genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.238.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82277023--82277156	23	6.0	23	82	10	152	18	19	22	39	1.92
82277025--82277157	46	3.0	45	85	5	180	19	18	22	39	1.93
82280404--82280486	41	2.0	41	97	0	157	31	4	20	43	1.73
82280728--82280777	23	2.1	25	85	7	68	48	4	24	24	1.68
82281816--82281855	20	2.0	21	85	5	55	32	40	10	17	1.83
82286558--82286615	18	3.1	18	79	15	64	58	0	1	39	1.08
82286569--82286611	10	4.3	10	82	8	52	65	0	2	32	1.06
82286721--82286764	11	4.2	11	85	5	56	34	0	4	61	1.16
82307930--82307980	26	2.0	25	96	0	84	23	41	0	33	1.55
82317270--82317304	17	2.1	17	88	0	52	71	2	8	17	1.23
82319648--82319689	12	3.5	12	84	12	59	54	0	9	35	1.33
82321151--82323375	132	16.9	131	95	1	3201	28	24	18	28	1.98
82321232--82322120	44	20.3	44	64	10	289	27	25	19	28	1.99
82328327--82328357	16	1.9	16	93	0	53	32	22	19	25	1.97
82330263--82330405	60	2.4	59	92	5	234	51	4	15	28	1.62
82330372--82330413	12	3.5	12	84	12	59	54	0	9	35	1.33
82330963--82331014	10	5.0	11	79	9	56	78	5	7	7	1.08
82330964--82331014	21	2.5	20	87	6	66	80	3	7	7	1.01
82336600--82336899	96	3.1	96	100	0	600	29	13	7	50	1.68
82336664--82336815	51	3.1	51	59	21	115	26	15	8	48	1.74
82337346--82337395	19	2.6	19	78	9	57	24	2	8	66	1.29
82337500--82337542	22	2.0	22	90	0	68	9	18	27	44	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82338221--82338248	8	3.5	8	100	0	56	53	10	14	21	1.70
82339248--82339693	194	2.3	194	82	2	538	39	17	13	28	1.88
82340970--82341007	16	2.4	16	95	0	67	34	21	5	39	1.76
82343236--82343294	16	3.7	16	90	0	100	32	45	1	20	1.61
82343236--82343293	7	7.4	7	75	21	53	31	46	1	20	1.61
82343570--82343731	74	2.2	73	89	1	252	28	25	20	25	1.99
82343644--82344293	114	5.8	114	86	4	861	27	25	21	25	1.99
82344810--82344892	44	1.9	42	83	9	105	67	6	0	26	1.13
82346231--82346580	123	2.8	124	92	1	587	30	15	22	32	1.95
82349692--82349716	10	2.5	10	100	0	50	48	0	8	44	1.32
82349700--82349825	55	2.3	55	98	0	243	44	4	12	38	1.64
82349837--82351127	30	43.7	30	92	4	2114	26	2	28	41	1.69
82350874--82350956	23	3.3	23	90	10	112	27	0	26	45	1.54
82351133--82351317	71	2.6	71	91	2	291	44	12	3	39	1.59
82351719--82351753	18	1.9	18	88	0	52	31	8	34	25	1.86
82352405--82352429	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
82353145--82353205	30	2.0	30	100	0	122	29	19	26	24	1.99
82353397--82353459	22	2.8	22	73	9	65	55	6	0	38	1.25
82353573--82353659	44	2.0	44	95	0	156	41	0	24	34	1.55
82358836--82359023	45	4.2	44	80	11	195	20	17	14	48	1.81
82361285--82361336	21	2.5	21	79	14	63	55	1	3	38	1.29
82362715--82362880	28	6.0	28	78	7	155	23	13	5	57	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82363162--82363235	34	2.2	33	79	13	80	27	16	16	40	1.89
82371340--82371378	13	2.9	14	80	7	53	61	7	30	0	1.24
82376765--82377138	90	4.1	90	91	1	588	30	21	24	22	1.99
82376847--82377082	43	5.3	43	69	7	175	27	22	27	22	1.99
82386362--82386451	39	2.3	39	86	0	126	26	46	7	18	1.76
82394066--82394097	15	2.1	15	100	0	64	62	0	18	18	1.33
82395306--82395337	6	5.3	6	96	0	55	3	28	0	68	1.04
82406044--82406108	20	3.3	20	68	12	53	40	20	30	9	1.83
82406082--82406148	20	3.3	20	73	8	64	44	14	26	13	1.83
82410196--82410242	22	2.1	22	100	0	94	29	17	4	48	1.65
82412227--82412318	48	1.9	48	88	0	139	30	26	10	32	1.90
82412230--82412306	23	3.3	23	70	20	59	28	27	11	32	1.92
82417146--82417200	28	2.0	27	82	6	67	54	1	1	41	1.21
82418679--82418708	13	2.3	13	94	0	51	30	6	6	56	1.51
82419324--82419757	85	5.1	85	98	0	832	38	8	26	26	1.85
82428044--82428396	47	7.4	47	95	1	589	32	7	29	29	1.86
82435962--82435995	16	2.2	15	89	5	50	41	0	2	55	1.15
82437339--82437868	264	2.0	264	100	0	1060	31	17	16	34	1.92
82443472--82443656	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
82443453--82443656	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
82448821--82448998	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
82448842--82448997	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82453841--82453900	32	1.9	30	86	6	84	31	1	1	65	1.13
82459671--82459753	42	2.0	42	100	0	166	30	4	16	48	1.67
82465929--82466005	34	2.3	34	95	0	136	24	20	22	32	1.98
82474661--82474725	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
82474831--82474920	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
82474831--82474945	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
82475380--82475422	19	2.3	19	87	0	59	16	6	6	69	1.32
82482076--82482140	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
82486102--82486126	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
82494438--82494748	110	2.8	110	93	1	511	21	24	17	36	1.95
82494391--82494755	55	6.8	52	76	12	303	20	24	17	36	1.94
82501874--82501904	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
82501871--82501910	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
82502095--82502242	49	2.9	50	76	12	147	20	25	16	37	1.93
82505059--82505114	14	3.9	14	73	17	53	53	16	0	30	1.43
82523125--82523163	10	3.8	10	93	6	69	33	17	17	30	1.94
82523124--82523163	21	1.9	21	100	0	80	35	17	17	30	1.93
82525729--82525787	30	2.0	30	100	0	118	50	16	6	25	1.70
82526488--82526526	10	3.8	10	93	6	69	33	17	17	30	1.94
82526487--82526526	21	1.9	21	100	0	80	35	17	17	30	1.93
82530844--82531021	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
82530845--82531000	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82530841--82531021	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
82538908--82539085	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
82538909--82539064	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
82538905--82539085	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
82541043--82541083	16	2.3	19	88	12	61	85	4	9	0	0.73
82541115--82541157	21	2.1	21	91	4	70	58	6	4	30	1.45
82542492--82542534	17	2.4	18	92	7	79	37	18	9	34	1.83
82544485--82544510	12	2.2	12	100	0	52	34	7	7	50	1.60
82552268--82552350	35	2.3	35	87	2	112	31	13	15	39	1.86
82559345--82559422	41	1.9	41	84	5	104	16	19	30	33	1.94
82559607--82559694	35	2.5	35	90	1	131	30	11	17	40	1.84
82562443--82562614	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
82562436--82562611	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
82570029--82570199	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
82570024--82570196	46	3.7	46	80	13	219	28	28	21	21	1.98
82570617--82570676	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
82571635--82571793	27	5.9	27	78	7	144	38	17	10	33	1.84
82571636--82571768	54	2.5	54	82	0	176	36	18	9	35	1.83
82571630--82571779	54	2.8	53	77	4	165	36	18	12	33	1.88
82571630--82571794	81	2.0	81	81	6	192	36	20	10	32	1.87
82572156--82572217	22	2.8	22	73	7	63	16	19	22	41	1.89
82573879--82574050	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82573872--82574047	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
82575461--82575485	13	1.9	13	100	0	50	44	8	8	40	1.63
82577382--82577565	27	7.0	26	77	7	165	38	19	10	32	1.85
82577383--82577538	52	2.9	53	83	8	176	38	19	8	33	1.83
82577377--82577565	53	3.6	53	80	7	197	37	20	10	31	1.86
82577491--82577578	27	3.3	27	76	7	90	42	18	12	27	1.86
82582253--82582297	22	2.0	22	83	8	56	37	4	2	55	1.32
82583318--82583539	92	2.4	92	97	0	417	36	7	18	38	1.78
82586420--82586588	24	6.9	24	88	2	239	27	19	23	30	1.98
82586638--82586696	20	3.0	20	89	0	91	33	20	11	33	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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