genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28024135--28024228	42	2.2	43	83	5	111	29	23	21	25	1.99
28040197--28040898	40	17.5	40	92	0	1125	23	23	29	24	1.99
28040561--28040667	23	5.2	23	58	25	58	24	22	28	25	2.00
28041074--28041123	25	2.0	25	84	7	66	30	12	32	26	1.92
28045004--28045126	22	5.3	22	62	27	58	32	13	29	25	1.93
28044988--28045172	47	3.9	47	90	0	280	33	11	27	27	1.92
28045377--28045526	37	4.1	37	94	1	248	22	19	31	26	1.98
28050804--28050912	27	4.0	27	79	7	96	40	20	8	31	1.82
28050908--28051173	27	9.9	27	86	3	320	27	24	8	39	1.84
28051070--28051318	27	9.1	27	78	7	92	37	19	8	34	1.81
28051160--28051326	27	6.1	27	74	9	97	41	16	7	34	1.77
28051367--28051444	27	2.9	27	75	11	79	35	21	21	20	1.96
28052246--28052395	26	5.8	26	87	0	221	28	22	22	27	1.99
28052246--28052392	52	2.8	52	94	1	251	28	23	21	26	1.99
28052540--28052631	42	2.2	42	90	0	139	29	15	21	33	1.94
28052655--28052733	31	2.5	31	91	0	131	30	17	25	26	1.97
28054064--28054119	27	2.0	27	86	3	76	39	17	8	33	1.81
28054073--28054172	27	3.7	28	81	9	100	41	20	9	30	1.83
28054176--28054377	27	7.5	27	84	5	230	29	19	8	42	1.81
28054176--28054380	54	3.8	54	85	6	263	29	20	8	41	1.81
28054176--28054378	81	2.5	81	87	3	300	29	20	8	41	1.81
28054357--28054609	27	9.3	27	76	6	154	39	18	9	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28054114--28054405	81	3.6	81	78	2	219	32	20	8	38	1.83
28054357--28054494	54	2.5	53	83	4	177	39	19	8	31	1.82
28054640--28054731	27	3.4	27	86	3	114	33	21	25	19	1.97
28055531--28055706	26	6.8	26	86	0	228	26	20	23	28	1.99
28055531--28055706	52	3.4	52	88	0	255	26	20	23	28	1.99
28055851--28055942	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
28055966--28056036	31	2.3	31	85	4	99	32	12	26	28	1.93
28058262--28058360	27	3.6	27	80	9	103	39	17	9	34	1.81
28058266--28058389	54	2.3	54	79	6	135	38	20	9	31	1.85
28058366--28058576	27	7.8	27	87	2	253	28	26	7	37	1.82
28058447--28058776	27	12.1	27	76	8	114	36	20	7	34	1.82
28058366--28058576	81	2.6	81	85	1	280	28	26	7	37	1.82
28058488--28058649	54	3.0	54	78	1	146	33	19	8	38	1.83
28058382--28058604	81	2.7	82	83	1	216	30	24	7	38	1.82
28058555--28058807	81	3.1	78	73	11	213	38	19	9	32	1.84
28058569--28058807	54	4.4	53	75	12	182	39	18	9	32	1.83
28058568--28058785	27	8.0	27	77	9	165	39	17	9	33	1.83
28058846--28058929	27	3.1	27	84	3	107	30	22	25	21	1.98
28059732--28059881	26	5.8	26	86	0	212	27	21	22	28	1.99
28059732--28059881	52	2.9	52	93	1	257	27	21	22	28	1.99
28060026--28060117	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
28060141--28060219	31	2.5	31	93	0	131	30	16	25	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28081277--28081350	27	2.7	27	79	4	78	37	25	9	27	1.87
28082891--28083313	40	10.6	40	91	2	584	26	27	20	25	1.99
28083245--28083322	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
28091672--28092019	40	8.7	40	95	0	561	22	27	20	30	1.98
28101345--28101519	48	3.6	48	89	3	246	24	18	31	25	1.98
28104656--28104715	28	2.1	29	81	9	70	31	23	3	41	1.71
28110460--28110572	43	2.7	43	79	6	124	27	20	24	27	1.99
28110460--28110565	42	2.5	42	80	4	115	28	19	24	27	1.99
28119559--28119667	47	2.3	46	82	7	121	29	17	25	27	1.97
28119740--28119904	90	1.8	90	83	5	217	27	17	26	28	1.98
28119707--28119906	42	4.6	44	74	10	162	28	17	26	28	1.97
28143981--28144111	39	3.4	39	84	0	163	23	18	28	29	1.98
28152484--28152521	19	2.0	19	100	0	76	47	15	5	31	1.68
28159724--28159814	27	3.2	28	84	4	112	23	30	14	31	1.94
28173762--28173939	27	6.6	26	79	7	142	26	15	27	30	1.96
28173762--28173939	54	3.3	54	76	10	166	26	15	27	30	1.96
28173790--28173939	55	2.8	54	83	4	167	27	15	28	28	1.96
28173763--28173918	82	1.9	81	84	6	208	26	16	27	30	1.96
28173759--28173939	82	2.2	81	80	4	204	26	16	27	30	1.96
28173844--28173950	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
28177874--28177964	27	3.2	28	84	4	112	23	30	14	31	1.94
28182885--28182918	16	2.1	17	88	5	52	73	0	2	23	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28187722--28187753	16	2.0	16	93	0	55	46	6	6	40	1.54
28199073--28199158	45	1.9	45	87	0	127	36	25	11	26	1.90
28205800--28205977	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
28205821--28205976	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
28213989--28214166	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
28214010--28214165	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
28225047--28225226	27	6.7	27	81	7	186	38	18	17	25	1.92
28225046--28225226	81	2.2	80	87	3	247	38	18	17	25	1.92
28236102--28236149	24	2.0	24	91	0	78	47	2	10	39	1.49
28237348--28237451	37	2.8	37	77	1	118	28	18	14	38	1.90
28238459--28238497	20	2.0	20	85	10	53	53	17	0	28	1.44
28240190--28240227	12	3.2	12	88	0	58	15	18	10	55	1.68
28240190--28240236	24	2.0	24	83	8	60	19	14	12	53	1.73
28240291--28240826	27	19.9	27	79	3	123	34	20	8	36	1.83
28240363--28240698	54	6.2	54	85	1	386	31	21	7	39	1.81
28240350--28240602	81	3.1	81	83	2	204	33	19	7	38	1.80
28240390--28240698	81	3.8	80	88	3	397	30	21	7	41	1.79
28240688--28240829	54	2.6	54	80	7	155	38	22	9	28	1.86
28240730--28240833	27	3.9	27	88	5	156	41	22	5	30	1.77
28240865--28240916	27	1.9	27	88	7	79	40	13	11	34	1.81
28240970--28241034	27	2.4	27	76	5	69	35	20	24	20	1.96
28241863--28241914	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28242134--28242255	6	19.8	6	72	14	97	18	20	12	49	1.79
28242134--28242235	25	4.4	25	80	16	128	18	21	12	47	1.82
28242134--28242260	43	2.9	43	85	4	157	18	19	12	48	1.80
28242178--28242264	24	3.6	24	79	11	79	18	17	13	50	1.78
28256161--28256225	28	2.3	28	91	0	103	33	27	7	30	1.85
28256331--28256420	27	3.2	27	85	7	119	18	24	24	32	1.97
28257514--28257547	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
28277101--28277131	16	2.0	15	93	6	53	67	0	0	32	0.91
28279610--28279895	27	10.6	27	90	2	412	26	15	28	29	1.96
28288260--28288289	14	2.1	14	93	0	51	40	3	36	20	1.69
28296258--28296340	25	3.3	25	78	9	80	25	19	21	33	1.97
28296375--28296415	21	2.0	21	85	0	55	36	14	14	34	1.87
28296564--28296888	27	12.0	27	89	1	409	27	19	18	35	1.95
28296914--28297337	81	5.2	81	88	0	614	32	7	19	40	1.80
28296932--28297328	27	14.7	27	84	0	454	31	8	19	40	1.81
28300139--28300187	24	1.9	26	88	12	75	77	10	0	12	0.99
28301459--28301516	30	1.9	30	96	0	107	18	5	8	67	1.37
28305523--28305566	20	2.2	20	84	8	54	20	2	9	68	1.28
28307625--28307717	42	2.2	42	82	1	105	26	25	15	32	1.95
28312436--28312548	38	2.9	38	89	2	154	22	24	27	25	2.00
28312452--28312559	38	2.8	38	91	0	162	20	24	27	27	1.99
28312552--28312663	43	2.6	43	100	0	224	9	26	33	29	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28325966--28326039	27	2.9	26	80	7	89	52	12	16	18	1.74
28327203--28327304	37	2.7	38	80	11	129	24	23	22	29	1.99
28345112--28345163	27	2.0	26	84	3	68	34	25	15	25	1.95
28345659--28345908	27	9.3	27	81	2	134	29	11	20	39	1.87
28345699--28346040	80	4.2	80	83	6	354	30	8	20	40	1.83
28345728--28346065	107	3.1	107	85	2	421	31	8	19	40	1.82
28345726--28346065	27	12.7	27	79	5	332	32	8	19	40	1.82
28346395--28346468	28	2.6	28	95	0	130	27	36	16	20	1.93
28351489--28351696	50	4.2	51	74	6	165	30	11	16	41	1.83
28360443--28360620	50	3.6	50	75	11	123	29	11	19	39	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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