genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.265.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91661153--91661198	22	2.2	21	85	14	60	41	2	0	56	1.11
91661187--91661213	6	4.5	6	100	0	54	14	0	0	85	0.61
91665835--91665942	54	2.0	54	100	0	216	44	5	5	44	1.50
91668315--91668360	10	4.5	10	81	13	58	23	2	0	73	0.94
91668317--91668360	19	2.4	18	88	3	61	22	2	0	75	0.92
91671771--91671885	55	2.1	55	82	6	135	17	26	37	19	1.93
91675876--91675921	17	2.5	19	82	10	60	47	8	13	30	1.72
91676922--91676976	23	2.3	24	76	11	60	32	1	1	63	1.15
91677231--91677262	16	2.0	16	93	0	55	28	0	15	56	1.40
91679283--91679338	12	5.1	10	82	17	51	62	0	0	37	0.95
91679291--91679339	12	4.2	12	80	19	59	59	0	0	40	0.98
91680234--91680279	24	1.9	24	86	0	65	41	8	26	23	1.83
91685212--91685257	23	2.0	23	84	12	60	43	13	6	36	1.69
91685219--91685263	23	2.0	23	82	8	56	37	15	8	37	1.79
91685698--91685730	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
91685777--91685835	21	2.8	22	80	7	61	22	0	8	69	1.15
91685806--91685855	26	2.0	24	88	7	73	30	0	6	64	1.18
91688261--91688294	17	1.9	18	88	5	52	23	2	5	67	1.26
91690159--91690276	50	2.3	51	82	7	134	38	15	15	31	1.88
91690246--91690305	31	1.9	31	89	0	93	41	16	15	26	1.88
91690537--91690593	20	2.8	19	82	15	53	17	1	35	45	1.59
91691202--91691265	33	1.9	33	84	6	85	26	7	26	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91691229--91691267	20	2.0	20	85	10	53	25	10	28	35	1.89
91691306--91691390	42	2.0	42	100	0	170	16	4	28	50	1.65
91693960--91694009	20	2.5	20	80	6	57	28	16	10	46	1.78
91700726--91700754	15	1.9	15	100	0	58	55	10	13	20	1.68
91706545--91706592	24	2.0	24	95	0	87	16	35	8	39	1.79
91708211--91708251	21	2.0	21	90	0	64	26	17	26	29	1.97
91711220--91711414	39	5.0	39	90	2	277	20	20	27	32	1.97
91711547--91711582	18	2.0	18	100	0	72	27	5	16	50	1.68
91713473--91713502	15	2.0	15	93	0	51	23	6	30	40	1.80
91714490--91714553	32	2.0	32	96	0	119	31	15	17	35	1.91
91718386--91718436	20	2.5	20	78	12	59	29	11	13	45	1.79
91728031--91728088	21	2.8	21	97	0	107	29	6	5	58	1.46
91728172--91728230	31	1.9	31	89	0	91	35	13	11	38	1.82
91728807--91728875	21	3.3	21	79	0	57	36	36	11	15	1.84
91730337--91730499	46	3.5	47	84	7	194	25	31	15	26	1.96
91730332--91730517	46	4.0	47	74	15	122	25	31	17	26	1.97
91732479--91732536	21	2.8	21	97	0	107	29	6	5	58	1.46
91732620--91732678	31	1.9	31	89	0	91	35	13	11	38	1.82
91733255--91733323	21	3.3	21	79	0	57	36	36	11	15	1.84
91734781--91734987	46	4.5	46	80	10	199	25	30	16	27	1.97
91744617--91744790	48	3.5	50	83	6	171	24	31	18	25	1.98
91744614--91744841	50	4.8	49	78	10	206	25	31	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91745109--91745427	48	6.7	48	77	11	259	25	30	18	26	1.98
91744362--91745351	495	2.0	495	100	0	1980	29	26	14	29	1.95
91745155--91745426	94	2.9	94	82	9	281	23	31	18	26	1.97
91745109--91745423	140	2.2	146	84	7	398	24	30	18	26	1.98
91759861--91759902	20	2.1	20	86	0	57	16	4	2	76	1.07
91768557--91768950	126	3.1	125	89	4	578	35	16	17	30	1.92
91772456--91772498	18	2.4	18	88	0	59	44	9	25	20	1.81
91772551--91772611	30	2.0	30	87	0	86	14	14	37	32	1.87
91773091--91773136	7	6.6	7	94	0	83	58	15	0	26	1.37
91773868--91773917	21	2.4	21	82	0	55	38	2	26	34	1.68
91776397--91776830	28	15.5	28	97	0	728	26	11	27	34	1.91
91785020--91785117	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
91785048--91785130	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
91787507--91787572	34	1.9	34	90	0	105	31	25	1	40	1.65
91789840--91789880	22	2.0	20	90	9	64	73	12	9	4	1.24
91790641--91790677	12	3.1	12	84	0	56	51	0	24	24	1.49
91790641--91790677	18	2.1	18	94	0	65	51	0	24	24	1.49
91801614--91801642	6	4.8	6	100	0	58	31	0	0	68	0.89
91805808--91805847	19	2.1	19	90	0	62	67	0	15	17	1.23
91806449--91806499	14	3.5	14	72	17	50	41	0	5	52	1.25
91808238--91808277	20	2.0	21	90	5	64	50	0	2	47	1.14
91810143--91810194	19	2.7	20	82	5	63	30	0	0	69	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91810142--91810214	29	2.5	29	82	10	87	27	4	0	68	1.07
91813449--91813533	43	2.0	43	86	4	118	30	16	27	25	1.97
91813473--91813610	43	3.2	42	83	4	159	22	15	32	28	1.95
91814448--91814476	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
91818736--91818790	26	2.1	26	96	0	101	27	16	27	29	1.97
91818654--91818835	77	2.4	77	89	2	280	26	19	24	29	1.99
91818762--91818934	50	3.5	50	80	6	145	27	17	26	29	1.97
91821812--91821952	9	15.6	9	75	14	87	33	1	17	48	1.56
91821837--91821956	48	2.6	45	87	7	172	34	1	15	48	1.56
91821838--91821935	48	2.0	48	96	0	178	32	2	15	50	1.56
91824215--91824443	74	3.1	74	82	1	271	36	19	16	27	1.93
91824509--91824721	115	1.9	115	83	0	282	32	17	19	30	1.95
91825119--91825293	7	24.4	7	68	13	70	47	30	0	21	1.55
91825119--91825293	14	12.2	14	70	13	97	47	30	0	21	1.55
91825705--91825854	40	3.7	39	77	8	133	27	23	22	27	1.99
91825628--91826029	195	2.1	195	82	4	490	27	20	21	30	1.98
91826527--91826667	9	15.6	9	75	14	87	33	1	17	48	1.56
91826552--91826671	48	2.6	45	87	7	172	34	1	15	48	1.56
91826553--91826650	48	2.0	48	96	0	178	32	2	15	50	1.56
91828930--91829158	74	3.1	74	82	1	271	36	19	16	27	1.93
91829224--91829436	115	1.9	115	83	0	282	32	17	19	30	1.95
91829834--91830008	7	24.4	7	68	13	70	47	30	0	21	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91829834--91830008	14	12.2	14	70	13	97	47	30	0	21	1.55
91830420--91830569	40	3.7	39	77	8	133	27	23	22	27	1.99
91830343--91830744	195	2.1	195	82	4	490	27	20	21	30	1.98
91831014--91831046	17	1.9	17	88	11	50	27	3	6	63	1.32
91833865--91833899	16	2.3	15	90	5	52	68	2	5	22	1.24
91838827--91838879	27	2.0	27	85	3	72	28	11	20	39	1.87
91840241--91840442	45	4.6	45	87	5	270	23	22	29	24	1.99
91842870--91842913	18	2.2	20	80	15	56	59	0	11	29	1.32
91842877--91842913	18	2.1	18	90	10	58	56	0	10	32	1.34
91843141--91843184	18	2.4	18	85	7	54	70	4	11	13	1.31
91844935--91845370	46	9.6	46	92	2	709	22	22	14	39	1.91
91844935--91845370	90	4.8	91	94	0	750	22	22	14	39	1.91
91851971--91852035	21	3.2	20	70	12	53	10	26	21	41	1.86
91851953--91852041	39	2.3	39	94	0	151	12	24	23	39	1.89
91859213--91859395	91	2.0	91	97	0	348	36	4	14	44	1.65
91859624--91859712	39	2.3	39	94	3	153	12	23	22	41	1.87
91859642--91859706	21	3.2	21	66	16	57	10	24	20	44	1.83
91864241--91864274	17	1.9	18	94	5	61	73	2	11	11	1.20
91864680--91864715	18	2.1	18	89	5	56	41	0	25	33	1.55
91865168--91865228	23	2.8	22	77	20	65	50	0	19	29	1.48
91868411--91868487	38	2.0	38	82	5	93	24	23	24	27	2.00
91879269--91879318	23	2.2	23	81	0	55	18	8	0	74	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91879457--91879486	14	2.1	15	93	6	53	63	3	0	33	1.11
91879704--91879745	20	2.0	22	86	9	61	45	0	0	54	0.99
91879753--91879777	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
91879754--91879798	16	3.1	15	87	9	58	44	0	0	55	0.99
91880702--91880727	11	2.4	11	100	0	52	46	30	7	15	1.74
91880811--91880985	48	3.6	48	76	4	122	29	29	22	18	1.98
91884021--91884070	20	2.5	20	96	0	91	18	20	16	46	1.85
91891613--91891745	46	2.9	46	85	4	153	42	15	21	21	1.89
91892029--91892061	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
91899800--91900084	69	4.1	69	76	0	230	37	11	34	16	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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