genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19838421--19838489	21	3.4	21	71	15	72	55	7	1	36	1.37
19839761--19839940	93	1.9	93	96	0	333	45	6	15	32	1.72
19845777--19845849	35	2.1	35	97	0	137	34	16	24	24	1.95
19847015--19847077	29	2.2	27	78	10	63	58	1	11	28	1.41
19847069--19847124	28	2.0	27	82	6	67	57	3	8	30	1.47
19847110--19847184	26	2.8	26	80	6	71	49	2	18	29	1.61
19847328--19847378	22	2.3	22	80	19	61	62	0	1	35	1.06
19848803--19848866	29	2.1	31	83	11	80	3	15	12	68	1.32
19850200--19850388	100	1.9	101	92	1	317	39	7	16	36	1.77
19852696--19852748	7	6.5	8	85	12	56	64	0	0	35	0.94
19852695--19852731	19	2.1	17	90	10	56	62	0	0	37	0.96
19855495--19855556	15	4.2	14	75	17	54	64	0	8	27	1.21
19855702--19855797	3	32.7	3	82	4	115	59	1	6	33	1.29
19855887--19855935	14	3.6	14	81	13	50	59	2	4	34	1.28
19856630--19856683	25	2.2	25	89	0	81	20	31	27	20	1.97
19857284--19857317	17	1.9	18	88	5	52	20	2	29	47	1.65
19857515--19857574	32	1.9	32	83	10	79	58	3	3	35	1.31
19858938--19859000	25	2.5	25	89	2	90	63	0	1	34	1.04
19859967--19860005	13	3.0	13	92	0	60	48	10	0	41	1.37
19862283--19862442	52	3.1	52	82	4	205	25	18	27	28	1.98
19864976--19865016	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
19868037--19868082	19	2.4	19	100	0	92	34	21	10	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19868037--19868082	10	4.9	9	79	10	56	34	21	10	32	1.88
19875074--19875227	52	3.0	52	75	8	143	27	19	24	29	1.98
19874816--19875681	432	2.0	432	99	0	1723	33	13	20	32	1.92
19877450--19877628	3	60.3	3	70	14	79	29	4	1	64	1.22
19877451--19877500	23	2.2	24	82	10	68	30	2	0	68	1.01
19877468--19877533	14	3.8	18	75	20	70	28	4	1	65	1.21
19877466--19877541	31	2.4	32	82	4	102	30	3	1	64	1.20
19877455--19877576	23	5.8	22	67	21	57	30	4	0	63	1.21
19878845--19878883	20	1.9	21	94	5	71	53	0	0	46	1.00
19878845--19878886	11	4.0	11	78	12	52	52	0	0	47	1.00
19879599--19879643	23	2.0	23	83	16	58	53	0	0	46	1.00
19886894--19886982	42	2.1	42	93	0	151	51	12	5	30	1.62
19887007--19887046	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
19890954--19890993	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
19891002--19891030	15	1.9	15	100	0	58	44	20	0	34	1.52
19899383--19899424	16	2.6	16	92	3	66	45	4	16	33	1.69
19907622--19907678	27	2.1	27	84	12	73	24	3	1	70	1.13
19908128--19908158	9	3.4	9	90	0	53	38	3	0	58	1.15
19909361--19909395	18	2.0	18	94	5	63	40	0	0	60	0.97
19912357--19912400	19	2.3	19	84	7	54	29	4	2	63	1.26
19916458--19916488	14	2.2	14	94	0	53	41	0	3	54	1.16
19921366--19921428	31	2.0	31	100	0	126	36	6	22	34	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19921598--19921674	35	2.2	35	86	11	106	42	3	10	42	1.57
19928589--19928682	47	2.0	47	89	0	143	40	17	7	35	1.77
19929908--19929956	14	3.3	14	84	15	71	57	0	2	40	1.10
19930627--19930652	7	3.7	7	100	0	52	46	0	11	42	1.40
19930609--19930688	25	3.2	25	62	13	65	58	2	5	33	1.33
19932675--19932720	23	2.0	23	83	8	58	41	6	0	52	1.27
19936695--19936743	25	2.0	24	84	4	62	61	14	6	18	1.53
19939745--19939791	19	2.4	19	80	16	51	61	4	2	31	1.27
19939763--19939812	19	2.6	19	81	12	50	54	6	4	36	1.44
19939981--19940018	20	2.0	20	89	5	60	44	0	0	55	0.99
19940740--19940777	20	1.9	20	88	0	58	76	7	0	15	1.01
19940968--19941015	17	2.8	17	70	0	51	64	0	0	35	0.94
19958534--19958579	19	2.4	19	86	13	60	39	2	2	56	1.24
19972558--19972588	16	1.9	16	93	0	53	35	6	9	48	1.62
19974852--19974890	3	13.0	3	88	0	60	33	5	0	61	1.18
19975438--19975834	108	3.7	107	89	3	611	28	17	20	34	1.95
19979115--19979171	28	2.2	25	84	9	69	61	3	5	29	1.35
19979862--19979906	17	2.6	18	82	10	58	53	2	11	33	1.49
19981957--19982112	78	2.0	78	94	2	278	32	17	7	42	1.77
19983348--19983391	3	14.7	3	100	0	88	34	0	31	34	1.58
19984298--19984343	16	2.8	16	81	18	51	80	0	13	6	0.89
19984307--19984347	20	2.0	20	90	9	66	80	0	9	9	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19985011--19985133	44	2.8	43	79	7	122	27	24	21	26	1.99
19988086--19988122	9	4.0	9	92	3	56	40	0	2	56	1.13
19989046--19989092	14	3.1	15	82	14	53	42	0	2	55	1.12
19989061--19989092	16	1.9	17	93	6	57	40	0	0	59	0.97
19989593--19989644	11	4.5	11	81	11	50	57	0	13	28	1.36
19989598--19989638	12	3.5	11	90	6	55	56	0	17	26	1.41
19989978--19990037	24	2.5	22	79	12	57	33	0	23	43	1.54
19990299--19990390	44	2.1	44	87	4	132	20	21	23	33	1.97
19990560--19990622	18	3.5	18	84	0	90	31	7	17	42	1.78
19990588--19990641	28	1.9	28	85	7	74	35	9	16	38	1.81
19994199--19994889	125	5.5	124	83	4	695	27	16	20	36	1.93
19994199--19994874	126	5.3	125	82	6	682	27	16	20	36	1.93
20007354--20007412	30	1.9	31	86	3	84	28	20	3	47	1.66
20007354--20007422	30	2.3	31	82	7	79	28	18	5	46	1.72
20007775--20007804	15	2.0	15	93	0	51	33	10	13	43	1.77
20012300--20012344	19	2.3	20	80	7	56	57	2	0	40	1.11
20014537--20014917	131	2.9	130	75	12	348	33	18	20	27	1.96
20016080--20016108	15	1.9	15	100	0	58	58	13	0	27	1.36
20018012--20018040	15	1.9	15	100	0	58	58	13	0	27	1.36
20019842--20020097	132	1.9	132	84	1	343	27	24	18	29	1.98
20032994--20033022	15	1.9	15	100	0	58	58	13	0	27	1.36
20035868--20035909	19	2.1	21	83	12	54	33	7	4	54	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20037693--20037741	25	2.0	25	100	0	98	51	0	4	44	1.20
20039579--20039686	54	2.0	54	100	0	216	42	18	12	25	1.86
20042112--20042147	18	2.0	18	88	0	54	30	0	8	61	1.26
20042124--20042193	4	16.8	4	75	16	54	30	0	5	64	1.17
20042231--20042273	18	2.4	18	96	0	77	51	0	2	46	1.13
20042972--20043009	9	4.3	9	87	12	53	10	2	0	86	0.66
20042968--20043033	18	3.8	17	74	7	53	15	7	3	74	1.17
20046216--20046250	18	1.9	18	94	0	61	37	14	14	34	1.86
20051022--20051396	187	2.0	187	98	1	734	37	10	12	39	1.77
20054018--20054058	20	2.0	20	95	0	73	41	24	12	21	1.87
20059310--20059396	40	2.3	36	82	13	95	34	5	4	55	1.44
20063726--20063766	3	14.0	3	94	5	75	31	68	0	0	0.90
20064454--20064521	33	2.1	33	88	0	100	13	48	25	13	1.78
20064466--20064536	33	2.2	33	89	0	106	8	52	25	14	1.69
20065324--20065353	14	2.1	14	93	0	51	90	6	0	3	0.56
20073306--20073335	5	6.0	5	100	0	60	20	0	20	60	1.37
20075126--20075150	7	3.6	7	100	0	50	88	0	12	0	0.53
20079851--20079954	51	2.0	53	96	3	194	41	7	8	42	1.64
20082456--20082489	18	1.9	17	88	5	50	55	5	0	38	1.24
20085254--20085307	19	2.9	18	76	17	65	74	9	3	12	1.20
20085985--20086059	33	2.3	33	95	0	132	45	16	8	30	1.75
20088221--20088259	6	6.5	6	93	0	51	41	51	7	0	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20088225--20088260	12	3.0	12	91	0	63	38	50	11	0	1.38
20088206--20088260	18	3.1	18	81	0	56	36	47	14	1	1.55
20089941--20089965	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
20094342--20094435	23	4.1	23	85	0	134	22	25	4	47	1.69
20097120--20097154	15	2.3	15	100	0	70	74	8	0	17	1.06
20097186--20097226	15	2.7	15	84	3	55	41	0	2	56	1.13
20106985--20107365	30	13.1	30	85	8	520	38	11	0	50	1.42
20106985--20107365	59	6.5	59	85	7	496	38	11	0	50	1.42
20106985--20107365	117	3.3	116	84	7	508	38	11	0	50	1.42
20106993--20107365	87	4.3	87	86	5	474	37	10	0	50	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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