genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.260.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89670250--89670669	27	15.6	27	82	3	479	36	18	19	25	1.94
89670193--89670688	81	6.1	80	79	6	475	36	18	18	26	1.94
89671095--89671237	31	4.6	31	86	0	178	18	17	16	47	1.83
89671119--89671246	6	20.8	6	68	16	66	20	18	15	45	1.86
89685701--89685876	46	3.8	46	77	14	200	21	21	28	28	1.98
89685697--89685869	93	1.9	93	95	2	312	21	21	28	27	1.99
89689765--89689886	42	2.9	43	83	11	162	28	14	25	31	1.95
89689776--89689886	43	2.6	42	83	10	154	29	16	25	28	1.96
89700090--89700211	42	2.9	42	74	2	127	28	17	24	29	1.97
89704749--89705085	43	7.9	43	91	0	505	30	21	26	22	1.98
89705648--89705680	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
89709540--89709790	43	5.9	43	89	0	351	29	20	26	23	1.98
89710353--89710385	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
89713332--89713388	28	2.0	28	96	0	105	45	12	14	28	1.80
89728386--89728563	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
89728387--89728542	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
89728383--89728563	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
89736219--89736481	40	6.6	40	88	3	316	24	20	28	26	1.99
89736258--89736516	80	3.3	80	84	3	247	25	20	28	25	1.99
89742591--89742798	40	5.2	40	87	2	258	26	28	22	22	1.99
89747226--89747448	79	2.8	78	82	9	256	24	27	22	25	2.00
89747226--89747448	39	5.7	40	85	8	257	24	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89759555--89760346	44	18.0	44	85	1	980	28	14	30	27	1.95
89759555--89760343	308	2.6	307	91	2	1285	28	14	30	27	1.95
89760631--89760677	17	2.8	17	78	15	53	76	0	2	21	0.89
89760636--89760689	24	2.2	24	83	3	63	74	5	1	18	1.11
89763059--89763405	131	2.6	130	80	8	371	29	19	17	33	1.95
89763456--89763709	132	1.9	132	81	0	303	27	18	18	35	1.94
89770006--89770605	300	2.0	300	99	0	1191	30	23	13	32	1.93
89782336--89782372	16	2.3	16	100	0	74	67	0	10	21	1.21
89784670--89784708	21	1.9	20	94	5	69	30	0	23	46	1.53
89784670--89784716	21	2.3	21	85	10	62	31	2	21	44	1.64
89785234--89785263	15	2.0	15	100	0	60	33	6	20	40	1.78
89805219--89805264	21	2.2	21	84	7	58	30	2	19	47	1.61
89806182--89806217	17	2.1	17	89	0	54	27	0	22	50	1.50
89813898--89813958	6	10.2	6	100	0	122	16	0	0	83	0.64
89814145--89814227	39	2.2	39	91	2	132	27	22	18	31	1.97
89820123--89820475	47	7.4	47	95	1	589	29	29	7	32	1.86
89825898--89826079	48	3.8	48	85	0	238	27	15	31	25	1.96
89826081--89826175	42	2.3	42	81	0	118	29	12	26	31	1.93
89837769--89837989	45	5.1	44	72	9	157	24	16	25	33	1.96
89845922--89845959	18	2.1	18	100	0	76	28	5	26	39	1.78
89864934--89865165	56	4.1	56	98	0	455	22	22	9	45	1.80
89869046--89869262	43	5.1	43	62	14	128	25	28	17	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89869062--89869275	42	5.1	42	62	15	109	26	29	17	27	1.97
89869041--89869275	84	2.8	84	89	0	380	26	28	17	27	1.98
89873864--89874011	73	2.0	73	100	0	296	25	14	14	44	1.84
89880892--89880934	20	2.2	20	100	0	86	34	37	0	27	1.57
89883126--89883469	45	7.7	44	76	6	219	18	18	18	44	1.87
89884333--89884413	20	4.1	20	93	0	126	9	27	40	22	1.85
89884329--89884411	40	2.1	40	93	0	139	12	28	38	20	1.88
89885973--89886157	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
89885974--89886157	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
89886026--89886190	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
89888548--89888702	42	3.7	42	78	8	145	29	25	16	28	1.97
89893181--89893293	52	2.2	52	98	1	217	27	14	14	44	1.83
89901180--89901225	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
89901216--89901354	60	2.3	60	80	6	156	30	19	23	27	1.98
89909137--89909228	48	1.9	48	84	4	123	33	28	14	23	1.94
89923122--89923161	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
89923185--89923224	9	4.3	9	85	14	55	80	0	20	0	0.72
89923186--89923232	23	2.1	22	92	4	76	76	2	21	0	0.89
89923185--89923224	19	2.2	19	90	4	64	80	0	20	0	0.72
89923972--89924132	43	3.7	43	90	0	250	21	19	29	29	1.98
89923964--89924151	86	2.2	86	78	2	234	27	19	26	27	1.99
89924205--89924270	30	2.2	30	83	2	78	56	18	7	18	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89924517--89924601	21	4.0	21	73	14	86	2	50	20	27	1.60
89924570--89924610	21	2.0	21	85	0	55	2	46	19	31	1.63
89930092--89930182	9	9.9	9	71	15	62	36	1	14	48	1.51
89933335--89933530	74	2.6	74	91	3	322	35	3	13	47	1.58
89933343--89933507	9	17.9	9	70	17	99	36	3	13	46	1.59
89933716--89933760	14	3.3	14	96	3	83	64	0	0	35	0.94
89933718--89933768	14	3.9	12	92	5	57	60	1	0	37	1.08
89934353--89934402	20	2.4	21	80	10	57	24	8	8	60	1.52
89946754--89946869	46	2.5	47	80	13	141	23	31	18	27	1.97
89954353--89954520	46	3.6	45	78	7	176	21	28	21	28	1.99
89954255--89954520	140	1.9	141	83	2	347	22	28	19	29	1.98
89954353--89954523	94	1.8	92	85	7	238	21	28	21	28	1.99
89956615--89956647	17	1.9	17	100	0	66	21	18	18	42	1.89
89959217--89959280	31	2.1	31	100	0	128	40	14	9	35	1.78
89959549--89959634	29	2.9	29	75	14	70	51	10	3	34	1.53
89961566--89961617	16	3.3	16	78	5	52	32	0	7	59	1.26
89961583--89961634	25	2.1	25	82	10	63	32	0	7	59	1.26
89969959--89970007	5	10.4	5	79	16	52	79	2	18	0	0.83
89970380--89970433	24	2.2	24	90	3	81	40	9	18	31	1.82
89974668--89974711	15	3.0	14	78	12	52	6	25	15	52	1.68
89976686--89976741	27	2.0	28	86	3	78	71	7	1	19	1.18
89976845--89976910	34	1.9	35	81	9	82	62	6	3	28	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89980164--89980225	29	2.1	30	93	3	108	59	14	3	22	1.49
89980256--89980286	14	2.2	14	94	0	53	61	12	6	19	1.53
89980690--89980794	42	2.5	42	85	3	131	16	35	23	24	1.95
89985943--89985985	22	2.0	22	85	0	59	27	13	4	53	1.60
89985927--89986079	77	2.0	77	90	0	243	20	11	11	56	1.65
89986031--89986061	14	2.2	14	94	0	53	19	6	12	61	1.53
89986092--89986153	29	2.1	30	93	3	108	22	3	14	59	1.49
89987725--89987876	74	2.1	74	97	0	286	56	9	12	21	1.64
89990454--89990500	15	3.1	15	78	6	51	46	8	0	44	1.33
89990659--89990686	6	4.7	6	100	0	56	50	50	0	0	1.00
89990933--89990982	8	6.5	8	72	9	50	40	4	0	56	1.18
89991079--89991120	17	2.7	15	76	16	50	59	4	0	35	1.19
89992872--89992952	40	2.0	40	97	0	153	25	7	25	40	1.82
90007059--90007094	17	2.2	17	90	5	56	38	27	0	33	1.57
90011767--90011886	46	2.6	45	83	12	140	30	17	28	24	1.97
90022446--90022709	93	2.8	93	97	1	485	28	27	20	23	1.99
90022492--90022660	47	3.6	47	81	10	238	28	27	20	23	1.99
90022441--90022706	46	5.7	46	77	12	285	28	26	20	23	1.99
90051053--90051102	6	8.3	6	80	6	57	78	2	4	16	1.00
90053974--90054014	22	1.9	22	85	5	57	21	31	39	7	1.81
90069748--90069833	39	2.2	39	89	2	136	62	8	5	23	1.44
90069747--90069834	40	2.2	41	85	6	135	63	7	5	22	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90073238--90073310	37	2.0	37	83	0	92	38	2	26	32	1.71
90074369--90074415	23	2.0	23	100	0	94	38	17	4	40	1.69
90075201--90075503	159	1.9	159	91	0	498	35	8	16	39	1.79
90076556--90076630	22	3.5	22	71	8	73	21	26	17	34	1.95
90082168--90082200	12	2.8	12	95	0	57	24	48	18	9	1.76
90092581--90092691	25	4.4	25	71	7	91	19	12	27	39	1.88
90092558--90092664	50	2.1	50	86	3	144	18	13	25	42	1.86
90092585--90092691	50	2.1	50	82	3	135	20	11	28	39	1.87
90107934--90108116	79	2.3	81	83	7	223	24	27	22	24	2.00
90107913--90108116	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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