genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.211.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72993132--72993191	26	2.3	26	85	2	75	20	25	20	35	1.96
72993144--72993224	26	3.1	26	84	5	101	20	19	22	37	1.95
72994057--72994087	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
72996185--72996452	46	5.7	47	73	13	171	28	19	29	22	1.98
72996185--72996451	47	5.7	48	73	13	152	28	19	28	22	1.98
72998067--72998131	23	2.8	23	76	0	76	47	23	10	18	1.79
73007686--73007828	27	5.3	27	86	3	146	39	19	20	20	1.92
73007864--73007913	23	2.2	23	86	13	68	26	14	18	42	1.87
73008172--73008230	18	3.3	18	76	9	75	25	20	15	38	1.91
73010998--73011109	51	2.2	51	82	6	138	27	31	15	25	1.95
73010998--73011178	51	3.5	51	80	3	132	29	28	16	25	1.96
73025736--73025847	56	2.0	56	96	0	206	20	8	39	32	1.82
73031846--73031877	13	2.4	14	85	15	50	56	6	12	25	1.59
73035377--73035496	27	4.6	26	86	4	152	26	25	11	36	1.90
73035377--73035496	53	2.3	51	86	2	159	26	25	11	36	1.90
73039676--73039723	22	2.2	22	85	7	62	20	18	20	39	1.92
73046355--73046438	42	2.0	42	88	0	123	16	39	21	22	1.92
73056066--73056187	61	2.0	60	88	1	181	29	14	23	31	1.94
73062460--73062527	23	3.0	22	82	16	86	26	23	17	32	1.97
73062446--73062521	23	3.3	23	78	14	77	23	23	19	32	1.97
73075233--73075292	30	2.0	30	100	0	120	40	23	3	33	1.71
73081697--73081729	7	4.7	7	100	0	66	42	15	15	27	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73081783--73081858	35	2.3	33	80	11	84	42	34	2	21	1.67
73081913--73081952	21	1.9	21	84	0	53	42	30	5	22	1.75
73081836--73081951	53	2.2	53	87	0	169	44	34	2	18	1.63
73086179--73086209	11	2.7	11	95	5	53	90	0	9	0	0.46
73086178--73086209	16	2.0	16	93	0	55	90	0	9	0	0.45
73087460--73087517	13	4.5	13	68	23	50	39	0	6	53	1.28
73090281--73091138	47	18.3	47	99	0	1707	35	8	4	51	1.52
73092877--73092954	42	1.9	41	87	10	115	16	38	23	21	1.93
73103491--73103631	70	2.0	70	95	0	255	29	18	13	39	1.89
73112895--73113018	64	1.9	64	91	0	203	38	19	12	29	1.89
73116503--73116560	26	2.2	26	87	0	80	41	15	17	25	1.89
73116606--73116820	65	3.3	65	80	6	247	35	21	18	24	1.95
73120540--73120626	40	2.2	40	93	0	147	34	19	13	32	1.91
73123530--73123561	3	10.7	3	100	0	64	34	31	0	34	1.58
73127396--73127441	17	2.8	17	86	3	67	50	15	4	30	1.63
73129651--73129688	14	2.7	14	95	0	67	44	21	0	34	1.52
73129849--73129897	23	2.0	25	84	7	66	48	16	0	34	1.46
73130188--73130253	3	22.0	3	87	6	98	3	28	0	68	1.05
73130902--73130969	26	2.5	28	79	11	79	42	0	1	55	1.08
73139122--73139176	21	2.8	18	76	17	56	69	1	5	23	1.19
73142258--73142308	26	1.9	27	88	4	77	47	0	3	49	1.20
73148154--73148446	146	2.0	147	89	2	446	23	19	19	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73155536--73155586	26	1.9	27	92	4	86	56	0	0	43	0.99
73155536--73155595	26	2.4	25	86	8	79	53	0	0	46	1.00
73158384--73158448	33	2.0	33	100	0	130	30	24	15	29	1.96
73160455--73160480	13	2.0	13	100	0	52	38	23	7	30	1.83
73161040--73161925	5	177.2	5	98	0	1666	40	19	0	39	1.58
73165625--73165690	30	2.2	30	86	2	89	25	7	18	48	1.74
73171168--73171333	27	6.2	26	82	7	197	37	23	22	16	1.94
73171168--73171333	54	3.1	54	92	1	262	37	23	22	16	1.94
73178267--73178432	27	6.1	27	82	11	198	36	22	24	17	1.95
73178267--73178432	54	3.1	54	92	1	262	36	22	24	17	1.95
73184432--73184492	18	3.4	18	74	0	68	42	22	6	27	1.78
73184430--73184503	36	2.1	36	89	0	112	44	22	5	27	1.74
73184677--73184709	17	2.1	16	88	11	50	51	6	3	39	1.42
73186679--73186720	7	6.3	7	83	10	52	16	14	14	54	1.71
73186687--73186720	13	2.6	13	85	0	50	14	14	14	55	1.69
73186674--73186716	20	2.3	19	88	8	61	16	16	16	51	1.77
73189723--73189778	23	2.5	24	81	18	68	48	3	1	46	1.30
73190725--73190763	18	2.2	17	86	4	51	30	0	7	61	1.24
73195188--73195644	177	2.6	177	89	0	655	27	22	18	30	1.98
73200342--73200380	21	1.9	20	89	5	60	51	7	10	30	1.64
73201167--73201204	18	2.1	18	100	0	76	13	42	23	21	1.88
73203731--73203783	26	2.0	26	96	0	97	24	24	15	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73204182--73204221	20	2.0	20	90	0	62	32	32	17	17	1.93
73220854--73220891	19	2.0	20	89	5	60	55	0	5	39	1.23
73221854--73221898	16	2.7	16	79	6	54	31	2	8	57	1.41
73222772--73223100	66	5.0	66	96	0	577	28	15	31	25	1.96
73223927--73223951	12	2.1	12	100	0	50	32	8	24	36	1.84
73228504--73228653	48	3.1	48	83	0	183	26	24	22	26	2.00
73235243--73235298	27	2.1	27	100	0	112	44	25	3	26	1.70
73238950--73239046	33	2.9	33	85	1	131	15	21	37	25	1.93
73241048--73241243	96	2.0	97	89	2	295	42	7	18	32	1.77
73242202--73242239	20	1.9	20	88	0	58	42	13	18	26	1.87
73246201--73246241	21	2.0	21	81	18	50	21	26	19	31	1.97
73256958--73257009	16	3.2	16	94	0	95	26	0	34	38	1.57
73257225--73257266	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
73257234--73257275	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
73261116--73261211	41	2.3	41	85	0	129	23	25	22	28	2.00
73263594--73263710	32	3.6	32	79	5	119	38	8	8	44	1.66
73264612--73264657	18	2.6	17	80	6	56	63	8	6	21	1.46
73265502--73265535	17	2.0	17	100	0	68	35	41	5	17	1.74
73266388--73266416	15	1.9	15	100	0	58	13	10	6	68	1.37
73270040--73270128	27	3.3	27	84	6	101	31	15	14	38	1.88
73270080--73270474	27	14.7	27	82	7	376	30	10	20	37	1.87
73272084--73272130	21	2.3	21	77	3	60	23	21	36	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73273608--73273667	17	3.8	16	74	14	54	38	3	1	56	1.26
73275388--73275443	15	3.9	15	86	9	80	42	32	5	19	1.74
73275388--73275443	28	1.9	29	85	7	78	42	32	5	19	1.74
73279395--73279465	33	2.1	33	84	2	88	26	0	9	63	1.26
73280759--73280821	17	3.3	17	71	25	54	33	1	0	65	1.03
73280758--73280824	18	3.4	18	70	22	55	32	1	0	65	1.02
73280758--73280822	19	3.3	19	70	16	60	32	1	0	66	1.01
73287179--73287215	14	2.4	17	73	26	53	40	0	5	54	1.24
73287185--73287219	14	2.5	14	100	0	70	40	0	8	51	1.33
73293361--73293433	37	2.0	37	97	0	137	26	13	21	38	1.91
73294047--73294101	22	2.5	22	87	3	74	70	7	18	3	1.25
73295635--73295718	21	4.0	21	87	3	116	14	25	26	34	1.94
73298026--73298451	233	1.8	233	91	0	699	25	14	17	43	1.86
73302592--73302648	6	9.5	6	94	0	78	63	14	0	22	1.30
73318956--73319133	27	6.6	27	83	5	180	29	28	15	26	1.96
73318977--73319132	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
73333480--73333537	28	2.1	28	96	0	107	46	17	20	15	1.84
73338314--73338347	16	2.1	16	88	0	50	73	0	26	0	0.83
73338538--73338570	8	4.2	8	96	3	59	21	0	24	54	1.45
73338532--73338711	100	1.8	95	90	8	290	35	0	15	49	1.45
73338619--73339009	114	3.6	111	82	10	457	30	0	15	52	1.48
73338619--73338960	114	3.0	113	86	5	480	32	0	14	51	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73341083--73341189	33	3.2	33	80	2	117	15	45	13	25	1.82
73344785--73344861	27	2.9	27	84	3	93	28	25	24	20	1.99
73346599--73346650	26	2.0	26	100	0	104	30	15	26	26	1.96
73346426--73346854	223	1.9	223	94	0	750	34	13	20	30	1.92
73351975--73352090	60	1.9	60	83	0	151	28	14	21	35	1.93
73353389--73353445	27	2.2	26	90	6	96	49	24	15	8	1.73
73354591--73354641	23	2.1	25	89	7	79	58	5	0	35	1.22
73354640--73354726	10	8.4	10	74	13	54	75	3	18	2	1.04
73366890--73367053	85	1.9	85	83	6	215	31	25	17	26	1.97
73371861--73371961	35	2.9	35	90	0	157	37	29	14	17	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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