genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20638789--20638952	40	4.1	40	84	0	204	31	20	21	27	1.98
20638787--20638940	80	1.9	80	88	1	229	30	21	22	25	1.99
20638991--20639098	40	2.7	40	86	0	162	30	21	21	26	1.98
20639362--20639420	19	3.4	19	64	22	56	42	0	6	50	1.28
20639355--20639421	33	2.0	33	100	0	134	43	0	8	47	1.34
20639425--20639475	7	7.4	7	80	4	50	21	0	29	49	1.50
20639425--20639475	14	3.7	14	84	5	68	21	0	29	49	1.50
20639430--20639463	13	2.5	13	90	4	50	17	0	35	47	1.48
20639529--20639581	21	2.5	20	77	14	54	20	0	39	39	1.53
20639979--20640032	6	8.3	6	78	13	54	74	5	1	18	1.11
20639986--20640010	13	1.9	13	100	0	50	80	0	0	20	0.72
20639978--20640032	19	2.8	19	88	5	74	72	5	1	20	1.13
20647720--20647746	14	1.9	14	100	0	54	37	7	7	48	1.59
20649610--20649834	43	5.3	43	77	6	217	28	14	23	34	1.94
20649635--20649834	85	2.4	85	82	4	233	26	15	23	35	1.94
20671636--20671828	41	4.7	41	78	10	198	35	15	26	22	1.94
20671636--20671828	82	2.4	81	85	6	246	35	15	26	22	1.94
20676778--20676946	41	4.1	41	84	0	221	34	16	29	18	1.93
20676822--20676889	21	3.3	21	64	4	57	32	16	32	19	1.93
20684217--20684271	26	2.1	26	96	0	101	32	16	10	40	1.83
20685081--20685121	21	1.9	22	90	5	66	56	0	2	41	1.13
20693712--20693747	18	1.9	19	94	5	65	44	0	19	36	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20699499--20699540	16	2.5	17	88	3	59	45	0	19	35	1.50
20715041--20715105	26	2.5	26	80	2	69	26	13	27	32	1.94
20716077--20716143	33	2.0	33	94	0	116	40	2	29	26	1.71
20721618--20723364	873	2.0	873	100	0	3494	29	15	17	36	1.92
20743076--20743107	4	8.0	4	100	0	64	25	0	0	75	0.81
20743125--20743176	26	2.0	26	96	0	95	26	15	25	32	1.95
20748313--20748672	93	3.9	93	98	0	693	28	28	20	22	1.98
20748359--20748620	47	5.6	47	77	15	310	29	27	19	23	1.98
20748305--20748666	46	7.8	46	76	15	370	29	28	20	22	1.98
20749089--20749148	30	2.0	30	86	0	84	30	23	10	36	1.87
20756063--20756236	46	3.8	46	78	13	203	28	28	20	22	1.99
20756071--20756241	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	22	1.99
20756661--20756720	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
20762847--20763040	47	4.1	47	89	0	280	33	10	28	26	1.90
20762876--20762947	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
20763011--20763146	50	2.8	48	86	8	211	36	7	26	30	1.84
20763005--20763167	50	3.3	50	80	14	201	33	7	28	30	1.86
20763293--20763396	37	2.9	35	83	11	122	21	17	33	27	1.95
20763293--20763374	33	2.3	35	87	8	114	20	19	35	24	1.96
20770321--20770359	21	1.9	21	89	5	62	23	28	20	28	1.99
20772573--20772634	28	2.3	27	91	2	97	37	29	8	25	1.85
20772740--20772852	27	4.2	26	82	7	127	19	22	20	38	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20775390--20775446	22	2.4	24	85	8	73	26	31	10	31	1.90
20786675--20786859	40	4.7	40	80	7	198	27	27	21	24	1.99
20786652--20786806	79	2.0	80	83	7	201	27	26	20	25	1.99
20786703--20786857	79	1.9	79	81	8	181	27	27	20	25	1.99
20792427--20792597	79	2.2	79	83	6	213	25	25	20	28	1.99
20792453--20792644	40	4.8	40	82	6	203	25	26	21	27	1.99
20802395--20803301	28	32.4	28	98	0	1719	35	28	11	25	1.90
20812896--20813050	77	2.0	78	98	1	303	18	23	3	54	1.59
20815004--20815042	20	1.9	21	89	5	62	20	7	0	71	1.10
20820943--20821057	44	2.7	42	81	7	124	27	26	20	25	1.99
20821858--20822833	162	6.0	162	100	0	1952	36	17	9	36	1.82
20824367--20824477	29	3.9	29	80	6	113	25	31	15	27	1.95
20826140--20826203	27	2.4	27	100	0	128	48	14	20	17	1.81
20826433--20826550	43	2.8	43	78	7	116	25	18	27	28	1.98
20837413--20837446	13	2.5	14	90	4	52	26	0	5	67	1.13
20837595--20837922	50	6.5	50	75	8	299	26	15	24	33	1.95
20837594--20837779	101	1.8	101	82	2	239	26	16	24	32	1.96
20837590--20837869	151	1.9	151	94	1	499	26	16	25	32	1.96
20837590--20837922	151	2.2	151	88	1	488	26	15	24	33	1.95
20838133--20838164	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
20841419--20841457	15	2.6	15	84	8	53	15	17	12	53	1.72
20847829--20847942	27	4.2	28	82	4	119	34	20	24	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20847829--20847943	54	2.1	53	82	6	133	33	20	24	20	1.97
20852371--20852539	46	3.7	46	75	13	193	21	20	28	28	1.98
20852364--20852534	93	1.8	93	93	0	297	21	21	29	28	1.98
20857900--20858072	46	3.7	46	77	13	210	21	20	27	30	1.98
20857897--20858067	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	29	1.98
20859415--20859477	31	2.0	31	100	0	126	30	15	28	25	1.96
20860842--20860903	26	2.3	26	77	2	70	33	25	8	32	1.85
20861008--20861121	27	4.2	26	86	4	129	21	22	19	35	1.96
20861008--20861121	54	2.1	54	83	6	142	21	22	19	35	1.96
20862931--20862955	4	6.2	4	100	0	50	24	0	24	52	1.48
20863956--20863996	17	2.4	16	88	8	55	73	0	7	19	1.07
20865378--20865411	15	2.3	15	89	0	50	61	2	5	29	1.34
20866040--20866064	13	1.9	13	100	0	50	8	36	32	24	1.84
20868845--20868878	16	2.1	16	88	0	50	44	29	8	17	1.79
20870342--20870456	29	4.0	29	78	1	124	28	14	29	26	1.95
20875886--20876153	40	6.7	40	94	0	455	21	26	20	30	1.98
20884263--20884447	48	3.9	48	86	0	271	31	18	25	24	1.97
20884410--20884542	48	2.8	48	75	4	133	28	19	30	21	1.97
20884266--20884489	96	2.3	95	81	4	245	31	18	27	22	1.97
20885450--20885497	7	6.6	7	88	7	69	16	0	41	41	1.48
20885450--20885497	15	3.3	14	85	8	69	16	0	41	41	1.48
20885450--20885497	22	2.2	22	96	0	87	16	0	41	41	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20889500--20889575	28	2.7	28	83	0	98	34	15	27	22	1.95
20893413--20893460	24	2.0	24	100	0	96	45	25	8	20	1.79
20894623--20894662	20	2.0	20	100	0	80	45	10	30	15	1.78
20895048--20895193	55	2.7	53	81	7	177	34	15	23	26	1.94
20897283--20897403	50	2.4	52	84	2	165	38	14	14	32	1.87
20913795--20913905	31	3.5	31	88	1	132	47	12	18	21	1.81
20913786--20913905	6	19.3	6	66	19	59	47	13	17	21	1.82
20914042--20914143	27	3.8	26	80	5	105	37	19	22	20	1.95
20914302--20914365	22	2.9	22	75	9	67	37	23	18	20	1.94
20914791--20914985	27	7.3	27	86	0	248	24	21	20	34	1.96
20914969--20915369	27	14.9	27	80	7	221	32	8	19	39	1.83
20914845--20915015	81	2.1	80	80	6	184	26	17	20	35	1.95
20915006--20915389	54	7.2	52	83	5	403	31	8	20	40	1.82
20915024--20915389	81	4.6	80	83	2	403	30	8	20	40	1.82
20915089--20915389	27	11.2	27	86	2	401	30	7	19	41	1.81
20917913--20917972	30	2.0	30	83	6	77	26	26	8	38	1.85
20922168--20922232	25	2.6	25	85	0	94	33	20	20	26	1.96
20924098--20924327	114	2.0	113	88	2	336	49	11	16	22	1.77
20925523--20925663	73	1.9	73	82	0	174	31	21	19	27	1.98
20925522--20925683	73	2.2	73	78	0	171	30	20	19	28	1.97
20931650--20931696	23	2.0	23	92	8	78	21	0	34	44	1.52
20945504--20945571	31	2.2	31	97	0	127	58	19	13	8	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20948744--20948811	33	2.1	33	100	0	136	45	5	2	45	1.42
20953201--20953250	5	10.0	5	91	0	82	58	2	0	40	1.10
20957148--20957276	50	2.6	50	84	6	156	26	20	30	23	1.98
20957251--20957368	45	2.6	46	91	2	184	32	17	26	23	1.97
20958948--20959009	31	2.0	31	87	0	88	20	24	37	17	1.94
20966114--20966138	4	6.2	4	100	0	50	52	0	0	48	1.00
20979812--20979879	25	2.7	25	86	4	84	29	22	26	22	1.99
20981291--20981416	44	2.9	44	80	0	135	40	13	23	22	1.89
20981564--20981618	27	2.0	28	82	10	69	43	23	20	12	1.86
20982120--20982160	21	2.0	20	90	9	66	26	2	26	43	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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