genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.101.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  101  of  290  ( 34714 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34528788--34528824	16	2.3	16	90	0	56	62	8	8	21	1.49
34531897--34532161	40	6.7	40	85	5	286	26	27	21	24	1.99
34531864--34532161	80	3.7	80	79	9	263	25	27	21	25	1.99
34532093--34532170	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
34537209--34537814	302	2.0	302	100	0	1212	33	18	18	29	1.95
34548562--34549202	321	2.0	321	100	0	1282	32	18	16	31	1.94
34556936--34557344	48	8.5	48	86	2	482	26	17	27	28	1.98
34562112--34562153	2	21.0	2	100	0	84	0	50	0	50	1.00
34564927--34564960	14	2.3	15	90	5	52	67	0	0	32	0.91
34566140--34566176	13	2.6	14	87	12	58	13	40	0	45	1.43
34567973--34568006	12	2.8	12	95	0	59	50	23	17	8	1.74
34567985--34568040	12	5.1	11	75	14	53	51	16	21	10	1.74
34568885--34568983	37	2.8	37	82	10	100	45	1	5	48	1.31
34569105--34569214	40	2.6	42	83	13	120	34	26	4	34	1.77
34569120--34569214	46	2.1	47	88	9	144	34	27	4	33	1.76
34569196--34569250	16	3.4	16	92	0	92	29	25	7	38	1.83
34570059--34570116	30	1.9	30	82	0	71	31	20	13	34	1.92
34570945--34571033	47	1.9	47	81	2	108	35	4	53	5	1.45
34571067--34571134	30	2.3	30	89	0	100	39	14	17	27	1.89
34571352--34571376	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
34573819--34573877	29	2.0	31	83	6	77	33	0	8	57	1.29
34573979--34574018	20	2.0	20	100	0	80	50	0	5	45	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34574169--34574207	20	2.0	19	85	5	51	76	0	15	7	0.99
34574230--34574274	19	2.4	18	86	13	65	66	0	33	0	0.92
34576729--34576784	30	1.9	30	88	3	87	53	3	12	30	1.55
34576906--34576965	18	3.2	18	81	9	75	60	0	8	31	1.27
34580980--34581013	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
34586443--34586485	19	2.3	19	84	8	52	32	2	2	62	1.20
34590411--34590471	21	2.9	22	90	4	83	22	27	37	11	1.89
34591565--34591790	48	4.7	48	75	0	227	24	29	18	27	1.98
34600876--34601397	89	5.8	88	72	8	368	33	17	20	28	1.95
34600876--34601445	44	12.7	44	73	6	365	32	17	20	28	1.96
34600877--34601236	140	2.6	135	78	7	406	33	16	20	29	1.94
34609923--34609967	20	2.4	18	79	13	54	42	4	4	48	1.43
34610466--34610495	15	1.9	16	93	6	53	46	6	6	40	1.56
34621466--34621781	49	6.6	49	76	6	206	21	28	20	29	1.98
34621424--34621784	48	7.6	48	75	8	231	22	28	19	28	1.98
34621511--34621781	46	5.7	46	75	8	145	21	29	20	28	1.98
34621424--34621743	94	3.3	97	81	3	328	22	28	20	29	1.98
34621424--34621784	94	3.8	93	78	10	304	22	28	19	28	1.98
34624305--34624435	49	2.7	49	84	2	174	21	25	22	30	1.99
34629745--34629921	72	2.5	72	82	3	187	31	25	17	25	1.97
34630613--34630651	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
34632524--34632576	26	2.0	26	100	0	106	37	24	11	26	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34642232--34642333	44	2.3	44	85	6	127	30	24	18	26	1.98
34645198--34645279	26	3.2	26	91	0	137	29	35	9	25	1.88
34647003--34647261	128	2.0	128	97	0	491	28	16	17	36	1.92
34651596--34651626	11	2.8	11	95	0	53	38	6	16	38	1.74
34654597--34654718	42	2.9	43	74	14	126	31	24	14	28	1.95
34656324--34656364	20	2.0	20	100	0	82	34	29	17	19	1.94
34673063--34673127	34	1.9	34	96	0	121	24	21	4	49	1.68
34679015--34679166	23	6.5	23	73	10	103	24	21	20	33	1.97
34678984--34679102	22	5.2	23	74	10	102	21	21	21	35	1.96
34678984--34679144	68	2.3	69	85	5	193	23	21	19	35	1.96
34688065--34688107	22	2.0	22	95	0	77	37	23	25	13	1.92
34690308--34690419	43	2.6	43	84	2	145	27	15	25	32	1.95
34702983--34703012	14	2.1	14	93	0	51	20	46	0	33	1.51
34723181--34723218	20	1.9	20	88	0	58	36	31	13	18	1.89
34739753--34739790	8	4.9	8	83	6	51	60	0	0	39	0.97
34739753--34739782	15	2.0	15	93	0	51	56	0	0	43	0.99
34739752--34739807	23	2.3	24	87	6	78	58	1	0	39	1.08
34740976--34741015	7	5.7	7	90	0	62	25	2	12	60	1.45
34745233--34745732	126	4.0	125	92	1	793	28	18	16	36	1.92
34745724--34745790	28	2.4	28	94	0	116	20	16	5	56	1.61
34745986--34746030	14	3.2	14	90	0	63	46	24	0	28	1.53
34745991--34746037	21	2.2	21	81	7	51	46	27	0	25	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34745999--34746037	14	2.8	14	92	0	60	48	28	0	23	1.51
34754131--34754507	48	8.0	48	75	12	284	26	17	31	24	1.97
34754603--34754629	14	1.9	14	100	0	54	33	0	22	44	1.53
34755140--34755170	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
34756587--34756710	27	4.6	27	85	1	149	26	28	17	27	1.98
34756587--34756739	54	2.8	55	79	8	159	27	28	16	27	1.97
34758307--34758398	43	2.1	43	90	4	141	27	16	28	28	1.97
34765128--34765258	47	2.8	47	90	2	201	22	16	29	32	1.95
34772162--34772407	40	6.2	40	97	0	431	26	27	22	22	1.99
34773710--34773743	13	2.5	13	90	9	50	47	14	2	35	1.60
34774135--34774340	103	2.0	103	92	0	340	24	26	14	34	1.94
34782147--34782312	40	4.2	40	89	2	237	26	24	22	25	2.00
34787496--34787613	42	2.8	41	82	6	137	30	27	19	22	1.98
34787496--34787660	43	3.8	43	77	7	140	33	27	16	21	1.96
34794036--34794100	34	1.9	33	90	3	103	29	24	23	23	1.99
34802741--34802917	27	6.5	27	83	1	192	41	15	14	28	1.86
34805099--34805382	142	2.0	142	100	0	568	30	24	15	29	1.96
34805431--34805591	27	6.0	27	82	2	171	42	17	14	26	1.87
34808685--34808813	49	2.7	49	78	7	124	26	31	10	32	1.89
34839250--34840385	567	2.0	567	100	0	2272	38	18	10	32	1.85
34850645--34851044	210	1.9	210	100	0	800	45	17	9	27	1.79
34856131--34856273	37	3.9	36	80	5	164	28	18	26	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34856244--34856583	42	7.7	42	75	12	190	27	18	25	28	1.98
34856268--34856459	48	4.0	48	88	2	280	29	18	22	29	1.97
34856268--34856459	95	2.0	96	87	3	280	29	18	22	29	1.97
34859289--34859313	8	3.1	8	100	0	50	64	0	24	12	1.27
34875875--34875914	20	2.0	20	85	9	55	35	10	12	42	1.76
34877586--34877808	40	5.6	39	85	3	241	26	27	20	24	1.99
34877586--34877808	120	1.9	119	81	6	272	26	27	20	24	1.99
34898148--34898263	43	2.7	43	87	2	153	22	18	29	30	1.97
34899381--34899897	258	2.0	258	100	0	1034	20	20	25	33	1.97
34906248--34906380	48	2.7	50	80	6	157	27	20	23	29	1.99
34907762--34907936	46	3.8	46	96	0	314	20	21	29	29	1.98
34923167--34923207	18	2.2	19	91	4	66	46	0	0	53	1.00
34923161--34923210	26	1.9	26	84	8	66	44	0	0	56	0.99
34933636--34933745	58	1.9	58	84	3	150	42	0	3	53	1.18
34934828--34935194	182	2.0	182	94	2	648	40	11	15	32	1.84
34937279--34937311	15	2.1	16	88	5	50	9	27	27	36	1.87
34941648--34941861	48	4.5	48	84	4	254	25	29	17	27	1.98
34941648--34941861	94	2.3	94	83	3	259	25	29	17	27	1.98
34941648--34941910	94	2.8	91	80	10	244	24	29	17	28	1.98
34941500--34941911	142	2.9	139	76	7	382	25	28	18	27	1.98
34955261--34955291	14	2.2	14	100	0	62	45	6	12	35	1.68
34956256--34956388	66	2.0	66	92	0	221	35	6	13	45	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34970373--34970398	9	2.9	9	100	0	52	92	0	7	0	0.39
34970373--34970401	10	3.0	10	95	5	51	89	0	10	0	0.48
34984012--34984198	57	3.3	56	80	7	207	28	22	17	31	1.97
34984436--34984478	17	2.5	17	77	7	52	20	18	18	41	1.90
34984771--34984797	11	2.5	11	100	0	54	51	0	0	48	1.00
34991507--34991599	43	2.2	43	86	7	127	34	27	17	20	1.95
34992730--34992758	14	2.0	15	93	6	51	48	20	0	31	1.50
35004392--35004429	18	2.1	18	95	0	67	18	34	13	34	1.89
35007767--35007829	17	3.7	17	72	4	56	49	7	17	25	1.74
35007766--35007834	34	2.0	34	94	5	122	46	7	18	27	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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