genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.226.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78149846--78149907	30	2.1	30	84	0	79	30	22	8	38	1.83
78151585--78151627	21	2.0	21	86	4	59	76	2	4	16	1.05
78151660--78151733	37	2.0	36	97	2	139	48	2	24	24	1.64
78154062--78154338	47	5.6	47	71	17	220	36	14	23	26	1.93
78154062--78154609	101	5.3	101	92	2	672	35	16	24	24	1.95
78154325--78154621	108	2.7	108	93	0	504	35	18	24	21	1.96
78154115--78154633	55	9.9	53	75	12	435	35	16	24	23	1.95
78171072--78171165	40	2.3	40	85	7	120	24	18	29	27	1.98
78171823--78171920	24	4.0	24	89	1	142	36	4	37	21	1.73
78173539--78173619	33	2.4	34	77	8	94	28	18	23	29	1.98
78173539--78173624	32	2.6	31	73	10	73	26	18	25	29	1.98
78182419--78182448	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
78185721--78185759	18	2.1	19	85	4	53	71	0	15	12	1.14
78205646--78205783	48	2.9	48	82	2	172	31	13	22	32	1.93
78205748--78205823	38	2.0	37	84	2	98	30	15	23	30	1.96
78212766--78212894	48	2.7	48	82	1	152	32	15	20	31	1.94
78213586--78213670	42	2.0	42	95	0	152	38	7	25	28	1.82
78220127--78220202	34	2.2	34	88	0	107	22	21	25	31	1.98
78231305--78231428	29	4.3	29	86	1	151	28	29	16	25	1.97
78231314--78231424	29	3.9	29	90	1	161	26	29	18	26	1.98
78237294--78237415	43	2.9	43	75	9	124	30	18	21	29	1.97
78239393--78239458	32	2.1	32	97	0	123	48	6	22	22	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78254837--78254978	48	3.0	46	78	11	135	26	21	28	23	1.99
78257185--78257246	26	2.3	27	86	10	92	37	27	8	27	1.85
78257352--78257464	27	4.2	27	86	3	149	17	23	23	36	1.95
78257349--78257464	55	2.2	53	86	7	162	17	22	23	37	1.94
78261460--78261612	43	3.7	41	80	2	162	30	13	26	30	1.93
78262935--78263034	42	2.4	42	81	10	123	26	19	23	32	1.97
78262957--78263052	43	2.3	42	79	1	102	27	18	23	30	1.98
78273479--78273576	43	2.3	42	82	5	117	26	18	22	32	1.97
78276692--78276885	47	4.1	47	100	0	388	31	8	29	29	1.87
78276836--78276937	32	3.0	32	71	18	107	30	8	33	27	1.87
78276905--78277148	49	5.0	49	93	1	393	31	9	31	28	1.88
78276742--78277054	165	1.9	164	96	4	574	31	8	30	29	1.87
78277267--78277345	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
78279898--78279928	15	2.0	16	93	6	55	32	0	29	38	1.57
78281400--78281438	20	1.9	20	84	5	51	35	2	10	51	1.50
78286614--78286677	31	2.1	31	96	0	119	45	9	12	32	1.74
78290314--78290463	43	3.6	42	81	6	169	30	26	13	30	1.94
78294778--78294838	31	1.9	32	83	3	79	32	26	11	29	1.91
78306395--78306457	26	2.3	27	86	5	83	33	25	12	28	1.92
78306563--78306674	27	4.2	26	82	7	125	16	24	22	37	1.93
78306563--78306674	54	2.1	54	88	3	163	16	24	22	37	1.93
78309323--78309500	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78309324--78309479	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
78309320--78309500	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
78309405--78309511	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
78314966--78315150	40	4.7	40	82	6	207	25	27	21	24	1.99
78314966--78315150	79	2.3	80	81	8	207	25	27	21	24	1.99
78322060--78322243	40	4.7	40	83	10	211	23	27	22	26	2.00
78322060--78322243	79	2.3	80	82	11	220	23	27	22	26	2.00
78330976--78331074	28	3.5	28	88	1	135	32	25	13	29	1.93
78348190--78348222	11	3.0	11	95	0	57	39	6	0	54	1.25
78351996--78352032	17	2.2	17	90	0	56	54	24	0	21	1.45
78354099--78354139	20	2.0	22	85	9	59	46	0	4	48	1.23
78358665--78358715	26	1.9	27	88	4	77	43	19	17	19	1.89
78361872--78362056	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
78361853--78362056	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
78369822--78370006	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
78369803--78370006	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
78376061--78376107	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
78376455--78376800	50	6.9	50	75	5	304	27	18	23	30	1.98
78376457--78376740	101	2.8	101	88	3	394	26	18	24	30	1.98
78377358--78377696	180	1.9	180	86	1	482	39	9	20	31	1.84
78378447--78378577	43	3.0	43	100	0	262	44	11	25	19	1.84
78381194--78381351	68	2.3	68	77	11	160	20	28	15	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78389334--78389367	15	2.3	15	89	0	50	44	41	2	11	1.56
78393806--78393983	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
78393807--78393962	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
78393803--78393983	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
78395549--78395592	20	2.1	21	83	4	54	6	11	6	75	1.20
78395857--78395900	20	2.1	21	83	4	54	6	11	6	75	1.20
78395407--78396022	308	2.0	308	98	0	1187	30	15	6	47	1.71
78396096--78396364	140	1.9	145	80	8	318	40	13	3	42	1.61
78397267--78397321	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
78397470--78397598	23	5.5	24	72	13	99	56	3	5	34	1.38
78397396--78397506	29	4.0	28	67	17	72	57	4	6	31	1.44
78397867--78397905	16	2.4	16	86	0	51	43	28	5	23	1.75
78398051--78398149	30	3.3	30	88	0	153	20	6	47	26	1.73
78398918--78398955	20	1.9	20	88	0	58	34	34	2	28	1.71
78401997--78402038	15	2.7	15	82	14	50	66	0	0	33	0.92
78404516--78404609	23	4.1	23	85	0	134	47	4	25	22	1.69
78409023--78409117	23	4.1	23	80	2	118	47	4	25	23	1.69
78410598--78410676	32	2.6	30	80	11	97	50	5	8	35	1.56
78410598--78410680	30	2.8	28	76	20	78	49	4	8	37	1.55
78416567--78416668	44	2.4	44	81	3	118	30	27	19	22	1.98
78420247--78420612	27	13.6	27	80	5	249	30	9	19	40	1.83
78420247--78420612	54	6.8	53	76	5	290	30	9	19	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78420266--78420565	107	2.8	105	79	6	291	31	9	18	40	1.82
78429089--78429122	17	2.0	17	100	0	68	23	17	11	47	1.81
78431576--78431657	39	2.1	39	100	0	164	41	19	2	36	1.65
78436892--78437085	55	3.6	54	81	2	219	22	24	18	35	1.96
78437067--78437188	47	2.6	47	90	0	190	26	24	13	35	1.93
78441805--78441877	37	2.0	37	97	0	137	39	17	2	39	1.64
78443455--78443643	55	3.5	53	78	5	182	21	23	18	37	1.94
78443468--78443651	54	3.4	55	79	5	196	21	23	17	36	1.94
78443630--78443751	47	2.6	47	93	0	199	25	23	13	36	1.92
78443723--78443840	47	2.5	47	79	9	125	22	20	20	36	1.95
78443891--78443974	44	1.9	44	82	4	107	27	23	10	38	1.88
78450965--78451014	20	2.5	20	83	0	64	16	26	22	36	1.94
78456462--78456495	6	5.7	6	85	0	50	55	0	26	17	1.42
78456455--78456496	12	3.5	12	86	0	57	57	0	23	19	1.41
78463400--78463588	29	6.6	29	79	1	195	35	20	16	28	1.94
78463400--78463588	87	2.2	87	82	4	224	35	20	16	28	1.94
78474580--78474609	15	2.0	15	100	0	60	20	6	13	60	1.55
78494045--78494078	17	1.9	17	88	5	50	0	20	2	76	0.92
78496511--78496578	25	2.7	25	75	8	75	23	25	23	27	2.00
78497685--78497723	20	2.0	20	85	10	53	10	5	30	53	1.56
78499843--78500019	46	3.8	46	90	1	266	20	19	28	31	1.97
78500032--78500120	43	2.1	43	97	0	169	22	20	21	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78500482--78500603	27	4.5	27	92	2	192	33	22	20	22	1.97
78501048--78501112	22	3.0	22	77	8	69	20	21	23	35	1.96
78501272--78501344	27	2.7	27	87	2	94	19	24	19	36	1.94
78501480--78501568	6	14.3	6	69	19	58	20	17	13	48	1.81
78501493--78501559	31	2.2	31	88	0	98	20	20	11	46	1.82
78502988--78503292	27	11.6	27	69	13	129	40	21	7	30	1.81
78503114--78503292	81	2.2	81	85	4	245	41	21	7	29	1.80
78503124--78503323	54	3.7	54	80	2	188	40	22	9	28	1.84
78503166--78503408	81	3.0	79	80	9	226	39	20	13	27	1.89
78503278--78503410	27	4.9	27	92	0	203	36	20	18	24	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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