genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.232.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80191273--80191337	32	2.0	32	90	0	103	12	20	18	49	1.79
80195798--80195912	23	5.0	23	75	7	99	23	20	19	37	1.94
80196461--80196581	36	3.4	36	100	0	242	20	8	21	49	1.75
80201306--80201345	19	2.1	19	100	0	80	30	15	10	45	1.78
80206559--80206774	40	5.4	40	88	2	319	24	22	28	25	1.99
80219056--80219274	27	8.1	27	94	0	348	31	21	23	23	1.98
80236142--80236474	45	7.5	45	65	9	173	27	25	19	27	1.99
80236076--80236486	132	3.1	132	98	0	777	28	24	19	27	1.99
80239390--80239652	27	9.7	27	89	1	278	38	20	10	30	1.86
80239390--80239595	54	3.8	54	90	0	322	40	19	7	32	1.79
80239390--80239595	81	2.5	81	89	0	322	40	19	7	32	1.79
80239390--80239622	81	2.9	80	85	2	313	39	20	9	30	1.83
80239553--80240334	27	29.3	27	82	7	848	35	19	19	26	1.95
80239688--80239726	18	2.2	18	90	0	60	33	17	23	25	1.96
80239940--80240010	37	1.9	37	97	0	133	38	19	15	26	1.92
80239894--80240063	91	1.9	91	94	0	304	35	19	19	25	1.95
80240662--80240720	22	2.7	22	81	5	66	20	27	22	30	1.98
80240887--80240944	27	2.1	27	84	6	73	18	24	22	34	1.96
80241087--80241180	6	15.3	6	77	16	95	19	17	14	48	1.81
80254183--80254252	21	3.3	21	81	0	77	1	47	18	32	1.58
80259786--80259922	9	15.2	9	86	0	184	29	0	23	45	1.58
80260226--80260359	39	3.0	47	82	16	203	51	4	0	44	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80260273--80260361	14	6.8	14	66	22	50	52	4	0	42	1.21
80260301--80260364	19	3.3	19	72	20	69	53	6	0	40	1.26
80260580--80260626	24	2.0	24	95	0	85	42	8	21	27	1.81
80264601--80264653	28	1.9	27	81	11	63	33	5	3	56	1.41
80264908--80264963	21	2.6	21	88	2	76	21	0	25	53	1.46
80264929--80264969	21	2.0	21	85	0	55	26	0	21	51	1.48
80265013--80265068	29	1.9	29	82	7	69	21	5	26	46	1.73
80265372--80265398	10	2.7	10	100	0	54	29	0	11	59	1.32
80265694--80266147	153	3.0	151	84	5	551	27	20	19	32	1.97
80266984--80267012	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
80276610--80276647	17	2.2	18	90	4	60	15	0	2	81	0.80
80279837--80279894	5	11.2	5	79	17	57	24	1	0	74	0.92
80279839--80279893	22	2.7	21	83	10	69	21	1	0	76	0.88
80279839--80279901	22	3.0	20	75	22	58	25	3	0	71	1.01
80279952--80279992	14	2.9	14	88	3	55	19	4	0	75	0.98
80279958--80280002	23	1.9	24	86	4	65	17	6	0	75	1.01
80279952--80280008	29	1.9	30	85	3	80	15	5	0	78	0.91
80279952--80280016	13	4.6	14	75	17	55	15	6	0	78	0.94
80279952--80280016	15	4.6	13	78	16	51	15	6	0	78	0.94
80289369--80289465	27	3.6	27	79	5	88	16	20	19	43	1.88
80289447--80289501	22	2.5	22	84	0	74	18	18	23	40	1.91
80290441--80292006	783	2.0	783	98	0	3024	34	20	18	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80292092--80292183	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
80292328--80292477	26	5.8	26	92	0	257	26	23	24	26	2.00
80292328--80292477	52	2.9	52	98	1	293	26	23	24	26	2.00
80293397--80293599	27	7.4	27	79	4	147	33	9	18	37	1.84
80293577--80293780	27	7.6	27	87	2	239	42	8	21	28	1.81
80293394--80293599	54	3.8	54	77	3	198	33	10	17	37	1.84
80293577--80293780	81	2.5	80	85	1	282	42	8	21	28	1.81
80293794--80293883	27	3.3	27	85	3	110	32	10	17	40	1.83
80295964--80296134	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
80295959--80296131	46	3.7	46	80	13	219	28	28	21	21	1.98
80296554--80296613	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
80297867--80298038	46	3.7	46	81	4	211	28	20	28	22	1.99
80304560--80304604	20	2.2	20	100	0	90	37	13	15	33	1.86
80305224--80305299	30	2.6	30	80	2	100	28	10	26	34	1.90
80305637--80305859	46	4.8	46	75	11	188	27	20	29	22	1.98
80317434--80317511	39	2.0	39	100	0	156	38	10	15	35	1.81
80320154--80320206	27	2.0	27	84	0	70	22	20	22	33	1.97
80326064--80326102	20	2.0	20	84	0	51	33	12	2	51	1.54
80332542--80332635	40	2.3	41	78	8	95	39	21	4	35	1.73
80333959--80334130	93	1.8	93	92	0	290	27	30	21	20	1.98
80333951--80334126	46	3.8	46	79	10	196	28	29	21	21	1.98
80346849--80347241	50	7.8	50	79	4	380	32	25	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80346860--80347185	99	3.3	101	85	3	437	32	25	16	25	1.96
80346860--80347239	99	3.8	101	83	5	310	32	25	16	25	1.96
80349078--80349144	24	2.8	24	86	2	89	22	23	10	43	1.84
80350611--80350719	42	2.6	42	85	2	141	15	35	24	23	1.94
80351733--80351951	46	4.7	44	76	12	174	24	29	19	27	1.98
80352288--80352345	30	1.9	30	82	6	73	36	17	12	34	1.87
80359095--80359197	40	2.6	40	86	4	138	25	25	25	24	2.00
80362611--80362716	52	2.0	52	94	0	185	45	20	4	29	1.71
80370555--80370620	30	2.2	30	88	0	105	33	24	19	22	1.97
80387337--80387568	56	4.1	56	97	0	437	45	9	22	22	1.81
80399913--80400424	39	13.1	39	94	1	859	25	23	27	23	2.00
80408011--80408254	40	6.1	37	83	8	202	25	22	27	24	2.00
80408011--80408235	79	2.8	80	87	5	305	25	22	27	24	2.00
80408011--80408254	80	3.1	79	84	7	298	25	22	27	24	2.00
80416115--80416176	31	2.0	31	96	0	115	35	12	8	43	1.73
80418931--80418976	23	2.0	23	95	0	83	17	15	39	28	1.90
80421005--80421181	39	4.5	39	85	0	201	41	20	7	29	1.80
80434471--80434658	50	3.7	50	81	1	205	28	26	18	26	1.98
80443238--80443540	40	7.6	40	88	2	378	24	20	27	27	1.99
80444936--80445010	31	2.4	31	95	0	132	29	17	25	28	1.97
80450872--80451118	40	6.2	40	89	1	327	29	28	19	22	1.98
80455006--80455049	22	2.0	22	95	0	79	34	13	20	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80456016--80456077	30	2.1	30	96	0	115	35	20	6	37	1.79
80468094--80468143	25	1.9	27	84	8	68	26	12	20	42	1.86
80468094--80468172	27	3.0	25	75	12	77	29	13	18	37	1.90
80471419--80471532	40	2.9	40	90	1	185	20	23	31	24	1.98
80471777--80471826	25	2.0	24	84	3	64	26	12	34	28	1.92
80471814--80471912	29	3.5	28	71	9	83	22	20	27	30	1.98
80471811--80471921	57	1.9	58	90	1	179	22	18	29	28	1.98
80471843--80471939	28	3.4	28	71	7	79	21	18	32	26	1.97
80485018--80485142	49	2.5	49	81	3	144	22	27	20	30	1.98
80485162--80485328	46	3.6	46	82	3	174	22	27	18	31	1.97
80500790--80500826	5	7.0	5	88	11	56	81	0	0	18	0.70
80504016--80504202	40	4.7	40	84	8	229	26	27	22	23	2.00
80504016--80504202	80	2.3	79	87	4	259	26	27	22	23	2.00
80509791--80509817	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
80510299--80510475	27	6.5	27	82	3	194	27	15	27	29	1.96
80510300--80510455	82	1.9	81	86	3	224	27	15	27	29	1.96
80510296--80510475	82	2.2	81	82	3	218	27	15	26	30	1.96
80512763--80512805	21	2.0	21	95	0	77	37	20	23	18	1.94
80519597--80519650	27	2.0	27	82	7	65	48	1	1	48	1.23
80523388--80523434	23	2.0	23	95	0	85	14	27	12	44	1.82
80524684--80524801	48	2.5	48	87	2	157	27	16	29	27	1.97
80524693--80524859	48	3.5	48	82	8	144	26	14	28	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80532543--80532727	79	2.3	81	81	7	209	25	22	26	24	2.00
80532544--80532727	40	4.6	40	79	9	189	26	22	26	24	2.00
80538737--80538912	88	2.0	88	98	0	343	29	18	32	19	1.96
80540614--80540798	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
80540615--80540798	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
80540667--80540831	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
80542307--80542426	52	2.3	52	90	2	190	25	22	23	28	1.99
80542291--80542426	26	5.3	26	84	3	154	26	22	21	30	1.99
80542476--80542542	20	3.3	20	89	4	100	31	17	10	40	1.84
80543250--80543314	27	2.4	27	79	5	69	23	24	16	35	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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