genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
772063--772517	154	2.9	161	81	13	600	40	22	3	33	1.71
772332--772370	15	2.5	16	87	4	53	48	35	0	15	1.45
772376--772621	114	2.3	109	90	8	378	36	21	3	38	1.71
772244--772846	268	2.3	268	95	2	1110	37	21	3	37	1.71
772600--772638	15	2.5	16	87	4	53	48	35	0	15	1.45
797404--797493	23	3.9	22	77	12	83	34	17	23	24	1.96
800603--800691	42	2.1	42	82	0	106	31	15	24	28	1.96
801656--801715	30	2.0	30	87	6	86	15	20	38	26	1.91
814609--814763	42	3.7	42	81	0	166	28	14	27	29	1.95
829066--829237	46	3.7	46	75	11	149	24	30	19	26	1.98
834794--834823	15	2.0	15	93	0	51	56	0	43	0	0.99
835515--835578	33	1.9	33	100	0	128	15	10	29	43	1.81
843683--843727	22	2.1	21	88	8	65	20	42	24	13	1.87
844894--845059	43	3.9	42	76	7	149	30	27	14	27	1.95
850383--850571	43	4.4	43	90	1	283	30	33	22	13	1.92
850543--850626	38	2.2	38	86	0	123	32	27	20	20	1.97
859832--860009	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
859853--860008	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
880482--880588	27	4.0	26	85	6	124	36	21	23	18	1.95
880482--880588	54	2.0	54	85	3	144	36	21	23	18	1.95
887688--887811	39	3.2	39	82	7	146	20	23	21	34	1.96
887704--887812	39	2.8	40	85	2	150	20	22	22	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
889297--889357	30	2.0	30	100	0	122	31	39	0	29	1.57
891325--891495	93	1.8	93	92	0	288	29	28	20	21	1.98
891320--891492	46	3.7	46	78	10	199	30	27	20	21	1.98
898485--898555	35	2.0	35	97	0	133	32	19	16	30	1.95
900200--900322	46	2.7	47	83	3	169	28	17	27	26	1.98
902918--902951	12	2.8	12	86	0	50	38	14	32	14	1.87
908199--908368	49	3.5	49	77	2	164	28	21	26	22	1.99
914647--914694	14	3.4	14	85	0	60	43	6	31	18	1.75
917902--917936	12	2.9	12	95	0	61	65	0	11	22	1.24
918090--918157	26	2.7	25	84	6	84	39	10	19	30	1.85
918085--918157	25	2.8	26	79	4	85	41	9	17	31	1.82
919448--919477	15	2.0	15	93	0	51	50	33	13	3	1.58
921228--921267	20	2.0	20	85	4	55	45	10	5	40	1.60
944903--944985	41	2.0	41	100	0	166	26	2	28	42	1.68
948666--948838	93	1.9	93	92	0	292	27	28	21	21	1.99
948659--948834	46	3.8	46	77	12	189	28	28	21	21	1.99
948710--948853	46	3.1	45	76	11	157	29	28	20	21	1.98
951234--951313	30	2.7	30	78	7	90	55	12	17	15	1.70
951234--951304	15	4.7	15	79	6	81	56	9	18	15	1.66
951236--951313	15	5.2	15	76	6	70	55	12	16	15	1.70
951839--951880	21	2.2	20	87	12	61	42	11	2	42	1.54
953857--954056	100	2.0	100	100	0	400	32	17	21	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
954484--954529	22	2.1	22	100	0	92	15	8	28	47	1.74
956531--956563	6	5.5	6	96	0	57	36	0	51	12	1.39
956878--956922	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
960652--960696	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
963997--964030	14	2.4	14	90	0	50	41	5	2	50	1.42
967869--967902	17	2.0	17	88	0	50	41	14	17	26	1.88
968207--968247	15	3.0	15	76	23	54	26	0	4	68	1.10
970823--970848	8	3.2	8	100	0	52	76	0	0	23	0.78
972117--972149	10	3.0	11	91	8	50	72	9	0	18	1.10
972169--972206	19	2.0	19	94	0	67	50	5	10	34	1.59
975582--975747	78	2.1	77	82	6	192	20	21	26	31	1.98
975582--975747	38	4.3	38	82	5	172	20	21	26	31	1.98
979665--979874	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
979612--979874	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
979613--979909	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
987562--987744	40	4.6	39	81	6	170	24	20	27	26	1.99
987598--987779	79	2.3	80	79	3	190	26	20	27	25	1.99
989851--989962	50	2.2	50	80	3	127	40	17	15	26	1.89
1001630--1001805	4	44.0	4	94	0	271	46	25	3	24	1.70
1002012--1002061	21	2.4	21	83	6	66	22	24	34	20	1.97
1003296--1003632	165	2.1	161	86	5	462	29	8	17	44	1.78
1005955--1006131	40	4.5	40	89	4	245	24	27	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1005955--1006131	79	2.2	80	87	5	245	24	27	23	24	2.00
1008434--1008467	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
1010099--1010206	40	2.7	40	86	0	144	23	17	26	32	1.97
1012013--1012115	28	3.7	28	84	5	118	25	34	15	24	1.94
1031296--1031477	40	4.6	40	90	2	278	22	24	27	25	2.00
1037501--1037901	200	2.0	200	98	0	775	25	26	14	32	1.95
1048891--1049044	39	4.1	39	85	9	221	21	22	30	25	1.99
1048891--1049044	72	2.1	75	89	7	233	21	22	30	25	1.99
1058319--1058351	17	1.9	18	88	11	52	45	3	3	48	1.33
1059475--1059509	9	3.9	9	88	11	54	34	0	0	65	0.93
1059469--1059510	14	3.2	13	83	6	50	30	2	0	66	1.04
1059888--1059936	22	2.2	23	88	3	73	51	2	12	34	1.51
1064559--1064637	13	6.5	13	76	16	89	45	15	1	37	1.54
1064559--1064637	36	2.2	36	93	0	131	45	15	1	37	1.54
1064595--1064638	23	1.9	23	95	0	79	45	13	2	38	1.56
1064637--1064664	14	2.0	14	100	0	56	57	7	0	35	1.26
1065217--1065257	20	2.0	20	86	9	57	26	0	0	73	0.84
1068921--1069208	49	5.8	49	79	3	333	29	25	18	26	1.98
1068926--1069213	100	2.9	100	97	0	531	29	25	19	25	1.98
1069452--1069515	27	2.4	27	81	0	74	37	15	7	39	1.77
1070790--1070838	26	2.0	26	84	8	66	28	0	8	63	1.23
1076763--1076805	13	3.5	13	78	18	56	48	13	0	37	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1076761--1076807	23	2.0	23	95	0	85	46	14	0	38	1.45
1080473--1080724	33	7.7	33	79	4	190	31	22	12	33	1.92
1080481--1080560	32	2.5	31	82	8	97	33	22	12	31	1.91
1081371--1081413	20	2.0	22	86	8	63	30	25	0	44	1.55
1083579--1083763	40	4.7	40	80	6	207	24	22	27	25	2.00
1083632--1083796	79	2.1	79	80	6	183	26	20	27	25	1.99
1089987--1090111	66	1.9	65	80	11	148	29	22	15	32	1.94
1090018--1090262	33	7.5	32	77	10	167	31	21	12	34	1.90
1090018--1090242	66	3.4	65	79	4	229	32	22	12	33	1.90
1090906--1090948	20	2.0	22	86	8	63	30	25	0	44	1.55
1091141--1091235	47	2.0	47	97	0	181	42	6	11	40	1.67
1094866--1095112	50	4.9	50	88	0	377	31	29	15	23	1.96
1094867--1095112	100	2.5	100	98	0	474	31	29	15	23	1.96
1097624--1098186	43	13.7	42	73	13	388	31	22	19	26	1.98
1097624--1098007	85	4.6	85	73	12	242	31	22	19	26	1.98
1097792--1097854	32	1.9	33	84	9	85	31	17	17	33	1.93
1097749--1097897	75	2.0	76	83	9	189	30	21	19	28	1.97
1097708--1098186	204	2.4	204	94	1	847	31	21	19	27	1.97
1097867--1098168	161	1.9	162	82	6	389	33	21	18	26	1.97
1097996--1098058	32	1.9	33	84	9	85	31	17	17	33	1.93
1097953--1098101	75	2.0	76	85	6	205	30	21	19	28	1.98
1098030--1098204	86	2.0	84	85	5	235	34	22	18	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1101857--1102054	50	4.0	49	76	4	182	39	18	11	30	1.85
1101860--1102054	100	2.0	100	84	4	259	38	18	11	31	1.86
1106937--1107114	27	6.6	27	82	3	178	29	27	15	27	1.96
1106958--1107113	82	1.9	81	86	3	224	29	27	15	27	1.96
1112195--1112260	27	2.4	27	97	0	123	40	12	27	19	1.87
1117191--1117234	23	2.0	22	86	4	61	25	0	20	54	1.45
1126890--1127068	40	4.5	40	85	2	227	24	28	24	22	2.00
1130273--1130316	23	2.0	22	86	4	61	25	0	20	54	1.45
1134080--1134151	28	2.5	29	86	2	101	29	29	15	26	1.96
1138070--1138195	9	14.0	9	72	17	84	32	2	18	46	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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