genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.236.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81617754--81617808	25	2.2	26	78	15	62	49	0	9	41	1.34
81618670--81618870	43	4.6	45	74	11	152	25	18	26	29	1.98
81618675--81618875	84	2.3	87	77	6	205	25	17	26	29	1.98
81620944--81621119	39	4.5	39	94	0	298	24	27	22	25	2.00
81620916--81621119	78	2.6	78	88	1	275	24	27	23	25	2.00
81632848--81632889	21	2.0	20	86	4	57	50	23	2	23	1.61
81642991--81643214	48	4.6	48	83	1	216	25	28	17	28	1.98
81642989--81643214	96	2.3	96	80	0	254	25	28	18	28	1.98
81643643--81643683	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
81649816--81649892	39	2.0	39	97	0	145	20	24	29	24	1.99
81651759--81651804	23	2.0	23	95	0	83	28	13	23	34	1.92
81655367--81655404	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
81659110--81659185	40	1.9	39	84	7	100	25	22	21	31	1.98
81663110--81663169	30	2.0	30	87	3	86	31	25	3	40	1.72
81665808--81665868	30	2.0	30	87	0	86	29	24	8	37	1.84
81666770--81666889	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
81668336--81668744	47	8.6	47	92	4	590	34	8	28	28	1.87
81668336--81668744	96	4.3	94	88	5	590	34	8	28	28	1.87
81681533--81681570	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
81681800--81681970	93	1.8	93	91	2	281	28	27	21	22	1.99
81681795--81681967	46	3.7	46	77	14	185	29	26	20	23	1.99
81682390--81682449	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81687526--81687572	19	2.5	20	93	6	80	29	17	17	36	1.92
81687834--81688712	73	12.0	73	99	0	1740	31	2	33	31	1.72
81699434--81699777	27	12.7	27	82	3	307	39	20	9	30	1.85
81700012--81700124	41	2.8	41	79	4	138	26	19	26	27	1.99
81700277--81700341	22	3.0	22	80	8	78	20	26	23	30	1.98
81707127--81707170	22	2.0	22	81	0	52	13	22	22	40	1.89
81713860--81714167	43	7.2	43	94	0	517	11	24	32	32	1.90
81714324--81714423	29	3.4	29	68	15	89	24	19	26	31	1.98
81714321--81714489	58	2.9	58	91	2	270	23	17	29	30	1.97
81714353--81714507	29	5.4	29	67	11	86	22	15	31	30	1.95
81714346--81714485	29	4.9	28	69	11	95	24	16	29	30	1.96
81714321--81714512	58	3.3	57	87	4	253	23	16	30	29	1.96
81716012--81716051	13	3.0	13	80	20	55	32	2	12	52	1.52
81720381--81720493	46	2.5	44	86	4	145	24	30	19	25	1.98
81720381--81720506	46	2.8	46	81	10	127	24	29	19	26	1.99
81723596--81723710	29	4.0	29	80	12	114	28	26	14	29	1.95
81723589--81723697	57	1.9	57	83	5	139	27	27	15	29	1.96
81740937--81741051	29	4.0	28	80	10	126	29	28	13	27	1.95
81740928--81741043	57	2.0	57	83	6	146	29	30	13	26	1.94
81742546--81742579	16	2.1	16	88	0	50	23	2	23	50	1.63
81749747--81749971	47	4.7	47	87	3	308	31	9	31	28	1.88
81749768--81749971	96	2.1	96	90	1	313	31	9	30	27	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81750090--81750168	37	2.1	37	83	4	97	25	18	30	25	1.98
81752034--81752136	43	2.4	43	98	0	197	23	15	34	26	1.94
81752118--81752191	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
81752504--81752713	40	5.2	40	88	2	280	23	22	28	25	2.00
81756261--81756514	47	5.4	47	91	0	382	33	9	29	27	1.88
81756633--81756711	37	2.1	37	86	4	106	25	20	30	24	1.98
81758577--81758722	43	3.4	43	98	0	283	23	15	34	26	1.94
81758704--81758777	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
81759167--81759323	40	3.9	40	88	0	233	27	21	26	24	1.99
81759088--81759323	80	3.0	80	80	5	210	26	22	26	24	2.00
81759090--81759320	120	1.9	120	82	5	288	26	22	26	24	2.00
81759486--81759537	25	2.1	25	82	7	61	32	7	28	30	1.85
81770587--81770701	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
81770587--81770720	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
81783918--81783996	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
81784115--81785233	49	23.1	49	97	0	2037	30	28	8	32	1.87
81788553--81788870	48	6.6	47	78	5	289	28	19	28	23	1.98
81788550--81788870	96	3.3	97	81	4	339	28	19	28	23	1.98
81788540--81788871	144	2.3	144	82	4	393	28	18	28	24	1.98
81791950--81792122	46	3.8	45	77	13	190	22	21	26	29	1.99
81791947--81792117	93	1.8	93	92	0	288	22	21	27	28	1.99
81794732--81795004	47	5.8	47	73	15	187	25	19	29	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81806857--81807075	109	2.0	109	99	0	429	23	22	17	36	1.95
81812616--81812799	40	4.7	40	81	8	207	25	26	23	25	2.00
81817624--81817736	27	4.1	27	80	10	106	37	21	23	17	1.94
81819169--81819242	24	3.1	24	90	0	112	21	40	5	32	1.76
81820433--81820665	116	2.0	116	94	0	412	34	35	14	15	1.88
81820698--81820749	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
81820833--81820884	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
81820685--81820903	67	3.3	67	76	13	268	31	23	27	16	1.96
81821482--81821533	27	2.0	26	84	3	68	28	17	21	32	1.96
81821572--81821815	122	2.0	122	96	0	452	28	29	20	20	1.98
81829291--81829321	14	2.1	14	94	5	53	58	12	0	29	1.35
81830218--81830277	27	2.3	26	82	2	66	33	20	25	21	1.97
81833390--81833514	29	4.3	29	87	1	171	26	12	31	29	1.93
81835676--81835819	54	2.7	54	78	0	171	34	25	6	34	1.83
81835689--81835791	27	3.8	27	94	0	161	29	27	6	36	1.82
81835644--81835936	27	10.9	27	79	4	155	36	24	8	31	1.85
81835643--81835992	54	6.5	54	72	6	145	36	22	8	32	1.85
81835770--81835998	27	8.4	27	76	8	144	38	20	9	31	1.84
81836039--81836112	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
81836052--81836116	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
81836927--81836995	25	2.8	25	86	6	95	23	27	24	24	2.00
81837171--81837323	78	2.0	78	90	0	243	28	16	22	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81837295--81837409	31	3.7	31	94	1	196	29	16	26	27	1.97
81840122--81840191	25	2.8	24	91	4	104	24	27	24	24	2.00
81840121--81840204	25	3.4	24	83	8	98	27	23	23	25	2.00
81840339--81840472	42	3.2	42	98	0	259	31	14	20	33	1.93
81840496--81840672	31	5.7	31	98	0	338	28	16	26	28	1.97
81842298--81842331	16	2.1	16	88	0	50	11	11	2	73	1.20
81845971--81846080	29	3.9	29	83	2	107	24	31	18	25	1.97
81849511--81849587	28	2.7	29	85	4	102	27	31	16	24	1.97
81849658--81849691	18	1.9	18	88	5	52	20	38	23	17	1.93
81849810--81849844	8	4.4	8	85	0	52	14	8	20	57	1.63
81852199--81852376	40	4.5	40	87	3	243	24	22	27	25	2.00
81859654--81860219	282	2.0	282	100	0	1132	30	22	14	33	1.93
81871637--81871871	117	2.0	117	100	0	470	23	20	20	35	1.96
81873483--81873747	40	6.7	40	85	5	286	26	27	21	24	1.99
81873450--81873747	80	3.7	80	79	9	263	25	27	21	25	1.99
81873679--81873756	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
81881437--81881859	40	10.6	40	93	1	636	26	27	20	24	1.99
81887087--81887151	29	2.3	28	86	2	85	29	27	1	41	1.65
81889446--81889539	33	2.9	33	74	18	99	28	26	21	23	1.99
81889477--81889531	29	1.9	28	88	3	83	27	27	23	21	1.99
81889545--81889627	31	2.7	30	92	7	141	28	26	15	28	1.96
81889846--81889915	25	2.8	25	93	0	113	24	22	25	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81890842--81891061	27	8.1	26	76	10	93	32	7	17	42	1.78
81890849--81891056	54	3.8	54	76	5	186	30	7	18	44	1.76
81890905--81891055	81	1.9	81	83	2	196	29	6	19	45	1.75
81891050--81891178	27	4.8	27	87	1	179	38	10	22	28	1.86
81891012--81891191	81	2.2	81	77	2	191	35	8	21	34	1.85
81891048--81891178	54	2.4	54	92	0	217	38	9	22	28	1.86
81890903--81891217	27	11.7	27	78	3	152	33	8	20	37	1.83
81891043--81891216	81	2.1	81	75	4	181	36	9	20	33	1.85
81897372--81897595	46	4.8	47	78	10	180	30	19	27	23	1.98
81914807--81914973	82	2.0	82	97	0	316	37	13	16	33	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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