genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8422760--8422813	21	2.6	21	76	23	60	51	0	7	40	1.30
8423918--8423953	17	2.1	18	90	10	58	44	2	2	50	1.31
8431621--8431656	11	3.4	10	88	11	54	0	13	0	86	0.58
8443322--8443351	11	2.7	11	89	0	51	66	0	6	26	1.16
8444560--8444697	54	2.6	54	95	0	249	29	23	19	26	1.98
8445116--8445155	15	2.7	15	96	0	71	20	15	20	45	1.86
8455639--8455779	70	2.0	70	97	0	264	41	18	5	34	1.74
8457997--8459314	442	3.0	440	94	0	2321	25	18	21	33	1.97
8460749--8460780	17	1.9	17	93	6	57	56	0	6	37	1.25
8460940--8460987	24	2.0	24	88	8	71	68	0	31	0	0.90
8461109--8461164	27	2.1	27	100	0	112	30	0	21	48	1.51
8466844--8466869	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
8469181--8469216	18	2.1	18	90	10	58	72	0	8	19	1.10
8469273--8469305	5	6.6	5	100	0	66	81	0	0	18	0.68
8469258--8469769	79	6.5	79	100	0	1024	56	10	11	21	1.65
8469352--8469384	5	6.6	5	100	0	66	81	0	0	18	0.68
8469431--8469463	5	6.6	5	100	0	66	81	0	0	18	0.68
8469510--8469542	5	6.6	5	100	0	66	81	0	0	18	0.68
8469589--8469621	5	6.6	5	100	0	66	81	0	0	18	0.68
8469668--8469700	5	6.6	5	100	0	66	81	0	0	18	0.68
8472469--8472518	21	2.3	21	83	16	59	24	0	46	30	1.53
8472483--8472540	22	2.6	22	86	2	71	24	3	46	25	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8472489--8472542	22	2.5	22	87	0	72	24	3	48	24	1.67
8472572--8472622	14	3.6	14	76	10	50	17	0	39	43	1.49
8473137--8473183	18	2.6	19	83	6	62	21	36	4	38	1.73
8475997--8476049	27	2.0	27	88	7	81	35	1	18	43	1.62
8478146--8478179	15	2.3	15	94	0	59	14	11	20	52	1.73
8479452--8479549	43	2.3	43	89	0	142	24	14	29	31	1.94
8481982--8482044	31	2.0	31	93	0	108	55	14	12	17	1.69
8487911--8487945	7	5.0	7	92	0	61	57	2	0	40	1.14
8500761--8500787	13	2.1	13	100	0	54	29	0	22	48	1.51
8501842--8501925	44	1.9	44	83	7	109	22	16	28	32	1.96
8504149--8504211	23	2.7	23	77	0	63	33	15	28	22	1.95
8509635--8509758	43	2.9	43	87	1	160	21	29	21	27	1.99
8520027--8520095	30	2.3	31	92	2	113	17	30	24	27	1.97
8529407--8529431	9	2.8	9	100	0	50	88	0	12	0	0.53
8529561--8529626	32	2.1	32	97	0	123	39	1	27	31	1.66
8530050--8530084	12	3.0	12	87	8	54	2	0	14	82	0.77
8541382--8541424	18	2.4	18	84	7	52	25	16	4	53	1.62
8544296--8544682	176	2.2	175	86	1	542	34	18	19	27	1.96
8548468--8548512	14	3.1	14	80	20	56	66	0	28	4	1.11
8548468--8548507	17	2.4	17	87	8	55	65	0	30	5	1.14
8550591--8550633	20	2.2	20	86	0	59	44	23	23	9	1.82
8566461--8566515	28	1.9	28	85	3	74	23	40	20	16	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8571696--8572103	206	2.0	206	85	3	563	32	18	11	38	1.86
8572833--8572892	20	3.0	20	69	9	59	13	30	21	35	1.92
8577789--8577875	41	2.2	40	97	2	165	35	13	17	33	1.89
8580888--8580931	22	1.9	24	86	9	65	18	2	4	75	1.09
8583346--8583386	17	2.4	18	80	12	50	56	0	0	43	0.99
8592834--8592894	30	2.0	30	100	0	122	55	6	3	34	1.42
8599835--8599971	69	2.0	69	91	2	222	43	18	22	16	1.88
8613171--8613260	46	1.9	48	90	4	148	26	18	28	25	1.98
8613232--8613289	29	2.0	29	100	0	116	27	24	27	20	1.99
8620453--8620510	30	1.9	30	82	0	71	34	12	24	29	1.91
8620849--8620974	47	2.7	45	81	15	141	27	19	30	23	1.98
8620854--8621024	46	3.7	46	77	12	161	28	19	29	22	1.98
8620900--8621067	46	3.7	43	77	9	147	27	17	30	23	1.97
8624557--8624670	42	2.7	41	85	8	158	28	17	26	28	1.98
8636987--8637104	43	2.8	42	76	11	116	26	17	25	30	1.97
8638842--8638885	14	3.1	14	86	0	61	47	15	0	36	1.46
8641234--8641317	44	1.9	44	92	0	141	41	23	14	20	1.89
8648049--8648073	12	2.1	12	100	0	50	48	16	0	36	1.46
8648856--8648884	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
8653032--8653066	18	1.9	18	94	0	61	51	14	0	34	1.42
8653031--8653069	18	2.3	16	80	16	51	53	12	0	33	1.39
8655029--8655189	24	6.6	25	70	10	84	24	14	29	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8662414--8662572	49	3.3	48	78	6	158	25	12	29	32	1.92
8662412--8662573	24	6.7	24	73	4	137	24	12	30	32	1.92
8663935--8664075	27	5.2	27	81	11	173	36	24	22	17	1.95
8663953--8664075	54	2.3	54	95	0	219	34	24	24	16	1.95
8664167--8664241	28	2.8	25	80	9	78	33	10	21	34	1.88
8664479--8664515	8	4.6	8	86	0	56	5	24	18	51	1.67
8665422--8665484	31	2.0	31	96	0	117	50	15	11	22	1.75
8665724--8665915	26	7.2	26	86	6	267	35	23	7	33	1.82
8665723--8665890	84	2.0	84	98	0	327	35	23	7	33	1.82
8671162--8671320	27	5.9	27	82	11	166	34	21	23	20	1.96
8671180--8671320	54	2.6	54	89	2	194	34	22	23	19	1.96
8672944--8673779	52	16.1	52	99	0	1654	34	23	7	34	1.83
8676634--8676663	13	2.3	13	94	0	51	73	10	10	6	1.25
8686911--8687086	46	3.8	45	74	10	176	21	19	28	30	1.98
8686908--8687078	93	1.8	93	89	0	270	21	20	28	29	1.98
8690030--8690073	15	2.9	15	80	12	54	11	15	15	56	1.66
8692483--8692655	46	3.8	45	73	10	170	20	17	29	32	1.96
8692477--8692647	93	1.8	93	87	2	254	20	18	29	31	1.96
8697826--8697856	13	2.4	13	88	0	53	51	16	0	32	1.44
8706197--8706227	13	2.4	13	88	0	53	51	16	0	32	1.44
8711806--8711884	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
8712005--8712131	47	2.7	47	81	2	139	25	31	10	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8715592--8716024	50	8.6	50	75	5	336	26	18	24	30	1.98
8715643--8715832	101	1.9	101	80	0	227	27	20	22	28	1.99
8715602--8716029	151	2.8	151	87	3	576	26	18	24	30	1.98
8715794--8715975	101	1.8	101	91	0	301	26	20	25	27	1.99
8716236--8716267	16	2.1	16	94	5	57	43	0	18	37	1.51
8718373--8718446	20	3.3	20	67	22	58	20	18	33	27	1.96
8722167--8722324	43	3.7	43	73	9	133	34	27	15	21	1.94
8722165--8722324	87	1.9	85	85	7	225	35	28	15	21	1.94
8723289--8723341	26	2.0	26	82	13	65	49	13	1	35	1.53
8728878--8729039	43	3.8	42	78	4	155	31	27	17	24	1.97
8728878--8729039	85	1.9	85	82	8	204	31	27	17	24	1.97
8729968--8730020	26	2.0	26	82	13	65	49	11	3	35	1.57
8734631--8734668	20	1.9	20	94	0	67	23	10	28	36	1.88
8734709--8734733	13	1.9	13	100	0	50	32	16	8	44	1.76
8735328--8735366	20	1.9	21	89	5	62	71	2	7	17	1.21
8736634--8736703	24	2.9	24	89	0	95	30	18	25	25	1.98
8736638--8736749	24	4.6	24	76	11	88	32	16	25	25	1.97
8743117--8743155	20	1.9	21	89	5	62	71	2	7	17	1.21
8744667--8744809	72	2.0	72	97	0	268	45	6	25	22	1.77
8745215--8745503	144	2.0	144	99	0	569	28	12	18	40	1.87
8745537--8745807	136	2.0	136	97	0	515	35	9	20	34	1.85
8754719--8754933	45	4.9	45	87	4	280	26	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8760901--8761121	46	4.8	46	84	1	271	42	12	23	20	1.87
8760909--8761121	93	2.3	92	85	0	282	43	13	23	20	1.86
8764132--8764181	25	2.0	25	96	0	91	10	30	16	44	1.80
8771256--8771422	44	3.9	43	78	7	142	32	26	19	22	1.97
8774198--8774489	73	4.0	73	99	0	575	63	8	6	21	1.46
8781585--8781618	13	2.6	13	100	0	68	32	11	32	23	1.91
8789740--8789911	40	4.3	39	87	2	218	31	18	13	36	1.90
8789740--8789911	80	2.2	80	88	4	249	31	18	13	36	1.90
8792185--8792228	22	2.0	22	90	0	70	27	4	22	45	1.72
8793108--8793162	21	2.5	22	85	2	67	16	34	32	16	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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