genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19524538--19524683	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
19540257--19540311	23	2.3	24	76	14	60	50	1	9	38	1.45
19540398--19540459	28	2.2	29	80	8	74	48	1	0	50	1.10
19540499--19540539	15	2.9	14	86	10	57	63	7	0	29	1.21
19545298--19545336	12	3.2	12	81	0	51	2	38	0	58	1.12
19564478--19564520	18	2.4	18	88	3	61	55	0	0	44	0.99
19565232--19565302	24	3.1	22	78	11	79	45	1	1	52	1.18
19565299--19565351	21	2.4	22	81	15	65	37	1	1	58	1.20
19565313--19565354	21	2.0	22	95	4	77	38	0	0	61	0.96
19565336--19565368	17	1.9	17	88	11	50	42	3	0	54	1.15
19566723--19566755	14	2.3	15	94	5	59	57	0	0	42	0.98
19566730--19566854	31	3.9	30	72	18	92	60	2	0	36	1.15
19566813--19566870	22	2.6	23	86	13	86	60	0	1	37	1.07
19566858--19566937	24	3.5	22	81	8	97	53	1	0	45	1.08
19566822--19566907	36	2.4	37	77	13	99	58	0	1	40	1.06
19566859--19566953	47	2.0	47	86	8	131	55	1	0	43	1.06
19566957--19567012	27	2.1	26	80	9	60	73	5	10	10	1.25
19567434--19567499	32	2.0	33	82	8	82	54	3	3	39	1.31
19567469--19567527	24	2.5	22	76	12	55	55	1	0	42	1.09
19567733--19567775	19	2.2	20	91	4	70	46	0	6	46	1.30
19567733--19567792	19	3.3	19	84	9	63	45	1	5	48	1.34
19585071--19585413	172	2.0	171	92	0	560	39	12	23	24	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19590601--19590735	54	2.4	54	84	10	157	25	18	23	32	1.97
19591064--19591093	14	2.1	14	93	0	51	16	0	36	46	1.47
19599347--19599375	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
19600426--19600578	76	2.0	76	94	2	272	26	11	16	45	1.80
19611553--19611679	44	2.9	44	78	1	139	24	24	22	28	2.00
19611879--19611999	57	2.1	57	96	0	224	19	24	22	33	1.97
19611936--19612067	44	3.0	43	74	11	151	20	22	24	32	1.98
19611806--19612069	145	1.8	145	95	1	476	18	24	23	33	1.97
19621079--19621113	13	2.8	12	91	8	52	80	0	20	0	0.72
19628170--19628357	45	4.2	45	93	0	313	25	20	15	38	1.92
19628696--19628750	20	2.8	20	88	0	83	29	16	29	25	1.97
19629686--19629726	6	7.3	6	86	10	52	12	19	0	68	1.21
19631064--19631118	20	2.8	20	88	0	83	29	16	29	25	1.97
19632423--19632492	35	2.0	35	97	0	131	24	17	12	45	1.83
19633483--19633518	10	3.5	10	85	7	54	55	2	8	33	1.44
19635073--19635098	13	2.0	13	100	0	52	53	0	7	38	1.30
19643659--19643699	20	2.0	20	90	0	64	29	21	14	34	1.93
19643664--19643716	20	2.7	20	85	5	63	26	16	18	37	1.93
19643670--19643786	42	2.8	43	82	7	127	23	20	14	41	1.89
19643695--19643815	42	2.9	42	77	15	108	21	19	16	42	1.89
19647581--19647705	24	5.2	24	78	16	107	20	12	30	36	1.90
19647593--19647702	47	2.3	48	89	4	161	19	13	29	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19653759--19653889	54	2.4	54	100	0	262	26	19	22	31	1.98
19653922--19654151	46	5.0	45	88	4	280	38	14	25	20	1.91
19653928--19654151	93	2.4	92	86	3	306	39	14	25	20	1.90
19663361--19663423	31	2.0	31	90	0	99	23	31	26	17	1.97
19666800--19666871	37	1.9	36	86	8	99	63	0	0	36	0.94
19666812--19666871	18	3.3	18	83	2	75	68	0	0	31	0.90
19666797--19666899	40	2.6	37	80	18	111	61	0	0	37	1.03
19666797--19666899	39	2.6	38	80	15	113	61	0	0	37	1.03
19682281--19682327	18	2.7	18	80	12	53	42	0	34	23	1.54
19684562--19684685	33	3.8	33	96	0	230	29	42	9	17	1.81
19702952--19703013	27	2.3	27	80	0	70	51	9	1	37	1.45
19705012--19705061	23	2.0	25	85	11	68	38	20	22	20	1.94
19713284--19713405	63	1.9	64	81	6	149	32	26	21	19	1.97
19714702--19714767	15	4.1	15	72	24	55	42	0	1	56	1.08
19714700--19714766	34	2.0	32	88	11	100	44	0	1	53	1.09
19714700--19714747	17	2.8	17	71	22	55	43	0	0	56	0.99
19715333--19715377	23	2.0	23	86	0	63	2	31	8	57	1.41
19715340--19715489	66	2.3	66	94	2	257	3	26	8	62	1.38
19715356--19715496	38	4.0	38	73	20	133	4	26	9	60	1.46
19715340--19715515	66	2.7	66	85	3	167	4	25	10	60	1.48
19715838--19715952	42	2.9	39	76	14	128	22	7	26	42	1.81
19717402--19717449	21	2.3	21	88	0	78	22	25	25	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19717827--19718121	41	7.4	40	68	17	152	42	1	5	50	1.33
19717850--19717897	18	2.8	18	74	22	50	43	0	0	56	0.99
19717867--19717918	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
19717922--19718109	61	3.1	61	69	17	192	41	2	7	48	1.43
19717833--19718154	120	2.7	120	97	0	601	43	1	5	50	1.32
19717987--19718038	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
19718103--19718151	15	2.9	18	80	20	61	44	0	0	55	0.99
19718103--19718157	15	3.4	16	80	16	53	43	0	1	54	1.10
19718302--19718392	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
19718373--19718408	16	2.2	16	100	0	72	38	36	0	25	1.56
19724430--19724508	28	2.6	31	77	16	94	48	2	2	46	1.29
19725650--19725688	20	1.9	21	85	15	55	51	0	0	48	1.00
19737809--19737836	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
19745053--19745100	21	2.3	21	88	0	78	22	25	25	27	2.00
19748582--19748624	17	2.6	16	82	10	50	46	4	0	48	1.22
19749703--19749728	12	2.2	12	100	0	52	15	7	7	69	1.35
19751326--19751358	16	2.1	16	100	0	66	36	0	30	33	1.58
19753179--19753255	31	2.6	29	85	6	93	24	14	2	58	1.49
19753200--19753262	31	2.0	31	100	0	126	23	15	3	57	1.53
19753320--19753430	3	35.3	3	77	13	100	27	5	5	61	1.40
19754245--19754803	127	4.4	126	77	6	493	37	19	15	27	1.92
19754332--19754803	127	3.7	127	78	5	513	37	19	15	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19754332--19754803	257	1.8	256	84	4	639	37	19	15	27	1.92
19756777--19757703	134	6.9	134	92	0	1446	27	21	18	32	1.97
19756820--19757578	89	8.5	87	68	19	338	26	21	18	32	1.97
19756781--19757823	402	2.6	398	87	4	1393	27	21	18	32	1.97
19769231--19769705	127	3.7	127	79	6	512	37	20	15	26	1.93
19769231--19769705	256	1.9	255	84	4	636	37	20	15	26	1.93
19773137--19773207	23	3.2	23	76	6	65	35	1	0	63	1.03
19774225--19774278	16	3.4	17	82	7	69	37	12	9	40	1.76
19777245--19777314	25	3.0	24	85	8	90	38	5	2	52	1.40
19779764--19779788	12	2.1	12	100	0	50	16	16	48	20	1.82
19781902--19781929	13	2.2	13	100	0	56	28	25	17	28	1.98
19782622--19782709	40	2.2	40	81	0	104	36	21	10	31	1.87
19782637--19782759	40	3.1	40	80	2	131	34	19	13	32	1.90
19783284--19783309	3	8.7	3	100	0	52	0	65	0	34	0.93
19805859--19806013	46	3.4	46	88	1	204	41	15	23	19	1.90
19806274--19806320	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
19810062--19810290	3	76.0	3	72	13	152	63	2	3	30	1.25
19810119--19810205	23	3.8	23	74	17	65	64	1	3	31	1.17
19814226--19814286	23	2.7	23	80	10	63	29	6	6	57	1.49
19815437--19815471	18	1.9	18	88	0	52	45	5	0	48	1.26
19817148--19817210	29	2.2	27	78	10	63	57	1	12	28	1.45
19817202--19817257	28	2.0	27	82	6	67	57	3	8	30	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19817243--19817317	27	2.8	26	82	6	80	50	2	17	29	1.59
19817301--19817397	26	3.6	27	77	5	99	56	1	8	34	1.36
19819688--19819812	44	2.8	45	80	2	153	28	24	16	29	1.97
19819688--19819856	89	1.9	89	80	4	198	29	22	16	31	1.96
19819823--19819939	44	2.7	44	81	2	137	31	22	17	28	1.97
19821667--19821784	46	2.6	47	83	4	159	19	22	13	44	1.86
19824210--19824277	30	2.3	30	84	5	84	27	19	4	48	1.68
19828763--19828792	12	2.4	13	94	5	53	0	30	3	66	1.07
19836581--19836757	47	3.8	47	78	12	193	20	20	28	29	1.98
19838120--19838150	16	1.9	16	93	0	53	54	3	0	41	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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