genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13785066--13785138	35	2.1	36	97	2	139	30	5	5	58	1.43
13787132--13787162	15	2.1	15	93	0	53	41	22	6	29	1.78
13788628--13788800	93	1.9	93	91	2	285	28	30	20	20	1.98
13788621--13788795	46	3.8	45	77	13	185	29	29	20	20	1.97
13788673--13788804	47	2.9	44	74	10	122	30	28	19	21	1.98
13790679--13790864	61	3.0	61	99	0	363	30	23	18	27	1.98
13795537--13795589	26	2.0	26	96	0	97	33	24	13	28	1.93
13799547--13799584	6	6.3	6	93	0	67	34	0	2	63	1.09
13804990--13805613	310	2.0	311	88	0	937	37	13	18	30	1.89
13805603--13805655	29	1.9	29	85	11	76	32	9	24	33	1.87
13806846--13806873	14	2.0	14	100	0	56	14	35	21	28	1.92
13807022--13807093	34	2.1	34	84	10	92	27	22	22	27	1.99
13822687--13822816	45	2.9	45	75	2	145	38	12	22	26	1.89
13828617--13828705	45	2.0	45	97	0	169	32	23	8	34	1.86
13829167--13829237	35	2.0	35	94	0	124	29	25	9	35	1.88
13836891--13836988	45	2.2	45	88	0	142	39	16	21	22	1.92
13837047--13837102	27	2.1	27	86	3	78	39	19	21	19	1.93
13840707--13840753	23	2.0	25	87	8	71	55	19	6	19	1.64
13841142--13841219	23	3.3	23	76	15	79	26	29	19	24	1.98
13851757--13851815	17	3.6	17	82	13	70	59	0	0	40	0.97
13851746--13851800	21	2.9	21	72	27	59	50	1	0	47	1.11
13853114--13853307	66	2.9	66	100	0	388	30	7	17	43	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13855599--13855625	2	13.5	2	100	0	54	0	51	0	48	1.00
13856132--13856160	13	2.1	14	93	6	51	20	3	0	75	0.94
13856138--13856170	16	2.0	17	88	5	50	27	0	0	72	0.85
13856184--13856246	21	2.7	24	76	16	78	39	0	3	57	1.15
13856184--13856244	22	2.7	23	82	12	81	40	0	3	55	1.16
13856211--13856302	34	2.7	33	83	8	98	39	1	1	58	1.12
13856195--13856306	33	3.3	31	78	14	107	40	0	0	58	1.11
13856275--13856336	20	3.0	21	77	15	58	48	0	0	51	1.00
13856404--13856477	21	3.5	21	82	12	80	31	1	1	66	1.09
13856462--13856524	24	2.5	25	78	14	67	49	0	0	50	1.00
13856722--13856780	22	2.5	24	76	17	70	50	5	0	44	1.24
13856805--13856876	29	2.4	31	79	13	87	73	4	8	13	1.21
13857019--13857099	29	2.8	28	75	5	90	44	2	3	49	1.33
13857499--13857608	30	3.7	29	74	17	91	56	0	2	40	1.20
13857702--13857748	22	2.1	22	88	0	67	72	2	2	23	1.06
13858282--13858315	17	1.9	18	94	5	61	17	5	5	70	1.28
13858952--13858998	20	2.2	21	78	14	53	44	2	0	53	1.12
13859892--13859938	15	3.1	14	85	11	58	17	2	6	74	1.12
13860028--13860075	25	2.0	25	84	12	64	31	0	8	60	1.26
13872188--13872221	17	2.0	17	100	0	68	35	17	11	35	1.87
13874831--13874980	55	2.7	55	92	0	237	29	28	30	12	1.92
13876444--13876485	18	2.3	18	95	0	75	19	28	9	42	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13879037--13879123	45	1.9	45	95	0	156	36	21	21	19	1.95
13879481--13879900	210	2.0	210	100	0	840	31	14	25	28	1.95
13886109--13886150	21	2.2	20	87	12	61	64	4	4	26	1.33
13886123--13886157	18	1.9	18	94	0	61	60	5	11	22	1.52
13886838--13886980	54	2.6	55	77	1	144	16	30	27	25	1.96
13887253--13887280	14	2.0	14	100	0	56	14	42	7	35	1.73
13889917--13890236	46	7.0	46	90	0	462	23	23	15	38	1.92
13894442--13894488	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
13894749--13894930	46	4.0	46	94	1	294	22	23	14	39	1.91
13906606--13906869	46	5.7	46	76	10	182	24	29	18	27	1.98
13908290--13908383	49	1.9	49	84	4	127	30	24	17	27	1.97
13909353--13909404	26	2.0	26	100	0	104	30	34	7	26	1.85
13913342--13913554	47	4.6	46	75	9	175	27	19	29	23	1.98
13913342--13913609	47	5.7	46	72	10	168	28	20	29	22	1.98
13913342--13913554	94	2.3	91	81	5	223	27	19	29	23	1.98
13917748--13917932	79	2.3	82	82	7	229	25	27	22	24	2.00
13917729--13917932	40	5.1	40	81	8	229	25	27	22	25	2.00
13918178--13918254	25	3.2	25	60	14	61	11	29	11	46	1.76
13918175--13918271	48	2.0	48	100	0	194	12	26	12	48	1.76
13925763--13925947	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
13925744--13925947	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
13927281--13927321	20	2.2	20	86	8	59	17	26	2	53	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13927944--13928255	46	6.7	45	82	7	295	23	29	18	28	1.98
13930552--13930602	24	2.1	24	85	7	68	72	9	17	0	1.11
13931807--13931843	2	18.5	2	100	0	74	51	0	48	0	1.00
13932671--13932710	21	1.9	21	94	0	71	27	27	27	17	1.98
13933626--13933670	23	2.0	23	90	0	72	46	28	11	13	1.77
13944595--13944706	3	37.3	3	100	0	224	33	0	0	66	0.92
13957777--13958150	87	4.3	87	97	0	685	26	15	21	36	1.93
13958114--13958357	77	3.2	76	78	7	262	33	17	17	31	1.94
13958384--13958418	14	2.6	14	95	4	63	25	14	5	54	1.62
13958357--13958537	87	2.1	87	84	7	233	25	14	20	38	1.91
13960667--13960709	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
13965652--13965685	16	2.1	17	88	5	52	17	5	14	61	1.52
13970641--13970693	27	2.0	27	84	0	70	37	15	15	32	1.88
13973331--13973390	30	2.0	31	83	9	79	30	5	11	53	1.58
13974450--13974483	17	1.9	18	88	5	52	38	2	0	58	1.13
13975616--13975671	14	3.9	15	79	9	55	67	0	5	26	1.11
13975619--13975672	29	1.9	28	85	7	74	68	0	3	27	1.06
13978182--13978824	38	17.6	37	75	11	492	38	14	20	26	1.91
13978187--13978628	111	4.0	111	75	12	263	37	14	21	26	1.92
13978187--13978821	75	8.7	74	77	8	419	38	14	20	26	1.91
13978187--13978684	148	3.4	147	79	9	473	37	14	21	26	1.92
13978217--13978819	107	5.5	105	74	11	292	38	14	20	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13978351--13978872	35	14.4	35	74	11	235	37	13	21	27	1.91
13978365--13978867	142	3.5	142	79	7	412	38	13	21	27	1.91
13978339--13978872	107	4.9	108	77	9	401	38	13	20	28	1.90
13979060--13979212	75	2.0	75	92	5	256	41	18	11	28	1.85
13985039--13985080	22	1.9	22	85	0	57	26	7	50	16	1.71
13991728--13991763	17	2.1	17	100	0	72	22	5	27	44	1.75
13992484--13992556	9	8.6	9	68	25	52	26	0	17	56	1.42
13992505--13992556	10	4.7	11	75	17	54	26	0	17	55	1.42
13992505--13992556	23	2.4	22	87	6	70	26	0	17	55	1.42
13994560--13994613	21	2.5	22	76	8	58	66	1	24	7	1.27
13996042--13996099	29	2.0	29	96	0	107	20	22	13	43	1.87
13996044--13996107	29	2.2	29	86	5	85	23	20	14	42	1.88
13996828--13996901	9	8.6	9	69	27	54	25	0	18	55	1.43
13996847--13996901	11	4.8	12	72	28	57	27	0	18	54	1.44
13997012--13997056	23	2.0	23	82	8	56	46	15	11	26	1.79
14009164--14009242	39	2.0	39	90	4	124	29	17	12	40	1.87
14016450--14016479	3	9.7	3	92	7	51	33	0	0	66	0.92
14017297--14017445	40	3.7	41	87	5	180	37	22	20	19	1.94
14017652--14017762	25	4.6	25	70	17	81	31	1	24	42	1.65
14017763--14017861	14	7.0	14	69	13	60	18	0	44	37	1.50
14017789--14017881	14	6.3	15	71	13	61	22	0	39	37	1.54
14022114--14022215	43	2.4	42	81	3	132	20	21	28	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14023821--14023868	20	2.5	21	86	10	59	39	12	12	35	1.81
14023829--14023868	20	2.0	20	95	0	71	35	12	15	37	1.85
14023945--14024018	29	2.5	29	86	4	94	51	14	12	21	1.75
14037248--14037324	39	2.0	39	87	5	111	42	20	22	14	1.88
14049162--14049222	27	2.3	27	76	0	68	31	3	4	60	1.34
14061863--14061891	14	2.0	15	93	6	51	27	3	27	41	1.72
14067450--14067513	20	3.5	19	72	12	53	60	0	0	39	0.97
14079244--14079463	79	2.8	79	81	8	234	25	26	21	25	1.99
14079260--14079463	40	5.1	40	81	8	229	25	27	22	25	2.00
14080591--14080764	56	3.1	56	90	6	300	22	22	8	45	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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