genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.204.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   

This is table  204  of  290  ( 34714 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70223885--70223997	50	2.3	50	83	11	153	22	23	22	32	1.98
70235522--70235574	14	3.5	14	80	16	61	37	1	0	60	1.08
70235577--70235647	37	1.9	37	82	0	88	46	0	5	47	1.26
70235811--70235850	16	2.5	16	87	0	62	30	22	0	47	1.52
70240228--70240292	30	2.1	32	83	11	82	38	9	3	49	1.51
70245610--70245669	18	3.4	18	67	28	56	45	30	1	23	1.63
70245608--70245675	35	1.9	35	100	0	136	47	30	1	20	1.59
70255780--70255915	63	2.2	63	84	0	173	27	21	25	25	1.99
70260726--70261632	40	22.7	40	98	0	1717	24	17	27	29	1.98
70268208--70268380	46	3.7	46	75	11	174	31	27	18	22	1.97
70268213--70268383	93	1.8	93	88	2	263	30	28	18	22	1.97
70270555--70270808	63	4.1	63	79	2	244	27	18	26	26	1.98
70272200--70272229	15	2.0	15	100	0	60	26	20	6	46	1.75
70277216--70277276	32	1.9	31	83	3	77	31	9	19	39	1.84
70278138--70278261	20	5.9	21	77	7	67	19	8	16	54	1.68
70278152--70278262	20	5.4	20	77	7	89	19	10	16	53	1.72
70285666--70285718	3	17.3	3	78	3	52	3	56	1	37	1.28
70286263--70286291	7	4.1	7	100	0	58	41	0	31	27	1.56
70288569--70288603	4	8.2	4	87	12	52	25	5	0	68	1.11
70291643--70291667	13	1.9	13	100	0	50	36	32	16	16	1.90
70293966--70294233	40	6.7	40	95	0	455	30	20	26	21	1.98
70302547--70302814	40	6.7	40	95	0	455	30	20	26	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70311129--70311396	40	6.7	40	95	0	464	31	20	26	21	1.98
70314034--70314064	15	2.1	15	94	5	55	16	0	0	83	0.64
70321423--70321466	22	2.0	22	100	0	88	27	18	9	45	1.79
70328021--70328150	41	3.2	41	80	4	138	26	33	21	17	1.96
70328035--70328189	41	3.8	41	81	5	145	25	35	22	16	1.95
70328076--70328206	41	3.2	41	81	2	120	23	35	23	16	1.95
70336373--70336675	40	7.6	40	89	2	405	27	27	20	24	1.99
70344356--70344823	40	11.7	40	99	0	918	22	27	20	30	1.98
70351431--70351517	40	2.2	40	93	0	147	28	25	22	22	1.99
70353811--70353883	23	3.0	24	82	8	76	30	21	23	24	1.99
70361421--70361474	20	2.7	20	100	0	108	33	20	11	35	1.88
70361421--70361474	11	5.3	11	74	17	62	33	20	11	35	1.88
70361421--70361506	40	2.2	40	80	4	93	37	18	9	34	1.83
70362520--70362586	34	2.0	34	96	0	125	20	25	23	29	1.99
70367201--70367286	31	2.8	31	89	1	138	23	25	18	32	1.97
70369802--70369941	23	6.1	23	69	16	76	37	15	21	25	1.93
70374707--70375267	4	141.5	4	76	6	417	42	0	55	1	1.12
70374707--70375278	20	29.0	20	76	10	464	42	0	55	1	1.13
70374741--70375280	6	86.5	6	74	14	193	42	0	55	1	1.13
70375588--70375647	30	2.0	30	87	6	86	36	8	26	28	1.85
70376294--70376539	49	4.9	50	84	2	325	25	18	27	28	1.98
70376399--70376482	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70377817--70377903	6	15.0	6	80	7	99	39	0	60	0	0.97
70377817--70377935	12	9.8	12	81	9	98	40	0	58	0	1.04
70380777--70380828	22	2.3	23	84	12	65	46	25	5	23	1.74
70384421--70384474	24	2.2	24	80	6	65	33	14	25	25	1.95
70393662--70393837	46	3.8	46	77	14	191	19	21	29	29	1.98
70393659--70393830	93	1.8	93	92	2	292	20	21	29	28	1.98
70401238--70401414	46	3.8	46	97	0	327	20	20	28	29	1.98
70404971--70405033	23	2.7	23	80	7	74	33	17	25	23	1.96
70405542--70405593	24	2.2	24	89	0	77	51	9	3	34	1.53
70405684--70405742	29	2.0	29	90	0	91	30	32	11	25	1.92
70414559--70414647	40	2.2	41	86	6	119	53	6	4	34	1.47
70430685--70430869	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
70430666--70430869	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
70434212--70434236	13	1.9	13	100	0	50	16	24	40	20	1.91
70435542--70436111	285	2.0	285	100	0	1140	29	10	21	37	1.87
70438403--70438625	39	5.6	39	83	8	233	25	27	21	25	2.00
70438403--70438625	79	2.8	78	81	9	238	25	27	21	25	2.00
70445362--70445486	61	2.0	61	92	0	205	24	27	16	31	1.97
70446584--70446715	40	3.3	40	86	2	176	26	28	21	23	1.99
70446700--70446777	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
70453542--70453575	16	2.1	17	88	5	52	58	5	0	35	1.22
70455903--70455992	38	2.4	38	85	9	114	32	30	5	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70456909--70457003	23	4.2	23	73	2	84	9	14	26	49	1.74
70456897--70457030	68	2.0	69	83	1	171	11	14	24	49	1.76
70458397--70458443	19	2.4	18	83	13	58	38	12	6	42	1.69
70462117--70462239	55	2.2	56	88	2	176	26	12	28	33	1.92
70462117--70462239	28	4.4	28	90	2	176	26	12	28	33	1.92
70462142--70462252	28	4.0	27	90	3	116	28	11	26	33	1.91
70464373--70464436	33	1.9	33	87	0	92	23	26	28	21	1.99
70464575--70464642	27	2.5	27	85	4	93	35	23	23	17	1.95
70470233--70470410	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
70470254--70470409	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
70470962--70470986	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
70475440--70475537	49	2.0	49	100	0	196	38	28	16	16	1.90
70478552--70478729	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
70478573--70478728	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
70479281--70479305	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
70480696--70480771	38	2.0	38	100	0	152	26	13	23	36	1.91
70480910--70480964	27	2.0	27	85	0	74	23	36	16	23	1.94
70487067--70487888	58	14.2	58	99	0	1635	27	27	13	30	1.94
70487990--70488068	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
70490640--70490857	40	5.5	40	90	4	318	23	22	27	26	2.00
70496808--70496858	23	2.3	23	89	3	77	37	15	21	25	1.93
70498497--70498523	13	2.1	13	100	0	54	25	0	0	74	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70499353--70499518	88	1.9	87	81	8	203	42	19	6	31	1.76
70499563--70499652	29	3.2	28	82	14	98	57	0	1	41	1.06
70499613--70499641	14	2.0	15	93	6	51	62	0	0	37	0.96
70499625--70499650	10	2.6	10	100	0	52	57	0	0	42	0.98
70508417--70508467	23	2.1	23	82	7	57	50	3	3	41	1.39
70516268--70516307	13	3.1	13	81	0	53	35	27	5	32	1.79
70519420--70519478	26	2.3	26	87	0	82	44	8	11	35	1.72
70521183--70521368	62	3.0	63	77	9	191	22	19	30	27	1.98
70521182--70521375	63	3.1	63	77	8	198	22	19	30	27	1.98
70522414--70522443	11	2.7	11	94	0	51	0	3	6	90	0.56
70527051--70527094	23	1.9	23	86	9	63	45	0	0	54	0.99
70530740--70530831	47	2.0	46	91	4	150	21	19	10	47	1.80
70530899--70530945	24	2.0	24	87	4	69	21	2	6	70	1.20
70531008--70531046	20	2.0	20	90	5	62	38	0	2	58	1.12
70531013--70531061	20	2.5	20	83	9	57	44	0	0	55	0.99
70531152--70531182	13	2.5	12	90	10	53	32	0	0	67	0.91
70531267--70531312	19	2.3	20	81	7	58	60	0	4	34	1.16
70531323--70531363	21	2.0	21	90	0	64	68	0	2	29	1.03
70533702--70533787	34	2.5	34	84	3	111	31	20	20	26	1.98
70536738--70536775	20	1.9	20	88	0	58	34	34	2	28	1.71
70536861--70536974	43	2.7	42	82	2	138	28	23	15	31	1.96
70538877--70538976	30	3.3	30	88	0	137	25	24	21	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70542446--70542476	16	2.0	16	93	6	55	58	0	0	41	0.98
70542468--70542543	9	7.8	9	73	15	62	60	1	0	38	1.05
70542468--70542543	30	2.6	29	83	8	91	60	1	0	38	1.05
70542354--70542577	120	1.9	123	86	7	334	55	3	2	38	1.31
70542598--70542637	21	1.9	20	90	10	62	60	2	0	37	1.11
70542628--70542680	22	2.4	22	79	20	58	58	5	0	35	1.22
70542671--70542705	13	2.7	13	100	0	70	45	17	0	37	1.48
70542712--70542787	12	6.0	12	73	24	59	71	0	3	25	1.03
70542726--70542790	4	15.2	4	76	17	60	72	0	4	23	1.03
70542711--70542753	13	3.4	13	87	6	61	69	0	0	30	0.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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