genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  29  of  290  ( 34714 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9881605--9881869	93	2.9	93	83	6	324	23	28	20	28	1.98
9882211--9882268	30	1.9	30	92	0	98	27	25	13	32	1.94
9884051--9884144	27	3.5	27	85	0	107	28	25	23	22	1.99
9885261--9885322	24	2.7	24	82	5	65	51	9	8	30	1.63
9887204--9887354	42	3.6	42	83	1	185	33	14	23	29	1.94
9893739--9893848	49	2.3	49	85	1	141	28	19	27	25	1.98
9893820--9893873	28	1.9	28	92	0	90	24	16	31	27	1.96
9898023--9898173	42	3.6	42	80	2	169	31	13	24	30	1.93
9899225--9899256	13	2.5	13	100	0	64	6	21	40	31	1.78
9903929--9903971	16	2.7	16	88	0	68	37	0	30	32	1.58
9903962--9904054	44	2.1	43	86	11	125	32	4	25	37	1.76
9906693--9907059	142	2.6	140	82	8	415	27	20	29	22	1.99
9923679--9923722	17	2.5	19	75	17	51	25	15	15	43	1.87
9924549--9924601	25	2.1	25	100	0	106	49	18	3	28	1.65
9933077--9933236	43	3.7	43	73	14	132	31	23	18	26	1.97
9936436--9936613	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
9936457--9936612	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
9949074--9949553	27	17.6	27	97	1	852	25	14	29	30	1.95
9949074--9949553	82	5.9	82	96	1	874	25	14	29	30	1.95
9951690--9951793	42	2.5	42	93	0	172	29	16	25	28	1.97
9951690--9951815	42	3.0	42	88	5	159	30	15	24	29	1.96
9952702--9952758	24	2.5	21	76	17	60	24	3	26	45	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9959012--9959089	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
9959042--9959369	174	1.9	174	96	0	602	30	14	24	31	1.94
9961294--9961352	27	2.2	27	84	0	73	33	13	22	30	1.92
9961294--9961360	27	2.5	26	80	9	71	29	14	23	31	1.95
9961315--9961385	27	2.6	28	80	10	67	28	15	26	29	1.96
9964394--9964626	113	2.1	113	82	4	274	49	15	12	22	1.77
9966465--9966696	56	4.1	56	98	0	446	22	21	9	45	1.81
9978866--9978905	21	2.0	21	95	5	73	20	25	40	15	1.90
9982335--9982390	27	2.1	27	96	0	103	32	33	14	19	1.92
9983361--9983386	10	2.6	10	100	0	52	38	0	19	42	1.51
9995830--9995971	57	2.5	56	77	10	146	33	22	16	28	1.95
10000873--10000944	28	2.6	28	86	0	90	27	27	12	31	1.93
10012416--10012603	40	4.7	40	92	3	317	25	27	22	24	2.00
10012383--10012603	119	1.9	119	87	5	331	24	27	22	25	2.00
10012753--10012794	16	2.6	16	96	0	75	40	19	9	30	1.83
10016430--10016804	47	7.9	48	78	9	319	23	30	18	26	1.98
10016428--10016844	47	8.9	46	76	14	281	23	29	19	27	1.98
10017958--10017986	10	2.7	11	94	5	51	72	0	0	27	0.85
10021051--10021217	43	3.9	42	71	12	151	32	26	19	22	1.97
10027258--10027312	21	2.6	21	97	0	101	38	23	18	20	1.93
10036256--10036491	47	5.0	47	94	0	373	24	29	11	34	1.91
10036256--10036531	141	2.0	140	85	5	371	25	28	10	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10044850--10044887	12	3.2	12	88	0	58	21	44	0	34	1.52
10055209--10055341	46	2.9	47	85	3	180	30	25	22	21	1.98
10062621--10062709	42	2.1	42	85	0	115	55	13	4	26	1.57
10062640--10062731	42	2.2	41	84	9	114	58	10	4	26	1.50
10062734--10062773	19	2.2	18	90	4	62	42	12	0	45	1.42
10067089--10067177	42	2.1	42	87	0	124	52	12	5	29	1.61
10067202--10067241	19	2.2	18	95	4	71	42	15	0	42	1.46
10070371--10070416	23	2.1	23	88	8	69	43	2	4	50	1.34
10072442--10072478	16	2.3	16	90	9	58	35	13	24	27	1.93
10073547--10073604	13	4.5	13	74	8	55	37	5	20	36	1.75
10076983--10077062	38	2.1	38	97	0	151	43	12	11	32	1.78
10077181--10077217	14	2.7	14	88	12	51	43	5	13	37	1.67
10077305--10077343	20	2.0	20	89	0	60	46	7	0	46	1.31
10081220--10081348	16	7.9	16	68	5	78	35	33	8	22	1.85
10081223--10081366	33	4.4	33	78	5	150	34	31	9	24	1.87
10081223--10081366	66	2.2	66	81	7	168	34	31	9	24	1.87
10086895--10086950	25	2.2	25	93	0	94	23	23	21	32	1.98
10094324--10094363	20	1.9	22	85	10	57	45	2	5	47	1.38
10094476--10094583	25	4.3	25	83	9	121	24	25	22	28	1.99
10094476--10094583	50	2.2	50	86	3	146	24	25	22	28	1.99
10102229--10102260	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55
10103153--10103282	56	2.3	56	83	0	161	23	25	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10106117--10106151	9	3.7	9	85	14	52	65	25	0	8	1.21
10106120--10106154	11	3.4	11	92	7	56	62	25	0	11	1.28
10107261--10107313	25	2.1	25	100	0	106	22	18	3	54	1.59
10110592--10110656	32	2.0	32	96	0	121	40	24	7	27	1.82
10111376--10111421	19	2.5	19	86	10	60	71	0	4	23	1.03
10117494--10117531	20	1.9	20	88	0	58	36	31	13	18	1.89
10121495--10121547	24	2.2	24	83	6	63	41	13	30	15	1.85
10121611--10121639	13	2.1	14	93	6	51	20	10	13	55	1.68
10122017--10122042	10	2.6	10	100	0	52	80	11	7	0	0.89
10125753--10125787	16	2.2	16	89	0	52	37	40	8	14	1.76
10125846--10125905	30	2.0	30	90	0	93	31	26	5	36	1.78
10127393--10127461	30	2.3	30	94	0	129	18	26	27	27	1.98
10128178--10128511	170	2.0	172	88	2	503	33	23	14	29	1.93
10130470--10130502	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
10133430--10133488	5	10.2	6	83	10	54	77	0	1	20	0.85
10133433--10133473	5	7.8	5	91	8	64	80	0	0	19	0.71
10133433--10133487	15	3.2	16	85	15	67	78	0	1	20	0.85
10138639--10138671	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
10139926--10139964	16	2.4	16	86	0	60	53	23	15	7	1.67
10140181--10140270	29	3.1	28	84	7	110	28	12	27	31	1.93
10141599--10141715	46	2.6	45	82	9	130	25	31	14	28	1.95
10156522--10156559	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10159502--10159611	55	2.0	55	100	0	220	29	18	7	45	1.76
10161188--10161258	23	3.1	23	79	4	81	26	28	18	26	1.98
10162015--10162049	17	2.1	17	100	0	70	22	22	11	42	1.85
10166397--10166426	10	2.9	10	95	5	51	70	10	0	20	1.16
10166564--10166611	24	2.0	24	95	0	87	37	18	8	35	1.81
10167515--10167563	11	4.1	11	80	17	53	59	2	0	38	1.09
10167515--10167570	12	4.4	13	76	17	55	58	1	0	39	1.08
10167516--10167574	25	2.3	26	88	5	84	59	1	0	38	1.08
10169065--10169197	47	2.8	47	81	9	164	26	21	30	21	1.98
10176536--10176806	47	5.8	46	76	11	182	28	18	29	23	1.98
10176633--10176794	46	3.5	44	80	9	171	28	16	30	25	1.96
10176539--10176794	140	1.8	140	82	6	331	28	17	29	24	1.97
10177874--10177921	21	2.3	21	77	0	60	16	29	25	29	1.97
10178941--10178981	20	2.0	20	100	0	82	65	9	4	19	1.40
10182651--10182769	23	5.1	23	86	1	157	29	19	21	30	1.97
10182820--10182886	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
10182820--10182875	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
10184129--10184196	27	2.5	27	85	4	84	23	26	16	33	1.95
10184225--10184463	27	8.8	27	76	5	176	32	9	18	38	1.84
10184341--10184477	54	2.5	53	85	4	184	32	8	18	40	1.82
10184256--10184524	27	9.9	27	78	6	157	34	8	18	39	1.81
10184454--10184588	27	5.0	27	86	5	157	41	8	20	30	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10184554--10184626	38	1.9	38	85	0	101	39	6	30	23	1.81
10184528--10184650	65	1.9	65	87	0	183	37	7	28	26	1.83
10184491--10184677	92	2.0	92	83	0	230	37	8	25	28	1.85
10184591--10184650	27	2.2	27	96	0	111	33	5	33	28	1.79
10184656--10184744	27	3.3	27	84	4	110	31	10	17	40	1.83
10187355--10187434	28	2.9	27	85	7	117	25	15	33	26	1.95
10187733--10188018	27	10.6	27	82	5	296	37	18	12	31	1.88
10187741--10187992	81	3.1	79	84	5	326	37	19	11	31	1.88
10192134--10192173	21	1.9	21	85	10	55	50	5	20	25	1.68
10191298--10192859	543	2.9	544	94	0	2786	36	7	20	36	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290