genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.178.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61046369--61046465	39	2.5	39	84	1	124	35	8	12	44	1.72
61046374--61046483	39	2.8	38	78	8	114	33	9	11	45	1.72
61047857--61047958	52	1.9	53	82	2	125	36	12	17	33	1.88
61052811--61052839	13	2.1	14	93	6	51	68	13	6	10	1.37
61058709--61058796	45	2.0	45	93	0	149	26	18	22	32	1.97
61063177--61063201	13	1.9	13	100	0	50	48	12	16	24	1.79
61065040--61065145	53	2.0	53	98	0	203	37	31	4	26	1.77
61065040--61065121	25	3.2	25	63	27	62	37	31	2	28	1.70
61066374--61066401	3	9.3	3	100	0	56	67	0	32	0	0.91
61068571--61068597	14	1.9	14	100	0	54	37	22	25	14	1.93
61072130--61072157	13	2.2	13	100	0	56	0	14	0	85	0.59
61073742--61073856	54	2.1	54	93	3	196	29	10	16	43	1.81
61076423--61076522	49	2.0	49	96	0	182	36	10	24	30	1.88
61076674--61076822	75	2.0	74	97	1	280	39	16	18	24	1.91
61078024--61078100	39	2.0	39	89	0	118	25	20	29	23	1.99
61078103--61078287	40	4.6	39	83	5	203	24	22	27	25	2.00
61077971--61078234	132	2.0	132	98	0	510	25	22	27	24	2.00
61078103--61078285	79	2.3	81	82	7	214	24	22	27	25	2.00
61085739--61085764	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
61086246--61086423	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
61086247--61086402	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
61086243--61086423	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61087876--61087975	50	2.0	50	100	0	200	34	4	18	44	1.68
61102189--61102230	21	2.0	21	100	0	84	23	28	23	23	2.00
61103480--61103576	30	3.2	30	79	2	115	28	24	15	30	1.96
61117458--61117626	27	6.3	27	88	0	230	27	23	8	40	1.83
61117458--61117630	54	3.2	54	91	0	265	28	23	8	40	1.83
61117637--61117811	27	6.5	27	79	12	159	38	18	10	32	1.86
61117637--61117811	54	3.3	54	84	4	221	38	18	10	32	1.86
61117687--61117812	27	4.7	26	85	4	171	41	17	7	33	1.79
61117872--61117959	27	3.3	27	83	3	79	34	17	25	23	1.96
61117893--61117963	27	2.6	27	88	4	99	30	18	26	23	1.97
61118299--61118341	22	2.0	21	95	0	68	20	16	32	27	1.94
61118794--61118863	25	2.8	25	93	0	113	27	25	22	24	2.00
61118795--61118876	25	3.4	24	80	12	71	28	23	23	25	2.00
61120184--61120304	47	2.6	47	88	1	181	35	13	23	27	1.92
61120283--61120476	55	3.6	54	85	4	257	35	18	24	21	1.95
61122650--61122826	97	1.8	97	85	1	246	34	17	25	22	1.96
61129423--61129609	55	3.5	54	76	6	173	34	19	24	21	1.96
61136049--61136381	41	8.1	41	80	4	280	38	18	19	23	1.93
61136131--61136348	83	2.6	82	83	2	267	38	17	20	22	1.93
61136552--61136615	7	9.0	7	81	3	56	21	3	29	45	1.67
61136881--61136934	22	2.5	22	76	11	58	35	0	37	27	1.57
61136929--61136999	28	2.5	29	80	11	76	16	2	36	43	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61136944--61137088	7	20.3	7	73	6	58	19	2	41	36	1.66
61136958--61137094	14	10.1	14	70	12	88	19	2	43	35	1.64
61137193--61137236	16	2.6	17	82	7	54	52	2	2	43	1.26
61137809--61138157	180	1.9	180	93	0	599	23	37	7	31	1.82
61138413--61138516	39	2.7	39	100	0	208	19	6	24	50	1.71
61144855--61145155	41	7.4	41	82	4	315	38	16	19	24	1.93
61144855--61145155	83	3.7	81	82	4	338	38	16	19	24	1.93
61145327--61145390	7	9.0	7	81	3	56	21	3	29	45	1.67
61145655--61145708	22	2.5	22	78	6	65	37	0	35	27	1.57
61145703--61145773	28	2.5	30	80	15	80	16	2	38	42	1.63
61145718--61145861	14	10.1	14	69	8	58	18	2	42	36	1.65
61145961--61146004	16	2.6	17	82	7	54	52	2	2	43	1.26
61146564--61146926	181	2.0	182	93	1	631	24	36	6	32	1.81
61150506--61150645	9	16.0	9	67	12	60	47	17	1	33	1.56
61150467--61150635	52	3.2	52	86	5	234	49	16	0	33	1.50
61150458--61150585	43	3.0	44	84	8	149	52	14	0	32	1.42
61154861--61155070	28	7.5	28	93	0	341	31	28	13	25	1.94
61154861--61155070	56	3.8	56	96	0	377	31	28	13	25	1.94
61159315--61159343	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
61159753--61159818	21	3.1	21	77	0	78	31	15	50	3	1.59
61166804--61166833	15	1.9	16	93	6	53	40	26	0	33	1.57
61185905--61186039	42	3.2	42	77	2	135	30	18	24	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61187339--61187363	13	1.9	13	100	0	50	8	32	40	20	1.81
61193767--61193801	18	1.9	18	88	11	54	22	20	0	57	1.41
61194695--61194744	16	3.6	14	80	20	52	6	16	6	72	1.25
61194673--61194745	30	2.6	28	81	10	85	9	15	5	69	1.33
61194725--61194788	17	4.6	14	76	17	53	14	7	3	75	1.15
61194711--61194798	13	6.6	13	75	20	60	12	7	5	73	1.22
61196150--61196206	10	5.6	10	83	4	69	31	14	24	29	1.94
61196147--61196207	20	3.0	20	88	9	88	34	13	24	27	1.93
61197682--61197719	10	3.8	10	83	13	51	21	18	31	28	1.97
61197659--61197719	20	3.0	20	83	9	63	27	14	27	29	1.95
61197683--61197720	20	1.9	20	94	0	67	18	18	34	28	1.95
61200381--61200463	30	2.8	28	79	13	78	7	16	4	71	1.27
61205367--61205407	17	2.4	18	80	8	50	14	24	4	56	1.58
61207666--61207698	12	2.9	11	91	8	57	9	3	9	78	1.05
61210391--61210493	40	2.6	41	80	9	122	24	22	28	25	1.99
61210718--61211275	49	11.6	49	94	2	956	32	8	29	29	1.86
61214808--61214892	44	1.9	44	95	0	152	27	9	17	45	1.79
61216905--61217076	43	4.0	43	78	11	199	21	17	27	33	1.96
61216914--61217076	85	1.9	87	86	7	235	21	17	27	33	1.96
61219114--61219289	46	3.8	46	77	12	198	21	20	28	29	1.98
61219110--61219282	93	1.9	93	93	0	301	21	20	29	28	1.98
61225323--61225465	6	23.3	6	66	17	71	50	13	16	20	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61225366--61225442	25	2.7	29	76	19	90	46	12	18	22	1.82
61225373--61225436	25	2.6	25	97	0	119	48	12	18	20	1.80
61225584--61225646	27	2.3	28	86	5	85	36	19	23	20	1.95
61225587--61225767	31	5.8	31	69	20	110	33	18	25	21	1.96
61225683--61225745	27	2.3	28	86	5	85	36	19	23	20	1.95
61225568--61225834	99	2.7	99	98	0	516	31	19	27	20	1.97
61225782--61225835	28	2.0	27	85	3	72	33	20	25	20	1.97
61226493--61226619	27	4.7	27	84	3	103	25	18	17	38	1.92
61226518--61226624	54	2.0	54	88	3	162	26	18	15	39	1.91
61226666--61226875	27	7.8	26	82	6	197	30	10	20	37	1.87
61226659--61226875	81	2.7	81	81	6	226	30	11	21	36	1.88
61230864--61231053	27	7.0	27	89	2	274	37	8	24	29	1.86
61231049--61231199	27	5.6	27	79	9	132	29	9	21	39	1.85
61231033--61231205	54	3.2	54	78	5	190	30	8	21	39	1.84
61231873--61231999	55	2.3	55	86	2	177	22	23	18	36	1.95
61231869--61231999	53	2.4	53	85	2	181	22	22	18	36	1.95
61231985--61232859	47	18.6	47	99	0	1716	27	25	14	32	1.95
61239818--61240044	48	4.8	48	74	9	218	25	21	24	28	1.99
61250308--61250513	48	4.4	49	71	15	164	27	21	23	28	1.99
61253142--61253195	22	2.5	22	90	0	81	42	24	20	12	1.87
61253378--61253500	41	3.0	41	92	0	201	26	29	22	21	1.99
61253738--61253948	27	7.8	27	81	6	194	29	9	18	42	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61253962--61254024	27	2.3	27	91	0	99	28	22	14	34	1.93
61259247--61259339	42	2.2	42	86	7	127	29	26	16	27	1.97
61259292--61259568	48	5.8	48	88	1	403	28	25	19	26	1.99
61266185--61266228	22	2.0	22	86	0	61	43	0	4	52	1.22
61271828--61271879	27	2.0	26	84	3	68	32	21	28	17	1.96
61272531--61272619	27	3.3	27	90	3	133	24	17	21	35	1.95
61278815--61278914	50	2.0	50	94	0	173	59	12	6	23	1.55
61279423--61279474	27	2.0	26	84	3	68	32	21	28	17	1.96
61281053--61281144	43	2.1	43	78	11	100	29	14	23	32	1.94
61284069--61284875	35	23.1	35	99	0	1596	37	19	20	22	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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