genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25567206--25567920	81	8.8	79	74	5	403	33	8	20	38	1.83
25567206--25567920	27	26.4	27	77	5	325	33	8	20	38	1.83
25568783--25568824	22	1.9	22	90	9	68	35	30	11	21	1.90
25570974--25571093	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
25572150--25572256	54	2.0	54	90	0	169	38	10	14	37	1.80
25572607--25572674	36	1.9	35	94	5	120	38	5	25	30	1.79
25572639--25572950	47	6.6	47	92	2	450	33	8	30	27	1.87
25593381--25593430	25	2.0	25	84	7	66	40	0	20	40	1.52
25594203--25594234	17	1.9	16	93	6	55	18	18	37	25	1.94
25607225--25607351	37	3.7	37	74	21	141	25	31	18	23	1.98
25607270--25607320	26	2.0	26	96	0	93	21	33	21	23	1.97
25607233--25607351	63	1.9	63	92	0	202	25	31	20	23	1.98
25607611--25607733	23	5.3	22	63	30	60	25	31	13	30	1.93
25607564--25607949	47	8.1	47	94	2	646	26	30	11	30	1.92
25607568--25607951	191	2.0	192	96	0	707	26	30	11	30	1.92
25607802--25607924	23	5.3	22	63	30	60	25	31	13	30	1.93
25622793--25622851	28	2.0	30	81	12	70	42	1	27	28	1.65
25629622--25629678	29	2.0	28	96	3	105	50	14	14	21	1.76
25629966--25630138	46	3.7	46	83	6	206	24	28	18	28	1.98
25639732--25639760	14	2.1	14	100	0	58	58	20	6	13	1.58
25645890--25646061	93	1.8	93	89	0	272	27	29	21	20	1.98
25645882--25646051	46	3.7	46	77	4	198	29	30	20	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25649459--25649643	40	4.7	39	84	4	228	24	27	23	24	2.00
25657508--25657635	40	3.2	40	80	9	156	24	27	25	23	2.00
25659195--25659291	30	3.2	30	78	12	92	55	13	16	14	1.69
25659214--25659291	15	5.2	15	76	11	79	55	14	16	14	1.70
25660448--25660756	154	2.0	154	98	0	591	33	19	3	42	1.70
25662385--25662556	93	1.8	93	91	0	281	26	29	22	21	1.99
25662377--25662552	46	3.8	46	80	4	201	27	28	22	21	1.99
25664742--25664841	47	2.1	47	96	0	182	34	14	25	27	1.94
25670675--25670910	118	2.0	118	100	0	472	33	18	22	25	1.97
25670969--25671162	54	3.6	54	81	4	230	36	18	23	21	1.95
25670974--25671197	108	2.1	109	86	4	310	37	17	23	20	1.93
25676579--25676711	51	2.6	51	84	3	153	25	17	26	30	1.97
25676627--25676764	51	2.7	51	84	1	152	27	16	26	28	1.97
25681558--25681628	26	2.8	25	82	4	81	28	23	18	29	1.98
25681584--25681655	24	3.0	24	80	12	67	30	22	19	27	1.98
25681849--25681939	38	2.7	31	72	22	94	35	16	25	23	1.95
25689468--25689534	20	3.3	20	95	0	125	34	10	20	34	1.87
25689479--25689534	11	5.5	11	71	16	57	33	10	21	33	1.88
25689470--25689526	9	5.9	9	73	15	51	33	7	22	36	1.81
25689468--25689548	40	2.0	40	88	4	119	34	11	19	34	1.87
25689582--25689665	26	3.4	25	85	8	109	28	20	21	29	1.98
25689873--25689936	31	2.1	31	85	5	85	39	14	20	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25692553--25692577	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
25694169--25694515	47	7.4	47	91	0	516	32	9	31	26	1.89
25694634--25694713	37	2.2	37	86	4	108	23	17	31	27	1.97
25696343--25696370	14	2.0	14	100	0	56	50	7	14	28	1.69
25697587--25697723	50	2.7	51	83	1	168	24	20	27	27	1.99
25697587--25697769	51	3.6	50	81	0	168	25	17	27	28	1.98
25697682--25697820	51	2.7	51	77	2	136	28	15	28	28	1.96
25698795--25698822	14	2.0	14	100	0	56	28	7	7	57	1.52
25709438--25709505	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
25709327--25709654	174	1.9	174	96	0	602	31	24	14	30	1.94
25709607--25709685	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
25713133--25713380	54	4.6	54	87	4	331	21	23	18	36	1.95
25713359--25713480	47	2.6	47	90	0	199	27	22	12	37	1.90
25715853--25716212	54	6.6	54	81	4	402	23	24	15	36	1.94
25715853--25716218	109	3.4	108	82	4	418	23	24	15	36	1.94
25715853--25716212	163	2.2	162	91	0	585	23	24	15	36	1.94
25723320--25723428	37	2.9	37	91	0	173	27	29	19	23	1.98
25723574--25723715	50	2.9	49	86	8	198	30	25	7	36	1.84
25723574--25723809	47	4.9	50	81	11	210	28	27	9	34	1.88
25723632--25723873	47	5.1	47	85	3	274	27	28	9	34	1.88
25723795--25723874	25	3.3	25	68	16	69	32	27	5	35	1.79
25727914--25728863	40	23.8	40	96	0	1603	26	27	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25729012--25729080	36	1.9	36	96	0	129	21	11	24	42	1.86
25739954--25739990	8	4.6	8	86	0	56	59	21	16	2	1.49
25740653--25740766	40	2.8	40	80	2	131	16	17	23	42	1.89
25740653--25740785	60	2.2	60	81	5	144	16	19	22	41	1.90
25740653--25740785	20	6.7	20	80	3	99	16	19	22	41	1.90
25740828--25740900	26	2.8	26	80	0	83	24	23	19	32	1.97
25740800--25740900	52	1.9	52	81	0	121	20	20	20	37	1.94
25741004--25741062	28	2.1	28	87	6	84	18	25	27	28	1.98
25742121--25742239	60	2.0	59	93	1	202	30	20	25	24	1.99
25743542--25743576	17	2.1	17	100	0	70	22	42	11	22	1.85
25744655--25744751	20	4.9	20	79	2	90	12	25	22	39	1.89
25744655--25744752	40	2.5	40	85	6	121	13	25	22	38	1.90
25744740--25744804	26	2.4	27	82	10	80	15	23	23	38	1.92
25744754--25744835	26	3.2	26	85	0	101	19	20	23	36	1.95
25747290--25747361	34	2.2	33	82	7	83	33	20	22	23	1.97
25780013--25780041	12	2.4	12	100	0	58	0	27	41	31	1.56
25787981--25788147	46	3.6	45	82	9	180	26	29	16	26	1.97
25797786--25797814	14	2.1	14	100	0	58	58	20	6	13	1.58
25803582--25803681	47	2.1	47	92	0	164	35	14	23	28	1.93
25803671--25803856	55	3.5	53	80	7	205	36	18	25	20	1.95
25803671--25803867	53	3.6	54	80	7	211	35	17	25	21	1.95
25803671--25803891	108	2.0	109	85	4	295	37	17	24	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25807288--25807326	15	2.4	17	87	8	55	23	2	28	46	1.65
25809355--25809416	30	2.1	30	81	6	72	35	12	20	30	1.91
25809952--25810036	44	1.9	44	80	4	100	40	12	21	25	1.89
25810187--25810286	47	2.1	47	94	0	173	35	14	24	27	1.93
25810268--25810482	54	4.0	54	81	4	227	37	17	23	21	1.94
25810268--25810472	55	3.8	54	81	4	234	35	18	23	22	1.96
25810273--25810496	108	2.1	109	87	2	317	37	18	23	20	1.94
25815931--25816117	51	3.7	50	78	5	151	26	16	26	30	1.97
25820828--25820874	20	2.3	20	100	0	94	36	10	19	34	1.86
25820922--25820990	26	2.7	26	93	4	115	24	26	23	26	2.00
25820922--25821005	26	3.4	24	88	6	89	28	22	22	26	1.99
25821213--25821276	31	2.1	31	84	0	83	39	18	21	20	1.93
25824063--25824168	48	2.2	48	93	0	176	33	5	27	33	1.80
25830199--25830327	46	2.8	46	91	0	204	21	22	27	28	1.99
25846059--25846498	47	9.1	47	85	6	556	26	30	12	30	1.93
25846059--25846498	98	4.5	98	89	2	672	26	30	12	30	1.93
25846059--25846498	192	2.3	194	91	2	713	26	30	12	30	1.93
25850392--25850703	40	7.8	40	91	0	480	26	28	21	23	1.99
25851973--25852191	37	5.9	37	95	0	384	25	31	18	24	1.98
25852397--25852543	47	3.1	47	91	0	231	25	29	10	34	1.90
25852544--25853370	413	2.0	413	99	0	1645	35	19	9	34	1.85
25857070--25857142	26	2.9	26	85	4	96	27	26	19	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25857083--25857169	25	3.5	24	78	13	70	27	25	20	26	1.99
25857362--25857425	31	2.1	31	87	0	92	37	14	21	26	1.92
25859394--25859421	14	2.0	14	100	0	56	50	7	14	28	1.69
25860639--25860800	51	3.2	50	78	2	153	25	18	27	29	1.98
25860639--25860777	50	2.8	50	82	1	152	24	19	27	28	1.98
25860644--25860830	51	3.7	50	79	2	149	25	18	27	28	1.98
25862311--25862351	18	2.3	18	83	8	57	12	24	41	21	1.87
25866024--25866274	54	4.6	54	84	3	326	22	23	17	36	1.95
25866254--25866364	47	2.4	47	90	0	186	28	21	12	36	1.90
25871469--25871644	46	3.8	45	81	11	196	31	28	18	21	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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