genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.105.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36076360--36076419	23	2.6	23	86	7	77	61	1	5	31	1.27
36078850--36078907	24	2.5	24	80	5	66	43	0	0	56	0.99
36078914--36078980	27	2.5	27	79	13	75	47	1	1	49	1.19
36078906--36079102	67	3.1	64	70	24	180	44	1	2	51	1.22
36078926--36079118	59	3.1	59	72	13	181	43	1	2	52	1.22
36078965--36079016	26	2.0	27	81	11	63	44	0	0	55	0.99
36078953--36079033	8	10.1	8	67	15	51	39	2	0	58	1.12
36078867--36079118	126	2.0	126	93	0	432	43	1	1	53	1.19
36088096--36088226	35	3.6	37	80	14	164	33	22	11	32	1.90
36092670--36092703	15	2.3	15	100	0	68	26	5	32	35	1.81
36094857--36094954	49	2.0	49	91	0	160	41	9	34	14	1.77
36100110--36100270	38	4.2	38	92	0	241	30	27	22	19	1.98
36106786--36106830	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
36106486--36106990	253	2.0	252	94	1	877	33	11	20	34	1.88
36110170--36110207	13	3.0	13	82	17	53	39	0	0	60	0.97
36120884--36120912	14	2.1	14	100	0	58	51	13	13	20	1.75
36123458--36123512	9	5.9	9	79	8	56	60	1	3	34	1.25
36127388--36127434	24	2.0	24	87	4	69	44	12	19	23	1.85
36127473--36127518	23	1.9	24	86	8	67	39	19	19	21	1.93
36127499--36127550	25	2.1	24	89	3	77	40	23	21	15	1.91
36129143--36129248	44	2.4	43	83	7	133	47	11	13	28	1.77
36132640--36132705	31	2.1	32	85	5	89	10	31	0	57	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36133097--36133124	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
36136255--36136297	18	2.4	17	84	7	50	51	4	0	44	1.22
36136800--36136860	24	2.5	23	73	19	61	29	4	0	65	1.13
36136925--36136975	17	2.8	18	82	8	59	35	0	1	62	1.06
36136927--36137028	9	11.3	9	74	19	61	37	0	1	59	1.15
36136927--36136997	18	3.9	18	79	7	72	39	0	1	59	1.06
36136965--36137022	19	3.0	19	80	7	64	39	1	1	56	1.19
36137321--36137346	10	2.6	10	100	0	52	30	7	0	61	1.24
36136947--36138077	265	4.4	260	81	7	1347	32	8	10	49	1.66
36137511--36137549	20	1.9	21	84	5	53	35	0	2	61	1.10
36137537--36137602	29	2.3	29	80	12	73	24	3	1	71	1.09
36137760--36137812	9	5.7	9	82	8	52	33	1	1	62	1.17
36137760--36137804	19	2.4	18	82	10	54	33	2	2	62	1.20
36137728--36137812	28	3.0	27	73	10	73	35	2	1	61	1.17
36137817--36137846	12	2.4	13	94	5	53	20	0	6	73	1.05
36137580--36138560	245	4.0	240	82	7	1171	31	7	12	48	1.68
36138220--36138287	9	7.7	9	80	9	68	35	0	1	63	1.04
36138223--36138275	19	2.9	19	80	5	56	35	0	1	62	1.06
36138216--36138284	28	2.5	28	85	2	86	36	0	1	62	1.04
36137580--36138560	484	2.0	480	87	5	1395	31	7	12	48	1.68
36138550--36138609	16	3.9	16	72	12	54	21	0	1	76	0.87
36138550--36138597	13	4.0	12	80	15	55	20	0	0	79	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36138553--36138606	19	2.8	20	86	10	69	20	0	1	77	0.86
36138526--36138615	10	9.1	9	72	17	54	23	0	3	73	0.98
36138567--36138615	19	2.7	19	78	6	57	22	0	2	75	0.90
36139602--36139645	11	4.0	11	78	0	52	56	6	13	22	1.61
36139593--36139645	22	2.4	22	77	0	52	56	7	15	20	1.63
36140222--36140277	29	1.9	30	82	7	71	51	0	3	44	1.18
36142602--36142656	20	2.8	21	75	10	53	36	1	1	60	1.18
36148760--36148843	25	3.4	25	90	3	125	29	15	28	26	1.96
36160865--36160899	18	1.9	18	88	0	52	42	2	20	34	1.66
36161048--36161087	16	2.5	17	84	12	57	40	0	2	57	1.12
36161843--36161876	15	2.1	15	89	10	50	64	0	35	0	0.94
36161842--36161880	17	2.3	18	82	13	55	66	0	33	0	0.92
36162597--36162730	45	2.7	50	75	15	136	21	21	17	38	1.93
36162612--36162722	45	2.5	45	89	2	161	22	19	17	40	1.91
36162702--36162735	6	5.7	6	85	0	50	17	23	14	44	1.86
36162852--36162999	18	8.2	18	84	0	188	35	11	15	37	1.84
36162852--36162999	54	2.7	54	89	2	226	35	11	15	37	1.84
36163952--36164155	42	4.8	42	84	1	228	28	21	15	34	1.94
36164098--36164211	54	2.1	54	90	3	176	27	19	13	40	1.88
36166317--36166366	10	5.0	10	81	13	59	68	2	8	22	1.26
36166984--36167167	96	1.9	97	88	3	282	31	25	14	28	1.95
36175832--36175869	10	3.8	10	83	13	51	65	2	7	23	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36180261--36180318	26	2.2	26	93	0	98	37	22	3	36	1.71
36181184--36181221	19	2.0	19	100	0	76	21	10	26	42	1.85
36189199--36189246	17	2.5	20	77	19	57	64	0	2	33	1.05
36191420--36191444	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
36194144--36194571	150	2.9	150	82	2	538	30	19	22	27	1.98
36194454--36194919	117	4.0	117	81	3	496	26	20	22	29	1.99
36194457--36194883	234	1.8	234	83	4	565	25	21	22	30	1.99
36197509--36197591	28	3.0	28	100	0	166	42	14	10	32	1.80
36204320--36204357	20	1.9	20	84	10	51	55	7	0	36	1.29
36204317--36204365	19	2.5	20	77	9	57	59	8	0	32	1.27
36205234--36205282	19	2.6	19	83	0	71	59	4	8	28	1.45
36205622--36205666	23	2.0	23	86	4	65	42	2	13	42	1.56
36210000--36210051	26	2.0	26	100	0	104	19	23	7	50	1.73
36210026--36210143	46	2.6	46	90	0	191	18	21	13	46	1.83
36210201--36210356	33	4.7	33	73	9	138	23	28	19	28	1.98
36211570--36212642	536	2.0	536	99	0	2110	31	15	9	43	1.79
36212729--36212787	30	1.9	31	83	10	77	28	20	1	49	1.59
36214177--36214229	19	3.0	17	78	10	61	35	9	18	35	1.84
36214201--36214259	22	2.7	22	84	7	75	37	1	18	42	1.61
36215813--36215859	14	3.5	13	78	18	51	40	4	0	55	1.19
36218200--36218256	20	2.8	19	79	10	60	24	0	33	42	1.55
36218240--36218270	7	4.4	7	91	0	53	12	0	45	41	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36219569--36219686	40	3.0	40	97	0	218	34	33	17	14	1.90
36221867--36221891	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
36222422--36222577	70	2.2	71	94	3	271	47	3	7	41	1.49
36222805--36222832	9	3.1	9	100	0	56	42	25	0	32	1.55
36224929--36224957	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
36227463--36227732	43	6.3	43	77	0	238	24	17	24	34	1.96
36231293--36231319	14	1.9	14	100	0	54	18	0	0	81	0.69
36240690--36241841	40	28.9	40	94	1	1839	25	27	22	25	2.00
36242336--36242513	89	2.0	89	98	0	347	36	24	11	28	1.89
36245497--36245608	24	4.8	23	76	3	80	36	16	21	25	1.94
36245497--36245600	47	2.2	47	84	3	129	37	15	21	25	1.93
36245523--36245612	24	3.8	24	79	2	101	36	15	21	26	1.93
36245497--36245612	47	2.5	47	84	2	126	36	15	21	26	1.93
36255022--36255054	16	2.1	16	94	0	57	15	9	18	57	1.63
36260428--36260452	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
36262024--36262123	27	3.8	26	82	7	103	39	18	11	32	1.85
36262021--36262124	53	1.9	54	84	5	140	37	18	11	32	1.87
36262080--36262138	27	2.2	27	84	0	73	38	18	15	27	1.91
36263316--36263493	43	4.2	42	75	12	141	26	26	21	25	1.99
36263316--36263493	85	2.1	84	85	5	234	26	26	21	25	1.99
36264575--36264615	20	2.0	20	95	0	73	39	14	2	43	1.59
36264714--36264782	25	2.8	24	75	12	61	28	18	26	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36264751--36264829	23	3.4	23	72	14	63	37	15	20	26	1.92
36266879--36266950	32	2.2	32	85	4	101	15	30	31	22	1.94
36270305--36270366	31	2.0	31	100	0	124	41	19	9	29	1.83
36281268--36281348	32	2.5	32	75	0	81	34	17	19	28	1.95
36281839--36281940	27	3.8	27	84	0	114	27	23	18	30	1.98
36281950--36282098	27	5.6	27	83	4	167	33	9	18	38	1.83
36281931--36282112	54	3.4	53	82	4	204	34	9	17	39	1.81
36281931--36282148	27	8.1	27	78	8	158	32	9	19	38	1.84
36281959--36282148	54	3.5	54	82	4	197	31	10	20	38	1.85
36282450--36282484	17	2.0	17	88	5	52	17	37	28	17	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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