1.9	56	96	0	194	41	10	21	26	1.85
64790816--64790859	14	3.1	14	86	3	61	2	22	2	72	1.07
64790805--64790856	15	3.5	15	74	10	54	1	21	1	75	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64792339--64792399	10	6.1	10	74	12	54	32	13	24	29	1.93
64792340--64792400	20	3.0	20	83	9	79	32	13	26	27	1.93
64796928--64796991	25	2.6	25	82	0	65	28	23	18	29	1.98
64796949--64797005	25	2.3	24	84	3	69	26	24	19	29	1.98
64796950--64797017	25	2.8	24	76	10	66	29	25	19	26	1.98
64814297--64814365	35	2.0	35	97	0	129	43	20	11	24	1.85
64814865--64815089	40	5.7	40	88	3	285	28	28	19	22	1.98
64816361--64816760	200	2.0	200	99	0	791	32	24	12	31	1.92
64822963--64823945	40	24.6	40	97	0	1792	27	29	19	22	1.98
64826288--64826316	12	2.4	12	100	0	58	24	13	27	34	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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