genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.224.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77362814--77362880	26	2.5	27	90	4	109	44	25	5	23	1.76
77372139--77372180	11	3.7	11	81	15	50	14	7	0	78	0.95
77377741--77377955	71	3.1	71	64	22	175	37	7	6	48	1.56
77377633--77378052	136	3.1	136	88	3	626	40	7	5	46	1.56
77380845--77380870	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
77398718--77398749	12	2.7	12	95	0	55	31	43	18	6	1.75
77404680--77404722	20	2.1	21	87	12	63	34	2	20	41	1.65
77410971--77411028	19	3.2	19	78	9	59	53	0	1	44	1.10
77410992--77411042	26	2.0	26	84	7	68	52	1	1	43	1.23
77411236--77411311	32	2.4	32	86	8	102	34	7	22	35	1.83
77417832--77417943	33	3.4	33	81	7	147	43	9	7	39	1.65
77417857--77417973	32	3.6	32	80	6	137	45	8	6	39	1.61
77417832--77417977	65	2.3	65	91	1	240	44	8	6	39	1.62
77432384--77432417	18	1.9	18	88	5	52	41	11	17	29	1.85
77451745--77451787	20	2.1	21	87	8	63	23	11	6	58	1.57
77453868--77453895	6	4.7	6	100	0	56	35	0	0	64	0.94
77459828--77459873	17	2.8	17	83	3	58	82	2	15	0	0.76
77459831--77459873	11	3.9	11	82	8	52	83	2	13	0	0.74
77459834--77459882	23	2.1	23	88	7	73	77	4	16	2	1.01
77459831--77459873	10	4.0	10	85	14	59	83	2	13	0	0.74
77466385--77466959	284	2.0	284	97	0	1089	35	17	9	38	1.81
77475188--77475234	19	2.5	19	86	6	60	27	19	8	44	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77482390--77482473	42	2.0	41	90	2	132	40	13	21	25	1.89
77483949--77484051	44	2.3	45	79	11	113	31	16	21	31	1.95
77483847--77484667	177	4.6	176	87	3	1105	30	17	24	27	1.97
77484135--77484221	44	2.0	45	86	6	124	31	12	27	28	1.93
77484409--77484744	85	3.9	85	71	7	244	29	18	25	26	1.98
77484997--77485035	14	2.8	14	80	11	53	76	0	0	23	0.78
77489079--77489120	21	2.0	21	81	9	50	66	2	16	14	1.35
77490566--77490688	55	2.2	56	88	2	176	26	12	28	33	1.92
77490566--77490688	28	4.4	28	90	2	176	26	12	28	33	1.92
77490591--77490701	28	4.0	27	90	3	116	28	11	26	33	1.91
77492991--77493164	49	3.5	49	84	1	231	24	15	28	31	1.96
77492983--77493164	99	1.8	99	90	0	292	24	15	28	30	1.96
77497483--77497531	18	2.8	17	81	6	62	10	22	48	18	1.77
77497930--77498006	40	1.9	40	86	5	111	14	15	35	35	1.88
77507233--77507365	49	2.7	49	77	2	151	22	29	20	27	1.98
77507393--77507522	47	2.8	47	84	1	172	23	29	19	27	1.98
77508845--77508874	12	2.5	12	100	0	60	20	43	23	13	1.86
77513021--77513151	48	2.7	50	83	4	142	30	17	25	25	1.97
77517431--77517521	44	2.1	44	87	0	128	29	8	10	50	1.68
77519559--77519680	47	2.6	46	81	11	149	27	23	30	18	1.98
77519552--77519722	46	3.7	46	79	6	184	26	22	29	21	1.99
77519734--77519869	48	2.8	50	79	4	143	27	16	30	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77523305--77523357	26	2.0	26	82	7	63	26	13	20	39	1.89
77524843--77524925	26	3.2	26	94	1	141	37	25	4	32	1.77
77530442--77530858	46	8.8	48	73	12	228	27	19	28	24	1.99
77530442--77530855	94	4.4	95	71	18	269	27	19	28	24	1.99
77534247--77534285	15	2.6	15	95	0	69	20	12	17	48	1.80
77534732--77534785	22	2.5	22	90	0	90	29	31	25	12	1.93
77535397--77535481	43	2.0	42	95	0	143	5	29	7	56	1.50
77536649--77536701	20	2.7	20	84	0	70	39	26	20	13	1.89
77536670--77536718	20	2.4	20	89	3	71	40	26	18	14	1.89
77536915--77536968	27	2.0	28	82	13	69	31	14	20	33	1.93
77544924--77545044	22	5.2	22	62	21	59	24	29	11	33	1.91
77544896--77545105	47	4.4	47	89	4	305	26	30	9	34	1.87
77544917--77545099	96	1.9	94	92	2	303	26	30	10	32	1.90
77548260--77548597	48	7.0	48	92	1	525	34	5	26	33	1.80
77548738--77548840	37	2.8	37	95	0	179	24	20	32	23	1.98
77553690--77553738	14	3.5	14	97	0	89	16	24	16	42	1.87
77554035--77554088	27	2.0	27	88	0	81	37	9	14	38	1.79
77554837--77554954	58	2.0	58	100	0	236	40	11	13	33	1.81
77562065--77562165	29	3.5	28	89	1	139	29	27	15	26	1.96
77567341--77567396	28	2.0	28	100	0	112	17	21	28	32	1.96
77569636--77569683	25	1.9	25	82	0	60	35	20	16	27	1.94
77569731--77569786	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77569726--77569786	20	3.0	20	95	0	113	34	11	19	34	1.88
77569836--77569954	24	5.0	24	86	5	161	27	21	21	30	1.98
77570148--77570211	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
77571012--77571162	44	3.5	43	73	13	121	27	26	19	26	1.99
77574049--77574117	24	2.8	25	77	6	68	31	24	20	23	1.98
77574071--77574139	22	3.0	22	77	8	59	37	20	15	26	1.93
77576457--77576509	27	2.0	27	88	0	79	50	13	3	32	1.59
77581726--77581759	17	2.1	17	88	5	52	44	0	38	17	1.49
77581826--77581929	45	2.3	45	83	3	120	34	19	25	21	1.96
77586275--77586561	129	2.2	129	98	0	547	28	16	24	30	1.97
77586231--77586561	43	7.7	42	81	5	324	28	16	23	31	1.96
77590335--77590390	27	2.0	29	86	10	82	28	1	21	48	1.60
77590849--77591081	117	2.0	117	100	0	466	29	13	27	30	1.94
77590877--77591108	41	5.8	40	73	12	208	26	13	28	31	1.94
77597404--77597453	24	2.1	24	96	0	91	32	30	4	34	1.76
77598671--77598729	30	2.0	29	89	0	82	25	27	18	27	1.98
77613175--77613209	16	2.2	16	90	10	54	51	2	17	28	1.59
77621760--77621954	49	3.9	49	81	2	219	30	25	16	27	1.97
77621760--77621952	100	1.9	100	91	0	314	30	24	17	27	1.97
77640874--77640918	23	2.0	23	100	0	90	35	17	0	46	1.49
77642668--77642782	29	4.0	28	81	8	133	26	31	15	26	1.96
77646726--77646838	27	4.2	26	86	8	145	16	23	23	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77646726--77646838	55	2.1	54	88	5	165	16	23	23	36	1.94
77654581--77654692	27	4.1	26	86	8	134	17	22	23	36	1.95
77654581--77654692	55	2.1	54	86	5	154	17	22	23	36	1.95
77656813--77656853	17	2.3	18	79	8	57	70	0	29	0	0.87
77656822--77656848	14	1.9	14	100	0	54	74	0	25	0	0.83
77661463--77661538	40	1.9	40	94	0	134	57	15	11	14	1.65
77662939--77663121	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
77662940--77663123	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	24	2.00
77662992--77663156	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
77664879--77664920	22	1.9	22	85	0	57	42	4	7	45	1.52
77668046--77668153	42	2.6	42	83	0	117	28	28	15	26	1.96
77667955--77668121	90	1.9	90	84	2	228	28	26	17	26	1.98
77668174--77668303	48	2.7	49	84	2	147	26	26	18	28	1.98
77675541--77675569	9	3.2	9	100	0	58	48	20	10	20	1.79
77682053--77682080	13	2.2	13	100	0	56	78	7	14	0	0.95
77682882--77682917	2	18.0	2	100	0	72	0	0	50	50	1.00
77683073--77683114	15	2.9	14	82	10	57	35	0	11	52	1.38
77683498--77683593	21	4.5	21	86	2	120	13	21	27	37	1.91
77686786--77686954	41	3.7	46	76	15	145	26	21	30	21	1.98
77686890--77686999	47	2.3	48	81	9	129	27	18	30	24	1.98
77689854--77689978	45	2.8	45	85	4	146	34	26	16	23	1.95
77692180--77692276	27	3.6	27	88	4	126	37	28	13	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77694429--77694483	27	2.1	26	82	3	65	21	32	18	27	1.96
77701121--77701217	27	3.6	27	88	4	126	37	28	13	20	1.91
77703370--77703424	27	2.1	26	82	3	65	21	32	18	27	1.96
77703614--77703723	53	2.1	53	96	0	202	23	20	12	43	1.86
77709515--77709594	37	2.2	37	86	4	108	27	30	17	25	1.97
77709632--77709924	147	2.0	147	100	0	586	27	27	16	28	1.97
77709862--77709980	47	2.5	47	86	0	157	26	31	9	32	1.88
77710205--77710386	40	4.6	40	82	6	201	26	27	20	25	1.99
77710182--77710386	79	2.6	79	79	8	186	26	26	20	26	1.99
77713987--77714059	38	1.9	38	91	0	119	27	27	23	21	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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